genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468630--2468678	14	3.4	14	75	5	53	38	0	0	61	0.96
2499115--2499184	36	1.9	36	82	0	86	22	7	11	58	1.57
2506225--2506265	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2509444--2509471	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
2522823--2522879	27	2.1	27	83	6	71	24	5	0	70	1.08
2522829--2522864	18	2.0	18	88	0	54	27	2	0	69	1.02
2529744--2530031	101	3.0	95	84	7	371	42	1	17	39	1.57
2530652--2530700	11	4.9	11	78	19	54	40	0	0	59	0.98
2530656--2530695	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
2530843--2530934	41	2.3	40	83	3	130	22	22	25	29	1.99
2539125--2539171	24	2.0	23	88	8	69	55	4	6	34	1.45
2540105--2540243	42	3.3	41	85	7	174	49	17	20	11	1.78
2546079--2546119	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2556486--2556530	20	2.3	20	88	3	65	26	0	4	68	1.08
2557572--2557619	3	16.0	3	78	8	53	31	8	0	60	1.26
2567317--2567351	7	5.1	7	93	3	54	0	17	0	82	0.66
2567317--2567361	20	2.2	20	88	0	63	0	22	0	77	0.76
2570822--2570914	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2571058--2571118	24	2.4	26	82	17	76	31	27	0	40	1.57
2571270--2571310	12	3.4	12	93	0	64	56	4	0	39	1.21
2573847--2573886	12	3.3	12	78	0	53	60	17	12	10	1.59
2573838--2573886	24	2.0	24	100	0	98	55	20	12	12	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574179--2574206	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
2576619--2576711	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2576855--2576915	24	2.4	26	82	17	76	31	27	0	40	1.57
2577067--2577107	12	3.4	12	93	0	64	56	4	0	39	1.21
2579386--2579429	20	2.1	21	83	4	54	63	0	2	34	1.07
2579727--2579774	13	3.7	13	75	10	53	39	29	6	25	1.80
2593984--2594022	17	2.1	20	86	13	57	33	2	0	64	1.08
2594150--2594189	17	2.2	18	86	8	55	72	5	7	15	1.24
2605575--2605616	21	2.0	21	100	0	84	33	4	19	42	1.72
2605579--2605639	21	2.9	22	83	9	74	36	8	14	40	1.76
2607602--2607657	27	2.1	27	93	0	94	33	28	12	25	1.92
2619663--2619698	15	2.4	15	90	9	56	30	13	2	52	1.55
2623820--2623863	15	2.8	16	82	6	54	43	20	4	31	1.72
2624083--2624160	39	2.0	39	94	0	138	29	14	11	44	1.80
2627148--2627192	24	1.9	23	90	4	72	40	8	0	51	1.33
2627704--2627761	26	2.3	25	85	8	73	29	15	5	50	1.66
2627859--2627912	20	2.5	21	82	11	65	62	5	5	25	1.39
2627859--2627908	21	2.3	20	83	10	55	62	6	6	26	1.42
2629625--2629669	18	2.5	18	88	0	63	13	40	4	42	1.64
2636368--2636417	22	2.4	20	78	18	57	44	0	4	52	1.20
2636461--2636561	25	3.8	25	74	13	94	42	0	3	52	1.26
2636454--2636585	55	2.4	54	84	6	149	41	1	3	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636474--2636575	30	3.6	30	76	12	124	40	0	3	54	1.25
2641528--2641856	87	3.8	84	78	8	263	44	15	24	14	1.84
2641520--2641961	132	3.4	132	78	9	374	43	15	26	14	1.86
2641501--2642081	177	3.3	173	81	7	613	42	15	26	14	1.86
2641520--2642081	45	12.8	45	77	9	493	42	15	26	14	1.86
2643312--2643350	15	2.6	14	84	11	51	66	5	0	28	1.12
2650003--2650042	16	2.4	17	88	12	57	35	0	0	65	0.93
2652143--2652190	21	2.3	21	82	7	62	39	0	2	58	1.10
2654806--2654848	13	3.2	13	83	6	50	60	2	6	30	1.35
2657770--2657804	17	2.1	16	89	5	52	54	8	2	34	1.46
2662482--2662511	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
2664651--2664703	16	3.3	15	82	12	70	54	0	5	39	1.24
2670785--2670827	21	2.0	21	82	8	52	55	9	4	30	1.52
2671370--2671395	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2673306--2673369	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2673313--2673369	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2683904--2684099	104	1.9	101	87	3	284	37	3	10	48	1.53
2687104--2687245	72	2.0	71	91	1	230	32	16	19	31	1.94
2688058--2688191	72	1.9	72	87	3	198	32	20	17	29	1.95
2696902--2696941	19	2.0	21	85	9	57	30	10	2	57	1.45
2722796--2722834	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
2725748--2725779	4	7.8	4	93	6	55	25	0	21	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727671--2727722	15	3.2	15	73	19	50	44	1	0	53	1.11
2728360--2728437	32	2.5	32	80	13	83	61	1	2	34	1.18
2728364--2728401	20	1.9	20	84	10	51	65	2	2	28	1.19
2737644--2737683	19	2.0	20	85	9	55	50	5	0	45	1.23
2738011--2738061	23	2.2	24	82	10	61	37	7	3	50	1.50
2742987--2743020	17	1.9	17	88	5	50	58	0	2	38	1.13
2742752--2743053	152	2.0	154	86	5	425	47	5	4	42	1.48
2744323--2744364	16	2.7	16	79	13	52	23	0	2	73	0.94
2744261--2744391	30	4.3	30	73	7	122	22	6	8	61	1.48
2744528--2744562	17	2.1	17	94	0	61	74	5	5	14	1.19
2744540--2745017	149	3.1	160	85	9	662	55	9	6	28	1.57
2745756--2745896	76	1.9	76	86	3	203	49	13	7	29	1.68
2746498--2746537	16	2.5	16	80	12	55	45	2	0	52	1.14
2746523--2746558	19	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
2747557--2747608	22	2.3	22	83	3	68	40	5	3	50	1.45
2749287--2749340	22	2.5	22	78	6	56	53	3	1	40	1.29
2753581--2753615	16	2.1	18	89	10	56	31	5	5	57	1.46
2754092--2754145	15	3.6	15	81	16	67	42	0	3	53	1.18
2759798--2759826	10	2.9	10	100	0	58	37	0	0	62	0.96
2759811--2759842	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
2773956--2773982	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2775215--2775246	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776702--2776748	19	2.3	21	89	7	71	46	0	12	40	1.42
2776994--2777506	46	11.6	46	84	9	588	34	13	23	29	1.93
2777093--2777238	75	1.9	75	98	0	283	36	9	26	26	1.87
2782080--2782133	27	2.0	27	85	7	74	20	22	27	29	1.98
2782109--2782347	33	6.8	33	69	25	136	22	19	27	31	1.98
2782080--2782311	102	2.3	103	90	0	358	21	18	26	32	1.97
2787489--2787557	18	3.8	17	74	20	59	39	1	4	55	1.29
2787520--2787557	18	2.2	18	90	4	60	39	2	2	55	1.28
2787507--2787572	21	3.2	21	77	16	75	39	1	3	56	1.24
2787494--2787571	41	2.0	40	85	10	106	37	1	3	57	1.25
2787539--2787580	21	2.0	21	86	4	59	35	2	2	59	1.23
2787666--2787770	44	2.5	40	74	16	113	36	30	3	29	1.75
2787683--2787772	44	2.0	44	89	2	135	38	30	4	26	1.76
2787752--2787804	16	3.3	16	91	0	88	22	32	5	39	1.78
2789885--2789934	19	2.6	21	78	12	54	56	2	4	38	1.30
2791004--2791323	111	2.9	110	91	0	507	35	17	15	31	1.91
2800477--2800509	6	5.5	6	96	0	57	36	36	15	12	1.84
2802121--2802420	63	4.9	62	76	6	272	18	18	33	29	1.95
2802282--2802428	60	2.5	60	80	6	156	19	17	34	29	1.95
2805268--2805307	21	1.9	21	84	0	53	37	7	5	50	1.53
2810403--2810596	63	3.1	62	82	5	232	19	15	35	30	1.92
2810403--2810689	60	4.7	58	75	12	229	20	17	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810403--2810689	123	2.4	120	81	8	325	20	17	31	29	1.96
2820152--2820195	23	1.9	23	100	0	88	18	2	4	75	1.09
2820958--2821026	32	2.1	33	83	2	86	33	1	10	55	1.43
2824404--2824559	41	3.8	41	96	1	278	26	19	23	30	1.98
2824404--2824601	82	2.4	82	87	5	285	27	20	24	28	1.99
2829901--2830222	176	1.8	176	87	0	482	27	22	24	25	2.00
2831071--2831116	14	3.3	14	84	0	56	26	0	32	41	1.56
2831076--2831126	21	2.4	21	83	3	66	27	1	35	35	1.68
2835917--2836244	9	36.4	9	74	13	266	45	19	0	34	1.55
2835917--2836210	139	2.2	136	88	6	452	45	18	0	35	1.55

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