genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836195--2836251	25	2.3	25	90	0	96	49	22	0	28	1.50
2842457--2842520	28	2.3	28	83	0	83	21	12	29	35	1.91
2848409--2848464	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
2848440--2848479	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
2848482--2848669	59	3.1	58	82	11	232	40	5	9	44	1.60
2848681--2848712	14	2.3	14	100	0	64	25	0	0	75	0.81
2867826--2867850	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
2870161--2870204	18	2.4	18	76	0	52	34	13	38	13	1.84
2875469--2875712	122	2.0	122	97	2	465	37	21	7	33	1.81
2879542--2879573	6	5.7	6	92	7	50	84	0	15	0	0.63
2879543--2879573	16	1.9	16	100	0	62	83	0	16	0	0.64
2883576--2883723	33	4.6	33	86	5	196	10	25	43	20	1.84
2884120--2884288	79	2.2	78	93	3	288	19	4	52	23	1.65
2884165--2884287	39	3.2	37	70	8	104	20	6	50	22	1.71
2884308--2884428	34	3.2	38	84	14	162	20	3	52	23	1.62
2884114--2884584	179	2.5	189	79	12	498	23	5	48	22	1.71
2884382--2884614	117	2.0	117	80	5	265	27	7	43	20	1.79
2884422--2884871	216	2.1	216	83	2	573	28	7	44	19	1.78
2884877--2885156	84	3.3	85	85	4	286	32	6	42	19	1.75
2884965--2885109	42	3.5	42	66	14	127	29	5	45	19	1.73
2884966--2885194	84	2.7	84	88	1	280	29	4	45	19	1.71
2886760--2886871	54	2.1	54	89	0	170	24	19	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887510--2887790	93	3.0	93	90	0	463	20	27	15	36	1.93
2887772--2887836	21	3.1	21	84	0	85	23	44	7	24	1.79
2894951--2894982	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
2897953--2898021	28	2.4	28	82	2	75	53	4	2	39	1.36
2898216--2898249	14	2.4	14	95	0	59	26	0	14	58	1.36
2898441--2898478	20	2.0	19	85	10	51	42	2	0	55	1.14
2899505--2899570	29	2.3	30	76	12	75	37	4	3	54	1.36
2902563--2902597	18	1.9	18	88	11	54	60	0	0	40	0.97
2903833--2903878	19	2.3	20	88	3	67	71	4	0	23	1.03
2903833--2903897	9	6.8	9	75	13	58	69	3	1	26	1.12
2903847--2903907	19	3.2	19	85	2	68	68	3	1	26	1.14
2903922--2903961	21	1.9	21	85	10	55	62	7	0	30	1.23
2904408--2904460	20	2.7	18	76	23	54	28	3	3	64	1.28
2904418--2904460	10	4.4	9	82	11	50	30	2	2	65	1.18
2904437--2904503	20	3.3	20	78	17	59	26	5	1	65	1.24
2907779--2907906	43	3.2	43	71	22	143	35	4	7	52	1.50
2907799--2907888	32	3.1	30	82	14	100	36	3	6	53	1.44
2907822--2907887	32	2.0	33	94	2	116	37	1	6	54	1.34
2914839--2914870	12	2.4	14	85	15	50	59	0	0	40	0.97
2931761--2931787	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
2944898--2945045	74	2.0	74	95	0	269	25	13	16	44	1.84
2954119--2954174	26	2.2	26	81	12	62	60	3	0	35	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2955313--2955392	21	3.8	21	79	0	88	25	56	8	10	1.61
2960113--2960165	26	2.0	26	82	7	63	45	20	20	13	1.84
2961187--2961214	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
2962946--2963077	67	2.0	67	93	0	228	28	31	18	21	1.97
2975399--2975444	23	1.9	24	86	8	67	23	4	2	69	1.17
2988588--2988640	4	13.2	4	84	7	63	24	3	26	45	1.70
2988574--2988637	27	2.3	27	94	5	110	23	6	29	40	1.79
2992642--2992825	46	4.0	46	89	2	278	30	12	13	43	1.81
2993560--2993596	15	2.5	15	90	0	65	32	0	0	67	0.91
2994726--2994761	18	2.0	18	100	0	72	61	0	16	22	1.35
2999777--2999969	96	2.0	96	97	0	368	24	20	19	34	1.96
3008814--3008850	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
3032809--3032953	61	2.4	60	80	5	152	49	11	11	27	1.73
3056780--3056823	22	2.0	21	83	12	54	13	18	4	63	1.46
3061406--3061445	19	2.1	19	90	4	62	37	5	0	57	1.21
3061417--3061455	19	2.0	19	85	5	51	30	7	2	58	1.39
3065412--3065454	20	2.0	22	86	8	63	41	0	0	58	0.98
3065699--3065740	21	2.0	21	86	9	59	54	2	0	42	1.13
3070211--3070269	31	1.9	31	89	3	93	69	3	3	23	1.19
3070995--3071041	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
3071202--3071334	40	3.4	40	74	9	121	28	16	21	33	1.95
3073887--3073928	16	2.6	16	82	14	50	28	0	2	69	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3075500--3075550	24	2.1	24	82	7	59	74	7	3	13	1.18
3078759--3078794	17	2.0	20	84	15	51	22	8	2	66	1.31
3082635--3082669	17	2.0	18	88	5	54	34	14	14	37	1.86
3092164--3092200	14	2.6	15	79	12	51	62	21	0	16	1.33
3092914--3092949	11	3.2	11	92	4	54	86	0	13	0	0.58
3094173--3094216	20	2.3	20	84	7	65	34	9	0	56	1.31
3105330--3105362	9	3.7	9	91	0	57	45	21	9	24	1.80
3105368--3105430	17	3.5	17	73	12	63	49	11	3	36	1.54
3105362--3105433	37	1.9	37	91	0	117	47	13	2	36	1.58
3105369--3105447	37	2.1	37	83	4	97	49	12	3	34	1.59
3105563--3105677	39	3.0	39	88	3	171	19	3	26	51	1.62
3105819--3105854	18	2.0	18	94	0	63	30	22	19	27	1.98
3106469--3106563	44	2.2	44	94	3	167	55	5	7	31	1.50
3119660--3119690	14	2.2	14	94	0	53	32	16	6	45	1.72
3121023--3121098	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
3121185--3121213	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
3121318--3121356	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
3128359--3128434	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
3128521--3128549	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
3128655--3128693	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
3134404--3134444	16	2.6	16	82	17	50	2	26	2	68	1.15
3135133--3135162	6	5.0	6	95	0	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3148725--3148781	16	3.4	16	81	13	69	31	0	3	64	1.10
3150696--3150745	23	2.0	26	85	11	70	30	0	8	62	1.24
3150730--3150798	30	2.2	32	89	5	106	42	7	10	40	1.66
3153462--3154153	346	2.0	345	99	0	1366	31	14	20	32	1.93
3162881--3162912	16	2.0	16	93	0	55	31	3	18	46	1.65
3164906--3164971	33	2.0	33	90	0	105	21	15	10	53	1.72
3169837--3169861	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
3173789--3173813	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
3184260--3184395	40	3.5	39	75	7	132	32	25	16	25	1.96
3184260--3184395	41	3.5	40	72	12	120	32	25	16	25	1.96
3185345--3185398	5	10.8	5	92	7	92	59	0	1	38	1.08
3204930--3205075	37	4.0	37	90	1	215	25	22	14	37	1.92
3205039--3205360	46	6.6	46	85	10	367	28	22	14	35	1.93
3205082--3205354	52	5.3	52	88	7	389	28	22	13	35	1.92
3205039--3205301	98	2.7	97	83	11	338	27	22	14	35	1.93
3205278--3205312	15	2.3	15	90	0	52	25	25	5	42	1.77
3205232--3205354	53	2.3	53	90	5	187	29	21	12	36	1.90
3212819--3212873	27	2.0	27	100	0	110	29	18	10	41	1.84
3237531--3237586	28	2.0	28	100	0	112	46	10	32	10	1.73
3238361--3238430	35	2.0	35	100	0	140	31	17	11	40	1.85
3240033--3240071	12	3.2	12	82	13	53	25	2	0	71	0.98
3252438--3252497	31	1.9	31	96	0	111	33	3	8	55	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3253771--3253809	19	2.1	18	85	4	51	43	0	5	51	1.24
3254899--3254967	30	2.2	30	84	5	84	36	5	15	42	1.72
3255340--3255402	29	2.1	30	82	8	74	58	6	11	23	1.55
3257384--3257495	42	2.7	42	88	0	170	18	29	26	25	1.98
3257773--3257800	6	4.7	6	100	0	56	17	17	50	14	1.79
3268786--3268821	15	2.5	15	90	4	56	27	25	19	27	1.99
3268796--3268848	22	2.4	23	81	6	56	22	32	18	26	1.97
3274889--3274975	30	2.9	30	76	10	97	27	13	27	31	1.94
3276428--3276922	84	5.9	86	89	5	705	29	26	16	27	1.97
3276428--3276921	127	3.9	125	90	3	721	29	26	16	27	1.97

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