genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60305585--60305705	52	2.3	52	87	5	172	61	0	6	30	1.27
60305515--60305731	118	1.9	113	85	8	303	59	1	7	31	1.33
60305666--60305708	22	2.0	21	82	13	52	69	0	9	20	1.15
60305673--60305718	21	2.0	23	84	12	60	69	0	6	23	1.11
60305627--60305882	135	1.9	135	84	6	349	61	1	9	27	1.38
60307950--60308013	3	21.3	3	93	0	110	34	1	0	64	1.03
60309278--60309325	16	3.2	15	82	8	53	37	2	2	58	1.22
60312126--60312508	69	6.0	66	70	17	245	61	2	8	27	1.39
60312243--60312367	52	2.4	52	86	8	173	64	0	6	28	1.23
60312178--60312421	120	2.1	115	87	6	339	61	2	7	28	1.35
60312338--60312384	23	2.0	23	84	8	60	72	0	6	21	1.07
60312292--60312507	69	3.3	67	81	10	270	62	2	8	27	1.36
60313888--60313971	44	1.9	44	87	0	123	25	21	22	30	1.98
60313934--60314164	96	2.4	96	82	0	264	32	19	13	35	1.90
60322859--60323051	41	4.7	41	92	0	305	23	27	20	27	1.99
60325935--60325959	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
60327080--60327124	19	2.5	19	85	7	58	42	2	11	44	1.52
60327462--60327677	41	5.3	41	92	0	353	29	18	27	23	1.98
60328605--60328642	20	1.9	20	88	0	58	21	28	13	36	1.91
60328605--60328654	20	2.5	20	83	0	55	22	30	10	38	1.86
60331022--60331064	22	1.9	23	85	4	61	67	4	2	25	1.22
60330998--60331067	23	3.0	23	73	24	67	62	5	2	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60332865--60332905	20	2.0	21	86	13	59	53	0	0	46	1.00
60334421--60334461	22	1.9	21	85	5	55	51	17	2	29	1.58
60337029--60337068	16	2.4	17	83	4	55	2	15	7	75	1.14
60337894--60337929	8	4.5	8	96	0	63	44	0	0	55	0.99
60343658--60343777	37	3.2	37	68	17	102	36	5	20	38	1.74
60344000--60344101	41	2.5	41	90	0	150	26	16	24	32	1.96
60344950--60344988	20	2.0	20	84	0	51	43	5	33	17	1.72
60346721--60346758	20	1.9	20	88	0	58	21	28	13	36	1.91
60349140--60349182	22	1.9	23	85	4	61	67	4	2	25	1.22
60349116--60349185	23	3.0	23	73	24	67	62	5	2	28	1.32
60353882--60353963	41	2.0	41	97	0	155	41	23	12	23	1.87
60354764--60355184	44	9.5	44	70	13	182	30	21	18	30	1.97
60357843--60357889	14	3.4	14	84	0	67	23	4	27	44	1.72
60359455--60359619	81	2.0	81	97	0	312	30	21	20	27	1.98
60360438--60360471	12	2.9	12	91	4	52	61	8	5	23	1.47
60360625--60360649	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
60362929--60362980	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
60364899--60364950	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
60378498--60378545	10	4.4	12	80	19	61	66	4	0	29	1.10
60378499--60378545	11	4.3	11	78	8	51	68	4	0	27	1.08
60378499--60378554	21	2.8	21	91	5	89	67	3	0	28	1.07
60378634--60378701	31	2.2	31	79	10	77	39	7	14	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60378698--60378743	22	2.1	22	84	8	58	67	0	0	32	0.91
60379592--60379649	18	3.3	18	92	4	91	32	1	3	62	1.22
60382643--60382700	21	2.9	20	87	7	82	72	1	0	25	0.94
60382643--60382700	10	5.9	9	79	16	62	72	1	0	25	0.94
60383735--60383775	19	2.2	19	95	0	73	29	0	7	63	1.21
60399928--60399962	15	2.3	15	90	9	54	85	0	0	14	0.59
60401030--60401170	38	3.7	38	89	0	219	13	16	32	37	1.87
60401016--60401175	76	2.1	76	88	0	230	13	16	32	37	1.88
60401414--60401490	39	2.0	39	86	0	109	35	12	14	37	1.84
60403121--60403182	32	1.9	32	100	0	124	41	19	6	32	1.77
60406504--60406684	53	3.7	52	73	19	190	49	7	2	40	1.45
60406550--60406693	35	4.5	34	70	18	110	50	8	2	38	1.44
60406518--60406701	93	2.0	93	96	0	341	49	7	3	39	1.48
60406747--60406803	16	3.6	16	92	0	96	45	5	3	45	1.43
60406777--60406838	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
60408223--60408375	68	2.2	69	81	6	179	62	1	6	29	1.31
60408320--60408427	52	2.1	51	89	5	164	61	0	6	31	1.28
60408247--60408492	117	2.1	118	84	6	320	60	2	7	29	1.36
60408367--60408582	69	3.2	67	86	5	296	62	2	7	27	1.35
60409925--60410273	95	3.7	95	81	6	288	28	21	15	34	1.94
60409966--60410143	50	3.7	48	73	13	141	26	20	16	35	1.94
60410025--60410319	45	6.5	45	75	6	209	30	20	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60410017--60410319	89	3.3	89	86	3	365	29	20	15	34	1.94
60410906--60410943	4	9.5	4	83	11	51	21	2	2	73	1.07
60410909--60410964	12	4.7	12	74	14	53	21	5	5	67	1.31
60410896--60410954	24	2.4	24	86	11	84	18	5	6	69	1.30
60410911--60410964	24	2.2	24	86	0	72	20	5	5	68	1.30
60410918--60410971	20	2.9	19	81	13	69	18	5	7	68	1.33
60411046--60411083	15	2.5	16	83	12	53	15	10	2	71	1.25
60411133--60411171	15	2.6	15	83	0	51	25	7	5	61	1.44
60411115--60411165	21	2.5	20	81	15	59	23	7	7	60	1.50
60416773--60416824	16	3.2	16	83	2	68	38	3	0	57	1.17
60416783--60416833	27	2.0	25	84	7	66	35	1	0	62	1.06
60436310--60436376	31	2.2	28	82	15	73	53	5	11	28	1.61
60436543--60436588	16	2.9	16	80	0	56	36	6	0	56	1.25
60437025--60437211	77	2.4	77	77	3	189	50	18	9	21	1.74
60438439--60438481	23	2.0	23	86	9	63	55	2	0	41	1.12
60443213--60443255	19	2.3	19	84	8	52	46	13	11	27	1.78
60447387--60447424	19	2.0	19	89	0	58	36	23	10	28	1.88
60452883--60452926	21	2.0	23	86	8	65	70	4	0	25	1.06
60460955--60460995	20	2.0	21	86	13	59	53	0	0	46	1.00
60461009--60461063	25	2.2	24	84	12	67	58	0	0	41	0.98
60462503--60462543	22	1.9	21	85	5	55	51	17	2	29	1.58
60463613--60463646	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60466442--60466482	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
60468388--60468421	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
60474353--60474486	40	3.4	39	81	6	153	35	19	20	24	1.95
60474368--60474506	40	3.5	40	80	7	158	40	19	19	20	1.92
60474945--60474981	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
60475030--60475062	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
60475198--60475252	7	8.0	7	81	4	67	16	0	50	32	1.45
60475893--60476166	143	1.9	141	84	7	363	41	15	12	30	1.84
60479048--60479090	13	3.3	13	80	0	50	55	4	2	37	1.33
60480576--60480786	43	4.9	44	78	3	187	26	18	26	28	1.98
60482064--60482093	13	2.4	12	89	10	51	30	3	23	43	1.70
60483397--60483516	37	3.2	37	67	13	100	35	5	20	38	1.75
60483380--60483543	76	2.1	76	83	6	206	35	6	20	37	1.79
60483738--60483832	41	2.3	41	90	0	154	30	21	22	26	1.98
60484546--60484688	71	2.0	71	100	0	286	33	6	18	41	1.77
60485652--60485691	17	2.4	17	95	0	71	47	5	5	42	1.47
60491011--60491277	43	6.2	43	86	3	308	28	26	19	26	1.99
60491014--60491269	129	2.0	129	85	5	347	28	25	19	27	1.98
60491442--60491471	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
60494191--60494224	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
60497019--60497059	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
60498953--60498986	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60501149--60501269	43	2.8	45	79	10	110	42	39	0	17	1.49
60501178--60501212	14	2.5	14	95	0	61	42	48	0	8	1.33
60501646--60502003	41	8.8	40	82	4	396	33	27	20	17	1.96
60501646--60502003	82	4.4	82	86	3	463	33	27	20	17	1.96
60504400--60504433	16	2.1	17	94	5	61	29	5	11	52	1.61
60519876--60519927	26	2.0	26	100	0	104	34	0	23	42	1.54
60524297--60524472	87	2.0	85	83	2	217	29	13	14	42	1.84
60529147--60529197	25	2.1	25	88	3	77	56	1	1	39	1.22
60529387--60529437	21	2.4	21	80	0	66	39	25	0	35	1.56
60540154--60540219	34	1.9	35	93	3	116	18	12	28	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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