genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29692024--29692098	30	2.6	28	75	10	57	37	10	1	50	1.46
29691844--29692172	158	2.1	157	82	5	396	36	9	2	52	1.45
29691827--29692198	158	2.4	155	80	9	375	35	9	2	52	1.45
29696290--29696328	17	2.3	17	95	0	69	38	0	12	48	1.42
29703552--29703579	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
29704939--29705085	76	1.9	76	82	5	181	29	22	14	32	1.94
29715808--29716013	76	2.7	76	74	0	169	24	20	20	34	1.96
29719893--29719922	14	2.1	15	93	6	53	23	0	0	76	0.78
29727613--29727647	17	2.1	17	88	0	52	20	28	37	14	1.91
29731115--29731207	46	2.0	46	97	0	177	35	20	10	33	1.87
29731250--29731362	10	12.1	9	73	15	52	64	7	0	28	1.19
29731261--29731304	17	2.5	17	88	3	61	68	9	0	22	1.18
29731265--29731371	38	2.8	39	83	12	127	67	5	0	27	1.13
29731280--29731372	19	4.8	20	75	21	74	66	4	0	29	1.10
29731273--29731371	29	3.4	29	79	16	100	67	5	0	27	1.11
29731265--29731371	10	11.3	9	76	15	92	67	5	0	27	1.13
29731299--29731373	18	3.9	18	80	16	89	64	4	0	32	1.12
29732084--29732135	20	2.7	19	84	3	68	25	0	15	59	1.36
29732085--29732128	10	4.4	10	80	11	54	22	0	13	63	1.29
29732166--29732210	19	2.2	20	88	7	65	31	2	6	60	1.35
29732163--29732210	21	2.4	21	86	6	73	31	2	6	60	1.33
29734477--29734531	26	2.1	26	82	0	65	41	12	20	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29734760--29734799	17	2.3	18	91	4	64	45	0	0	55	0.99
29734789--29734843	19	2.9	19	82	15	69	38	0	3	58	1.16
29734802--29734849	19	2.3	22	79	17	57	35	0	2	62	1.07
29740912--29740964	7	7.4	7	81	14	56	73	13	0	13	1.10
29740920--29740965	19	2.2	20	85	11	58	71	13	0	15	1.14
29740984--29741016	12	2.8	12	90	4	50	84	0	15	0	0.61
29740983--29741017	19	1.9	17	88	11	52	82	0	17	0	0.66
29742283--29742446	88	1.9	88	88	2	249	28	18	25	27	1.98
29742796--29743181	50	7.7	50	67	1	225	29	19	25	25	1.99
29742462--29742879	167	2.5	167	84	1	561	26	18	27	27	1.98
29742802--29743204	100	4.0	100	87	2	549	29	20	24	25	1.99
29744891--29744936	10	4.7	10	91	2	67	21	2	4	71	1.14
29764992--29765077	40	2.2	40	89	0	127	32	12	18	36	1.89
29769577--29769676	27	3.7	27	90	0	137	34	10	29	27	1.89
29771116--29771177	30	2.1	30	93	0	106	35	9	16	38	1.81
29780786--29780842	29	1.9	30	83	16	75	14	15	42	28	1.86
29786777--29786811	16	2.1	17	89	5	54	51	11	5	31	1.61
29786776--29786819	17	2.6	17	80	16	56	47	11	4	36	1.60
29798256--29798407	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
29798324--29798690	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
29798367--29798684	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
29798324--29798676	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29798324--29798690	98	3.7	97	85	9	501	28	22	14	34	1.93
29800798--29800883	44	1.9	44	90	6	138	31	3	26	38	1.73
29800994--29801081	20	4.5	20	72	20	78	55	0	1	43	1.07
29800994--29801127	57	2.3	56	83	7	153	51	2	1	44	1.26
29801694--29801789	47	2.0	47	95	0	174	46	5	2	45	1.37
29802814--29802839	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
29815972--29816008	3	12.3	3	100	0	74	64	0	35	0	0.94
29821443--29821648	45	4.6	45	91	5	330	28	22	15	33	1.94
29821443--29821648	91	2.3	90	92	4	337	28	22	15	33	1.94
29823494--29823535	21	2.0	21	85	0	57	45	9	7	38	1.64
29846092--29846495	166	2.5	168	89	4	639	23	20	23	32	1.98
29846070--29846495	206	2.1	206	87	6	605	23	19	23	33	1.97
29846092--29846491	40	9.8	40	83	9	484	23	20	23	32	1.98
29846480--29846664	44	4.2	44	68	5	131	28	24	19	27	1.98
29846460--29846766	132	2.3	132	94	0	533	27	25	19	28	1.98
29846575--29846753	44	4.1	44	67	13	125	26	26	19	27	1.99
29846763--29847788	88	11.7	88	84	1	1139	24	22	24	28	1.99
29846763--29847605	44	19.1	45	65	16	219	24	22	24	28	1.99
29848254--29848449	108	1.8	108	86	2	286	46	11	16	25	1.80
29848415--29848515	45	2.3	43	80	10	112	52	8	12	25	1.68
29848786--29848827	19	2.3	18	84	12	50	2	14	2	80	0.90
29864534--29864596	32	2.0	32	100	0	126	47	15	6	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29866073--29866107	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
29866866--29866900	18	1.9	18	88	0	52	42	0	2	54	1.15
29867348--29867384	19	1.9	19	88	0	56	10	5	10	72	1.25
29867722--29867778	23	2.5	23	75	11	62	57	19	3	19	1.54
29871302--29871360	21	2.7	21	84	5	73	54	5	11	28	1.58
29878236--29878659	211	2.0	211	97	0	803	34	16	16	32	1.92
29888263--29888401	32	4.4	32	84	0	163	39	21	18	20	1.92
29888583--29888625	11	3.7	11	76	11	50	51	27	6	13	1.67
29888573--29888630	24	2.4	24	94	0	98	48	25	6	18	1.73
29888699--29888733	17	2.1	17	100	0	70	17	22	11	48	1.79
29888676--29888759	43	1.9	44	85	2	116	20	17	17	44	1.88
29888722--29888866	27	5.4	26	86	7	141	24	21	16	37	1.94
29888650--29888786	70	2.0	69	81	4	159	21	20	18	39	1.93
29888764--29889160	81	4.9	81	85	1	485	24	18	18	38	1.92
29888804--29889150	27	12.9	27	86	3	457	24	18	18	38	1.92
29888764--29889160	27	14.7	27	85	5	423	24	18	18	38	1.92
29892787--29893109	43	7.5	43	86	0	423	25	33	17	23	1.96
29893052--29893142	42	2.2	42	82	7	105	34	25	14	26	1.94
29896779--29896809	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
29897362--29897386	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
29897378--29897437	19	3.3	19	71	17	63	55	18	3	23	1.58
29897777--29897824	25	1.9	25	95	0	87	52	16	8	22	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29897845--29897895	22	2.2	22	83	13	59	33	5	5	54	1.48
29899062--29899105	20	2.1	21	91	4	72	47	25	0	27	1.52
29899413--29899575	41	3.9	41	84	3	182	30	22	19	27	1.98
29899413--29899574	83	1.9	84	81	5	193	30	22	19	27	1.98
29905435--29905492	25	2.3	25	87	0	80	22	12	22	43	1.86
29906619--29906655	18	2.0	19	85	15	51	40	5	8	45	1.56
29914594--29914629	18	2.0	18	94	0	63	52	5	0	41	1.24
29918479--29918528	25	2.0	25	92	0	82	22	14	24	40	1.90
29926959--29927281	29	11.1	29	73	7	199	23	26	11	38	1.89
29927061--29927315	58	4.4	58	78	5	194	23	27	10	38	1.88
29927029--29927246	87	2.5	87	84	4	280	23	27	10	38	1.87
29928344--29928368	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
29935199--29935277	40	2.0	40	84	0	104	20	26	30	22	1.98
29935421--29935518	51	1.9	51	87	4	144	27	24	2	45	1.64
29935525--29935556	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
29937573--29937891	126	2.5	126	94	0	557	27	20	19	33	1.96
29957295--29957336	20	2.1	20	86	0	57	42	7	33	16	1.75
29966250--29966278	14	2.1	14	93	6	51	75	24	0	0	0.80
29966732--29966772	8	5.0	8	85	5	55	80	4	2	12	0.97
29966715--29966778	25	2.6	25	76	0	74	76	4	1	17	1.03
29972117--29972267	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
29972187--29972406	104	2.1	103	92	3	363	31	31	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29973462--29973490	14	2.0	15	93	6	51	44	13	13	27	1.82
29979627--29979777	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
29979697--29979919	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
29980248--29980311	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
29980255--29980311	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
29984329--29984393	27	2.4	27	84	0	76	20	20	23	36	1.95
29991925--29991970	23	2.0	23	84	12	60	30	2	0	67	1.03
29993181--29993244	24	2.6	24	82	7	67	57	0	1	40	1.08
29993356--29993394	17	2.3	16	83	12	51	38	0	2	58	1.12
29993303--29993399	27	3.6	27	71	22	69	42	1	1	55	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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