genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  86  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27061494--27061524	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
27061494--27061528	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
27067344--27067460	51	2.3	52	86	5	168	12	17	39	30	1.87
27072353--27072408	17	3.3	17	78	9	60	19	1	10	67	1.29
27075013--27075090	23	3.4	23	72	8	70	52	28	0	19	1.46
27075415--27075445	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
27084540--27084704	50	3.3	50	86	0	231	23	15	26	35	1.94
27084620--27084701	25	3.3	24	70	13	67	20	14	28	36	1.92
27088731--27088830	42	2.4	42	81	0	128	21	28	23	28	1.99
27101539--27101759	27	8.2	27	86	2	293	42	19	16	21	1.89
27101950--27102004	26	2.1	26	82	0	65	27	20	18	34	1.95
27102070--27102157	28	3.2	27	76	7	79	21	21	23	32	1.98
27103676--27103724	25	2.0	25	100	0	98	38	16	8	36	1.78
27129915--27129964	26	1.9	26	84	8	66	8	14	0	78	0.97
27129948--27129988	14	2.9	14	85	0	55	4	17	0	78	0.93
27135972--27136040	19	3.6	19	80	2	66	36	24	20	18	1.95
27135993--27136038	20	2.4	19	88	3	65	36	26	19	17	1.94
27137530--27138429	297	3.1	288	77	8	829	37	11	14	36	1.82
27141115--27141165	24	2.1	24	85	0	66	45	17	17	19	1.86
27141235--27141294	26	2.3	25	80	8	66	43	20	21	15	1.88
27143652--27143727	26	2.9	26	84	0	98	35	22	25	17	1.95
27143902--27144235	27	12.5	26	76	13	242	17	19	19	44	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27143890--27144235	54	6.5	53	80	8	360	18	18	19	43	1.89
27143903--27144235	80	4.1	81	83	5	390	17	19	19	44	1.87
27143900--27144235	107	3.1	108	82	4	428	17	19	19	43	1.88
27149756--27149794	17	2.3	17	100	0	78	53	7	5	33	1.51
27151415--27151465	24	2.1	24	92	0	84	33	19	27	19	1.96
27156520--27156604	37	2.3	38	87	2	127	37	22	9	30	1.86
27160163--27160227	25	2.5	26	90	9	98	49	7	16	26	1.73
27160330--27160388	18	3.2	18	79	13	66	38	1	6	52	1.38
27165626--27165742	21	5.3	23	73	10	100	40	0	4	55	1.19
27165665--27165742	21	3.5	22	84	10	106	41	0	1	57	1.07
27165807--27165880	31	2.4	32	72	21	77	41	1	1	55	1.17
27165836--27165867	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
27170022--27170076	21	2.6	21	85	0	83	32	1	0	65	1.03
27170078--27170139	20	3.0	20	86	11	81	45	8	1	45	1.42
27170240--27170304	20	3.2	19	84	10	67	63	1	0	35	1.04
27170358--27170448	19	4.9	18	78	17	98	62	0	1	36	1.02
27170376--27170452	34	2.3	32	84	6	100	61	0	2	36	1.10
27170517--27170575	23	2.4	24	86	8	75	72	3	5	18	1.17
27173313--27173339	10	2.7	10	100	0	54	81	0	18	0	0.69
27173446--27173477	15	2.2	14	94	5	55	75	0	3	21	0.95
27176316--27176406	23	4.0	23	80	8	98	20	21	20	36	1.95
27183935--27184047	53	2.1	54	81	4	131	23	29	0	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27185232--27185265	12	2.8	12	86	0	50	50	17	17	14	1.79
27189811--27189981	73	2.4	71	89	2	243	25	22	25	26	2.00
27189881--27190303	114	3.7	113	91	1	650	25	21	27	25	1.99
27190312--27190390	41	1.9	41	92	5	133	16	18	36	27	1.93
27190638--27190668	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
27190923--27190954	15	2.1	15	94	0	55	31	0	28	40	1.57
27190993--27191021	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
27191547--27191584	18	2.1	18	90	0	58	73	0	2	23	0.95
27191558--27191593	18	1.9	18	88	5	54	72	5	2	19	1.17
27194142--27194184	22	2.0	22	95	0	77	27	13	18	39	1.89
27194762--27194803	19	2.2	19	83	8	50	42	4	0	52	1.22
27194937--27194970	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
27194961--27195131	9	19.2	9	68	15	88	46	21	3	28	1.68
27194979--27195113	63	2.2	63	90	4	193	46	22	3	27	1.68
27194980--27195134	34	4.8	33	74	13	142	46	21	3	28	1.67
27195121--27195163	16	2.6	17	78	10	54	48	13	0	37	1.43
27197291--27197518	43	5.3	43	88	2	350	21	17	33	27	1.96
27198650--27198707	29	2.0	30	82	3	73	22	36	24	17	1.95
27199776--27199823	25	1.9	25	82	0	60	22	6	2	68	1.23
27207538--27207574	8	4.6	8	96	0	65	86	0	2	10	0.67
27209210--27209241	15	2.1	16	94	5	57	43	9	6	40	1.62
27212140--27212177	20	2.1	18	85	14	51	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27212795--27213053	40	6.5	40	87	0	356	18	30	16	34	1.93
27212886--27213127	20	12.1	20	70	6	87	16	29	17	35	1.93
27212796--27213120	40	8.1	40	85	2	330	18	30	16	34	1.93
27212793--27213103	80	3.9	80	84	3	367	18	30	16	34	1.93
27218712--27218762	17	2.8	17	85	11	66	80	3	1	13	0.94
27218712--27218762	6	8.5	6	81	14	61	80	3	1	13	0.94
27230283--27230336	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
27230379--27230443	32	2.0	32	100	0	130	50	18	0	30	1.47
27233270--27233307	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
27233604--27233675	31	2.4	29	77	13	74	38	12	12	36	1.81
27233841--27233884	16	2.7	17	82	10	56	22	4	29	43	1.73
27234094--27234118	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
27236962--27237005	20	2.2	20	95	0	79	36	20	20	22	1.95
27263223--27263323	24	4.2	24	78	3	87	13	27	24	33	1.94
27265405--27265458	10	5.6	10	72	14	51	31	1	0	66	1.02
27267006--27267055	4	12.5	4	100	0	100	50	24	0	26	1.50
27269527--27269612	37	2.3	37	100	0	172	25	10	22	41	1.85
27269936--27269994	28	2.1	28	100	0	118	30	15	10	44	1.79
27272877--27272911	18	2.0	17	88	5	52	40	2	22	34	1.69
27273263--27273323	26	2.3	26	85	2	77	37	14	19	27	1.91
27279616--27279643	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
27293290--27293322	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27293449--27293492	11	4.1	11	88	11	65	50	0	0	50	1.00
27298774--27299153	193	2.0	193	94	0	670	33	19	8	38	1.83
27299793--27299888	23	4.2	23	84	5	131	30	26	20	22	1.99
27300114--27300152	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27304238--27304270	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
27307781--27307806	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
27311236--27311302	34	1.9	35	84	3	91	44	13	8	32	1.75
27334476--27334578	28	3.9	27	71	12	88	40	12	0	45	1.49
27334466--27334569	51	2.0	51	96	0	190	37	10	0	50	1.43
27334816--27334860	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
27338643--27338670	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
27345530--27345601	27	2.7	27	88	0	99	30	31	19	18	1.95
27355299--27355340	15	2.6	17	75	17	54	23	7	9	59	1.53
27356970--27357019	15	3.2	15	80	8	64	20	6	4	70	1.25
27365883--27365923	21	1.9	22	85	5	57	51	14	14	19	1.77
27375336--27375374	18	2.1	19	85	4	53	10	10	2	76	1.10
27396282--27396371	29	2.9	31	74	14	80	43	21	13	22	1.87
27407993--27408277	140	2.0	141	92	0	473	37	12	15	34	1.86
27413206--27413327	43	2.9	41	81	4	145	26	18	25	30	1.98
27415108--27415171	26	2.4	27	86	5	85	23	18	21	35	1.95
27415132--27415364	29	8.1	28	73	9	150	24	13	23	39	1.90
27415128--27415287	59	2.8	57	82	9	189	26	13	21	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27415148--27415398	57	4.4	58	75	5	208	24	13	22	39	1.90
27420061--27420219	60	2.7	60	79	2	158	44	3	10	41	1.57
27424163--27424226	23	2.8	24	83	7	78	43	0	9	46	1.35
27425070--27425127	22	2.6	23	81	8	66	24	1	1	72	1.03
27425758--27425791	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
27432276--27432327	23	2.3	23	93	0	86	36	1	13	48	1.54
27432286--27432327	13	3.5	13	75	18	54	38	0	14	47	1.44
27433817--27433849	17	1.9	17	93	0	57	72	6	0	21	1.05
27434398--27434432	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
27434449--27434527	24	3.5	24	73	16	62	36	0	10	53	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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