genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19475378--19475411	16	2.1	16	88	0	50	17	5	5	70	1.28
19480330--19480380	24	2.1	24	88	0	75	74	11	5	7	1.21
19481537--19481565	12	2.4	12	100	0	58	34	6	0	58	1.25
19481549--19481586	19	2.0	19	89	0	58	36	2	0	60	1.11
19511768--19511801	16	2.1	16	94	0	59	44	2	5	47	1.42
19513461--19516556	773	4.0	772	91	1	4903	31	17	19	31	1.95
19519808--19520031	43	5.2	43	84	3	274	27	29	17	25	1.97
19519789--19520052	43	6.2	42	82	3	251	28	29	17	25	1.97
19524205--19524236	14	2.2	15	94	5	57	37	31	0	31	1.58
19524286--19524322	14	2.6	14	91	0	56	45	27	0	27	1.54
19524637--19524715	41	1.9	41	82	5	97	27	27	17	26	1.98
19537594--19537658	23	2.8	24	78	19	66	63	1	1	33	1.13
19538829--19538853	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
19539168--19539251	28	3.2	28	68	22	90	38	9	11	40	1.75
19539192--19539270	23	3.2	23	68	22	70	34	12	12	40	1.81
19539168--19539275	51	2.1	51	98	0	207	37	11	12	38	1.78
19541092--19541155	27	2.3	27	83	8	74	67	3	3	26	1.21
19542118--19542163	24	2.0	23	83	12	58	8	6	28	56	1.54
19542589--19542622	17	2.0	17	100	0	68	35	17	0	47	1.48
19543519--19543590	21	3.4	21	67	7	56	44	16	25	13	1.85
19543500--19543632	42	3.2	42	78	0	113	45	15	23	15	1.84
19547038--19547076	20	1.9	21	84	5	53	33	2	2	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19547062--19547141	9	8.6	9	71	16	56	30	1	3	65	1.18
19547073--19547145	18	3.9	18	74	13	67	28	1	4	65	1.19
19547047--19547141	47	2.0	47	84	8	122	29	2	4	64	1.24
19547196--19547241	19	2.3	21	85	7	60	32	0	0	67	0.91
19548593--19548619	14	1.9	14	100	0	54	29	29	0	40	1.57
19549626--19549759	63	2.1	63	85	0	178	35	31	5	26	1.81
19552477--19552672	104	1.9	104	90	2	313	33	20	10	36	1.86
19555559--19555620	18	3.5	18	68	12	56	54	1	8	35	1.39
19556324--19556362	21	2.0	20	85	10	53	51	2	5	41	1.38
19559872--19559957	43	2.0	43	95	0	154	29	13	13	43	1.83
19563042--19563100	26	2.2	26	82	11	66	57	1	1	38	1.19
19566824--19566867	21	2.0	22	87	12	65	45	0	0	54	0.99
19569588--19569618	15	2.1	15	93	0	53	12	19	9	58	1.62
19569492--19569609	61	2.0	60	94	1	200	28	18	9	43	1.81
19569527--19569671	76	1.9	76	98	0	281	26	17	11	45	1.81
19570636--19570719	44	1.9	44	100	0	168	38	14	5	41	1.70
19570646--19570716	22	3.2	22	63	21	58	38	15	5	40	1.71
19576587--19576629	21	2.0	21	90	0	68	41	0	18	39	1.51
19576949--19577045	24	4.0	23	72	6	77	17	26	17	38	1.92
19577209--19577268	24	2.5	24	97	0	102	16	26	21	35	1.95
19577225--19577309	24	3.6	23	83	15	93	16	28	20	35	1.94
19577249--19577366	25	4.8	25	76	9	82	19	27	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19606971--19607039	31	2.2	31	82	5	77	44	11	7	36	1.68
19607280--19607437	87	1.8	85	86	6	230	41	20	10	27	1.85
19607470--19607506	19	1.9	19	89	10	58	48	0	5	45	1.25
19607489--19607533	20	2.2	21	84	4	56	55	0	4	40	1.20
19607726--19607815	19	4.7	18	72	20	60	30	7	1	61	1.31
19607764--19607864	49	2.2	46	79	12	107	33	3	1	60	1.26
19613721--19613868	38	3.8	38	81	3	136	44	10	9	35	1.71
19616618--19616654	19	1.9	19	100	0	74	18	16	21	43	1.88
19617645--19617772	39	3.3	38	76	15	129	44	9	9	36	1.69
19617628--19617784	38	4.1	38	79	8	149	45	9	10	35	1.71
19620282--19620352	10	7.4	9	73	14	54	30	4	1	63	1.22
19620303--19620361	9	6.4	9	77	13	50	28	1	3	66	1.18
19644831--19644882	3	17.0	3	88	4	77	65	5	0	28	1.16
19645022--19645071	17	3.1	17	75	16	52	60	8	2	30	1.37
19645464--19645600	45	3.0	45	81	14	147	53	2	5	38	1.38
19645470--19645569	23	4.4	22	76	17	82	55	1	4	40	1.26
19645491--19645600	46	2.5	44	82	12	127	54	3	3	38	1.36
19648384--19648434	18	2.7	19	76	8	52	70	1	1	25	1.08
19656849--19656983	61	2.2	63	85	2	175	50	9	22	17	1.75
19656905--19656962	29	2.0	30	93	3	100	60	6	15	17	1.56
19658878--19658925	23	2.1	23	88	0	69	20	8	12	58	1.60
19659650--19660022	187	2.0	187	97	0	710	28	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19661444--19661469	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
19661587--19661643	25	2.3	24	75	3	60	31	17	26	24	1.97
19661633--19661687	25	2.2	24	84	12	76	32	20	32	14	1.92
19661808--19661865	24	2.4	25	82	2	64	36	18	25	18	1.95
19661819--19661865	25	1.9	24	86	4	67	42	17	21	19	1.89
19661862--19661912	25	2.1	24	82	10	59	27	15	29	27	1.96
19668242--19668768	262	2.0	262	98	0	1018	36	16	12	33	1.87
19672665--19672710	20	2.3	20	88	0	65	28	26	32	13	1.93
19675765--19675869	45	2.4	44	82	6	115	28	23	6	40	1.80
19680399--19680445	25	1.9	24	82	4	58	55	14	2	27	1.51
19680642--19680667	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
19695363--19695440	23	3.2	23	83	12	95	43	1	2	52	1.23
19695467--19695650	93	2.0	93	97	0	350	39	4	7	48	1.53
19696608--19696656	26	1.9	25	83	4	62	36	0	10	53	1.35
19703541--19703610	36	1.9	37	85	8	99	22	17	24	35	1.95
19706548--19706620	25	2.9	25	95	2	128	34	20	8	36	1.83
19708211--19708391	75	2.4	75	81	8	201	43	9	6	40	1.63
19709675--19709729	29	1.9	29	85	10	78	21	9	18	50	1.74
19709855--19709908	17	3.3	17	73	17	51	57	1	0	40	1.09
19709846--19709930	25	3.1	25	71	19	71	55	1	1	42	1.15
19709850--19709891	15	2.8	15	78	10	50	50	0	0	50	1.00
19709831--19709910	32	2.4	33	83	8	101	55	1	1	42	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19709966--19710057	42	2.1	44	84	11	120	41	0	3	55	1.16
19710716--19710742	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
19711140--19711228	40	2.2	39	82	7	99	19	28	30	22	1.98
19711251--19711799	249	2.2	251	92	1	904	30	17	22	28	1.97
19711251--19711813	125	4.5	125	91	0	894	30	17	22	29	1.96
19714912--19715050	22	6.5	21	71	23	69	20	0	34	44	1.52
19714948--19714980	15	2.2	15	89	10	50	12	0	36	51	1.39
19714985--19715050	22	3.0	22	93	0	114	24	0	31	43	1.54
19716274--19716299	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
19716468--19716505	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
19717488--19717553	11	5.9	11	73	22	50	43	1	30	24	1.63
19717490--19717543	22	2.5	22	77	19	60	44	1	29	24	1.64
19719173--19719222	23	2.2	23	85	7	66	72	2	0	26	0.96
19720600--19720693	48	2.0	48	89	4	145	40	25	14	19	1.90
19721318--19721359	17	2.5	17	85	11	59	83	2	0	14	0.75
19721318--19721364	17	2.9	16	84	6	58	80	4	0	14	0.85
19721318--19721358	22	1.9	21	90	5	64	82	2	0	14	0.76
19727036--19727097	19	3.3	19	65	17	56	64	1	12	20	1.36
19727030--19727104	38	2.0	38	100	0	150	64	1	10	24	1.33
19727394--19727430	9	4.1	9	85	0	56	40	0	5	54	1.24
19731890--19731948	23	2.6	23	91	0	91	20	27	20	32	1.97
19738670--19738739	32	2.4	27	81	13	79	32	0	14	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19738668--19738731	32	2.0	32	96	0	119	32	0	15	51	1.44
19739031--19739105	19	3.7	19	75	12	69	70	2	2	24	1.13
19739074--19739107	9	3.9	9	84	7	52	79	0	0	20	0.73
19739060--19739105	19	2.4	18	89	10	74	76	2	0	21	0.90
19739030--19739126	32	3.1	32	72	20	96	68	2	3	26	1.16
19739031--19739129	21	4.7	21	68	10	60	67	2	3	27	1.16
19739399--19739461	26	2.5	25	77	15	58	57	0	7	34	1.28
19739399--19739461	25	2.5	26	79	10	67	57	0	7	34	1.28
19739510--19739547	19	2.0	20	89	5	60	57	2	2	36	1.26
19739726--19739800	20	3.9	20	71	15	68	26	2	1	69	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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