genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7396726--7396757	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
7409495--7409620	63	2.0	63	92	0	207	35	15	12	35	1.86
7410000--7410105	53	2.0	53	96	1	196	50	16	6	25	1.69
7411451--7411490	16	2.5	16	87	0	62	25	27	10	37	1.88
7414751--7414778	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
7417325--7417417	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
7417593--7417637	22	2.0	24	82	8	58	37	22	0	40	1.54
7417587--7417637	23	2.2	23	82	10	59	37	21	0	41	1.54
7418521--7418560	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
7418691--7418758	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
7418737--7418775	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
7423412--7423441	13	2.3	13	100	0	60	56	0	0	43	0.99
7423937--7424021	19	4.3	20	79	15	88	38	2	4	54	1.34
7424522--7424809	125	2.3	125	90	2	454	31	19	20	28	1.97
7428285--7428430	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
7428394--7428760	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
7428437--7428754	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
7428394--7428746	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
7428394--7428760	98	3.7	97	85	9	501	28	22	14	34	1.93
7430984--7431104	49	2.5	49	93	0	197	44	9	3	42	1.52
7433392--7433437	11	4.2	11	83	8	58	47	0	26	26	1.52
7440106--7440270	61	2.7	61	94	0	276	44	10	4	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7440157--7440253	31	3.2	31	68	8	90	44	12	3	40	1.58
7440635--7440763	61	2.1	60	80	5	143	40	4	13	41	1.66
7441477--7441642	83	2.0	83	97	0	314	31	16	18	33	1.94
7471326--7471359	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
7475958--7475991	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
7476691--7476727	18	2.0	20	84	10	51	51	5	2	40	1.39
7476713--7476770	31	1.9	30	85	3	80	53	1	1	43	1.21
7477098--7477144	24	2.0	24	84	8	62	25	14	10	48	1.76
7484348--7484395	18	2.7	18	93	0	78	41	16	12	29	1.85
7490265--7490296	15	2.1	15	94	0	55	25	12	9	53	1.68
7491930--7491960	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
7495822--7495886	24	2.7	25	83	11	82	35	18	26	20	1.95
7495909--7495977	26	2.7	26	84	2	95	34	26	21	17	1.95
7495901--7495992	26	3.6	26	76	12	91	33	25	22	18	1.97
7496039--7496120	24	3.4	24	68	9	58	31	18	29	20	1.96
7498344--7498483	46	3.0	46	90	0	217	30	25	7	35	1.85
7503055--7503079	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7512489--7512523	3	11.3	3	93	6	61	31	0	0	68	0.90
7512489--7512520	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7512899--7512933	12	2.9	12	82	0	52	45	17	0	37	1.48
7513021--7513065	21	2.1	21	83	0	54	37	6	6	48	1.56
7516145--7516175	11	2.8	11	95	0	53	58	0	3	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7517849--7517889	21	1.9	22	90	5	66	53	2	0	43	1.13
7517858--7517892	18	1.9	18	88	11	54	51	2	0	45	1.16
7518630--7518693	30	2.2	29	82	2	74	34	12	3	50	1.56
7520813--7521847	517	2.0	517	100	0	2070	28	15	20	36	1.93
7528374--7528404	15	2.1	15	100	0	62	48	0	12	38	1.42
7534976--7535002	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
7541337--7541387	18	2.8	19	76	8	61	39	3	1	54	1.30
7541328--7541381	28	2.0	28	85	10	76	42	1	1	53	1.22
7541924--7541969	23	2.0	23	86	0	65	13	10	10	65	1.48
7542424--7542469	23	2.0	23	100	0	92	39	21	8	30	1.84
7542956--7542980	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7544286--7544325	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
7544258--7544310	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
7544314--7544467	59	2.4	66	84	14	250	40	4	8	46	1.55
7544336--7544466	59	2.2	59	98	0	253	39	4	9	46	1.56
7544342--7544496	59	2.9	54	90	8	228	41	5	9	43	1.60
7544563--7544614	25	2.0	27	85	11	72	59	1	0	38	1.08
7549163--7549387	91	2.6	85	80	9	229	38	12	8	39	1.75
7549225--7549387	85	1.9	87	85	8	226	38	14	9	38	1.78
7549492--7549560	27	2.6	26	79	6	84	71	0	1	27	0.95
7549745--7549799	10	5.6	10	74	10	51	23	3	0	72	1.00
7549740--7549799	19	3.1	19	78	2	57	26	5	0	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7549747--7549808	28	2.2	29	82	8	74	27	4	1	66	1.21
7549781--7549846	30	2.1	33	83	13	86	30	6	1	62	1.29
7549833--7549874	19	2.2	19	86	0	57	35	2	2	59	1.23
7549833--7549895	10	6.4	10	71	10	58	33	3	3	60	1.28
7549913--7549968	28	1.9	30	92	7	98	35	0	1	62	1.06
7549946--7549984	18	2.2	18	82	17	55	30	0	0	69	0.89
7556523--7556581	23	2.5	24	94	5	102	77	5	0	16	0.93
7557239--7557310	36	2.0	36	97	0	135	18	11	23	47	1.80
7558784--7558983	99	2.1	95	87	6	285	49	18	7	26	1.72
7560894--7561027	62	2.2	62	91	1	216	48	21	7	22	1.75
7561286--7561367	6	13.7	6	92	0	137	64	14	2	18	1.39
7561385--7561438	12	4.6	12	79	4	56	59	9	5	25	1.50
7561394--7561456	29	2.2	29	85	5	83	60	9	6	23	1.51
7561459--7561495	16	2.3	16	95	0	65	48	16	8	27	1.74
7561910--7561952	21	2.1	20	95	4	77	23	25	20	30	1.99
7569272--7569309	19	2.0	19	85	10	51	2	0	28	68	1.03
7591845--7591872	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
7592681--7592770	40	2.2	41	80	3	103	32	7	17	42	1.78
7592973--7593077	45	2.3	45	81	3	131	22	17	17	42	1.88
7595508--7595663	46	3.6	45	78	17	195	35	13	21	29	1.91
7595544--7595616	36	2.0	36	94	0	128	38	15	20	26	1.92
7595508--7595713	82	2.7	82	86	8	283	35	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7595638--7595687	25	2.0	25	100	0	100	40	8	28	24	1.83
7595592--7595725	71	1.9	68	89	4	205	35	14	23	26	1.93
7598857--7598957	45	2.2	45	84	6	125	39	18	18	22	1.92
7599157--7599249	40	2.3	40	81	7	109	40	19	6	33	1.77
7599944--7600007	14	5.0	14	73	19	68	0	26	0	73	0.84
7599954--7600011	24	2.5	24	94	2	100	0	27	0	72	0.85
7600041--7600069	14	2.1	14	93	6	51	10	13	0	75	1.04
7600235--7600275	20	2.0	20	85	9	55	51	2	0	46	1.14
7602431--7602524	29	3.2	29	74	4	91	29	14	9	45	1.77
7603396--7603430	11	3.2	11	84	15	54	80	2	0	17	0.84
7603667--7603699	8	4.2	8	84	7	50	42	0	0	57	0.98
7603668--7603698	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
7603632--7603699	23	2.7	25	77	20	70	36	4	0	58	1.18
7605163--7605205	12	3.6	12	83	0	50	51	37	9	2	1.47
7605163--7605203	18	2.3	18	91	0	64	53	36	7	2	1.42
7614843--7614891	20	2.4	21	82	6	64	6	4	14	75	1.14
7614858--7614903	22	2.0	23	84	12	60	10	6	6	76	1.16
7624881--7624932	26	2.0	27	84	3	70	63	7	0	28	1.22
7625158--7625416	136	1.9	136	94	0	455	32	18	15	34	1.92
7625888--7625934	11	4.2	11	78	10	51	25	0	2	72	0.96
7625888--7625935	21	2.2	22	89	10	73	27	0	2	70	0.98
7626091--7626154	33	1.9	32	84	12	85	59	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7626128--7626168	18	2.4	17	88	11	66	68	0	0	31	0.90
7626320--7626361	16	2.6	16	88	3	57	66	0	0	33	0.92
7632937--7633017	10	8.1	10	75	13	60	59	2	3	34	1.29
7632930--7633001	29	2.5	29	80	6	76	59	1	4	34	1.25
7632950--7633017	29	2.3	30	80	10	77	61	2	1	33	1.20
7638885--7638929	22	2.1	21	84	12	56	48	2	2	46	1.26
7643486--7643526	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7646799--7646827	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
7672365--7672400	19	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
7676968--7677008	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98

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