genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  56  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18474661--18474955	137	2.2	134	80	7	301	25	13	12	48	1.78
18475443--18475467	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18475916--18476052	62	2.2	61	78	6	159	37	7	8	46	1.63
18487019--18487071	7	8.1	7	78	16	51	45	0	0	54	0.99
18487026--18487084	25	2.3	27	80	11	79	45	0	0	54	0.99
18487069--18487109	21	1.9	22	90	5	66	56	0	2	41	1.13
18506437--18506472	6	6.0	6	93	0	63	47	16	2	33	1.61
18514068--18514238	27	6.3	27	74	8	132	16	24	19	39	1.91
18514039--18514242	108	1.9	108	81	4	250	17	25	18	38	1.92
18514089--18514247	54	2.9	54	76	9	162	16	24	19	38	1.92
18516690--18516832	8	15.1	9	69	21	55	34	6	0	58	1.25
18516708--18516747	18	2.1	20	86	9	57	32	7	0	60	1.25
18516789--18516822	17	1.9	18	94	5	61	29	2	0	67	1.05
18516867--18516946	31	2.6	29	81	15	81	61	7	1	30	1.31
18517810--18517856	15	3.1	15	81	6	51	44	2	2	51	1.25
18527037--18527061	12	2.1	12	100	0	50	24	44	16	16	1.86
18528742--18528778	17	2.2	18	85	9	51	8	24	0	67	1.17
18529645--18529827	91	2.0	91	95	0	330	32	16	10	39	1.83
18532212--18532258	23	2.0	23	87	0	67	55	19	4	21	1.60
18536083--18536526	44	9.8	45	71	15	272	29	22	17	31	1.96
18536035--18536496	44	9.8	50	70	21	242	28	21	17	32	1.96
18536047--18536497	137	3.2	141	96	3	840	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18536362--18536521	87	1.8	88	83	4	216	29	23	16	30	1.96
18564026--18564061	6	6.0	6	93	0	63	47	16	2	33	1.61
18571774--18571848	27	2.8	27	85	0	96	17	25	22	34	1.96
18581109--18581167	29	2.1	27	84	12	75	42	1	10	45	1.48
18589198--18589236	18	2.2	18	85	0	51	23	10	58	7	1.56
18593563--18593594	6	5.3	6	100	0	64	15	0	53	31	1.43
18593606--18593638	6	5.5	6	100	0	66	18	0	30	51	1.46
18595649--18595675	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
18596113--18596140	12	2.3	12	100	0	56	35	25	0	39	1.56
18600377--18600420	22	2.0	22	82	8	54	56	4	2	36	1.32
18604678--18604707	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
18606976--18607039	31	2.1	31	100	0	128	29	18	12	39	1.88
18610990--18611190	95	2.1	97	83	7	246	34	24	16	23	1.96
18623684--18623719	15	2.4	15	95	0	63	61	0	8	30	1.26
18624593--18624647	28	2.0	28	89	7	85	23	49	0	27	1.51
18633646--18633713	29	2.3	29	79	5	82	35	10	14	39	1.80
18635762--18635795	15	2.2	16	89	5	52	35	5	0	58	1.22
18651178--18651222	22	2.1	22	84	12	58	60	4	2	33	1.29
18651710--18651743	11	3.1	11	91	8	52	82	0	17	0	0.67
18660604--18660701	7	13.4	7	71	16	65	21	1	27	50	1.56
18660590--18660701	44	2.6	44	83	7	122	22	0	27	49	1.56
18660616--18660693	22	3.5	22	89	0	129	17	0	30	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18660583--18660649	29	2.3	28	80	7	71	25	1	26	46	1.62
18660616--18660899	66	4.4	66	75	13	252	18	0	26	53	1.49
18660622--18660715	44	2.1	45	84	5	129	20	1	27	51	1.54
18660684--18660899	44	4.9	43	82	5	218	18	0	25	55	1.49
18660704--18660899	88	2.2	89	88	2	297	17	0	25	56	1.45
18660705--18660870	22	7.5	22	79	4	174	17	0	25	56	1.46
18660684--18660899	22	9.7	22	73	11	145	18	0	25	55	1.49
18661496--18661533	18	2.1	18	90	0	58	42	7	28	21	1.81
18663287--18663330	11	3.8	12	80	19	58	43	0	31	25	1.55
18664345--18664379	17	2.1	18	89	10	56	48	0	0	51	1.00
18669909--18669969	17	3.4	17	70	16	59	49	9	0	40	1.36
18671218--18671247	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
18671698--18672102	110	3.7	110	91	1	636	31	16	18	33	1.93
18674924--18674977	19	2.9	19	69	15	51	55	5	3	35	1.41
18675014--18675169	71	2.2	72	85	11	212	37	0	33	28	1.57
18678192--18678221	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18684687--18684855	42	4.0	41	79	3	142	19	22	17	40	1.91
18686606--18686741	38	3.6	38	77	7	132	30	25	17	25	1.97
18686606--18686750	74	2.0	72	85	10	195	31	25	17	25	1.97
18689795--18689877	21	4.0	21	95	0	139	38	19	27	14	1.90
18697798--18697859	21	3.0	21	85	4	72	38	9	30	20	1.85
18697811--18697871	21	2.9	21	87	0	86	37	8	31	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18699181--18699273	48	1.9	48	95	4	170	48	12	3	35	1.58
18703666--18703715	23	2.2	24	82	10	68	38	0	10	52	1.35
18703674--18703717	23	1.9	23	95	0	79	36	0	13	50	1.42
18705947--18706073	43	2.9	43	81	6	157	23	17	27	31	1.97
18708248--18708277	13	2.3	13	94	0	51	40	0	16	43	1.48
18709574--18709700	45	2.8	44	91	3	200	37	18	20	23	1.95
18713555--18713619	26	2.6	25	73	4	58	15	15	26	43	1.86
18714703--18714785	42	2.0	42	85	4	114	19	27	26	26	1.99
18722239--18722268	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
18722520--18722567	19	2.5	20	89	3	71	58	8	0	33	1.28
18722520--18722589	19	3.5	19	80	11	70	58	8	0	32	1.28
18722569--18722618	25	1.9	25	84	8	64	56	2	2	40	1.22
18726462--18726493	17	1.9	17	93	6	57	34	0	0	65	0.93
18728010--18728039	15	1.9	15	93	6	51	63	3	33	0	1.11
18731601--18731654	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
18733173--18733248	9	8.4	9	85	0	98	42	25	7	25	1.81
18733164--18733248	18	4.7	18	89	0	107	43	23	7	25	1.79
18733163--18733248	27	3.2	27	88	0	109	44	23	6	25	1.78
18735181--18735218	20	1.9	20	89	10	60	60	2	0	36	1.11
18741735--18741813	39	2.0	39	95	0	140	46	12	10	30	1.75
18742247--18742277	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
18750122--18750179	31	1.9	31	89	3	91	46	13	8	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18753695--18753739	21	2.1	21	83	0	54	46	2	0	51	1.13
18754064--18754102	19	2.0	19	85	5	51	48	0	5	46	1.24
18755373--18755407	17	2.1	17	89	5	54	25	5	2	65	1.28
18760235--18760368	48	2.8	48	89	0	187	32	14	39	13	1.85
18760795--18760837	20	2.2	20	84	8	54	20	6	6	65	1.41
18762016--18762082	27	2.6	26	79	6	73	38	2	1	56	1.24
18770434--18770474	20	2.0	20	85	0	55	48	7	9	34	1.64
18772291--18772399	34	3.3	34	79	7	100	42	13	12	31	1.82
18772687--18772837	27	5.4	27	74	14	119	55	3	18	21	1.59
18776426--18776472	22	2.1	22	88	0	67	38	6	2	53	1.39
18786471--18786705	117	2.0	117	94	0	416	27	12	19	40	1.87
18792137--18792173	14	2.6	14	100	0	74	62	0	0	37	0.96
18792162--18792215	27	2.0	27	82	7	65	61	1	5	31	1.30
18793272--18793302	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
18796198--18796526	43	7.7	43	78	2	329	31	25	17	26	1.97
18796200--18796483	86	3.3	86	88	1	390	30	25	17	26	1.97
18796169--18796536	129	2.9	129	86	1	461	30	24	16	28	1.96
18796200--18796526	86	3.8	86	86	1	388	31	25	16	26	1.97
18810035--18810079	20	2.2	21	84	4	56	33	0	2	64	1.06
18828883--18828952	36	1.9	36	88	0	104	35	31	4	28	1.77
18831371--18831414	21	2.1	21	83	4	54	15	4	6	72	1.22
18832668--18832734	27	2.5	27	92	0	107	23	28	31	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18832819--18832902	10	8.8	10	73	10	68	64	0	34	1	1.02
18832798--18832960	38	4.5	35	74	16	120	66	0	31	1	1.02
18832874--18832927	18	3.1	18	76	12	51	74	0	25	0	0.83
18832880--18832931	18	2.8	18	75	13	52	75	0	25	0	0.81
18832880--18832961	36	2.2	37	83	10	98	71	0	28	0	0.86
18833653--18833677	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
18833729--18833797	27	2.5	28	93	6	115	40	10	0	49	1.37
18836054--18836082	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
18836326--18836360	14	2.5	14	90	0	61	0	28	0	71	0.86
18836294--18836396	38	2.7	38	83	5	111	0	32	0	66	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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