genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59154172--59154237	26	2.4	27	90	5	98	54	0	0	45	0.99
59154305--59154366	25	2.5	24	73	5	61	72	6	6	14	1.25
59158240--59158292	20	2.6	21	77	16	58	35	22	13	28	1.92
59161485--59161524	20	2.1	19	86	9	55	62	7	0	30	1.23
59161578--59161606	7	4.3	7	95	4	51	72	0	0	27	0.85
59162845--59162941	24	4.2	24	74	24	100	40	0	0	59	0.97
59162868--59162943	9	8.6	9	70	13	59	39	0	0	60	0.97
59162845--59162948	11	9.5	11	70	23	69	40	0	0	59	0.97
59162844--59162945	43	2.4	44	84	14	149	41	0	0	58	0.98
59163135--59163163	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
59168075--59168137	28	2.2	29	80	2	74	55	3	1	39	1.25
59168077--59168131	29	1.9	29	85	3	76	56	1	1	40	1.21
59174227--59174259	17	1.9	17	93	0	57	48	3	6	42	1.43
59182511--59182552	21	2.0	21	95	0	75	45	14	26	14	1.83
59196800--59196840	22	2.0	20	85	9	55	36	0	0	63	0.95
59197310--59197353	22	2.0	21	86	4	61	31	0	0	68	0.90
59198412--59198442	8	3.9	8	91	0	53	48	0	0	51	1.00
59212311--59212347	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
59213369--59213395	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
59223705--59223783	24	3.2	24	74	15	72	21	27	18	31	1.97
59223721--59223798	25	3.2	25	78	12	81	19	26	19	34	1.95
59224776--59224805	7	4.3	7	100	0	60	43	26	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59227071--59227187	22	5.0	22	79	11	92	37	17	23	20	1.94
59227117--59227199	25	3.3	25	91	0	130	36	19	21	22	1.95
59228061--59228100	13	3.2	13	85	7	55	0	30	0	70	0.88
59228211--59228257	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
59231343--59231413	31	2.3	31	78	9	74	26	7	19	46	1.75
59231980--59232065	38	2.3	38	82	8	104	48	2	4	44	1.36
59232092--59232167	25	3.1	23	76	12	71	68	1	25	5	1.18
59232112--59232165	21	2.5	22	85	8	76	66	1	25	5	1.23
59232442--59232477	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
59233054--59233176	40	3.1	40	73	8	126	25	15	23	35	1.94
59233343--59233384	22	2.0	22	85	4	59	45	4	26	23	1.73
59240559--59240605	23	2.0	23	100	0	94	8	21	31	38	1.83
59241609--59241634	7	3.7	7	100	0	52	26	15	46	11	1.80
59250525--59250571	20	2.3	20	74	0	58	46	0	0	53	1.00
59266610--59266647	19	2.0	19	94	0	67	34	15	13	36	1.87
59269948--59270017	27	2.6	27	90	0	95	32	15	17	34	1.91
59278340--59278403	27	2.3	28	81	7	78	48	0	4	46	1.23
59278393--59278427	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
59284790--59284823	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
59284769--59284849	42	1.9	43	85	7	112	45	2	4	46	1.37
59284804--59284865	28	2.2	29	91	5	101	41	3	4	50	1.40
59284817--59284865	14	3.3	16	72	18	52	40	4	6	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59285463--59285495	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
59289141--59289238	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
59289455--59289610	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
59290093--59290140	24	2.1	23	85	11	64	31	14	0	54	1.41
59294882--59294979	33	2.9	33	86	7	117	36	21	10	31	1.87
59295194--59295349	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
59295537--59295565	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
59295844--59295891	24	2.1	23	85	11	64	31	14	0	54	1.41
59301107--59301156	3	16.3	3	91	4	82	68	0	30	2	1.01
59304410--59304486	36	2.2	35	88	4	111	31	7	27	33	1.85
59308492--59308516	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
59310713--59310741	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
59315797--59315835	20	1.9	21	89	5	62	30	20	5	43	1.73
59316744--59316784	17	2.4	17	87	0	64	43	4	0	51	1.23
59326490--59326882	133	3.0	129	79	5	394	21	18	20	39	1.92
59328316--59328355	20	2.0	20	85	0	53	67	0	2	30	1.04
59330781--59330810	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
59331561--59331605	3	15.0	3	80	0	54	0	42	24	33	1.55
59331561--59331605	15	3.0	15	96	0	81	0	42	24	33	1.55
59333106--59333130	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
59334378--59334424	19	2.6	19	83	6	53	38	2	2	57	1.23
59343748--59343804	28	2.0	28	96	0	105	42	12	7	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59353131--59353155	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59360795--59360821	14	1.9	14	100	0	54	44	25	0	29	1.54
59360795--59360868	21	3.5	21	65	7	51	41	28	4	25	1.73
59361878--59361920	19	2.3	19	80	11	54	44	2	0	53	1.13
59361930--59361996	20	3.3	21	72	12	59	34	1	1	62	1.13
59362609--59362655	25	1.9	25	86	4	69	44	4	10	40	1.59
59363087--59363144	29	1.9	31	82	6	75	41	8	5	44	1.57
59364617--59364654	20	1.9	20	88	0	58	15	26	26	31	1.96
59369604--59369644	14	2.8	15	82	17	59	53	2	0	43	1.13
59375967--59376060	28	3.4	28	78	15	90	42	0	2	55	1.12
59376703--59376752	21	2.4	21	80	6	57	64	0	0	36	0.94
59377688--59377723	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
59379308--59379366	20	3.0	19	78	7	64	55	3	0	40	1.16
59381263--59381304	16	2.6	16	85	10	59	59	7	7	26	1.50
59381582--59381617	6	6.0	6	87	12	56	30	0	50	19	1.48
59385056--59385090	17	2.0	18	94	5	63	74	2	0	22	0.95
59402842--59403187	61	5.7	61	90	0	494	28	19	19	32	1.96
59404042--59404080	20	2.0	20	84	0	51	17	20	23	38	1.93
59407710--59407760	14	3.6	14	81	2	57	50	3	0	45	1.20
59410288--59410405	33	3.6	33	98	0	227	15	19	27	37	1.92
59418418--59418454	19	1.9	19	88	0	56	5	27	16	51	1.66
59418406--59418469	21	3.1	21	73	8	69	4	31	15	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59420987--59421048	6	10.2	6	81	10	72	33	1	45	19	1.60
59420987--59421048	13	4.5	13	79	16	72	33	1	45	19	1.60
59421033--59421132	28	3.4	28	70	15	94	32	6	51	11	1.62
59421030--59421221	58	3.3	58	78	13	239	33	4	48	13	1.61
59421168--59421202	15	2.3	15	90	0	52	34	2	54	8	1.46
59421237--59421527	31	9.8	31	83	11	385	50	0	9	39	1.39
59421277--59421528	88	2.9	88	93	4	436	51	0	9	39	1.37
59425091--59425131	21	2.0	21	90	0	64	68	2	0	29	1.03
59425373--59425425	21	2.5	21	90	0	79	30	37	9	22	1.86
59436374--59436448	39	1.9	39	94	0	132	65	1	9	24	1.30
59439225--59439253	12	2.3	13	94	5	51	27	0	17	55	1.42
59440382--59440603	115	1.9	115	93	0	381	40	18	25	16	1.91
59441460--59441751	46	6.5	46	94	2	495	29	22	14	33	1.94
59441460--59441751	90	3.2	92	92	3	495	29	22	14	33	1.94
59441460--59441742	136	2.1	135	95	0	512	30	22	14	32	1.94
59444821--59444884	28	2.4	28	94	5	114	45	9	0	45	1.36
59444945--59444997	27	2.0	27	92	0	88	33	20	32	13	1.91
59445571--59445605	18	1.9	18	88	0	52	40	11	0	48	1.39
59445607--59445727	37	3.3	37	98	0	233	48	0	13	38	1.42
59445680--59446043	92	4.1	92	83	12	539	44	5	9	40	1.60
59445607--59445985	166	2.3	166	99	0	740	45	3	11	39	1.56
59445772--59445893	37	3.3	37	96	0	226	48	0	12	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59445883--59446033	55	3.1	54	64	31	147	40	8	9	41	1.68
59445943--59445977	18	1.9	18	88	0	52	48	0	11	40	1.39
59446638--59446702	28	2.4	28	94	2	114	47	0	10	41	1.38
59452364--59452455	45	2.0	45	97	0	175	28	41	4	26	1.74
59463316--59463363	25	2.0	24	88	12	71	47	2	20	29	1.61
59469624--59469661	16	2.4	16	86	0	58	26	13	13	47	1.79
59469712--59469854	77	1.9	77	85	2	198	15	13	28	42	1.84
59488015--59488057	22	2.0	21	86	13	61	51	2	0	46	1.13
59494369--59494427	30	1.9	31	86	6	84	45	0	0	54	0.99
59496535--59496567	6	5.7	6	96	3	59	0	30	0	69	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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