genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  71  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22717280--22717317	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
22727384--22727418	18	1.9	18	94	0	61	48	0	8	42	1.33
22727483--22727566	25	3.4	25	93	1	134	40	5	29	23	1.78
22727679--22727733	21	2.6	21	76	2	56	14	23	18	43	1.87
22729692--22729748	22	2.6	23	80	8	73	43	19	24	12	1.85
22730750--22730818	5	13.8	5	100	0	138	59	0	0	40	0.97
22735012--22735078	22	3.1	22	85	10	86	35	0	2	61	1.12
22735121--22735167	24	1.9	25	83	12	62	27	2	6	63	1.30
22740643--22740765	42	2.9	42	76	9	124	26	18	24	30	1.98
22740620--22740777	43	3.7	43	74	10	144	25	17	26	29	1.98
22741954--22741995	17	2.6	16	88	7	66	26	0	21	52	1.47
22741954--22742002	18	2.9	17	90	6	73	26	0	20	53	1.46
22742748--22742976	46	5.0	46	96	0	404	34	8	28	28	1.87
22755598--22755652	21	2.6	21	77	11	67	18	5	18	58	1.58
22762007--22762053	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
22765579--22765632	17	3.2	17	78	7	65	64	1	3	29	1.21
22765592--22765648	24	2.3	25	84	6	80	73	0	1	24	0.92
22770065--22770338	43	6.3	43	93	0	449	25	15	25	32	1.95
22773418--22773621	91	2.3	90	82	1	239	34	16	20	28	1.94
22777171--22777225	24	2.3	24	93	0	92	36	20	1	41	1.63
22777544--22777597	28	2.0	27	82	7	65	48	9	1	40	1.46
22778149--22778190	21	2.0	21	90	0	66	30	16	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22778136--22778271	44	3.1	43	71	14	125	36	15	20	27	1.93
22778060--22778346	87	3.3	87	85	0	340	34	15	21	28	1.94
22778436--22778563	38	3.4	38	83	2	168	35	17	17	28	1.93
22778849--22778873	12	2.1	12	100	0	50	0	32	32	36	1.58
22780265--22780326	29	2.1	29	96	0	115	48	16	4	30	1.67
22790786--22791024	72	3.3	72	92	1	392	55	15	5	23	1.62
22798068--22798231	48	3.6	47	65	20	112	31	20	14	33	1.93
22798086--22798297	91	2.3	91	83	1	264	31	23	15	30	1.95
22804910--22805118	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
22805046--22805093	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
22805268--22805312	15	2.8	16	83	10	56	48	0	0	51	1.00
22805269--22805309	16	2.6	16	88	7	57	46	0	0	53	1.00
22805243--22805559	157	2.0	157	96	0	580	47	5	2	44	1.39
22805412--22805446	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22807952--22808139	95	2.0	95	93	0	322	24	17	26	32	1.96
22824204--22824251	24	2.0	25	83	4	62	25	8	2	64	1.32
22825237--22825305	32	2.2	32	84	2	86	26	5	14	53	1.63
22826766--22826816	21	2.5	21	83	3	59	66	1	3	27	1.20
22835370--22835429	19	3.3	19	68	13	63	33	6	16	43	1.74
22835348--22835430	35	2.3	36	93	6	143	36	4	16	42	1.70
22836786--22836876	39	2.3	39	88	0	137	36	26	1	36	1.64
22842233--22842297	34	1.9	34	90	0	103	43	10	10	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22842233--22842305	34	2.1	34	84	0	101	43	12	9	34	1.75
22842763--22842930	60	2.9	57	81	9	196	26	16	13	44	1.84
22842767--22842930	56	2.8	57	81	8	179	26	16	13	43	1.85
22844896--22844975	27	2.9	27	80	12	67	25	21	17	36	1.95
22844930--22845062	53	2.5	53	85	6	187	22	19	16	41	1.90
22844930--22845062	27	5.0	27	88	3	189	22	19	16	41	1.90
22865496--22865528	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
22865905--22865963	30	2.0	31	90	6	95	67	1	1	28	1.10
22865945--22866011	27	2.3	30	85	7	86	61	2	2	32	1.26
22866201--22866232	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
22867609--22867723	44	2.6	44	80	9	137	30	22	15	31	1.95
22868259--22868465	88	2.3	89	88	1	301	22	22	27	28	1.99
22868284--22868422	44	3.2	44	64	8	111	23	23	26	27	2.00
22868392--22868537	72	2.0	72	90	0	229	20	26	28	24	1.99
22868304--22868625	160	2.0	160	87	0	464	21	24	27	26	1.99
22868464--22868638	88	2.0	88	89	0	269	21	25	26	27	1.99
22872416--22872460	24	2.0	22	86	8	63	77	6	4	11	1.09
22873569--22873619	16	3.2	16	83	5	59	21	3	5	68	1.27
22873610--22873637	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
22881133--22881173	14	2.8	15	85	10	50	78	2	17	2	0.98
22882414--22882796	44	8.8	43	72	9	201	31	18	20	30	1.96
22882540--22882657	46	2.6	46	90	0	182	31	19	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22882412--22882817	221	1.8	221	92	0	695	32	17	19	30	1.95
22882841--22883424	50	11.7	50	72	4	442	33	22	19	24	1.97
22882819--22883499	100	6.8	101	81	4	718	33	22	19	24	1.97
22883722--22883765	24	2.0	21	86	13	61	77	6	4	11	1.11
22888105--22888137	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
22888513--22888569	30	1.9	30	85	7	80	66	3	1	28	1.18
22888808--22888833	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22891847--22891894	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
22897702--22897899	59	3.3	57	69	19	145	41	3	3	52	1.34
22897738--22897936	66	3.2	64	67	19	177	41	3	6	49	1.42
22897773--22897960	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	49	1.39
22897700--22897997	120	2.5	120	92	1	499	42	2	4	50	1.36
22897834--22897876	15	2.8	16	79	10	54	41	0	2	55	1.12
22897954--22897995	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22897945--22897986	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22902934--22903027	41	2.3	41	83	7	111	19	21	26	32	1.97
22906408--22906459	19	2.6	20	78	6	61	17	19	15	48	1.82
22908356--22908471	43	2.7	43	74	12	121	23	20	27	28	1.99
22921166--22922343	587	2.0	587	97	0	2214	31	21	15	30	1.95
22925285--22925323	21	1.9	20	84	5	51	38	0	23	38	1.55
22938348--22938381	17	2.0	17	88	0	50	20	8	11	58	1.59
22944896--22944957	12	5.1	12	72	27	51	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944838--22944952	58	1.9	58	84	6	151	46	1	3	48	1.29
22946690--22946767	5	15.6	5	78	0	66	37	20	7	34	1.81
22946694--22946767	30	2.5	30	86	0	103	37	20	8	33	1.82
22947712--22947757	21	2.1	22	92	4	76	76	0	19	4	0.96
22952929--22952967	14	3.1	14	72	27	50	61	0	0	38	0.96
22952927--22952968	16	2.6	16	81	14	50	61	0	0	38	0.96
22953908--22953954	17	2.8	16	78	9	58	48	0	4	46	1.21
22956789--22956843	26	2.1	26	96	0	101	41	14	16	27	1.87
22959077--22959253	42	4.2	42	88	0	248	29	19	20	31	1.97
22959077--22959253	84	2.1	83	89	1	273	29	19	20	31	1.97
22970102--22970156	6	9.3	6	96	4	103	16	0	0	83	0.64
22970401--22970448	22	2.2	22	88	0	69	29	39	2	29	1.68
22973413--22973437	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
22978742--22978915	42	4.2	42	87	0	233	28	20	20	31	1.97
22982637--22982820	43	4.3	43	91	0	269	26	15	25	33	1.95
22982583--22982820	86	2.8	86	85	3	284	27	14	24	33	1.95
22982582--22982820	129	1.9	127	84	2	325	27	14	25	33	1.95
22992891--22992918	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
22995695--22995720	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
22995697--22995744	24	2.0	25	83	4	62	43	0	0	56	0.99
22996317--22996504	93	2.0	92	87	3	270	44	10	5	39	1.62
22999033--22999074	20	2.2	19	83	12	50	16	14	4	64	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23001038--23001371	43	7.7	42	81	4	346	28	27	16	28	1.97
23001051--23001371	129	2.5	128	84	4	405	28	27	15	27	1.96
23001408--23001469	30	2.0	32	84	12	85	43	4	3	48	1.40
23001451--23001535	34	2.4	37	82	11	97	58	2	0	38	1.11
23001474--23001535	13	4.3	14	74	12	54	61	1	0	37	1.06
23001603--23001686	43	2.0	43	85	0	114	44	11	11	32	1.78
23007409--23007437	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
23008230--23008448	41	5.4	41	86	3	302	30	27	23	18	1.97
23008492--23008619	40	3.2	40	80	5	145	21	21	20	36	1.95
23009723--23009760	4	9.8	4	88	5	60	73	2	23	0	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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