genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  38  of  226  ( 27070 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13195003--13195051	17	2.8	17	81	12	55	61	4	0	34	1.15
13204888--13204914	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13210318--13210713	126	3.2	124	87	3	517	29	16	16	37	1.91
13210767--13210900	34	3.9	33	84	8	171	44	15	0	40	1.47
13210773--13210900	70	1.9	69	87	8	190	43	16	0	39	1.48
13210869--13210925	29	2.0	29	86	6	80	38	15	1	43	1.57
13214922--13214955	3	11.7	3	93	6	61	0	29	0	70	0.87
13223445--13223469	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13223977--13224019	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
13233732--13233873	69	2.1	69	87	0	203	30	15	27	26	1.96
13235318--13235363	19	2.5	19	83	13	53	36	0	0	63	0.95
13248168--13248362	41	4.7	41	75	13	166	30	25	18	25	1.98
13252343--13252450	41	2.6	43	76	10	107	34	25	18	21	1.96
13252343--13252453	43	2.6	42	77	9	120	33	27	18	21	1.96
13252453--13252562	41	2.7	40	87	2	157	24	24	20	30	1.99
13252956--13253073	59	2.0	59	98	0	227	35	19	6	38	1.78
13257061--13257111	21	2.4	22	86	3	68	7	33	1	56	1.39
13271377--13271436	31	2.0	31	90	3	95	41	8	10	40	1.69
13276167--13276217	21	2.5	20	81	9	59	33	0	0	66	0.92
13278448--13278475	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
13278676--13278728	22	2.4	22	93	6	90	54	15	9	20	1.68
13286271--13286368	48	2.0	48	100	0	196	45	16	19	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13290391--13290447	30	1.9	30	88	0	87	40	15	36	7	1.75
13290310--13290445	72	1.9	72	84	3	184	36	16	35	11	1.85
13290391--13290441	15	3.4	15	71	10	50	43	13	35	7	1.73
13300936--13300965	6	4.8	6	95	4	51	13	0	0	86	0.57
13306478--13306521	11	3.9	11	82	5	52	63	2	0	34	1.07
13308319--13308359	15	2.7	15	92	3	64	82	0	17	0	0.66
13308318--13308360	21	2.0	21	90	0	68	79	0	20	0	0.74
13308526--13308950	206	2.1	204	91	0	706	42	2	20	34	1.65
13309487--13309565	40	2.0	40	85	5	106	25	18	20	35	1.95
13309835--13309885	13	3.9	13	84	0	75	37	25	5	31	1.80
13309824--13309879	26	2.2	26	80	6	60	35	23	3	37	1.72
13312392--13312434	21	2.0	21	82	8	52	44	2	2	51	1.27
13312662--13312691	5	5.8	5	96	4	51	80	0	20	0	0.72
13316952--13317132	92	2.0	92	95	0	326	27	13	22	37	1.91
13330708--13330746	18	2.2	18	85	0	51	10	35	0	53	1.35
13332937--13332996	31	1.9	31	93	0	102	50	3	25	21	1.64
13338410--13338439	15	2.1	15	93	6	53	80	0	6	13	0.91
13342284--13342320	15	2.5	15	91	4	58	78	8	8	5	1.09
13359626--13359664	14	2.7	14	85	14	53	30	0	2	66	1.05
13360944--13361020	39	2.0	39	97	0	145	46	12	11	28	1.77
13360943--13361009	17	3.6	17	72	18	62	47	11	11	28	1.76
13365951--13366012	22	3.0	22	68	22	71	45	14	11	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13365934--13366012	39	2.0	39	95	0	140	45	13	11	29	1.79
13368689--13368790	49	2.2	44	89	8	150	33	1	56	7	1.39
13368803--13368872	30	2.3	30	85	4	88	35	10	24	30	1.88
13369096--13369155	30	2.0	31	83	3	77	30	11	5	53	1.58
13370195--13370248	8	7.0	8	77	8	58	64	0	0	35	0.94
13370196--13370257	23	2.7	23	92	0	97	64	0	0	35	0.94
13370190--13370227	16	2.3	18	82	17	55	65	0	0	34	0.93
13370881--13370914	13	2.6	13	100	0	68	58	0	0	41	0.98
13370861--13370898	20	1.9	20	94	0	67	63	0	0	36	0.95
13372743--13372795	26	2.0	26	100	0	106	47	11	0	41	1.39
13373100--13373143	23	1.9	23	100	0	88	54	13	0	31	1.39
13373143--13373429	132	2.2	132	89	2	434	26	19	23	30	1.98
13373349--13373454	43	2.4	44	80	9	110	27	16	26	29	1.97
13373658--13373751	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
13373658--13373758	40	2.7	38	88	8	152	37	9	15	36	1.81
13373692--13373774	21	3.9	22	81	15	86	37	7	14	40	1.74
13374792--13374816	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
13375103--13375293	98	1.9	98	95	0	346	27	10	24	37	1.88
13379265--13379298	10	3.3	10	92	8	59	91	8	0	0	0.43
13379265--13379298	11	3.2	11	95	4	61	91	8	0	0	0.43
13379256--13379298	21	2.0	21	90	0	68	88	6	0	4	0.63
13380607--13381391	132	5.9	132	93	0	1268	28	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13381620--13381713	19	4.8	19	87	5	125	37	8	15	38	1.79
13381620--13381720	40	2.7	38	83	8	125	37	7	15	38	1.77
13381654--13381736	21	3.9	22	78	15	59	38	6	14	40	1.71
13382749--13382773	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
13383057--13383247	98	1.9	98	94	0	337	28	10	24	36	1.88
13388652--13388688	9	4.1	9	85	0	56	45	16	8	29	1.76
13388726--13388766	21	2.0	21	85	9	57	24	34	0	41	1.55
13388902--13388961	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
13389065--13389103	20	2.0	20	90	5	62	23	25	0	51	1.49
13391062--13391098	19	1.9	19	94	0	65	32	0	0	67	0.91
13391081--13391159	31	2.5	33	78	14	94	31	0	5	63	1.16
13392489--13392540	19	2.6	20	85	11	63	63	3	1	30	1.23
13393815--13393849	14	2.5	14	90	0	52	37	2	25	34	1.71
13394417--13394448	11	2.6	13	90	9	50	46	9	6	37	1.61
13395516--13395883	103	3.6	103	90	3	526	18	21	28	31	1.97
13398277--13398471	98	2.0	98	93	0	336	36	23	10	29	1.88
13399936--13400067	19	6.8	19	87	3	201	37	13	10	38	1.80
13399932--13400066	59	2.3	59	89	3	202	37	12	10	39	1.78
13413620--13413957	125	2.7	125	97	0	631	29	15	22	32	1.95
13417057--13417081	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
13417177--13417257	25	3.2	25	92	3	144	59	7	6	27	1.48
13417177--13417256	26	3.1	26	94	1	144	60	7	6	26	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13417255--13418425	254	4.6	253	94	1	1889	26	0	22	50	1.52
13417255--13418425	28	41.4	28	92	1	1813	26	0	22	50	1.52
13418662--13418717	24	2.3	24	84	0	76	5	21	28	44	1.74
13420763--13420825	29	2.2	29	88	0	90	65	0	0	34	0.93
13420871--13420921	22	2.3	22	93	0	84	41	0	31	27	1.56
13421125--13421183	29	2.2	26	81	9	64	47	13	11	27	1.78
13427933--13427990	28	2.1	28	93	0	98	17	13	34	34	1.89
13429517--13429767	123	2.0	124	90	1	396	30	15	21	33	1.94
13430640--13430695	24	2.3	24	90	3	85	46	12	21	19	1.83
13432458--13432554	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
13432768--13432923	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
13440091--13440187	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
13440401--13440556	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
13442534--13442571	18	2.1	18	100	0	76	36	21	21	21	1.95
13443490--13443954	23	20.9	23	80	10	420	27	1	24	46	1.59
13443490--13443958	44	10.5	44	82	7	529	26	1	25	46	1.59
13444015--13444132	25	4.9	25	70	10	111	41	13	0	44	1.50
13444027--13444139	35	3.2	35	65	14	88	45	14	0	39	1.51
13444009--13444142	70	1.9	69	93	1	232	44	12	0	41	1.48
13453948--13453983	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
13459655--13459839	26	7.3	26	71	11	80	39	21	18	20	1.93
13459736--13459783	25	2.0	24	87	4	69	52	20	10	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13462191--13462228	20	1.9	20	84	10	51	42	0	18	39	1.50
13465551--13465616	15	4.3	15	68	24	57	56	1	7	34	1.37
13465717--13465749	16	2.1	16	88	11	50	63	0	3	33	1.10
13465988--13466066	22	3.5	22	81	11	81	55	2	7	34	1.42
13471310--13471368	29	2.0	29	100	0	118	15	10	16	57	1.64
13472429--13472659	48	4.8	48	100	0	462	50	6	7	35	1.56
13476198--13476245	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
13476324--13476534	66	3.4	63	69	21	192	41	3	6	48	1.44
13476286--13476578	120	2.4	120	94	3	502	42	2	4	49	1.38
13476411--13476462	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226