genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25101808--25101878	23	3.0	24	83	8	92	21	23	19	35	1.96
25104873--25104910	12	3.5	11	86	13	53	5	13	5	76	1.13
25111781--25111887	49	2.2	49	89	3	162	33	19	24	22	1.97
25111771--25111877	25	4.3	25	76	9	112	31	20	26	21	1.98
25111884--25112682	404	2.0	403	91	2	1291	33	17	12	35	1.88
25124526--25124557	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
25129208--25129247	21	2.0	20	85	5	53	12	20	27	40	1.88
25130826--25130859	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
25131112--25131150	20	2.0	20	94	0	69	66	10	0	23	1.22
25133145--25133189	23	1.9	24	82	13	58	33	20	4	42	1.72
25141821--25141903	34	2.5	32	79	13	80	38	22	14	24	1.92
25149629--25149675	22	2.1	22	88	0	67	46	14	17	21	1.83
25149687--25149833	32	4.6	32	77	0	141	37	21	20	21	1.95
25149680--25149833	64	2.4	64	76	0	164	37	20	20	21	1.94
25149994--25150115	24	5.1	24	79	7	131	46	18	6	27	1.74
25149994--25150115	48	2.5	48	81	7	158	46	18	6	27	1.74
25150076--25150143	25	2.7	26	80	13	72	42	25	7	25	1.80
25150133--25150592	27	17.1	27	84	2	444	22	20	20	36	1.95
25153930--25154080	32	4.7	32	80	3	160	37	22	21	17	1.94
25154124--25154188	27	2.5	26	80	14	80	35	24	21	18	1.96
25154252--25154392	24	5.9	24	85	3	185	44	21	7	26	1.79
25154251--25154409	72	2.2	72	81	2	185	44	20	8	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25154264--25154409	48	3.0	48	85	4	161	44	19	8	27	1.79
25154426--25154788	27	13.5	27	78	2	329	24	20	18	35	1.95
25154429--25154745	81	3.9	81	86	1	404	25	20	18	35	1.95
25154776--25154895	54	2.2	54	86	2	161	21	20	15	41	1.90
25154776--25154907	27	4.9	27	73	9	117	21	19	17	41	1.90
25159312--25159508	50	3.8	50	80	6	198	23	29	19	26	1.98
25159312--25159497	100	1.8	105	82	9	249	24	30	19	26	1.98
25159261--25159500	50	4.7	50	75	10	184	25	27	19	27	1.99
25160126--25160173	6	8.2	6	86	4	62	4	12	16	66	1.39
25162578--25162968	102	3.9	101	83	6	454	28	14	26	29	1.95
25162578--25162963	51	7.7	50	79	7	381	28	14	26	30	1.95
25165383--25165737	120	3.0	120	97	0	665	42	0	5	51	1.29
25165402--25165705	64	5.1	58	69	20	232	43	0	5	50	1.30
25165882--25165974	44	2.1	44	84	9	118	36	24	3	35	1.72
25165956--25166009	16	3.4	16	89	0	72	27	29	3	38	1.74
25165966--25166011	16	2.9	16	90	0	74	26	30	4	39	1.75
25186510--25186581	25	2.9	25	80	0	81	27	19	19	33	1.96
25194839--25195077	43	5.6	43	75	7	155	41	21	15	21	1.89
25199611--25199733	8	13.7	9	75	14	96	30	1	0	67	1.06
25199610--25199733	38	3.4	36	80	12	114	29	1	0	67	1.05
25199610--25199707	39	2.6	39	83	12	116	29	2	1	67	1.09
25199623--25199733	37	3.2	32	76	20	91	29	1	0	67	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25199835--25199902	24	3.0	23	70	18	63	27	5	1	64	1.25
25199872--25199932	19	3.3	19	72	20	58	29	3	0	67	1.07
25199986--25200054	10	7.2	9	71	15	50	21	2	5	69	1.23
25199986--25200053	28	2.3	29	83	11	86	22	2	5	69	1.24
25200150--25200226	31	2.5	31	91	2	118	41	2	20	35	1.66
25217259--25217288	15	2.0	15	93	0	51	33	13	30	23	1.93
25219088--25219331	50	4.8	50	88	1	353	22	31	20	25	1.98
25222001--25222033	16	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
25222836--25222868	16	2.1	16	100	0	66	12	6	18	63	1.48
25233394--25233560	45	3.7	45	77	4	167	41	16	20	21	1.90
25233697--25233886	13	14.5	13	68	10	84	43	2	18	36	1.62
25233790--25233850	27	2.2	28	80	8	72	50	4	13	31	1.62
25236773--25236818	21	2.2	20	85	11	58	56	2	0	41	1.11
25238505--25238571	33	2.0	34	91	2	109	23	7	17	50	1.71
25242258--25242284	13	2.1	13	100	0	54	48	22	14	14	1.81
25246952--25247018	35	1.9	35	84	3	91	17	5	28	47	1.71
25248086--25248230	70	2.0	72	86	5	206	30	8	17	44	1.78
25248931--25249061	43	2.9	46	82	8	171	32	7	13	46	1.72
25253540--25253625	43	2.0	44	84	6	113	31	13	12	41	1.83
25254864--25255032	41	4.1	41	79	4	162	19	20	26	33	1.96
25267894--25267937	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25268032--25268222	51	3.8	50	77	5	197	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25276464--25276553	42	2.1	42	87	4	128	25	24	32	17	1.97
25280435--25280531	26	3.8	24	74	9	77	20	23	18	37	1.94
25280478--25280644	24	6.8	24	69	13	90	20	25	18	35	1.95
25283936--25284018	40	2.1	40	100	0	166	45	12	14	27	1.80
25284123--25284195	36	2.0	36	89	0	110	31	21	8	38	1.83
25285774--25285810	11	3.4	11	88	0	56	24	2	40	32	1.69
25288885--25288927	21	2.0	21	90	0	68	27	34	16	20	1.94
25289239--25289284	13	3.5	13	90	3	65	17	13	0	69	1.19
25298287--25298603	125	2.5	125	88	1	447	33	18	19	29	1.95
25301579--25301703	59	2.1	59	96	0	232	39	8	9	42	1.69
25301767--25301885	22	5.6	21	84	5	141	21	0	31	46	1.52
25301777--25301885	43	2.5	43	86	1	164	21	0	30	48	1.50
25301854--25302086	107	2.1	108	90	5	364	33	1	16	48	1.57
25303287--25303319	16	2.1	16	100	0	66	18	24	18	39	1.92
25304450--25304535	22	3.9	21	79	13	84	47	3	26	22	1.67
25304469--25304521	11	4.8	11	86	9	72	47	3	26	22	1.68
25304450--25304525	33	2.3	33	82	6	93	47	3	26	22	1.68
25304450--25304533	11	7.5	11	82	6	53	47	3	26	22	1.67
25305806--25305830	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25315748--25315795	25	1.9	25	83	8	62	35	12	31	20	1.90
25316638--25316949	110	2.9	110	94	3	537	26	0	13	59	1.39
25317632--25317656	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25317836--25317883	20	2.4	20	92	0	78	43	29	6	20	1.76
25317824--25317872	9	5.3	9	83	11	55	36	32	10	20	1.86
25317845--25317888	11	4.2	11	82	11	56	50	27	4	18	1.66
25319861--25319942	33	2.4	36	85	6	116	34	8	13	43	1.74
25323607--25323659	16	3.4	16	72	15	56	47	3	5	43	1.45
25330387--25330420	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
25335086--25335124	2	19.5	2	89	0	60	0	43	2	53	1.14
25338793--25338882	41	2.2	41	91	0	144	16	24	11	47	1.79
25339915--25340049	40	3.5	39	71	8	123	30	24	19	25	1.98
25340205--25340261	24	2.3	24	82	17	73	50	15	0	33	1.44
25340910--25340949	15	2.7	15	88	0	53	0	15	7	77	0.98
25341003--25341082	42	1.9	42	85	10	110	45	3	1	50	1.28
25353553--25353587	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
25355883--25356170	51	5.7	51	79	6	316	28	14	26	30	1.95
25355883--25356177	102	2.9	102	89	2	416	28	14	26	30	1.95
25355890--25356209	152	2.1	153	79	6	355	29	13	26	30	1.94
25360588--25360625	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
25365784--25365862	39	2.2	34	82	15	88	65	8	10	15	1.45
25370335--25370385	24	2.1	25	85	3	68	35	1	5	56	1.35
25389550--25389732	37	4.9	37	96	0	321	27	31	18	22	1.97
25389938--25390231	47	6.1	47	87	4	399	27	30	10	30	1.91
25390006--25390083	25	3.2	24	66	23	65	32	32	7	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25389938--25390231	147	2.0	143	90	3	457	27	30	10	30	1.91
25393724--25393955	40	5.8	40	89	0	329	25	29	21	23	1.99
25395209--25395350	37	3.9	37	90	5	220	25	31	19	23	1.98
25395209--25395348	73	2.0	70	91	4	226	25	32	18	24	1.97
25395557--25395842	47	6.1	47	89	4	416	26	29	11	31	1.92
25399718--25399810	42	2.2	42	92	0	150	31	34	19	15	1.92
25402145--25402342	50	3.8	50	85	4	234	26	21	28	23	1.99
25402156--25402342	100	1.8	104	85	6	265	26	21	28	23	1.99
25405515--25405547	16	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
25410481--25410513	14	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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