genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58932550--58932717	51	3.3	51	83	1	212	30	25	13	30	1.94
58932544--58932751	102	2.0	102	84	0	272	29	25	15	30	1.96
58932752--58933206	132	3.5	131	87	1	624	27	24	17	30	1.97
58934501--58934619	42	2.8	42	88	2	168	25	30	15	29	1.95
58934726--58934765	18	2.2	19	86	8	57	12	17	0	70	1.18
58935983--58936100	40	3.0	39	79	6	130	40	17	16	25	1.90
58936147--58936551	41	9.9	41	86	1	542	20	19	29	30	1.97
58938273--58938318	23	2.0	23	87	8	67	52	6	13	28	1.65
58940081--58940123	19	2.3	19	95	0	77	39	4	6	48	1.51
58940171--58940198	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
58940149--58940262	30	3.8	30	75	9	124	37	5	7	50	1.52
58940195--58940287	16	6.1	16	75	16	72	43	2	7	47	1.43
58940164--58940308	60	2.4	61	95	1	256	40	3	6	48	1.47
58940196--58940290	30	3.2	30	66	16	79	41	2	7	49	1.42
58940297--58940336	17	2.2	17	86	8	53	37	2	0	60	1.11
58940468--58940691	12	21.1	11	66	25	85	45	15	3	35	1.63
58940461--58940612	21	7.0	21	72	17	107	47	15	2	34	1.59
58940457--58940520	33	1.9	33	93	0	110	45	15	3	35	1.62
58940626--58940683	21	2.8	21	86	5	82	44	17	3	34	1.65
58940662--58940813	9	18.0	9	74	13	135	45	23	1	30	1.61
58940668--58940820	25	6.1	24	74	13	98	45	22	1	30	1.61
58940649--58940751	34	3.1	34	84	5	124	44	24	0	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58940730--58940808	41	1.9	41	89	0	122	50	21	1	26	1.56
58940778--58940808	16	1.9	16	93	0	53	48	22	0	29	1.51
58945969--58946007	20	2.0	20	90	5	62	28	10	2	58	1.44
58946204--58946521	43	7.4	43	89	3	444	27	17	29	24	1.97
58948009--58948053	23	2.0	23	90	0	72	64	11	8	15	1.49
58949621--58949922	106	2.8	105	88	2	406	28	15	20	35	1.93
58953965--58954000	18	2.0	18	100	0	72	38	27	16	16	1.90
58961642--58961802	48	3.3	48	68	8	137	34	21	22	21	1.97
58961630--58961999	100	3.8	98	81	4	406	33	21	20	24	1.97
58961690--58961969	50	5.7	50	73	7	196	33	22	18	25	1.97
58961642--58961996	50	7.2	50	71	8	183	33	21	21	23	1.97
58962029--58962184	44	3.5	44	74	10	165	30	21	23	25	1.99
58962009--58962189	88	2.1	88	90	2	283	32	22	22	22	1.98
58964454--58964755	106	2.8	105	87	2	415	28	15	20	34	1.94
58966255--58966298	19	2.4	18	85	11	54	63	9	11	15	1.51
58967208--58967263	26	2.2	25	84	9	69	60	1	10	26	1.40
58967254--58967287	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
58967388--58967538	3	52.3	3	70	9	91	58	1	4	35	1.30
58967388--58967481	23	4.0	23	78	5	100	59	2	4	34	1.29
58967425--58967483	29	2.1	29	84	9	77	61	3	3	32	1.29
58968636--58968722	45	1.9	45	85	0	120	51	19	6	21	1.70
58969213--58969259	19	2.4	20	82	7	60	63	2	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58969674--58969722	24	2.0	24	84	7	64	36	0	4	59	1.17
58973933--58974099	44	3.7	46	76	15	170	44	2	2	50	1.28
58973921--58974143	47	4.9	44	73	16	159	45	3	3	47	1.34
58973919--58974133	91	2.4	91	90	0	340	46	3	3	46	1.35
58974140--58974549	120	3.4	120	96	2	745	44	2	4	48	1.38
58974214--58974518	57	5.1	59	65	23	197	43	2	6	47	1.42
58974501--58974540	19	2.2	19	90	4	64	45	0	0	55	0.99
58974771--58974838	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
58982901--58982954	21	2.6	21	82	5	65	61	5	3	29	1.36
58986193--58986537	127	2.8	123	89	3	514	28	16	21	32	1.95
58989756--58989877	25	4.9	25	94	1	219	40	13	0	45	1.44
58989718--58989932	50	4.6	46	82	8	179	45	13	0	40	1.46
58989746--58989922	25	7.3	25	81	8	215	44	12	0	42	1.43
58990344--58990383	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
58991033--58991058	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
58992940--58992981	18	2.3	18	91	0	66	42	38	4	14	1.66
58995805--58995843	20	2.0	20	84	0	51	15	0	28	56	1.40
58996540--58996583	21	2.1	21	100	0	88	40	4	18	36	1.71
58999431--58999463	5	6.8	5	86	6	50	15	3	0	81	0.80
59000143--59000188	3	15.3	3	95	0	83	32	2	0	65	1.05
59016168--59016194	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
59020488--59020648	42	3.9	41	85	3	196	24	19	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59021034--59021080	21	2.2	21	88	0	67	4	42	19	34	1.70
59026584--59026629	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
59026591--59027305	9	79.8	9	77	6	675	33	1	17	47	1.58
59027369--59027419	21	2.4	21	93	0	84	39	9	15	35	1.81
59027274--59027514	116	2.1	116	96	1	448	38	5	12	42	1.67
59027575--59027694	62	1.9	62	81	3	143	47	11	5	35	1.62
59027637--59027674	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
59027671--59027703	13	2.5	13	95	0	57	48	6	9	36	1.60
59029186--59029241	27	2.1	27	100	0	112	64	14	7	14	1.48
59031821--59031861	20	2.0	20	85	4	55	36	39	4	19	1.73
59032206--59032605	133	3.0	131	81	6	439	32	22	13	32	1.93
59042135--59042178	22	2.0	22	82	8	54	0	27	4	68	1.09
59045453--59045701	50	4.8	50	83	4	266	20	29	23	26	1.99
59045452--59045701	100	2.4	104	86	6	339	20	29	23	26	1.99
59045796--59045827	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59046039--59046096	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
59048309--59048435	11	11.2	11	67	15	53	66	8	3	22	1.34
59057466--59057491	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
59060563--59060607	21	2.1	21	83	0	54	26	24	35	13	1.92
59060519--59060754	126	1.9	126	87	0	346	27	23	28	20	1.99
59068451--59068503	17	3.1	18	75	8	56	50	0	0	49	1.00
59070318--59070434	59	2.0	59	100	0	234	35	13	20	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59079955--59080021	24	2.8	24	77	6	82	41	2	0	55	1.15
59081788--59081837	25	2.0	25	100	0	100	24	32	12	32	1.91
59081805--59081962	74	2.1	75	81	3	185	21	25	18	33	1.97
59081855--59081962	25	4.4	25	75	5	85	22	25	20	32	1.98
59087301--59087328	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59099992--59100458	156	3.0	156	97	0	868	31	20	16	30	1.95
59102930--59102988	20	2.8	21	75	15	59	11	5	3	79	1.01
59121362--59121407	24	1.9	24	86	0	65	45	0	41	13	1.43
59121359--59121422	33	1.9	33	83	0	83	42	1	40	15	1.57
59138922--59138963	20	2.1	20	86	8	59	59	9	0	30	1.29
59138932--59138991	19	3.3	18	75	9	59	63	6	0	30	1.20
59138906--59139000	45	2.1	45	81	11	106	63	6	1	29	1.26
59147644--59147684	7	5.9	7	97	0	64	58	21	0	19	1.39
59147897--59147940	23	1.9	23	86	9	63	36	13	9	40	1.76
59153458--59153523	23	2.9	22	81	4	78	43	0	0	56	0.99
59153486--59153546	34	1.9	32	83	12	81	50	0	0	49	1.00
59153571--59153626	20	2.6	22	81	16	73	39	0	0	60	0.97
59153602--59153669	13	4.9	14	76	20	72	36	0	1	61	1.05
59153565--59153624	21	2.6	22	80	19	70	36	0	1	61	1.06
59153602--59153660	14	4.1	14	87	12	77	33	0	1	64	1.04
59153612--59153656	16	2.9	16	87	9	67	35	0	2	62	1.08
59153616--59153815	111	1.8	111	85	4	287	44	2	3	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59153890--59153957	14	4.9	14	74	12	68	57	0	4	38	1.19
59153890--59153980	31	3.1	30	75	18	93	51	0	3	45	1.17
59153890--59153949	29	2.0	29	87	6	84	56	0	3	40	1.16
59153874--59153970	43	2.4	39	83	13	124	53	0	4	42	1.20
59154008--59154067	15	4.1	13	84	16	57	63	0	0	36	0.95
59154011--59154067	16	3.7	16	88	11	84	61	0	0	38	0.96
59154060--59154121	20	3.0	20	81	13	63	53	1	1	43	1.20
59154197--59154237	8	4.9	8	82	11	55	56	0	0	43	0.99
59154163--59154253	45	2.0	45	85	8	123	52	0	0	47	1.00
59154205--59154253	18	2.7	18	96	3	89	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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