genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  36  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12582959--12583012	28	1.9	28	96	0	99	24	31	7	37	1.83
12584090--12584132	22	1.9	23	85	4	61	32	2	4	60	1.30
12584090--12584141	22	2.4	22	80	6	52	34	1	7	55	1.39
12588108--12588356	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
12588107--12588356	100	2.4	104	87	6	348	21	29	23	26	1.99
12588451--12588482	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
12588694--12588751	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
12593588--12593630	18	2.4	18	84	7	52	51	0	0	48	1.00
12599512--12599568	28	2.0	28	93	0	96	31	17	0	50	1.46
12608796--12608839	20	2.3	19	80	4	52	36	11	0	52	1.38
12608836--12608868	10	3.3	10	91	8	50	36	9	0	54	1.32
12608963--12608987	10	2.5	10	100	0	50	40	12	28	20	1.87
12613232--12613278	24	2.0	24	82	0	58	51	8	4	36	1.52
12618227--12618295	25	2.8	25	72	0	66	30	13	30	26	1.93
12626984--12627024	20	2.0	22	85	9	59	34	0	9	56	1.32
12634039--12634132	48	2.0	48	83	12	122	39	26	13	20	1.90
12636549--12636642	48	2.0	48	83	12	122	39	26	13	20	1.90
12637436--12637465	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12639612--12639804	90	2.2	88	79	7	194	41	21	8	28	1.82
12639658--12639825	90	1.9	88	85	2	228	41	19	7	31	1.80
12639836--12639969	44	3.0	44	72	7	126	58	1	3	36	1.25
12639932--12640003	37	1.9	38	82	2	92	59	2	2	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12640174--12640213	21	1.9	21	84	0	53	35	7	0	57	1.27
12640228--12640314	10	8.3	10	68	14	59	28	2	2	66	1.16
12640228--12640293	22	3.0	22	82	2	80	27	3	1	68	1.13
12640269--12640321	21	2.6	20	85	5	79	28	0	1	69	0.99
12640235--12640314	31	2.5	32	80	8	83	28	2	2	66	1.18
12640422--12640631	92	2.3	92	80	6	243	34	8	18	38	1.80
12642230--12642281	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
12642230--12642293	24	2.7	24	85	4	76	35	3	12	48	1.57
12646650--12646701	24	2.2	24	89	0	77	38	1	7	51	1.42
12648036--12648075	19	2.1	19	90	9	64	30	5	2	62	1.29
12648053--12648118	32	2.1	31	86	8	89	36	1	0	62	1.05
12658756--12658820	34	1.9	34	93	0	112	49	0	1	49	1.10
12658767--12658851	8	10.2	8	71	15	57	45	0	0	54	1.00
12658771--12658839	25	2.8	23	87	12	93	49	0	0	50	1.00
12670193--12670443	122	2.0	122	87	4	362	37	12	17	33	1.87
12670528--12670561	18	1.9	17	88	5	50	61	0	8	29	1.26
12678139--12678223	9	9.5	8	76	14	55	27	10	21	41	1.85
12678139--12678223	18	4.7	18	80	8	102	27	10	21	41	1.85
12678134--12678223	27	3.3	27	80	13	103	26	11	21	41	1.86
12678674--12678737	30	2.2	30	91	2	103	26	3	12	57	1.50
12678819--12678858	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
12683631--12683662	6	5.3	6	100	0	64	34	15	0	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12685583--12685787	48	4.2	48	81	6	234	34	17	24	23	1.95
12685583--12685787	98	2.1	97	86	4	279	34	17	24	23	1.95
12689287--12689313	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
12692613--12692644	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
12711665--12711948	140	2.0	140	98	0	550	45	14	10	30	1.78
12712138--12712319	46	4.0	46	86	1	258	29	22	8	39	1.84
12712135--12712319	92	2.0	92	90	2	291	29	22	8	39	1.84
12720113--12720193	39	2.1	39	88	4	119	34	12	27	25	1.92
12734391--12734425	17	2.0	17	88	5	52	54	14	2	28	1.54
12734975--12735091	43	2.7	43	81	1	119	31	28	17	23	1.96
12739469--12739512	23	2.0	23	86	4	63	56	0	4	38	1.20
12740291--12740332	22	1.9	22	85	0	57	40	2	16	40	1.62
12743908--12743967	30	2.0	31	86	3	86	38	0	40	21	1.54
12744181--12744217	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
12745065--12745122	21	2.8	21	75	0	71	36	15	27	20	1.93
12745229--12745319	25	3.7	25	83	1	103	25	21	7	45	1.78
12758776--12758860	30	2.7	31	81	3	109	51	0	1	47	1.08
12758789--12758834	22	2.1	22	84	8	58	52	0	2	45	1.13
12777224--12777305	25	3.3	25	82	0	101	23	28	17	31	1.96
12785112--12785322	27	7.8	26	81	9	230	42	19	20	17	1.89
12785114--12785322	81	2.6	81	83	7	255	43	19	19	17	1.89
12791467--12791542	38	2.0	39	86	2	109	44	22	9	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12793210--12793262	27	1.9	28	85	11	74	60	0	0	39	0.97
12793210--12793260	26	1.9	27	88	11	79	60	0	0	39	0.97
12793269--12793352	37	2.3	35	79	4	87	61	2	1	34	1.16
12793268--12793324	25	2.2	27	78	12	66	59	3	1	35	1.25
12793296--12793350	16	3.2	16	80	14	65	61	0	0	38	0.96
12794072--12794292	109	2.0	109	87	1	318	41	10	16	31	1.83
12797781--12797811	16	1.9	16	100	0	62	38	0	29	32	1.57
12798144--12798183	18	2.2	18	95	0	71	42	2	0	55	1.13
12798995--12799677	345	2.0	343	90	1	1082	30	12	21	35	1.91
12801961--12802015	29	1.9	28	85	10	76	41	0	1	56	1.10
12801961--12802015	27	1.9	30	82	17	73	41	0	1	56	1.10
12815669--12815698	14	2.2	13	94	5	51	76	6	0	16	0.99
12815803--12815859	21	2.8	20	92	7	98	36	10	15	36	1.82
12816596--12816639	23	2.0	22	95	4	79	36	6	2	54	1.40
12816819--12816846	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
12818451--12818491	20	2.0	21	85	9	57	36	14	19	29	1.92
12820304--12820346	23	1.9	23	85	4	61	2	18	2	76	1.00
12820951--12821032	42	2.0	42	85	9	114	26	25	30	17	1.97
12830163--12830291	25	5.2	25	70	10	70	33	22	25	18	1.97
12830202--12830339	25	5.6	25	72	7	95	33	21	26	18	1.97
12839001--12839033	5	6.6	5	86	13	50	78	0	18	3	0.87
12843882--12843914	16	2.1	16	88	5	50	42	12	24	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12844324--12844350	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
12857399--12857650	42	5.9	42	80	9	251	26	23	22	27	1.99
12857489--12857669	42	4.3	42	86	2	193	32	22	19	25	1.97
12857972--12858106	66	2.0	66	92	0	225	14	27	17	40	1.88
12859117--12859225	41	2.7	41	86	0	155	24	28	19	27	1.98
12859707--12860046	115	3.0	114	91	0	554	41	14	3	41	1.61
12861020--12861044	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
12865349--12865381	16	2.1	16	94	0	57	36	0	15	48	1.45
12865350--12865428	25	3.2	25	85	0	104	31	2	17	48	1.61
12865375--12865506	41	3.2	41	94	0	219	30	3	18	48	1.63
12865417--12865465	25	2.0	25	88	8	73	30	2	18	48	1.59
12865430--12865504	25	3.1	25	74	12	50	30	2	17	49	1.60
12865458--12865512	25	2.2	25	96	0	101	30	3	18	47	1.66
12865401--12865566	16	10.6	16	68	19	66	27	3	18	50	1.61
12865761--12865822	30	2.1	30	84	0	79	30	6	17	45	1.74
12867664--12867708	19	2.4	19	81	7	56	22	2	42	33	1.66
12868434--12868484	26	2.0	26	92	0	84	45	13	5	35	1.68
12868766--12868798	14	2.4	14	90	5	50	51	42	0	6	1.26
12869058--12869120	15	4.5	14	75	13	58	36	47	1	14	1.54
12869476--12869515	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
12869499--12869538	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
12869484--12869550	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12869478--12869554	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
12869531--12869615	32	2.6	31	76	9	89	25	10	18	44	1.82
12869648--12869675	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
12869645--12869697	24	2.2	25	86	10	74	45	1	0	52	1.11
12869866--12870008	71	2.0	72	95	1	261	44	20	7	27	1.79
12870950--12871018	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
12870986--12871055	27	2.5	28	81	6	81	52	21	2	22	1.60
12872549--12872581	15	2.1	16	94	5	59	60	6	18	15	1.54
12875140--12875207	25	2.6	25	86	11	84	41	8	26	23	1.83
12875635--12876121	113	4.3	114	87	3	664	29	25	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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