genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
430247--430477	44	5.3	44	72	13	174	28	23	18	29	1.97
430312--430624	165	1.9	169	90	3	508	29	21	19	30	1.97
432777--432806	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
437311--437366	30	1.9	30	88	3	87	53	3	12	30	1.55
437486--437545	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
454752--454783	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
455348--455395	22	2.2	22	96	0	87	27	31	0	41	1.56
455368--455482	51	2.3	50	89	3	176	29	27	0	41	1.62
456875--456902	12	2.3	12	100	0	56	21	35	42	0	1.53
457298--457323	11	2.4	11	100	0	52	11	7	7	73	1.26
457386--457467	3	27.3	3	87	0	119	30	2	2	64	1.19
466789--466831	18	2.4	19	80	11	54	48	2	9	39	1.48
473029--473137	3	36.7	3	74	18	86	29	3	3	63	1.29
476497--476554	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
476498--476555	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
476500--476555	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
477869--477907	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
478147--478281	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
478404--478444	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
489060--489339	127	2.2	128	87	8	410	30	17	21	30	1.96
489239--489425	86	2.2	83	83	7	225	30	14	22	32	1.94
490934--491043	3	36.7	3	73	17	77	28	3	3	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
494831--494878	20	2.4	21	79	10	55	58	4	0	37	1.18
494844--494887	18	2.3	19	84	7	54	59	4	0	36	1.18
494870--494895	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
502084--502148	18	3.4	18	89	6	85	32	7	0	60	1.25
502269--502324	30	1.9	30	88	3	87	30	12	3	53	1.55
502362--502440	27	2.7	29	77	12	90	40	11	3	44	1.58
502362--502453	29	3.2	27	76	15	78	40	9	3	46	1.53
506809--506838	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
508966--509660	88	7.9	88	95	1	1166	27	22	24	25	2.00
511249--511313	18	3.4	18	89	6	85	32	7	0	60	1.25
511234--511304	26	2.7	26	72	20	67	35	7	0	57	1.26
511420--511492	30	2.5	30	80	8	87	30	12	2	54	1.51
523032--523106	33	2.2	33	83	6	89	25	26	1	46	1.61
523032--523108	11	6.9	11	72	21	63	25	25	1	46	1.60
523070--523167	51	1.9	51	85	4	135	26	24	2	46	1.63
530187--530249	22	2.9	21	76	6	72	57	3	3	36	1.31
530647--530703	28	2.0	30	82	6	73	52	1	1	43	1.21
535225--535281	28	2.0	28	86	0	78	40	26	1	31	1.66
546426--546518	33	2.8	33	88	0	132	9	11	48	30	1.72
561863--561969	52	2.1	52	100	0	214	36	14	14	34	1.87
572057--572130	35	2.1	35	100	0	148	14	14	22	47	1.82
575083--575141	4	14.8	4	81	0	55	25	6	25	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575087--575133	24	2.0	24	86	0	67	27	8	23	40	1.83
575080--575135	28	2.0	28	89	0	85	28	7	23	41	1.80
575084--575135	20	2.6	20	84	0	68	26	7	25	40	1.82
575084--575141	20	2.9	20	77	10	64	25	6	25	41	1.80
586306--586352	24	1.9	25	82	4	60	25	2	2	70	1.10
589777--589827	21	2.5	22	85	14	67	66	5	1	25	1.24
590194--590236	18	2.4	18	96	0	77	55	6	2	34	1.39
607020--607056	19	1.9	19	88	0	56	51	0	2	45	1.15
607375--607413	14	2.7	14	88	11	53	43	0	0	56	0.99
607375--607420	14	3.1	15	81	12	51	45	2	0	52	1.13
607486--607797	96	3.2	97	85	4	391	38	15	1	43	1.58
613849--614128	149	1.9	150	88	0	427	38	14	14	32	1.86
622716--622744	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
630519--630565	20	2.3	20	76	23	53	44	0	2	53	1.12
642501--642538	20	1.9	20	89	10	60	55	0	2	42	1.14
643172--643224	23	2.3	24	78	18	60	49	1	0	49	1.12
648575--648616	9	4.3	9	83	16	57	57	21	2	19	1.52
648577--648616	21	2.0	20	95	5	71	57	20	2	20	1.52
655598--655644	21	2.3	21	85	14	71	42	8	0	48	1.33
674293--674347	22	2.5	21	82	14	58	56	1	1	40	1.21
675760--675837	25	3.2	23	75	20	68	62	5	3	28	1.34
675803--675894	44	2.2	41	81	13	98	59	3	4	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677087--677119	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
677334--677660	120	2.7	120	98	0	627	49	6	1	42	1.37
677557--677608	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
677353--677664	61	5.2	61	68	17	247	49	6	1	41	1.38
678465--678495	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
680066--680106	15	2.8	15	88	3	66	68	21	4	4	1.28
687654--687716	30	2.0	32	84	6	85	47	1	3	47	1.27
701231--701315	9	9.4	9	78	10	93	29	9	20	41	1.83
705947--705972	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
713149--713182	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
726820--726869	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
731459--731508	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
751651--751675	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
760759--760802	22	2.0	22	95	0	79	40	11	18	29	1.85
760781--760807	14	1.9	14	100	0	54	37	7	22	33	1.82
764087--764130	21	2.2	20	84	12	54	45	0	0	54	0.99
764659--764702	21	2.1	21	83	8	54	43	4	4	47	1.44
766435--766474	21	1.9	21	84	0	53	42	5	22	30	1.75
769816--769866	17	3.0	17	88	0	75	37	13	15	33	1.87
773148--773185	18	2.2	18	90	4	60	39	2	2	55	1.28
773292--773396	44	2.5	40	77	16	122	35	30	3	30	1.75
773309--773398	44	2.0	44	91	2	144	37	30	4	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773378--773414	16	2.3	16	95	0	65	24	32	5	37	1.78
773552--773590	20	2.0	20	89	0	60	58	2	17	20	1.50
774346--774683	90	3.8	88	82	6	367	57	13	5	23	1.57
774359--774683	92	3.6	90	81	8	380	57	13	5	24	1.57
778228--778266	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
778492--778567	23	3.3	22	85	7	107	23	22	23	30	1.99
789705--789785	31	2.7	31	79	11	89	61	1	1	35	1.12
789705--789890	41	4.6	40	86	6	232	62	0	2	34	1.11
789731--789836	11	10.4	11	72	19	68	62	0	0	35	1.08
800642--800736	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
800746--800816	2	39.0	2	70	27	52	50	4	0	45	1.21
807996--808041	21	2.2	21	96	0	83	19	13	0	67	1.23
815371--815558	37	4.9	36	71	19	123	43	1	3	51	1.27
815424--815575	18	7.9	18	68	20	69	42	0	1	55	1.16
815359--815658	118	2.5	120	95	2	541	43	1	4	51	1.29
815913--815954	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
815904--815945	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
816070--816111	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
816061--816102	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
815890--816360	157	3.0	157	97	0	872	47	4	3	44	1.39
816483--816550	16	4.2	16	96	0	127	38	38	0	23	1.55
817112--817176	29	2.4	25	82	14	76	53	3	0	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822210--822240	15	2.1	15	93	0	53	22	32	38	6	1.80
823918--823960	21	2.0	21	82	8	52	58	2	0	39	1.11
826635--826690	30	1.9	30	88	3	87	30	12	3	53	1.55
832998--833033	8	4.4	8	86	6	54	77	8	0	13	0.98
832998--833033	17	2.2	16	90	5	54	77	8	0	13	0.98
834346--834819	87	5.4	87	90	0	725	28	21	25	25	1.99
836610--836665	30	1.9	30	88	3	87	30	12	3	53	1.55
838746--838804	29	2.0	29	86	3	82	52	11	6	28	1.63
839263--839305	21	2.0	21	82	8	52	30	0	0	69	0.88
841303--841331	7	4.1	7	100	0	58	27	13	44	13	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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