genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844937--844966	5	6.0	5	92	0	51	80	0	16	3	0.85
857773--857865	18	5.2	18	90	0	150	34	17	21	26	1.95
861126--861153	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
865402--865445	20	2.2	20	84	4	63	68	2	0	29	1.02
865404--865445	19	2.2	19	87	8	59	69	2	0	28	1.01
867349--867410	31	2.0	31	100	0	124	32	22	25	19	1.97
877120--877156	16	2.2	18	85	9	51	45	2	2	48	1.30
896734--896805	31	2.3	32	76	9	76	36	9	12	41	1.76
899486--899542	11	5.2	11	76	0	60	66	8	5	19	1.38
899487--899551	22	3.0	22	72	2	60	66	9	6	18	1.41
900297--900322	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
907833--907882	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
912464--912513	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
942596--942624	4	7.2	4	100	0	58	72	0	0	27	0.85
945610--945651	18	2.3	19	80	16	52	38	0	4	57	1.20
945545--945948	152	2.6	154	77	11	394	37	8	8	45	1.64
956557--956597	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
959703--959784	40	2.0	40	97	0	155	36	13	15	34	1.87
960189--960231	18	2.4	17	85	14	59	69	4	0	25	1.07
965500--965530	14	2.2	14	94	0	53	32	25	12	29	1.93
972496--972592	40	2.4	40	94	0	176	24	25	27	21	1.99
974321--974360	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974443--974480	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
974635--974715	41	1.9	43	95	5	148	32	7	9	50	1.63
974635--974696	21	3.0	21	66	25	51	33	4	9	51	1.56
976870--976903	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
981509--981542	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
987472--987562	47	1.9	47	93	0	155	45	18	12	24	1.83
989950--990018	22	3.1	23	83	8	90	43	17	21	17	1.88
993405--993459	23	2.4	23	96	0	101	32	18	7	41	1.78
993575--993641	22	3.0	22	74	8	66	44	17	20	16	1.86
995117--995148	15	2.1	15	94	0	55	34	15	9	40	1.80
1001661--1001706	22	2.0	24	83	8	60	52	0	10	36	1.37
1010013--1010066	24	2.2	24	84	9	74	16	24	40	18	1.90
1011640--1011697	24	2.4	24	82	0	71	18	24	41	15	1.89
1013817--1013885	34	2.0	33	89	10	104	49	13	4	33	1.61
1016349--1016412	32	2.0	32	87	6	94	7	15	20	56	1.64
1016362--1016790	218	2.0	218	94	0	750	25	15	16	42	1.88
1019335--1019411	14	5.0	15	70	20	52	42	15	7	33	1.76
1019339--1019405	34	1.9	35	90	3	109	46	14	7	31	1.73
1019745--1019798	24	2.2	24	100	0	108	48	12	11	27	1.76
1020206--1020294	31	3.0	29	75	8	88	40	15	11	32	1.83
1024019--1024077	31	2.0	30	86	6	84	52	15	6	25	1.67
1024731--1024755	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1025417--1025445	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1045741--1045798	31	1.9	30	82	3	71	41	18	12	27	1.86
1050114--1050157	19	2.4	18	77	7	52	47	0	2	50	1.13
1054721--1054770	25	2.0	25	100	0	100	24	16	8	52	1.70
1067040--1067086	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1078753--1078818	31	2.2	28	79	10	69	16	15	6	62	1.52
1083011--1083067	28	2.0	28	83	10	71	42	10	10	36	1.74
1087436--1087487	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
1088694--1088738	21	2.1	21	84	8	56	62	4	2	31	1.27
1091799--1091858	24	2.5	24	84	7	70	56	3	1	38	1.26
1094494--1094579	39	2.2	39	79	4	93	48	5	1	44	1.34
1096871--1096913	22	2.0	22	86	9	61	37	0	20	41	1.53
1097990--1098025	16	2.2	16	90	0	54	36	0	0	63	0.94
1097991--1098034	16	2.6	16	82	7	52	34	2	0	63	1.07
1100750--1100845	47	2.0	47	97	0	183	27	10	8	54	1.63
1101509--1101550	22	1.9	22	85	9	59	42	19	19	19	1.89
1101509--1101588	25	3.3	25	80	11	87	42	18	18	20	1.89
1105162--1105213	18	2.8	19	85	5	54	50	0	1	48	1.12
1109560--1109823	49	5.4	48	78	10	207	37	18	20	22	1.94
1109554--1109823	100	2.7	99	81	6	309	38	18	20	22	1.93
1110687--1110714	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
1112761--1112839	33	2.4	33	89	0	122	15	13	46	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1112777--1112856	33	2.4	33	80	0	88	21	10	43	25	1.83
1113179--1113214	13	2.7	14	87	12	58	30	5	0	63	1.17
1113179--1113220	13	3.1	14	83	10	52	28	4	0	66	1.12
1113329--1113353	11	2.3	11	100	0	50	76	8	16	0	1.02
1113335--1113362	14	2.0	14	100	0	56	78	7	14	0	0.95
1113385--1113479	5	17.6	5	75	14	73	17	21	0	61	1.35
1113384--1113479	17	5.9	16	72	9	70	17	20	0	61	1.35
1113490--1113538	21	2.2	22	80	16	57	22	10	0	67	1.20
1115464--1115645	91	2.0	91	98	0	355	28	17	10	43	1.83
1116497--1116535	11	3.5	11	93	6	69	58	7	15	17	1.59
1116499--1116541	12	3.7	12	93	3	70	60	6	18	13	1.55
1116499--1116548	23	2.2	23	85	7	66	64	6	16	14	1.48
1119159--1119300	49	2.8	50	77	9	137	20	26	18	34	1.96
1123890--1123925	16	2.3	15	95	4	63	55	5	16	22	1.62
1124137--1124208	8	9.1	8	78	17	71	80	0	1	18	0.78
1124165--1124208	22	2.0	22	91	8	72	86	0	0	13	0.57
1128066--1128120	24	2.4	22	75	19	58	63	3	0	32	1.12
1137461--1137505	16	2.8	17	80	10	58	62	6	2	28	1.33
1138961--1139024	30	2.2	29	82	2	74	50	9	1	39	1.44
1143649--1143855	112	1.8	113	85	5	294	23	25	27	24	2.00
1144483--1144578	31	3.1	31	93	3	165	31	9	14	44	1.77
1151846--1151881	13	2.8	13	95	0	63	16	27	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1152412--1152452	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
1152412--1152454	18	2.4	19	84	11	63	51	4	0	44	1.22
1153174--1153213	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
1153362--1153413	5	10.0	5	79	8	59	57	3	0	38	1.17
1153361--1153416	17	3.4	16	83	11	69	57	3	0	39	1.16
1153779--1153824	20	2.3	20	88	3	67	58	6	0	34	1.24
1155353--1155388	6	6.0	6	93	0	63	33	0	2	63	1.08
1155353--1155387	18	1.9	18	100	0	70	34	0	2	62	1.10
1158390--1158447	27	2.2	27	93	3	100	12	24	10	53	1.68
1161472--1161526	28	1.9	29	85	3	76	45	1	0	52	1.11
1161472--1161533	28	2.1	29	82	5	72	43	3	0	53	1.17
1162659--1162684	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
1171742--1171782	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1190783--1191447	236	2.8	232	82	5	736	40	19	16	22	1.91
1192185--1192219	12	2.8	12	86	4	52	85	0	5	8	0.73
1200514--1200540	10	2.7	10	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1201348--1201377	12	2.6	11	90	10	51	53	0	3	43	1.17
1202454--1202496	18	2.4	18	85	11	54	62	0	0	37	0.95
1202460--1202497	15	2.4	17	82	8	53	63	0	0	36	0.95
1202911--1203038	26	5.2	26	82	12	171	39	4	21	34	1.75
1202913--1203069	71	2.2	71	98	0	305	39	5	20	34	1.76
1207773--1207929	43	3.7	42	82	6	167	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1212839--1212888	11	4.5	11	82	2	55	20	28	2	50	1.59
1212839--1212893	22	2.4	23	81	6	67	23	25	1	49	1.60
1218188--1218245	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1218457--1218488	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1218583--1218824	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
1218583--1218832	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
1221067--1221109	14	3.0	15	80	10	54	34	6	16	41	1.75
1221090--1221129	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1222058--1222122	31	2.0	32	88	5	96	36	3	46	13	1.60
1225895--1225935	18	2.3	18	91	0	64	29	19	31	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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