genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  42  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14264188--14264274	43	2.0	45	88	4	133	20	21	4	52	1.64
14264255--14264286	16	1.9	17	93	6	57	15	15	0	68	1.21
14264281--14264314	12	2.8	12	86	0	50	26	29	0	44	1.55
14264319--14264470	51	2.9	51	92	3	243	25	12	1	61	1.39
14272854--14272919	30	2.2	30	91	5	107	31	3	1	63	1.19
14274227--14274366	40	3.5	40	82	5	176	40	23	20	16	1.91
14274391--14274586	41	4.8	41	91	0	311	21	20	29	28	1.98
14274686--14274735	26	2.0	26	84	4	66	58	6	12	24	1.56
14275215--14275273	21	2.8	21	81	2	64	28	0	38	32	1.57
14275546--14275625	18	4.4	18	64	30	53	43	1	8	46	1.42
14275518--14275634	55	2.1	55	92	6	193	45	0	9	44	1.42
14280252--14280309	27	2.2	26	81	3	62	27	5	1	65	1.23
14280495--14280694	43	4.7	43	83	0	231	25	19	30	26	1.98
14280853--14280922	28	2.5	28	83	2	97	25	1	27	45	1.62
14281103--14281468	126	2.9	125	89	1	527	36	16	18	28	1.92
14283383--14283436	18	2.9	18	86	2	72	38	9	31	20	1.84
14296556--14296625	24	2.9	24	74	6	70	28	12	15	42	1.84
14297410--14297461	27	1.9	27	100	0	104	25	25	11	38	1.89
14298296--14298449	41	3.8	41	98	0	299	24	27	22	25	2.00
14300399--14300423	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
14311968--14312016	20	2.5	19	80	6	62	2	20	2	75	1.00
14311970--14312032	21	3.0	20	78	17	58	4	20	3	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14315043--14315095	21	2.6	21	84	3	63	35	1	7	54	1.40
14315120--14315159	15	2.6	16	92	4	64	25	2	10	62	1.39
14332182--14332224	18	2.3	19	88	8	61	48	6	0	44	1.29
14335049--14335149	42	2.4	41	81	4	121	41	15	20	21	1.90
14335057--14335157	21	4.8	21	64	4	51	42	14	20	21	1.88
14339757--14339990	50	4.6	50	79	3	218	23	27	20	28	1.99
14354325--14354384	31	1.9	31	83	6	77	48	8	6	36	1.60
14356048--14356091	19	2.4	18	85	11	54	36	4	0	59	1.18
14357753--14357785	7	4.7	7	100	0	66	15	54	0	30	1.41
14369174--14369207	17	2.1	17	94	5	61	67	14	5	11	1.39
14372721--14372788	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
14372769--14372878	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
14373004--14373045	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14373013--14373054	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14373002--14373270	120	2.2	121	93	3	456	49	4	2	42	1.37
14373120--14373165	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
14373120--14373174	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
14373052--14373239	61	3.1	61	68	14	181	48	6	2	42	1.42
14378525--14378633	10	11.0	10	70	20	61	27	4	2	65	1.26
14378530--14378603	19	3.7	19	73	20	62	25	5	2	66	1.27
14378537--14378591	28	2.0	28	82	7	67	25	7	3	63	1.37
14378528--14378622	21	4.7	21	70	17	69	26	5	2	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14378588--14378648	32	1.9	32	86	6	88	26	1	3	68	1.14
14407263--14407292	15	1.9	16	93	6	53	66	3	6	23	1.30
14409582--14409612	16	1.9	16	100	0	62	32	12	12	41	1.81
14409585--14409620	16	2.2	16	90	0	54	30	16	11	41	1.83
14409890--14409930	17	2.4	17	84	8	57	24	26	17	31	1.97
14415121--14415172	15	3.5	15	71	10	52	51	13	11	23	1.73
14418172--14418228	19	3.1	19	78	14	66	57	3	0	38	1.16
14418196--14418238	10	4.3	10	81	0	50	67	0	0	32	0.91
14418196--14418243	20	2.3	21	82	10	62	66	0	0	33	0.92
14418166--14418230	19	3.4	19	73	16	62	60	4	0	35	1.18
14418189--14418238	20	2.5	20	80	6	57	66	2	0	32	1.03
14418280--14418334	25	2.2	25	83	6	67	34	1	3	60	1.25
14429601--14429632	15	2.1	16	88	11	50	53	9	18	18	1.71
14430047--14430090	18	2.4	18	92	0	70	40	45	2	11	1.53
14430894--14431134	57	4.3	56	83	4	272	29	9	16	44	1.80
14430894--14431140	113	2.2	113	87	2	345	29	9	16	44	1.79
14430894--14431180	56	5.1	57	82	3	298	29	10	16	43	1.82
14433742--14433796	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
14433817--14433883	9	7.4	9	84	0	89	28	7	19	44	1.77
14436556--14436824	94	2.9	93	85	5	328	31	17	22	28	1.96
14437194--14437300	32	3.3	32	79	5	135	45	19	6	28	1.75
14437193--14437333	64	2.2	64	89	0	219	47	18	6	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14437193--14437334	32	4.4	33	77	12	134	47	19	6	27	1.73
14444321--14444373	18	2.9	18	85	2	70	41	47	1	9	1.47
14444420--14444448	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
14444530--14444597	27	2.5	27	87	0	100	26	8	22	42	1.82
14444529--14444597	9	7.7	9	85	6	86	26	8	21	43	1.81
14444892--14444998	51	2.1	51	98	0	205	35	28	9	26	1.87
14445166--14445240	33	2.3	33	86	4	98	22	46	2	28	1.65
14446692--14447069	44	8.3	44	67	15	166	33	16	21	29	1.95
14446732--14447233	94	5.4	93	68	16	216	34	16	20	28	1.95
14446678--14447141	138	3.4	137	86	5	657	33	16	20	29	1.94
14447221--14447366	44	3.2	44	66	17	107	43	15	14	26	1.85
14447228--14447386	50	3.3	48	68	19	134	44	17	11	26	1.84
14447187--14447390	94	2.2	94	90	0	327	42	17	13	26	1.86
14448895--14448932	19	2.0	19	89	0	58	21	0	2	76	0.91
14450370--14450436	30	2.2	31	81	7	75	61	2	8	26	1.41
14452415--14452456	21	2.0	21	100	0	84	42	33	14	9	1.78
14454751--14455495	379	2.0	379	99	0	1481	41	17	16	24	1.89
14455479--14455510	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
14456143--14456289	64	2.3	64	97	0	285	41	13	8	36	1.76
14459850--14459902	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
14461018--14461080	30	2.1	30	87	0	90	55	12	4	26	1.57
14461520--14461571	20	2.7	20	81	3	70	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14475221--14475258	11	3.3	12	82	14	53	36	0	0	63	0.95
14475279--14475334	25	2.4	22	76	23	69	58	1	1	37	1.19
14476456--14476536	31	2.6	31	84	0	108	27	23	14	34	1.94
14476993--14477049	30	1.9	30	85	7	80	47	14	7	31	1.70
14478091--14478154	23	2.8	24	77	15	66	50	0	1	48	1.10
14496832--14496870	19	2.1	19	100	0	78	56	15	5	23	1.59
14497250--14497290	20	2.0	21	86	13	59	58	0	7	34	1.26
14505223--14505259	16	2.2	18	85	9	51	78	5	2	13	1.03
14505398--14505440	22	2.0	22	86	9	61	76	2	0	20	0.89
14505388--14505446	15	4.2	14	75	14	59	76	1	1	20	0.96
14505378--14505445	10	6.8	10	74	12	52	77	1	1	19	0.92
14505531--14505647	61	1.9	61	89	0	180	13	33	21	31	1.92
14508520--14508555	18	2.0	18	100	0	72	72	11	0	16	1.12
14515791--14515902	49	2.3	49	81	7	129	19	17	31	31	1.95
14527870--14527956	44	2.0	44	93	0	147	31	12	17	39	1.87
14530938--14531002	2	32.5	2	93	0	112	3	0	46	50	1.17
14531586--14531777	76	2.5	76	77	2	197	31	15	21	31	1.95
14531675--14531777	25	4.1	26	74	12	90	26	16	25	32	1.96
14546032--14546097	28	2.4	28	82	7	73	48	15	10	25	1.77
14548524--14548704	22	8.2	21	81	8	92	43	18	8	29	1.80
14548532--14548707	44	4.0	44	87	0	253	43	17	9	29	1.80
14548538--14548707	88	1.9	88	93	0	295	42	17	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14553645--14553677	16	2.1	16	100	0	66	27	12	18	42	1.85
14557183--14557590	213	1.9	213	98	0	789	28	9	24	37	1.87
14559713--14560078	52	7.6	49	86	8	431	34	14	22	28	1.93
14559713--14560078	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	28	1.93
14559975--14560187	37	5.3	43	86	9	196	36	14	22	26	1.93
14560042--14560187	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
14560995--14561026	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
14560955--14561106	61	2.6	58	84	5	189	32	15	21	29	1.95
14562507--14562554	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
14562508--14562556	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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