genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  210  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62604256--62604325	36	1.9	35	83	13	88	11	1	10	77	1.07
62604264--62604322	8	7.5	8	80	16	70	11	0	10	77	0.98
62604264--62604322	17	3.8	16	84	11	70	11	0	10	77	0.98
62605572--62605620	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
62606989--62607372	109	3.6	110	91	5	580	32	21	18	27	1.96
62607182--62607372	102	1.9	102	98	0	373	33	20	18	27	1.96
62607433--62607474	21	2.0	20	86	4	57	52	2	19	26	1.58
62620231--62620278	25	1.9	25	87	8	71	39	18	16	25	1.91
62620421--62620465	22	2.0	22	86	0	63	35	17	17	28	1.93
62620524--62620592	29	2.4	29	80	0	75	33	30	13	23	1.92
62626351--62626425	40	1.9	38	84	10	98	26	10	20	42	1.84
62626348--62626431	40	2.2	36	76	15	89	27	9	20	42	1.83
62628706--62628731	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
62628985--62629101	61	1.9	61	92	0	198	40	15	18	25	1.90
62629051--62629261	52	4.1	52	83	3	255	39	16	18	25	1.91
62637086--62637145	26	2.3	26	77	5	68	51	25	3	20	1.62
62642207--62642268	28	2.2	28	94	0	106	22	22	24	30	1.99
62642207--62642281	28	2.7	28	87	0	87	20	26	24	29	1.99
62643068--62643103	13	2.7	14	87	12	58	41	11	11	36	1.76
62643771--62643796	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
62643791--62643819	11	2.5	12	94	5	51	41	0	0	58	0.98
62644146--62644202	28	2.0	28	100	0	114	35	22	3	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62644721--62644752	15	2.1	15	100	0	64	18	18	15	46	1.84
62644724--62644761	15	2.5	15	91	0	58	15	26	13	44	1.83
62645439--62645480	21	1.9	22	85	9	59	33	0	0	66	0.92
62649234--62649321	44	2.0	44	100	0	176	22	13	25	38	1.91
62660944--62660985	14	3.0	14	92	0	75	35	4	21	38	1.75
62662164--62662318	78	2.0	78	96	0	283	31	11	27	29	1.92
62666091--62666118	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
62669649--62669689	21	2.0	21	100	0	82	4	17	53	24	1.63
62678403--62678750	86	4.0	86	87	0	480	28	22	22	25	1.99
62678710--62679115	134	3.1	134	83	5	452	29	20	22	27	1.98
62679112--62679799	82	8.4	82	94	0	1153	32	24	20	22	1.98
62680498--62680552	15	3.5	15	83	13	67	16	3	9	70	1.27
62680512--62680550	17	2.3	17	100	0	78	15	5	5	74	1.17
62686106--62686161	12	4.9	11	77	14	51	55	1	5	37	1.33
62686116--62686148	14	2.4	14	94	0	57	57	0	3	39	1.14
62686099--62686161	22	2.8	21	77	13	63	55	1	6	36	1.35
62686223--62686269	17	2.8	17	78	15	62	59	6	4	29	1.41
62687286--62687318	12	2.8	12	100	0	66	39	6	18	36	1.75
62694053--62694082	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
62694466--62694499	17	1.9	18	88	5	52	35	5	8	50	1.58
62697259--62697298	21	2.0	20	85	5	53	52	0	0	47	1.00
62710983--62711023	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62716602--62716660	30	2.0	30	100	0	118	32	20	6	40	1.78
62718368--62718397	16	1.9	16	93	6	53	63	0	13	23	1.29
62736884--62736932	26	1.9	25	83	4	62	63	4	0	32	1.13
62740326--62740621	147	2.0	148	97	0	567	25	11	15	47	1.79
62741551--62741584	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
62742252--62742388	71	1.9	73	86	3	197	29	16	17	36	1.92
62747963--62748461	89	5.6	89	85	0	624	29	25	22	23	1.99
62747963--62748461	267	1.9	267	86	1	714	29	25	22	23	1.99
62748489--62748734	50	4.9	49	73	5	179	33	20	19	26	1.96
62748491--62748734	100	2.4	100	86	0	344	33	20	18	27	1.96
62749091--62749186	44	2.2	44	86	3	131	26	18	28	27	1.98
62749636--62749989	43	8.3	43	86	2	412	28	28	17	25	1.97
62749633--62749989	129	2.8	128	85	4	459	29	28	17	25	1.97
62750063--62750096	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
62754652--62754728	22	3.5	22	79	10	77	36	40	0	23	1.55
62755188--62755526	41	8.3	40	83	4	356	30	27	22	19	1.98
62755188--62755525	123	2.7	123	85	3	466	30	27	22	19	1.98
62755639--62755717	40	2.0	40	87	0	113	24	17	20	37	1.93
62757197--62757242	23	2.0	22	84	12	58	23	2	10	63	1.38
62757970--62758109	71	1.9	73	89	2	221	30	15	18	36	1.91
62758256--62758283	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
62761869--62761930	25	2.3	26	83	8	72	59	1	4	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62761951--62761977	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
62763413--62764348	132	7.1	132	92	1	1527	29	24	18	27	1.98
62766293--62766331	16	2.4	16	84	12	53	0	2	15	82	0.79
62770010--62770039	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
62770444--62770505	25	2.3	26	83	8	72	59	1	4	33	1.28
62770524--62770559	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
62770630--62770668	8	4.9	8	81	12	53	61	0	2	35	1.10
62776952--62776985	17	1.9	18	88	5	52	35	5	8	50	1.58
62781929--62781985	24	2.4	23	85	2	69	61	5	3	29	1.35
62781936--62781985	20	2.4	21	83	3	57	60	6	2	32	1.32
62782205--62782236	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
62784169--62784211	21	2.0	21	95	0	77	4	16	51	27	1.64
62786657--62786694	18	2.1	19	85	5	51	21	28	5	44	1.73
62789132--62789164	17	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
62790455--62790483	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
62795566--62795638	36	2.0	36	100	0	146	24	28	24	21	1.99
62802275--62802407	7	18.7	7	73	11	83	45	35	0	19	1.51
62802775--62803035	41	6.4	41	90	1	391	31	29	21	17	1.96
62802775--62803035	122	2.1	123	89	3	402	31	29	21	17	1.96
62803072--62803223	40	3.8	39	73	10	121	22	21	21	34	1.96
62816491--62816591	45	2.2	45	91	3	159	43	19	15	20	1.88
62818071--62818103	18	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62818725--62818757	18	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
62817646--62818956	654	2.0	654	99	0	2568	33	19	9	37	1.83
62819371--62819412	21	2.0	21	85	0	57	45	9	7	38	1.64
62819861--62819900	19	2.2	18	86	8	55	50	2	0	47	1.14
62821151--62821207	24	2.4	24	84	0	69	26	5	24	43	1.75
62821815--62821906	23	3.9	23	68	19	64	64	0	2	33	1.06
62821855--62821903	9	5.6	8	80	17	53	65	0	0	34	0.93
62821852--62821901	19	2.7	19	85	14	61	66	0	0	34	0.92
62821820--62821904	27	3.3	27	73	12	81	62	0	2	35	1.08
62838026--62838100	19	3.8	19	86	6	105	36	18	9	36	1.83
62852732--62852787	15	3.7	15	79	13	60	35	5	0	58	1.21
62853414--62853467	16	3.4	16	92	0	81	31	0	33	35	1.58
62853446--62853536	45	2.0	44	85	2	119	31	5	27	35	1.80
62853681--62853722	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
62853690--62853731	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
62853684--62854026	120	2.9	120	97	0	659	49	6	2	41	1.41
62853920--62853971	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
62865460--62865506	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
62869173--62869237	21	3.3	21	65	30	61	29	3	10	56	1.48
62869165--62869244	38	2.1	38	100	0	160	33	2	10	53	1.48
62871124--62871148	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
62873113--62873165	27	2.0	25	82	7	61	54	0	9	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62874942--62874970	14	2.0	15	93	6	51	6	3	6	82	0.93
62874944--62874980	18	2.2	17	86	13	51	8	2	8	81	0.97
62886986--62887055	35	2.0	35	86	5	97	14	18	27	40	1.89
62888175--62888230	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
62890424--62890466	15	2.9	15	83	13	61	25	32	2	39	1.69
62891364--62891813	51	8.9	50	76	4	379	29	25	15	29	1.96
62891366--62891813	102	4.4	101	83	4	485	29	25	15	29	1.96
62896062--62896094	12	2.8	12	90	4	50	69	0	0	30	0.88
62896501--62896541	13	3.3	13	80	6	50	48	7	0	43	1.30
62898071--62898123	27	2.0	25	82	7	61	54	0	9	35	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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