genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  41  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14074009--14074063	26	2.1	26	100	0	110	10	20	14	54	1.69
14077182--14077226	20	2.2	21	88	4	65	35	0	2	62	1.08
14097550--14097582	17	1.9	17	88	11	50	39	0	3	57	1.14
14097761--14097800	19	2.0	21	90	9	66	40	0	0	60	0.97
14097758--14097806	25	1.9	26	91	4	82	42	0	0	57	0.99
14097818--14097867	26	1.9	26	84	8	66	40	0	4	56	1.18
14099437--14099488	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14101412--14101463	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14103420--14103449	10	3.0	10	90	0	51	56	13	0	30	1.37
14115877--14115906	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
14116008--14116049	17	2.5	17	81	11	50	57	4	0	38	1.20
14116586--14116626	19	2.1	20	86	4	57	31	0	0	68	0.90
14116574--14116626	15	3.5	15	71	19	56	33	0	0	66	0.92
14119206--14119257	22	2.5	20	80	14	61	71	0	5	23	1.07
14128047--14128097	19	2.6	19	84	9	59	13	0	37	49	1.43
14129330--14129391	24	2.9	21	75	15	56	33	16	8	41	1.77
14131437--14131484	23	2.1	23	100	0	96	35	16	14	33	1.89
14134232--14134679	109	4.1	109	93	0	756	32	17	16	33	1.92
14147108--14147158	21	2.5	20	74	3	57	31	1	3	62	1.24
14147164--14147202	18	2.2	18	85	0	51	38	0	7	53	1.30
14151955--14152045	45	2.0	45	100	0	182	38	13	24	24	1.91
14152271--14152346	34	2.2	34	84	9	93	17	13	25	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14153111--14153144	17	2.1	17	89	10	54	32	0	32	35	1.58
14156478--14156555	29	2.6	29	77	4	75	51	15	11	21	1.75
14156621--14156685	32	2.1	31	82	5	78	50	16	9	23	1.74
14160222--14160260	16	2.4	16	83	8	53	38	5	2	53	1.37
14160469--14160526	30	1.9	30	82	6	73	53	5	5	36	1.46
14161506--14161595	43	2.1	43	93	0	153	24	30	28	16	1.97
14163848--14163953	41	2.6	41	92	0	176	32	25	20	21	1.98
14168870--14169005	71	1.9	70	88	5	202	41	14	10	33	1.80
14168870--14169021	71	2.1	70	85	4	198	42	14	9	32	1.79
14169004--14169083	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
14169472--14169659	41	4.6	41	83	6	229	34	23	17	24	1.96
14169479--14169659	82	2.2	83	88	3	278	34	23	17	24	1.95
14176417--14176555	25	5.6	25	78	4	138	31	18	28	21	1.97
14176417--14176555	75	1.9	74	86	7	201	31	18	28	21	1.97
14182665--14182721	24	2.4	24	84	0	69	49	8	3	38	1.51
14182740--14182808	35	2.0	35	94	5	122	26	17	13	43	1.85
14192759--14192806	17	2.8	17	87	3	60	54	0	0	45	0.99
14192753--14192806	18	3.1	18	83	5	65	53	0	0	46	1.00
14192896--14192932	19	1.9	19	94	0	65	54	0	2	43	1.14
14194094--14194147	15	3.6	14	79	16	63	50	9	7	33	1.62
14194092--14194148	16	3.6	16	81	6	55	49	8	7	35	1.61
14194489--14194534	16	2.8	16	80	3	56	67	0	6	26	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14194676--14194746	7	9.9	7	76	18	58	0	19	0	80	0.72
14194676--14194746	15	4.9	15	74	17	69	0	19	0	80	0.72
14194678--14194744	9	7.7	9	76	14	52	0	19	0	80	0.71
14194697--14194749	21	2.6	20	82	5	70	0	24	0	75	0.80
14194685--14194750	28	2.4	28	80	7	82	0	21	0	78	0.75
14194900--14194950	17	3.0	16	83	11	57	0	3	11	84	0.75
14194907--14194950	6	7.8	6	87	7	58	0	0	13	86	0.57
14194907--14194950	22	2.0	22	90	0	70	0	0	13	86	0.57
14194907--14194948	16	2.5	17	88	3	68	0	0	11	88	0.53
14195013--14195071	8	7.6	8	87	11	63	3	10	0	86	0.68
14195024--14195074	7	7.3	7	91	8	86	0	13	0	86	0.58
14195031--14195074	15	3.0	15	96	3	81	0	13	0	86	0.57
14195023--14195098	21	3.5	21	77	18	75	1	18	0	80	0.79
14195028--14195099	3	27.0	3	79	13	54	1	20	0	77	0.84
14195028--14195099	13	5.4	15	79	15	54	1	20	0	77	0.84
14195426--14195530	29	3.6	29	80	5	104	40	3	20	35	1.71
14195696--14196610	165	5.7	161	92	3	1443	35	19	17	27	1.94
14195696--14196610	80	11.3	81	92	3	1449	35	19	17	27	1.94
14197485--14197515	10	3.2	10	95	4	55	0	0	16	83	0.64
14201486--14201517	4	8.0	4	92	0	55	53	0	21	25	1.46
14203660--14203709	15	3.2	15	76	18	57	46	10	8	36	1.67
14203659--14203709	16	3.2	16	78	10	50	45	9	7	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14204051--14204094	16	2.8	16	89	3	63	61	0	4	34	1.16
14204245--14204304	8	7.8	8	76	12	54	0	18	0	81	0.69
14204243--14204308	11	6.3	11	77	11	68	0	19	0	80	0.72
14204252--14204309	22	2.9	20	82	12	75	0	20	0	79	0.74
14204244--14204292	25	2.0	25	84	8	64	0	22	0	77	0.77
14204466--14204502	6	6.7	6	88	11	53	0	0	10	89	0.49
14204452--14204499	12	4.2	11	78	7	51	0	6	10	83	0.81
14204466--14204502	17	2.3	16	86	13	58	0	0	10	89	0.49
14204577--14204620	15	2.9	15	86	6	54	0	20	0	79	0.73
14204989--14205093	29	3.6	29	80	5	104	40	3	20	35	1.71
14205088--14205118	8	3.9	8	95	0	53	16	0	6	77	0.97
14206561--14206776	96	2.2	98	89	2	321	37	15	2	43	1.60
14213088--14213195	15	7.2	15	65	12	69	45	7	21	25	1.78
14213082--14213205	30	4.1	30	91	1	194	44	6	23	25	1.77
14217788--14217865	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
14217784--14217865	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
14224188--14224235	26	1.9	24	83	8	60	52	2	2	43	1.24
14224188--14224235	24	1.9	25	83	8	62	52	2	2	43	1.24
14230117--14230178	20	3.1	20	73	15	56	27	4	3	64	1.29
14231734--14231820	23	3.8	22	80	7	95	19	26	20	33	1.97
14232886--14232910	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
14233725--14233758	14	2.5	13	86	9	50	20	41	29	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14235546--14235619	38	1.9	38	86	0	103	29	9	18	41	1.82
14243281--14243330	17	2.9	17	93	3	82	40	2	2	56	1.22
14243480--14243583	44	2.5	41	78	17	122	35	30	3	29	1.75
14243491--14243583	44	2.1	46	91	4	154	36	30	4	29	1.77
14243565--14243617	16	3.3	16	91	0	88	24	33	3	37	1.74
14244286--14244331	22	2.1	23	84	8	60	43	2	6	47	1.41
14252590--14252647	29	2.0	29	96	0	107	51	12	10	25	1.70
14252590--14252711	29	4.3	29	71	14	101	54	9	8	28	1.61
14254949--14255052	49	2.1	49	87	0	145	30	8	9	50	1.65
14256467--14256565	44	2.3	41	75	17	92	44	1	4	50	1.27
14256500--14256669	28	5.8	28	67	19	89	42	1	2	53	1.21
14256413--14256675	120	2.3	115	89	7	396	44	1	3	50	1.27
14256802--14256903	44	2.4	43	78	14	113	37	29	3	29	1.75
14256822--14256909	46	2.0	44	90	4	140	39	30	4	25	1.75
14256889--14256926	16	2.4	16	90	0	67	26	34	2	36	1.71
14256993--14257053	10	6.1	10	82	3	70	77	0	22	0	0.78
14256978--14257048	26	2.8	25	83	8	81	73	0	26	0	0.84
14256997--14257065	30	2.3	30	85	2	86	72	1	26	0	0.93
14256987--14257073	10	9.1	10	78	12	58	70	1	28	0	0.95
14256978--14257073	20	5.0	20	75	12	76	69	1	29	0	0.95
14256985--14257063	36	2.2	37	86	6	117	70	1	27	0	0.95
14257460--14257912	153	2.9	155	88	3	657	49	7	11	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14260170--14260211	8	5.4	8	80	5	50	47	26	2	23	1.64
14260438--14260482	23	2.0	23	86	4	65	40	0	17	42	1.50
14261425--14261568	46	3.2	46	96	2	272	33	4	4	57	1.39
14261514--14261726	100	2.1	102	90	3	331	34	7	3	53	1.46
14261678--14261724	20	2.5	18	77	12	58	34	10	0	55	1.35
14261578--14261626	20	2.5	20	82	0	71	36	8	0	55	1.30
14262760--14262889	37	3.5	37	69	15	104	50	12	5	31	1.62
14262798--14262844	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
14263154--14263224	3	23.3	3	76	2	70	1	42	1	54	1.17
14263915--14263961	20	2.3	20	85	7	60	29	2	2	65	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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