genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19744200--19744458	73	3.5	73	96	0	473	40	23	6	29	1.79
19748701--19748886	73	2.5	73	97	0	354	40	24	6	28	1.79
19764723--19764793	27	2.6	27	88	0	115	11	36	32	19	1.87
19768819--19768849	6	5.0	6	96	4	53	64	0	16	19	1.29
19784924--19784982	24	2.4	24	80	8	66	37	22	28	11	1.89
19784946--19785006	24	2.5	25	81	5	70	40	16	26	16	1.89
19785533--19785598	11	6.4	11	75	16	61	46	12	0	40	1.41
19785533--19785592	30	2.0	30	96	0	111	48	11	0	40	1.40
19786139--19786166	10	2.8	10	100	0	56	28	10	0	60	1.30
19789765--19789887	63	2.0	63	86	0	174	31	26	17	24	1.97
19789977--19790078	40	2.5	41	84	6	118	40	17	11	30	1.86
19795384--19795435	27	1.9	27	88	0	77	25	26	17	30	1.97
19795420--19795484	25	2.6	25	95	0	112	21	20	26	32	1.97
19798760--19798952	43	4.5	42	85	6	244	26	15	23	34	1.94
19807244--19807323	23	3.3	23	73	11	72	32	23	26	17	1.97
19809800--19809844	18	2.2	22	85	14	62	60	0	0	40	0.97
19810793--19810848	29	2.0	28	82	6	69	62	1	1	33	1.16
19817321--19817388	9	7.4	9	80	9	75	39	25	10	25	1.87
19819868--19819928	30	2.0	30	93	0	104	36	13	13	37	1.83
19820957--19820992	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
19821749--19821780	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
19825629--19825707	31	2.6	31	88	6	108	37	10	10	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19825632--19825707	29	2.5	29	87	6	98	38	10	10	40	1.74
19831456--19831523	28	2.4	28	87	0	91	38	19	22	20	1.94
19834682--19834745	13	4.9	13	86	0	92	25	10	25	39	1.88
19835334--19835377	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
19839741--19839788	17	2.8	17	75	9	53	31	18	4	45	1.68
19847466--19847499	14	2.4	14	85	0	50	64	0	0	35	0.94
19848731--19848826	28	3.4	28	91	4	149	38	12	1	47	1.48
19848898--19849000	27	3.8	27	92	0	161	27	29	27	16	1.97
19849030--19849081	26	2.0	26	92	0	86	69	5	15	9	1.35
19849143--19849181	19	2.0	21	85	10	55	25	0	7	66	1.18
19849226--19849259	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
19849258--19849304	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
19849479--19849542	26	2.4	26	82	7	76	39	1	9	50	1.44
19850118--19850162	18	2.5	18	79	13	56	28	6	46	17	1.73
19855726--19855763	19	2.0	19	85	10	51	60	7	0	31	1.25
19855777--19855889	32	3.5	33	83	11	128	0	30	0	69	0.89
19855804--19855879	26	2.9	27	81	13	86	0	30	0	69	0.88
19855771--19855879	26	4.1	27	74	19	79	0	32	0	67	0.91
19855922--19855988	27	2.5	27	95	0	116	14	26	29	28	1.96
19856074--19856171	28	3.5	28	88	6	137	47	0	12	39	1.41
19862977--19863020	21	2.1	21	95	0	79	11	20	29	38	1.87
19863144--19863326	43	4.3	43	76	9	169	19	16	31	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19863144--19863326	86	2.1	86	85	2	251	19	16	31	32	1.94
19863323--19863459	43	3.2	42	79	9	143	25	29	20	24	1.99
19863337--19863479	43	3.3	42	80	3	151	30	27	18	23	1.98
19863337--19863504	86	2.0	86	80	2	194	27	27	19	25	1.98
19863831--19863889	21	2.8	21	92	0	100	3	42	16	37	1.66
19863953--19864083	66	2.0	66	86	3	183	14	25	19	41	1.89
19868954--19869218	9	28.8	9	66	22	72	38	0	12	48	1.46
19868979--19869011	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
19869003--19869228	56	4.0	56	97	0	416	40	1	10	47	1.46
19869037--19869082	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
19868948--19869229	34	9.0	33	64	27	125	39	1	11	47	1.47
19869093--19869143	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
19869149--19869194	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
19869977--19870032	24	2.2	26	78	6	62	62	14	10	12	1.55
19870524--19870557	15	2.3	15	100	0	68	61	11	20	5	1.50
19870780--19870816	11	3.4	11	92	0	56	56	2	2	37	1.28
19872124--19872160	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
19872819--19872855	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
19873668--19873747	40	2.0	40	97	0	151	35	11	17	36	1.86
19875295--19875515	82	2.7	81	83	6	250	38	23	20	16	1.92
19875338--19875516	41	4.4	40	76	10	166	39	24	21	15	1.91
19875338--19875517	82	2.2	82	89	4	265	39	23	21	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19887179--19887210	4	8.0	4	92	0	55	71	0	3	25	1.00
19897093--19897202	44	2.5	44	77	2	105	11	19	22	46	1.82
19897148--19897202	22	2.5	22	78	0	65	12	20	21	45	1.84
19902872--19903049	72	2.4	74	75	5	175	35	21	24	18	1.96
19904089--19904140	5	10.4	5	100	0	104	59	0	0	40	0.97
19905028--19905117	45	2.0	45	95	0	162	23	21	20	35	1.96
19905087--19905146	29	2.1	29	96	0	111	26	21	20	31	1.98
19906871--19906910	20	2.0	21	90	5	64	30	20	30	20	1.97
19914626--19914685	32	1.9	31	86	3	84	46	1	5	46	1.34
19915172--19915215	17	2.6	16	82	7	52	72	2	2	22	1.07
19920001--19920043	20	2.2	20	87	8	61	30	2	2	65	1.18
19923273--19923325	20	2.7	19	80	11	54	56	5	5	32	1.46
19924912--19924951	21	1.9	21	85	10	55	47	0	30	22	1.52
19924891--19924946	29	1.9	29	85	0	76	48	0	30	21	1.51
19924989--19925016	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
19938870--19939026	44	3.7	43	78	8	151	29	21	21	28	1.98
19938870--19939026	85	1.8	85	83	5	210	29	21	21	28	1.98
19938957--19939047	44	2.1	44	87	0	128	31	19	19	28	1.97
19939328--19939407	42	1.9	42	86	0	115	17	20	31	31	1.95
19946216--19946271	27	2.1	27	93	0	94	33	8	19	37	1.83
19956373--19956557	46	4.0	46	90	0	289	35	9	26	29	1.87
19964387--19964499	42	2.7	42	81	0	127	18	23	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19964441--19964542	42	2.5	41	82	4	116	15	22	17	44	1.87
19972130--19972272	66	2.2	66	98	0	277	43	25	9	21	1.83
19976617--19976895	51	5.5	50	79	5	258	23	17	27	31	1.97
19976610--19976895	101	2.8	101	92	1	457	23	17	27	31	1.97
19976817--19976897	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
19976901--19977116	85	2.6	85	93	0	353	22	19	24	33	1.97
19976905--19977116	43	5.0	43	77	8	220	23	18	24	34	1.96
19978577--19978630	25	2.2	25	93	0	90	12	31	20	35	1.90
19978585--19978641	25	2.3	25	87	6	80	17	29	21	31	1.96
19978602--19978714	50	2.3	49	81	1	118	23	23	18	35	1.96
19983738--19984391	335	2.0	334	93	0	1130	37	25	11	25	1.89
19989783--19989894	41	2.7	41	90	0	161	21	22	24	32	1.98
19992860--19992890	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
20003439--20003472	14	2.4	14	85	0	50	41	0	17	41	1.50
20004027--20004068	23	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
20015432--20015501	34	2.1	34	100	0	140	20	18	14	47	1.83
20021340--20021366	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
20025034--20025058	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20028906--20028940	14	2.4	15	85	9	54	42	0	0	57	0.99
20032914--20032969	22	2.5	22	97	2	103	28	32	0	39	1.57
20034819--20034853	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
20035328--20035490	25	6.7	25	79	9	185	42	0	12	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20035328--20035490	70	2.2	72	87	9	226	42	0	12	44	1.47
20035486--20035776	23	12.0	23	68	25	140	45	25	1	28	1.60
20035513--20035766	29	9.1	29	66	24	127	45	25	0	28	1.59
20035556--20035683	66	2.0	65	90	4	204	46	24	0	28	1.58
20035542--20035688	45	3.3	45	82	12	171	45	25	0	27	1.58
20035560--20035660	21	4.6	22	80	14	127	46	24	0	28	1.53
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20035773--20036126	116	3.1	116	94	0	618	37	10	9	42	1.70
20036102--20036143	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
20039159--20039507	126	2.8	126	92	1	585	32	21	16	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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