genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23667752--23667971	114	1.9	113	80	8	248	26	22	18	32	1.97
23667802--23668162	114	3.2	112	75	11	365	27	22	19	31	1.97
23668170--23668371	75	2.7	75	93	0	332	26	21	16	35	1.95
23668305--23668578	113	2.4	113	81	3	293	27	21	15	35	1.94
23668306--23668659	113	3.1	113	76	9	276	25	22	17	34	1.95
23670336--23670476	71	2.0	71	95	0	255	45	8	10	35	1.69
23672406--23672460	19	2.6	23	78	21	66	54	1	5	38	1.34
23676397--23676438	19	2.2	19	86	0	57	83	2	4	9	0.88
23676637--23676688	25	2.1	24	89	10	79	13	15	51	19	1.75
23676637--23676688	24	2.1	25	89	10	81	13	15	51	19	1.75
23676817--23676877	20	3.1	19	78	19	63	21	1	4	72	1.13
23677215--23677524	89	3.5	89	74	9	270	29	21	18	30	1.97
23677269--23677382	41	2.7	41	82	6	113	31	24	17	26	1.97
23677133--23677538	179	2.3	181	84	1	521	29	21	18	30	1.97
23677412--23677524	44	2.5	45	84	5	149	28	20	21	30	1.98
23679224--23679267	11	4.0	11	82	11	63	0	27	0	72	0.85
23679224--23679266	5	8.0	5	80	14	50	0	25	0	74	0.82
23679222--23679267	17	2.8	17	78	15	60	0	28	0	71	0.86
23679229--23679283	22	2.5	22	82	8	58	5	27	0	67	1.12
23684715--23684774	30	2.0	30	96	0	111	36	25	16	21	1.94
23686051--23686134	22	3.8	23	79	6	86	44	17	26	11	1.84
23686051--23686137	44	2.0	44	88	0	129	43	18	25	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23693435--23693468	17	2.0	17	88	0	50	70	8	0	20	1.13
23694996--23695053	27	2.2	26	84	3	71	60	8	1	29	1.36
23695023--23695066	17	2.7	15	83	10	52	61	9	0	29	1.27
23698906--23698941	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
23702462--23702490	15	1.9	15	100	0	58	27	44	0	27	1.54
23710262--23710303	18	2.2	20	83	8	52	52	0	2	45	1.13
23712114--23712887	100	7.9	100	81	6	865	24	20	22	32	1.98
23712114--23712831	50	14.6	50	68	7	333	24	20	22	32	1.98
23712544--23712887	92	3.7	92	81	8	419	25	21	22	30	1.98
23712114--23712887	190	4.0	190	83	5	877	24	20	22	32	1.98
23712961--23713218	44	5.6	44	72	14	123	27	20	18	32	1.96
23712948--23713331	98	4.0	98	80	10	481	27	20	17	33	1.96
23713097--23713404	44	6.8	44	76	12	293	28	21	18	31	1.97
23712999--23713404	185	2.2	186	91	1	654	28	21	18	32	1.96
23714804--23714851	13	3.4	14	82	11	62	14	12	0	72	1.11
23715675--23715721	23	2.0	23	83	0	58	0	25	0	74	0.82
23715739--23715811	34	2.1	37	85	10	100	5	10	10	72	1.26
23720522--23720581	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
23724719--23724787	36	1.9	36	83	16	90	68	2	1	27	1.13
23724719--23724791	18	4.2	17	73	23	62	65	2	1	30	1.15
23732214--23732272	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
23737337--23737395	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23750537--23750562	12	2.2	12	100	0	52	19	7	7	65	1.43
23753700--23753814	54	2.1	54	98	1	223	32	13	26	27	1.94
23774438--23774481	13	3.7	12	90	6	63	75	6	4	13	1.17
23774437--23774482	12	3.7	13	88	8	69	76	6	4	13	1.14
23774429--23774483	13	4.6	12	78	13	51	78	5	3	12	1.06
23774535--23774559	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
23780713--23780737	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
23780898--23780998	9	10.6	9	89	8	139	37	30	9	21	1.86
23780898--23780998	20	5.3	18	88	9	139	37	30	9	21	1.86
23780899--23780998	31	3.4	29	90	8	159	37	31	10	22	1.87
23781005--23781065	17	3.4	17	68	12	50	52	13	1	32	1.50
23781022--23781085	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
23780999--23781111	37	3.1	37	94	1	192	47	15	4	32	1.65
23781152--23781210	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
23784272--23784305	16	2.1	16	94	0	59	50	8	0	41	1.34
23785209--23785249	17	2.5	17	92	4	66	24	4	34	36	1.77
23785641--23785845	106	1.9	106	84	8	259	27	0	13	58	1.42
23786095--23786143	22	2.3	21	82	6	62	30	6	2	61	1.32
23787842--23787885	22	2.0	23	86	4	63	45	13	15	25	1.83
23790927--23790982	4	13.0	4	75	20	51	1	28	1	67	1.10
23790927--23790982	9	6.5	8	75	18	51	1	28	1	67	1.10
23790920--23790977	18	3.2	18	73	21	50	1	32	1	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23791755--23791793	17	2.4	16	87	8	53	25	5	5	64	1.35
23794275--23794324	25	2.1	23	85	10	66	52	2	14	32	1.53
23794294--23794337	22	2.0	22	82	4	54	59	0	13	27	1.35
23808515--23808635	60	2.0	60	98	0	233	29	14	16	39	1.88
23814980--23815023	21	2.0	22	82	4	54	20	22	27	29	1.99
23825235--23825268	10	3.4	10	91	0	50	47	0	8	44	1.34
23828936--23828978	21	2.1	20	87	12	61	25	6	6	60	1.48
23832435--23832483	25	2.0	25	83	0	62	40	0	16	42	1.48
23832882--23832967	43	2.0	43	84	4	111	51	1	20	26	1.55
23833918--23834014	49	2.0	49	87	0	140	44	5	23	26	1.74
23840448--23840533	43	2.0	43	86	0	118	47	2	23	26	1.63
23841792--23841888	49	2.0	49	91	0	158	43	5	26	24	1.75
23847842--23847938	49	2.0	49	91	0	158	30	15	7	46	1.73
23849737--23849764	14	2.0	14	100	0	56	14	0	28	57	1.38
23854032--23854121	45	2.0	45	97	0	171	32	11	21	35	1.88
23858255--23858420	82	2.0	83	97	1	316	45	16	6	32	1.72
23861855--23861896	22	1.9	22	90	0	66	40	0	9	50	1.35
23864371--23864488	59	2.1	55	92	6	191	40	9	13	36	1.77
23867028--23867069	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
23870463--23870496	11	2.9	12	91	8	61	61	5	0	32	1.20
23871137--23871208	3	24.7	3	76	23	57	27	5	0	66	1.13
23871137--23871208	13	5.4	13	72	21	60	27	5	0	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23871222--23871265	22	2.0	22	83	12	56	20	0	2	77	0.88
23871272--23871312	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
23873648--23873694	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
23876727--23876781	22	2.6	21	80	13	67	74	0	16	9	1.06
23876727--23876788	21	2.9	20	76	19	63	70	0	19	9	1.14
23878019--23878128	45	2.5	45	83	1	132	29	20	24	25	1.99
23877995--23878181	44	4.2	44	72	11	139	32	18	22	26	1.97
23878350--23878927	44	12.7	44	73	12	346	32	18	20	28	1.96
23879749--23879779	11	2.7	12	90	10	55	58	6	0	35	1.24
23880415--23880490	3	24.7	3	75	21	52	27	6	1	64	1.26
23880415--23880490	13	5.8	13	73	17	61	27	6	1	64	1.26
23880557--23880597	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
23880713--23880765	22	2.6	20	72	13	54	22	9	1	66	1.31
23882006--23882100	50	1.9	50	93	4	165	49	6	8	35	1.59
23885821--23886153	167	2.0	167	97	0	630	38	16	11	34	1.84
23887598--23887645	20	2.4	20	92	0	87	27	20	8	43	1.80
23887815--23887875	30	2.0	30	87	0	86	31	11	1	55	1.45
23891499--23891532	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
23906612--23906670	7	8.1	7	72	20	50	3	16	3	76	1.06
23906601--23906670	22	3.2	22	74	18	65	5	17	2	74	1.14
23906612--23906669	15	4.1	13	75	25	55	3	17	3	75	1.07
23922675--23922707	8	4.1	8	96	0	57	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23926057--23926121	30	2.2	30	94	0	112	56	15	3	24	1.53
23932127--23932179	23	2.3	23	96	0	97	64	1	1	32	1.15
23934137--23934185	25	1.9	26	84	12	66	42	8	14	34	1.75
23935420--23935444	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
23947608--23947634	8	3.4	8	100	0	54	37	0	11	51	1.37
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23955845--23955873	7	4.1	7	100	0	58	0	0	27	72	0.85
23962158--23962269	33	3.4	33	93	0	170	39	31	8	20	1.83
23965156--23965190	13	2.8	12	91	4	52	2	60	0	37	1.12
23965156--23965190	6	5.7	6	90	6	52	2	60	0	37	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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