genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  20  of  226  ( 27070 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6916780--6916810	6	5.2	6	96	0	53	16	29	19	35	1.93
6917023--6917077	22	2.5	22	85	5	67	3	9	23	63	1.40
6945475--6945501	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
6953371--6953423	26	2.0	26	85	0	70	22	20	22	33	1.97
6957197--6957243	21	2.2	21	88	0	67	2	44	17	36	1.60
6964844--6964890	9	5.1	9	84	5	67	34	0	23	42	1.54
6967229--6967387	72	2.2	72	81	2	185	27	18	16	37	1.92
6967495--6967562	35	1.9	35	96	0	127	41	2	7	48	1.46
6967882--6967949	7	9.6	7	82	3	73	45	33	1	19	1.59
6967970--6968137	40	4.1	41	76	8	148	19	21	17	41	1.90
6967982--6968137	81	1.9	80	82	6	190	19	21	17	41	1.91
6968688--6968730	22	2.0	22	81	9	52	55	9	13	20	1.66
6970676--6970767	46	2.0	46	97	0	175	29	21	11	36	1.89
6974526--6974560	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30
6978926--6978972	7	6.9	7	76	13	53	23	0	4	72	1.02
6979432--6979486	27	2.2	26	83	9	69	65	1	0	32	1.03
6980449--6980473	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
6984008--6984041	18	1.9	17	88	5	50	79	0	20	0	0.73
6993373--6993405	7	4.7	7	100	0	66	42	30	0	27	1.56
6996440--6996547	37	2.9	37	87	2	146	29	28	16	25	1.97
6996666--6998118	47	30.6	47	93	2	2350	29	28	8	33	1.87
6996666--6998118	96	15.3	94	95	1	2350	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6996666--6998118	143	10.2	141	94	1	2350	29	28	8	33	1.87
6997266--6997341	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
7000083--7000161	39	2.0	39	100	0	158	46	15	7	30	1.73
7004422--7004576	77	2.0	77	96	0	283	29	12	33	24	1.92
7020165--7020198	14	2.4	14	90	0	50	35	2	2	58	1.28
7028039--7028072	16	2.1	17	88	5	52	79	8	2	8	1.03
7029063--7029104	22	1.9	22	90	0	66	28	11	26	33	1.92
7030237--7031401	581	2.0	581	96	0	2172	32	13	21	33	1.92
7033706--7033890	41	4.5	41	95	2	329	23	27	20	28	1.99
7033706--7033890	81	2.3	82	93	3	329	23	27	20	28	1.99
7051023--7051048	4	6.5	4	100	0	52	23	0	76	0	0.78
7055209--7055472	99	2.6	99	83	7	325	39	15	16	28	1.89
7055489--7055782	103	2.9	98	82	12	365	30	16	14	38	1.89
7055542--7055746	107	1.9	109	85	6	290	31	17	15	35	1.91
7056243--7056464	51	4.4	52	79	3	229	29	27	17	25	1.97
7059682--7059803	23	5.3	23	83	0	172	23	21	24	30	1.99
7059682--7059803	46	2.7	46	93	0	199	23	21	24	30	1.99
7060983--7061105	49	2.5	49	97	0	228	25	15	26	32	1.95
7060983--7061121	49	2.8	48	92	4	224	25	15	26	32	1.96
7062095--7062257	21	7.9	21	71	7	111	45	18	19	16	1.86
7062113--7062262	42	3.6	42	82	4	196	46	18	18	16	1.84
7071977--7072085	49	2.2	49	79	6	114	20	27	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7075451--7075495	21	2.1	21	83	0	54	40	26	6	26	1.81
7091072--7091286	104	2.0	107	85	4	294	26	19	20	33	1.96
7091992--7092231	90	2.7	90	86	3	331	26	5	14	53	1.63
7096417--7096455	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
7097132--7097198	21	3.2	21	87	8	109	29	11	0	58	1.34
7097460--7097519	6	11.0	5	92	7	75	18	18	0	63	1.31
7097515--7097604	26	3.6	24	71	19	69	25	12	1	61	1.38
7097515--7097617	48	2.1	48	82	10	129	23	12	1	62	1.40
7097648--7097842	44	4.5	44	90	1	302	36	2	11	49	1.52
7097707--7097820	22	5.2	22	64	12	72	38	3	10	47	1.55
7097683--7097870	88	2.1	87	84	5	236	39	2	11	45	1.55
7103974--7104069	48	2.0	47	93	2	165	42	11	8	37	1.71
7106669--7106726	29	2.0	30	86	10	84	37	5	24	32	1.77
7108588--7108785	106	1.9	105	94	1	351	31	9	14	45	1.76
7110921--7110967	20	2.3	21	78	14	62	59	10	0	29	1.31
7113552--7113655	32	3.2	32	65	10	95	39	6	5	48	1.54
7113545--7113676	64	2.1	64	100	0	264	43	7	4	44	1.53
7119275--7119332	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
7125277--7125302	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
7126404--7126455	10	5.2	9	78	15	50	82	1	3	11	0.88
7126992--7127353	46	8.6	45	88	8	422	35	13	21	29	1.92
7127028--7127172	36	4.0	36	96	0	263	37	11	20	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7135480--7135548	30	2.3	31	77	7	79	44	8	7	39	1.63
7151555--7151592	20	1.9	20	89	10	60	65	0	10	23	1.23
7171715--7171740	12	2.2	12	100	0	52	7	7	53	30	1.57
7179171--7179237	33	2.0	33	88	0	98	25	11	8	53	1.66
7179167--7179241	33	2.4	29	76	16	78	25	14	9	50	1.72
7182474--7182543	25	2.7	25	82	8	70	41	0	5	52	1.25
7182500--7182543	18	2.5	18	82	13	56	43	0	4	52	1.22
7190083--7190131	19	2.5	19	80	3	53	46	2	6	44	1.39
7202875--7202943	31	2.3	30	82	7	77	53	13	4	28	1.58
7204420--7204454	14	2.5	14	90	0	52	54	0	0	45	0.99
7207033--7207076	21	2.1	21	83	8	54	25	6	2	65	1.28
7211431--7211469	18	2.2	18	85	0	51	28	2	2	66	1.18
7214113--7214158	3	15.3	3	95	0	83	34	0	0	65	0.93
7215709--7215746	16	2.4	16	90	0	67	31	5	0	63	1.17
7217374--7217428	5	10.8	5	94	5	85	40	0	0	60	0.97
7217380--7217427	3	18.0	3	76	23	54	37	0	0	62	0.95
7218357--7218481	37	3.2	39	76	7	128	23	19	26	31	1.98
7218357--7218481	40	3.2	40	74	10	123	23	19	26	31	1.98
7222785--7222859	38	2.0	38	97	0	141	36	24	10	29	1.89
7224758--7224799	18	2.4	17	84	7	57	30	0	2	66	1.04
7224876--7224912	19	1.9	19	88	0	56	78	0	13	8	0.96
7227899--7228586	284	2.4	284	93	1	1152	29	10	17	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7234116--7234161	21	2.2	21	84	0	56	50	0	0	50	1.00
7238125--7238312	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
7238177--7238228	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7238087--7238349	120	2.2	121	95	2	476	41	2	6	50	1.40
7238306--7238347	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7238297--7238338	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7245180--7245210	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
7251848--7251872	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
7264763--7264847	42	2.0	42	90	4	136	29	38	3	28	1.73
7272186--7272262	36	2.1	36	85	4	102	23	44	9	23	1.82
7272197--7272268	36	2.0	36	97	2	137	25	38	8	27	1.84
7301423--7301455	17	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
7312211--7312295	42	2.0	42	90	4	136	29	38	3	28	1.73
7323191--7323224	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
7324807--7324841	18	1.9	18	94	0	61	11	22	37	28	1.89
7330891--7330972	38	2.2	37	82	8	96	43	1	6	48	1.35
7332132--7332307	41	4.3	41	90	0	271	22	27	19	29	1.98
7332138--7332307	82	2.1	82	97	0	322	22	28	19	29	1.98
7333949--7334041	45	2.1	44	88	6	134	36	27	4	31	1.76
7334023--7334074	16	3.2	16	80	0	59	34	25	3	36	1.74
7336120--7336204	42	2.0	42	88	0	125	28	40	3	28	1.73
7336210--7336467	126	2.0	126	90	1	410	27	27	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7351551--7351594	18	2.4	19	88	3	63	36	0	4	59	1.18
7358912--7359229	161	2.0	162	93	1	548	44	15	11	29	1.80
7361292--7361316	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
7361261--7361316	10	5.5	10	75	12	51	5	10	1	82	0.91
7368638--7368863	33	6.5	33	69	23	151	33	27	19	20	1.96
7368665--7368867	102	2.0	102	93	1	345	32	27	19	21	1.97
7368744--7368903	76	2.2	75	86	9	226	33	26	17	22	1.96
7368769--7368903	42	3.4	41	72	22	135	34	25	17	22	1.96
7373311--7373450	74	1.9	74	89	0	217	52	17	12	17	1.75
7387293--7387472	90	2.0	90	93	1	308	50	7	6	35	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226