genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28330163--28330209	16	2.9	16	83	3	58	55	8	0	36	1.31
28333941--28334120	76	2.4	75	83	2	245	42	6	9	41	1.63
28335181--28335243	27	2.4	27	91	2	110	42	7	0	49	1.32
28335757--28335828	19	3.2	23	65	31	64	41	15	0	43	1.46
28335742--28335830	45	2.0	45	100	0	178	40	15	0	43	1.47
28335836--28335885	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
28335854--28335891	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
28336156--28336185	15	1.9	16	93	6	53	10	6	16	66	1.41
28336196--28336257	26	2.4	26	97	0	115	46	0	9	43	1.36
28338890--28338956	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
28340218--28340312	48	2.0	48	93	0	163	41	23	16	18	1.90
28340517--28340587	36	2.0	36	91	0	115	47	14	11	26	1.77
28345656--28345716	17	3.5	17	72	16	61	47	14	9	27	1.76
28345657--28345727	36	2.0	36	91	0	115	47	14	11	26	1.77
28348338--28348375	13	3.1	12	85	14	51	52	0	0	47	1.00
28348402--28348475	30	2.5	30	86	0	85	24	24	6	44	1.77
28349219--28349290	7	10.4	7	80	11	53	75	0	23	1	0.89
28349219--28349259	17	2.4	17	83	0	55	73	0	24	2	0.96
28349219--28349290	20	3.8	19	75	17	69	75	0	23	1	0.89
28349952--28349999	17	2.8	17	81	12	62	27	14	12	45	1.81
28350056--28350266	18	12.1	17	67	22	93	27	15	10	46	1.78
28350056--28350107	15	3.1	16	79	15	61	26	15	11	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28350074--28350231	62	2.6	63	86	4	232	25	13	11	48	1.76
28350189--28350266	17	4.5	17	80	1	93	30	14	10	44	1.78
28351364--28351514	25	6.1	25	71	6	101	35	19	26	18	1.95
28359338--28359396	30	1.9	32	83	10	79	50	8	6	33	1.59
28359388--28359481	43	2.2	43	98	1	181	38	6	8	46	1.60
28363325--28363379	20	2.8	20	91	0	83	32	9	9	49	1.66
28369675--28369750	23	3.3	23	63	23	59	36	11	1	50	1.48
28369671--28369768	47	2.1	47	100	0	196	39	13	2	44	1.55
28376413--28376530	62	1.9	59	89	5	182	27	14	29	27	1.95
28385095--28385141	23	2.1	22	84	7	60	42	8	2	46	1.46
28392362--28392387	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
28400732--28401093	164	2.2	164	95	0	661	19	17	17	45	1.86
28412522--28412686	47	3.6	45	68	21	121	46	3	3	47	1.35
28412570--28412627	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
28412448--28412652	88	2.3	91	88	3	299	46	3	3	46	1.38
28412570--28412695	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
28412802--28412843	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28412793--28412834	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28413057--28413094	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
28417164--28417200	19	1.9	19	94	0	65	64	5	10	18	1.43
28419978--28420099	38	3.2	39	76	13	112	42	16	7	33	1.76
28426479--28426519	19	2.1	19	86	9	55	78	7	4	9	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28429144--28429198	21	2.8	21	81	8	71	36	0	27	36	1.57
28431800--28431830	16	1.9	16	93	0	53	45	22	6	25	1.76
28443055--28443276	40	5.6	39	81	9	236	25	27	22	24	2.00
28443055--28443276	118	1.9	119	82	6	281	25	27	22	24	2.00
28454732--28454775	6	7.2	6	92	2	61	61	0	22	15	1.34
28466036--28466151	61	1.9	58	89	5	178	41	3	4	50	1.39
28466038--28466171	58	2.2	60	84	8	168	41	2	5	49	1.42
28469752--28470012	53	4.9	53	80	5	276	37	12	22	27	1.91
28474568--28474608	14	2.9	14	92	3	64	46	0	9	43	1.36
28475711--28475817	21	5.3	19	73	13	81	70	1	3	24	1.14
28475713--28475833	41	2.9	40	76	12	111	68	2	4	24	1.19
28480097--28480148	26	2.0	27	84	3	70	32	1	3	61	1.25
28480173--28480208	18	2.0	18	88	0	54	36	0	2	61	1.11
28480147--28480222	30	2.5	29	81	12	82	32	2	3	60	1.29
28480581--28480646	31	2.2	30	89	10	100	54	0	1	43	1.09
28496672--28496985	109	2.9	110	90	2	465	34	17	15	32	1.92
28499177--28499325	43	3.5	42	74	16	130	19	24	22	34	1.97
28499220--28499349	40	3.2	40	80	10	172	21	24	23	30	1.99
28499314--28499852	131	4.1	130	72	11	381	26	22	20	29	1.99
28499343--28499900	44	12.7	45	68	12	166	27	22	20	29	1.98
28499337--28500028	218	3.2	218	96	0	1276	27	22	20	30	1.98
28499338--28500025	87	7.9	86	71	11	400	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28511527--28511828	109	2.8	110	89	3	432	35	18	14	31	1.91
28526407--28526591	37	5.0	37	93	0	307	40	12	19	27	1.88
28531070--28531105	5	7.2	5	96	0	63	36	41	0	22	1.54
28536022--28536114	45	2.1	45	97	0	177	25	22	8	43	1.82
28539095--28539371	123	2.2	125	96	2	506	29	16	20	33	1.95
28546033--28546168	73	1.9	73	84	3	184	24	26	25	24	2.00
28547161--28547195	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
28549948--28550087	68	2.0	69	90	1	219	32	21	18	27	1.97
28551211--28551275	4	15.5	4	77	17	62	21	4	0	73	1.00
28551205--28551275	21	3.3	21	77	15	74	21	4	0	74	0.98
28552729--28552843	25	4.6	25	75	10	101	33	21	26	18	1.96
28559897--28559990	25	3.8	24	75	13	93	35	21	23	20	1.96
28560266--28560382	59	2.0	61	94	3	211	23	22	11	41	1.87
28564249--28564309	24	2.5	24	84	5	79	45	0	36	18	1.49
28565000--28565057	29	2.0	29	100	0	116	34	13	10	41	1.79
28570356--28570408	24	2.2	24	90	3	81	52	1	0	45	1.11
28570356--28570417	24	2.8	22	81	11	65	54	1	0	43	1.09
28573563--28573639	25	3.0	25	84	9	84	38	1	1	58	1.15
28592178--28592202	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
28595998--28596031	12	2.8	12	90	4	50	47	17	8	26	1.77
28598839--28598887	25	1.9	25	87	4	71	38	4	12	44	1.61
28603906--28603946	19	2.1	20	86	4	57	26	14	14	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605808--28605867	26	2.3	26	88	0	84	36	10	6	46	1.64
28617072--28617139	3	23.0	3	81	3	66	60	1	5	32	1.30
28617081--28617137	21	2.7	21	86	0	78	57	1	7	33	1.36
28618750--28618864	51	2.3	51	81	3	133	27	25	13	33	1.94
28618842--28619866	132	7.8	132	89	1	1430	26	25	19	29	1.98
28620446--28620470	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
28628056--28628090	12	3.0	12	91	4	54	31	2	0	65	1.07
28628210--28628272	30	2.1	30	90	0	99	57	14	1	26	1.47
28634535--28634601	26	2.6	26	83	2	82	28	23	22	25	1.99
28638846--28638879	17	2.0	17	94	0	59	32	5	20	41	1.76
28641024--28641104	39	2.3	32	74	23	90	51	25	2	19	1.59
28641000--28641115	38	3.0	38	91	2	187	50	26	3	19	1.64
28641252--28641314	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
28641249--28641323	37	2.0	37	94	0	132	36	4	14	45	1.64
28642193--28642233	19	2.1	20	90	4	66	58	2	0	39	1.11
28648582--28648646	23	2.8	22	75	9	58	40	16	18	24	1.91
28653411--28653620	104	2.0	106	95	1	379	40	13	13	31	1.84
28655587--28655644	25	2.3	25	82	5	73	31	24	13	31	1.94
28656378--28656604	118	1.9	117	90	2	357	29	24	8	37	1.85
28659740--28659791	27	1.9	27	88	0	77	30	3	11	53	1.54
28660502--28660535	15	2.3	15	90	10	52	32	5	35	26	1.81
28667678--28667777	39	2.6	39	81	0	101	35	4	17	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28669358--28669420	32	2.0	30	82	11	74	20	23	34	20	1.96
28674758--28674800	21	2.0	21	82	8	52	11	25	13	48	1.77
28678938--28679070	70	1.9	67	84	4	176	32	11	13	42	1.80
28679943--28679992	20	2.5	20	80	0	64	16	26	24	34	1.95
28683088--28683121	17	2.0	17	88	11	52	35	0	0	64	0.94
28686072--28686111	14	2.5	17	73	23	50	20	55	12	12	1.69
28688431--28688757	61	5.4	61	72	12	280	43	2	4	49	1.37
28688397--28688780	120	3.2	120	96	0	705	44	2	3	48	1.33
28688999--28689031	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
28689401--28689432	13	2.4	14	90	10	50	53	6	0	40	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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