genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  192  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57983274--57983308	16	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
57991457--57991486	15	1.9	16	93	6	53	43	6	26	23	1.78
57996511--57996552	20	2.0	21	86	13	61	35	16	9	38	1.81
58001671--58001714	18	2.4	18	80	0	52	54	13	2	29	1.51
58006292--58006330	17	2.3	17	87	12	62	28	0	0	71	0.86
58006295--58006354	20	3.1	19	74	9	59	30	3	1	65	1.19
58007561--58007600	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
58007606--58007779	58	3.0	58	95	0	303	39	4	9	45	1.58
58007661--58007691	16	2.0	15	93	6	53	32	0	9	58	1.31
58007846--58007889	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
58012316--58012353	18	2.2	18	86	9	53	23	7	0	68	1.16
58017873--58017917	16	2.8	16	86	6	56	46	2	2	48	1.26
58020184--58020228	8	5.8	8	80	15	58	64	11	0	24	1.26
58020196--58020234	14	2.8	14	100	0	78	66	12	0	20	1.24
58020185--58020231	14	3.0	16	78	15	53	65	10	0	23	1.23
58021524--58021580	18	3.1	18	79	2	60	8	5	42	43	1.58
58027313--58027344	16	2.0	16	93	0	55	40	12	21	25	1.88
58030176--58030206	12	2.6	12	100	0	62	22	25	9	41	1.84
58035040--58035064	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
58035052--58035375	166	2.0	165	91	2	535	47	12	13	26	1.79
58035563--58035617	18	3.0	18	75	2	56	7	5	43	43	1.55
58040321--58040366	22	2.1	22	95	0	83	39	8	0	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58040376--58040405	10	2.9	10	95	5	51	86	10	3	0	0.67
58040431--58040486	27	2.1	27	93	0	94	21	19	44	14	1.86
58040442--58040509	27	2.5	27	85	0	82	20	29	35	14	1.93
58040790--58040825	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
58043033--58043069	17	2.2	17	100	0	74	45	8	16	29	1.76
58044383--58044415	17	2.0	17	94	5	59	6	3	6	84	0.84
58044370--58044414	18	2.4	18	82	13	56	4	4	4	86	0.78
58044371--58044425	27	2.0	28	82	3	67	9	3	7	80	1.02
58044416--58044483	27	2.5	28	95	4	122	48	0	10	41	1.37
58044519--58044560	19	2.3	18	84	8	50	69	4	0	26	1.08
58045282--58045343	23	2.7	23	80	7	63	0	30	0	69	0.89
58045300--58045416	18	6.3	18	75	15	105	0	35	0	64	1.00
58045312--58045430	10	12.5	10	70	16	92	0	34	0	64	0.99
58045312--58045447	28	5.1	28	69	14	92	0	33	0	65	0.98
58045319--58045438	38	3.2	37	88	6	163	0	34	0	65	0.99
58045374--58045447	14	5.1	14	72	22	55	0	31	0	68	0.89
58045379--58045450	10	6.6	10	73	17	54	0	31	0	68	0.90
58045281--58045452	18	9.9	18	69	20	93	0	33	0	66	0.96
58045408--58045450	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
58045349--58045464	42	2.9	40	80	10	105	0	36	0	63	0.94
58045609--58045674	28	2.4	28	87	10	91	50	1	10	37	1.47
58052723--58052759	6	6.2	6	93	0	56	0	0	78	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58052891--58052972	12	6.8	12	87	0	119	26	2	30	40	1.69
58053591--58053655	30	2.2	30	86	5	87	21	12	44	21	1.85
58071029--58071099	35	2.0	35	100	0	142	45	19	5	29	1.73
58084522--58084554	15	2.2	16	89	10	52	39	3	0	57	1.14
58084833--58084897	27	2.4	27	97	0	121	21	27	38	12	1.89
58085051--58085111	25	2.4	25	81	13	72	18	0	11	70	1.16
58085313--58085337	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
58085262--58085400	70	2.0	71	83	8	178	33	5	9	52	1.55
58088233--58089136	156	5.8	156	91	3	1366	30	9	7	52	1.63
58089559--58089625	5	13.4	5	78	6	55	0	29	0	70	0.88
58089553--58089624	10	7.1	10	76	7	65	0	29	0	70	0.87
58089547--58089625	30	2.6	31	88	4	117	0	30	0	69	0.89
58089547--58089627	25	3.2	25	80	5	83	0	29	0	70	0.88
58089539--58089620	35	2.3	36	87	4	123	0	30	0	69	0.89
58089666--58089727	27	2.3	27	88	0	88	11	38	29	20	1.88
58092212--58092246	9	4.1	9	85	14	56	57	11	0	31	1.34
58092211--58092249	16	2.4	16	95	0	69	56	10	0	33	1.33
58092319--58092360	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
58094614--58094642	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
58105230--58105294	33	2.0	33	96	0	121	33	26	9	30	1.88
58107702--58107923	94	2.4	88	78	10	205	42	16	5	35	1.72
58108041--58108091	20	2.5	20	81	6	59	70	0	9	19	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58108821--58108850	15	2.0	15	93	0	51	23	0	6	70	1.11
58112245--58112295	21	2.4	22	70	12	52	54	0	1	43	1.11
58113154--58113219	14	4.6	14	72	10	53	30	3	3	63	1.24
58118851--58118948	48	2.0	47	81	11	110	30	1	26	41	1.62
58119189--58119217	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
58127150--58127310	81	2.0	81	91	2	261	27	22	17	31	1.97
58130356--58130413	29	2.0	29	89	0	89	36	10	24	29	1.88
58135688--58136222	267	2.0	267	99	0	1061	25	30	23	20	1.99
58137645--58137945	149	2.0	149	97	0	566	36	16	25	20	1.94
58158922--58158952	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
58163966--58164012	20	2.2	22	81	7	62	70	4	8	17	1.29
58163967--58164015	23	2.2	22	81	3	53	73	4	8	14	1.21
58164306--58164349	16	2.8	16	86	3	63	34	0	0	65	0.93
58166476--58166527	27	1.9	27	88	0	77	50	3	0	46	1.20
58166476--58166530	13	4.1	14	74	6	51	50	3	0	45	1.19
58166539--58166635	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
58166842--58166868	13	2.1	13	100	0	54	44	14	0	40	1.46
58169267--58170288	508	2.0	508	97	0	1927	40	19	12	28	1.87
58170695--58170817	38	3.2	38	87	10	187	34	1	1	61	1.15
58170750--58170821	29	2.4	31	86	11	105	37	1	1	59	1.15
58170741--58170806	11	6.4	11	75	16	61	36	1	1	60	1.15
58170790--58170828	20	2.0	20	89	0	60	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58170789--58170846	22	2.8	21	80	17	59	41	0	3	55	1.17
58170919--58171004	22	3.8	22	76	14	84	39	18	23	18	1.92
58170936--58171015	25	3.3	25	75	16	96	38	18	23	18	1.93
58170919--58171015	47	2.1	47	96	0	176	39	18	23	18	1.92
58171967--58172014	5	9.6	5	86	0	60	50	6	0	43	1.27
58171967--58172014	15	3.2	15	87	0	69	50	6	0	43	1.27
58186879--58186961	38	2.2	37	84	2	112	25	3	4	66	1.28
58200497--58200527	4	7.8	4	100	0	62	74	0	25	0	0.82
58206188--58206233	24	1.9	24	90	0	74	41	13	10	34	1.79
58207695--58207744	6	7.9	7	89	10	65	16	24	0	60	1.36
58211371--58211469	50	2.0	50	86	4	137	37	11	18	33	1.86
58217672--58217732	21	2.9	21	92	0	104	45	18	22	13	1.83
58229359--58229454	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
58239365--58239414	24	2.0	24	84	7	64	44	18	12	26	1.84
58250644--58250677	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
58251496--58251547	16	3.2	16	100	0	104	25	0	36	38	1.56
58251528--58251618	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
58251783--58251819	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
58251861--58252046	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
58251763--58252052	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
58258488--58258533	23	2.0	23	83	8	58	41	10	13	34	1.79
58258646--58258699	20	2.7	20	85	5	74	57	7	0	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58260486--58260594	55	2.0	55	92	0	182	20	28	17	33	1.95
58262300--58262348	21	2.5	20	77	16	57	30	26	24	18	1.98
58263201--58263225	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
58263591--58263628	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
58263608--58263646	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
58263632--58263665	17	2.0	17	88	0	50	50	2	0	47	1.16
58265190--58265282	46	2.0	46	97	0	177	26	12	26	33	1.93
58270732--58270756	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
58272226--58272265	16	2.4	18	80	19	52	45	0	2	52	1.14
58280917--58281041	41	3.2	40	75	12	132	33	22	15	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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