genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25413757--25413800	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
25423581--25423609	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
25432269--25432293	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25435812--25435890	20	3.7	20	71	21	70	49	18	15	16	1.80
25435860--25435942	20	4.0	20	76	14	69	45	21	16	15	1.85
25439268--25439359	37	2.5	37	77	8	98	30	22	2	44	1.65
25440138--25440188	11	4.3	12	78	11	61	62	1	0	35	1.06
25444009--25444166	43	3.7	43	75	4	124	31	27	16	24	1.96
25445250--25445274	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
25446167--25446205	19	2.1	19	85	4	53	23	12	2	61	1.43
25447893--25447952	30	2.1	29	87	6	86	26	3	3	66	1.23
25449024--25449052	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25450594--25450741	37	4.0	37	94	0	251	38	13	20	27	1.90
25458479--25458504	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
25460564--25460677	61	1.9	60	94	3	203	60	6	3	29	1.38
25461042--25461207	89	1.9	86	82	8	210	43	16	7	32	1.75
25461335--25461377	19	2.4	18	92	7	70	53	0	0	46	1.00
25461396--25461464	19	3.7	19	75	14	72	65	2	4	27	1.26
25461714--25461803	18	4.9	18	77	12	87	25	3	4	66	1.26
25461725--25461830	9	11.4	9	70	9	70	30	1	2	65	1.18
25461955--25462118	89	1.8	89	80	5	197	39	7	15	37	1.75
25463144--25463178	16	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25464455--25464526	36	2.0	36	97	0	135	47	13	15	23	1.81
25472689--25472867	92	1.9	92	97	0	340	40	6	6	47	1.53
25472882--25472928	11	4.4	11	78	10	53	46	0	0	53	1.00
25472873--25472925	26	2.0	26	82	7	63	47	0	1	50	1.12
25472689--25472899	92	2.3	90	89	7	300	41	5	5	47	1.49
25472923--25472980	28	2.1	28	100	0	116	36	6	17	39	1.76
25476593--25476655	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
25476632--25476664	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
25477775--25477831	11	5.1	11	82	2	69	19	29	3	47	1.66
25477775--25477847	22	3.3	22	81	9	69	21	30	2	45	1.66
25479038--25479063	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
25479711--25479753	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
25480565--25480641	40	2.0	39	84	5	102	35	3	0	61	1.15
25484246--25484277	3	10.7	3	93	0	55	37	0	62	0	0.95
25488713--25488774	31	2.0	31	100	0	124	41	19	9	29	1.83
25494299--25494328	13	2.3	13	94	0	51	0	10	16	73	1.09
25494312--25494355	18	2.4	18	84	0	61	2	9	13	75	1.14
25494551--25494585	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
25494882--25494943	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
25495812--25495962	50	2.9	51	77	14	134	62	5	3	29	1.33
25495999--25496023	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25496057--25496138	29	2.8	30	85	10	116	36	2	6	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25497831--25497870	11	3.6	11	79	0	53	75	25	0	0	0.81
25500231--25500280	23	2.2	24	82	10	61	66	6	2	26	1.26
25503261--25503303	21	2.0	21	95	0	77	34	34	9	20	1.85
25503277--25503307	15	2.1	15	93	0	53	35	32	9	22	1.87
25504498--25504563	28	2.4	27	75	12	62	36	6	3	54	1.41
25508243--25508288	23	2.0	23	100	0	92	26	26	0	47	1.52
25510692--25510725	14	2.5	13	86	9	50	26	20	2	50	1.63
25510700--25510726	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
25511008--25511092	43	2.0	43	97	0	161	21	18	31	28	1.97
25523746--25523799	28	1.9	28	88	7	83	20	14	38	25	1.91
25526444--25527823	459	3.0	459	98	0	2652	36	16	16	30	1.91
25532346--25532402	25	2.2	25	84	9	71	64	10	1	22	1.34
25547936--25548016	38	2.0	41	86	6	114	50	7	3	38	1.48
25549313--25549665	43	8.3	43	89	0	449	27	29	18	25	1.98
25549932--25550018	43	2.0	43	88	0	129	43	11	11	33	1.77
25552811--25552841	7	4.4	7	100	0	62	38	45	0	16	1.47
25552837--25553042	41	5.0	42	85	4	251	33	25	18	21	1.97
25553628--25553674	23	2.0	23	95	0	85	40	10	17	31	1.83
25553940--25554090	77	2.0	77	83	0	194	37	15	15	32	1.88
25557203--25557419	107	2.0	108	93	0	373	29	18	19	32	1.96
25558491--25558531	12	3.3	13	80	13	50	73	0	14	12	1.11
25558483--25558537	18	3.2	18	72	10	53	70	0	16	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25562892--25562950	19	2.8	21	78	17	61	42	0	3	54	1.17
25562915--25562957	19	2.3	18	80	4	50	34	0	2	62	1.08
25563349--25563453	51	2.0	52	90	1	167	27	19	11	41	1.85
25570550--25570650	50	2.0	50	90	0	157	36	12	17	32	1.88
25584762--25584898	40	3.4	40	87	4	204	12	21	23	42	1.87
25584762--25584898	20	6.8	20	72	6	107	12	21	23	42	1.87
25588092--25588189	28	3.5	28	80	6	101	33	15	23	27	1.95
25598328--25598486	33	4.7	34	69	11	94	33	15	22	28	1.94
25598296--25598515	101	2.2	101	84	0	296	32	15	24	27	1.95
25600809--25600875	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
25601372--25601659	102	2.8	102	88	7	419	29	0	15	54	1.46
25601469--25601627	50	3.1	50	66	10	142	28	0	15	54	1.46
25602017--25602059	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
25603731--25603815	33	2.6	33	79	7	100	18	48	8	24	1.76
25604020--25604322	75	4.0	75	93	2	444	27	8	10	53	1.63
25604007--25604322	152	2.1	152	87	2	465	28	8	10	52	1.64
25607110--25607155	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
25609189--25609242	27	2.0	27	82	7	65	22	37	24	16	1.94
25609337--25609375	20	1.9	21	84	5	53	74	2	0	23	0.94
25612187--25612239	21	2.5	21	81	0	70	0	37	20	41	1.53
25614365--25614415	23	2.2	23	89	0	75	43	1	31	23	1.65
25614371--25614415	23	2.0	23	95	0	81	37	0	35	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25614486--25614596	43	2.6	42	81	8	127	22	18	25	34	1.96
25614947--25614989	16	2.6	17	81	3	52	2	9	13	74	1.16
25637315--25637349	18	1.9	18	100	0	70	40	28	14	17	1.88
25646073--25646165	27	3.4	27	84	8	127	35	21	21	21	1.96
25651210--25651430	51	4.4	51	81	5	216	24	16	28	30	1.96
25651210--25651292	26	3.2	26	64	21	66	26	13	25	34	1.93
25653942--25653994	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
25654023--25654060	19	2.0	20	89	5	60	60	13	2	23	1.45
25654084--25654132	9	5.4	9	87	0	71	26	10	18	44	1.81
25654292--25654316	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
25663406--25663430	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25664118--25664216	41	2.4	41	93	0	162	24	23	28	24	2.00
25665243--25665313	21	3.4	21	84	1	81	9	33	28	28	1.89
25670826--25670963	73	1.9	73	86	3	197	20	25	21	32	1.97
25670800--25670928	25	5.2	25	68	15	70	20	24	22	32	1.98
25670989--25671042	25	2.2	25	86	0	72	22	29	18	29	1.97
25671757--25671894	69	2.0	69	98	0	267	32	9	24	33	1.87
25675668--25675701	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
25677342--25677385	19	2.3	19	76	0	52	29	9	18	43	1.80
25677405--25677450	20	2.3	20	88	3	67	26	17	15	41	1.88
25677412--25677451	20	2.0	20	95	0	71	25	15	12	47	1.80
25680596--25680659	27	2.4	27	86	0	83	32	26	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25680692--25680741	21	2.3	23	86	6	68	36	2	20	42	1.63
25680729--25680985	27	9.6	27	78	3	223	33	21	21	24	1.97
25680729--25680980	54	4.7	54	80	3	256	34	21	21	23	1.97
25680729--25680957	108	2.1	108	83	3	291	34	21	20	23	1.97
25681028--25681086	24	2.5	24	77	5	66	22	5	23	49	1.70
25681157--25681212	27	2.1	27	83	12	71	23	26	17	32	1.97
25681212--25681267	26	2.2	26	83	0	67	16	23	30	30	1.96
25681258--25681403	32	4.5	31	83	3	166	21	19	21	37	1.94
25681258--25681411	64	2.4	64	84	6	197	22	18	20	38	1.93
25681258--25681445	64	2.9	64	79	4	166	24	18	19	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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