genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23415208--23415335	51	2.5	50	80	3	148	21	14	27	35	1.93
23415305--23415355	26	2.0	26	88	0	75	21	13	25	39	1.90
23417971--23418004	17	1.9	18	88	5	52	76	8	5	8	1.15
23418898--23418934	18	2.1	18	100	0	74	21	10	21	45	1.82
23419549--23419611	29	2.2	28	82	5	72	31	12	12	42	1.81
23419879--23420122	124	2.0	124	90	2	382	28	15	23	32	1.95
23423343--23424117	52	14.8	57	76	16	323	28	0	24	46	1.57
23423534--23424288	23	30.4	24	77	15	686	27	0	23	48	1.54
23423397--23424305	23	35.5	27	73	19	517	28	0	23	47	1.56
23423397--23424288	126	7.0	126	82	10	936	27	0	23	47	1.56
23423472--23424300	149	5.5	149	85	7	938	27	0	23	48	1.55
23426443--23426476	15	2.3	15	95	5	61	64	5	0	29	1.17
23426674--23426714	22	1.9	21	90	5	64	34	2	31	31	1.71
23426686--23426744	30	2.0	30	93	0	100	32	1	33	32	1.68
23426716--23426807	22	4.2	21	84	8	121	39	0	28	32	1.57
23426664--23426766	52	2.0	51	83	9	129	33	0	32	33	1.65
23430714--23430913	40	5.0	40	85	2	267	19	30	15	34	1.93
23430715--23430923	80	2.6	80	87	3	296	20	30	15	33	1.94
23435507--23435589	31	2.6	33	86	7	109	32	4	1	61	1.25
23442616--23442649	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
23442830--23442867	20	1.9	19	89	5	58	47	0	0	52	1.00
23446589--23446642	25	2.2	24	87	9	74	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23447058--23447108	25	2.0	25	84	0	66	49	9	7	33	1.65
23454015--23454049	6	5.8	6	96	0	61	17	0	11	71	1.14
23454021--23454058	18	2.1	18	85	9	51	18	2	13	65	1.37
23461465--23461496	5	6.4	5	100	0	64	40	37	21	0	1.54
23461912--23461947	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
23462096--23462382	153	1.9	153	93	0	493	45	4	3	46	1.40
23462316--23462357	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23462325--23462366	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23462319--23462742	120	3.5	120	92	1	674	49	4	3	42	1.39
23462435--23462486	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23462555--23462606	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23462772--23462819	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23462727--23462955	92	2.5	92	82	8	227	47	4	3	44	1.40
23465982--23466008	11	2.5	11	100	0	54	25	0	25	48	1.52
23466097--23466526	97	4.4	97	97	0	824	38	6	14	41	1.71
23474249--23474300	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
23475674--23475803	67	1.9	67	98	0	251	38	6	9	45	1.63
23478992--23479027	17	2.0	19	89	10	58	66	11	2	19	1.35
23496792--23496872	36	2.2	36	82	0	90	48	18	6	27	1.72
23503808--23503841	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
23511396--23511441	5	8.0	6	81	13	53	82	2	15	0	0.76
23512205--23512513	152	2.0	153	95	0	557	23	20	10	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23523417--23523468	25	2.1	25	96	0	95	32	17	21	28	1.96
23530212--23530571	27	13.4	27	81	5	365	45	18	17	18	1.85
23530212--23530571	81	4.5	82	83	6	423	45	18	17	18	1.85
23530224--23530515	107	2.7	107	84	4	338	45	18	17	18	1.86
23533451--23533649	99	2.0	99	100	0	398	38	13	18	30	1.89
23534170--23534290	35	3.5	35	75	0	116	23	21	23	31	1.98
23534176--23534306	70	1.9	70	85	0	181	24	19	23	32	1.98
23535066--23535128	31	2.0	31	87	0	90	49	7	4	38	1.53
23550213--23550246	17	2.1	16	94	5	59	61	17	8	11	1.54
23554916--23554975	30	2.0	30	100	0	120	60	20	6	13	1.55
23557004--23557045	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
23560725--23560770	24	1.9	24	86	0	65	45	13	26	15	1.82
23568876--23569739	44	19.9	42	69	13	319	28	20	23	27	1.99
23568972--23569656	89	7.8	87	71	15	348	28	19	24	27	1.99
23568891--23569524	217	2.9	217	91	1	1004	27	19	23	28	1.99
23569189--23569745	307	1.8	306	89	2	886	28	20	24	27	1.99
23571488--23571529	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
23576946--23576976	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
23577149--23577195	20	2.4	20	78	3	51	34	2	0	63	1.06
23577108--23577193	28	3.1	28	73	17	81	34	2	1	61	1.16
23585986--23586101	59	2.0	59	92	0	196	19	18	28	33	1.95
23589743--23589798	29	1.9	29	82	13	71	32	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23599650--23599703	28	1.9	28	100	0	108	42	25	7	24	1.80
23602649--23602896	50	4.8	50	84	5	275	20	29	23	26	1.99
23602648--23602893	100	2.4	105	87	8	353	21	29	23	25	1.99
23602990--23603021	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
23603232--23603288	30	1.9	30	89	3	89	31	24	3	40	1.72
23610203--23610451	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
23610202--23610451	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
23610546--23610577	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
23610789--23610846	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
23617595--23617731	46	3.0	45	83	2	157	32	22	8	36	1.85
23622760--23622869	37	3.0	37	80	5	107	36	29	15	19	1.92
23625152--23625204	26	2.0	28	88	7	83	60	9	3	26	1.45
23633452--23633494	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
23639376--23639418	22	2.0	22	90	0	68	11	16	27	44	1.82
23639534--23639697	43	3.8	43	91	3	242	29	28	20	21	1.98
23639560--23639719	43	3.7	43	91	3	241	28	28	22	21	1.99
23639682--23639767	44	2.0	44	83	0	109	27	27	17	26	1.98
23639682--23639851	43	3.9	44	78	2	137	27	26	18	27	1.98
23639967--23640003	10	3.7	10	92	7	58	62	5	0	32	1.18
23639967--23640012	20	2.3	20	78	14	51	65	4	0	30	1.12
23640194--23640361	66	2.5	66	85	3	205	14	27	17	41	1.88
23645802--23645891	42	2.1	41	82	8	101	32	4	13	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23645857--23645912	9	6.8	9	73	19	59	35	0	16	48	1.46
23645854--23645903	16	3.2	16	94	2	84	36	0	16	48	1.46
23645857--23645963	43	2.7	40	80	12	121	40	0	11	47	1.46
23645883--23645958	24	3.4	24	65	20	65	40	1	10	47	1.46
23646558--23646593	15	2.5	15	95	4	65	63	5	19	11	1.46
23648500--23648534	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
23651003--23651095	41	2.3	41	81	3	125	21	23	24	30	1.99
23651066--23651218	41	3.7	41	82	6	195	30	24	24	20	1.99
23651279--23651387	40	2.7	39	88	6	157	15	19	22	42	1.89
23655721--23655765	12	3.8	12	80	11	56	0	35	31	33	1.58
23657390--23657642	42	6.0	42	84	7	289	32	20	20	25	1.98
23657390--23657642	85	3.0	83	82	7	287	32	20	20	25	1.98
23657371--23657641	127	2.1	129	82	5	318	31	21	21	25	1.98
23658093--23658160	21	3.2	22	81	8	79	2	36	20	39	1.68
23663616--23663753	9	15.8	9	76	17	105	31	1	20	47	1.59
23663616--23663719	25	4.1	25	80	4	127	30	1	21	46	1.62
23663616--23663753	25	5.3	26	75	12	115	31	1	20	47	1.59
23663687--23663723	16	2.3	16	90	0	56	29	5	13	51	1.63
23663704--23663753	19	2.6	19	87	12	84	32	0	18	50	1.47
23663778--23663907	37	3.3	36	68	21	98	28	3	15	53	1.57
23663814--23663841	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
23663773--23664017	95	2.8	83	81	14	323	27	2	17	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23663922--23663995	34	2.2	34	82	4	87	25	1	14	58	1.45
23663976--23664035	12	5.7	10	88	9	68	28	0	16	55	1.42
23663992--23664046	12	4.8	12	88	4	78	29	1	16	52	1.54
23663985--23664053	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
23664005--23664059	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
23664271--23664326	16	3.3	17	80	9	78	42	3	16	37	1.65
23664333--23664425	34	2.7	35	88	3	136	59	3	3	34	1.30
23666056--23666149	44	2.1	44	90	0	143	34	9	32	23	1.87
23667304--23667343	15	2.7	15	88	3	55	45	40	0	15	1.46
23667295--23667360	22	3.0	21	78	6	69	43	43	0	12	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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