genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9746012--9746059	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
9746013--9746061	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
9746012--9746059	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
9746972--9747009	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
9746989--9747032	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
9746984--9747046	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
9747001--9747049	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
9749003--9749044	3	14.0	3	80	9	50	30	4	2	61	1.29
9749003--9749055	15	3.3	15	75	14	52	32	5	3	58	1.39
9752220--9752259	22	1.9	20	85	10	53	50	0	2	47	1.14
9757087--9757122	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
9758866--9758907	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
9762388--9762444	23	2.3	25	80	16	66	42	1	8	47	1.45
9770983--9771024	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
9771615--9771685	35	2.0	35	83	8	90	40	0	2	56	1.14
9773452--9773487	19	1.9	18	88	5	54	80	5	2	11	0.98
9786111--9786718	122	4.8	122	69	17	379	29	13	21	35	1.92
9786041--9787107	191	5.6	191	96	1	1922	30	14	21	34	1.92
9786615--9786932	68	4.9	69	72	14	226	31	14	21	32	1.93
9786996--9787530	74	6.9	74	79	10	518	28	17	21	32	1.96
9786983--9787807	233	3.5	231	79	10	876	29	17	19	33	1.95
9787072--9787805	392	1.9	383	82	8	915	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9787555--9787884	73	4.5	72	81	9	364	31	15	19	33	1.93
9788499--9788567	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
9788516--9788595	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
9788998--9789031	17	2.0	17	88	11	52	82	2	0	14	0.79
9789098--9789132	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
9792121--9792274	25	6.3	25	85	2	179	20	22	18	38	1.94
9794285--9794311	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
9799143--9799173	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
9803979--9804009	6	5.3	6	96	3	55	83	0	0	16	0.64
9814378--9814407	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
9817505--9817561	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
9827659--9827706	24	2.0	24	84	8	62	43	22	16	16	1.87
9828849--9828891	17	2.6	16	75	10	50	44	0	4	51	1.22
9832038--9832077	19	2.2	19	86	4	55	70	0	7	22	1.12
9859032--9859064	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
9863976--9864022	16	2.8	17	84	12	62	63	0	0	36	0.94
9866594--9866620	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
9875575--9875614	21	2.0	21	90	5	64	22	0	22	55	1.44
9875994--9876043	21	2.4	22	77	19	61	38	6	14	42	1.70
9880865--9880914	24	2.0	26	84	11	68	54	10	10	26	1.65
9896690--9896734	22	2.1	22	84	12	58	57	0	2	40	1.11
9897865--9897890	6	4.3	6	100	0	52	65	34	0	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9900053--9900095	20	2.2	20	86	0	59	55	9	11	23	1.64
9902633--9904084	726	2.0	726	100	0	2904	41	14	13	30	1.83
9912003--9912035	16	2.0	17	94	5	59	15	0	12	72	1.12
9928269--9928293	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
9930333--9930507	72	2.5	71	85	5	253	53	13	6	26	1.65
9932505--9932610	50	2.1	50	89	3	160	57	15	8	18	1.63
9933987--9934202	110	1.9	116	83	10	286	43	16	9	30	1.80
9937555--9937610	22	2.5	22	91	2	94	28	28	0	42	1.56
9937667--9937724	29	2.0	28	87	9	82	37	1	1	58	1.18
9937822--9937855	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
9938813--9938837	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9939698--9939744	24	2.0	24	95	0	85	25	27	21	25	1.99
9940025--9940381	29	12.6	29	86	5	442	44	23	0	31	1.59
9953771--9953809	20	1.9	20	84	5	51	43	7	2	46	1.46
9955502--9955531	13	2.3	13	100	0	60	0	36	6	56	1.26
9955809--9955879	27	2.8	24	74	12	70	12	40	19	26	1.88
9967724--9968126	206	2.0	205	93	0	698	30	25	18	25	1.98
9968809--9968866	29	2.0	30	80	16	68	29	15	6	48	1.71
9978069--9978130	31	2.0	31	82	14	76	46	1	0	51	1.10
9978264--9978334	15	4.4	15	75	18	63	50	0	1	47	1.09
9978824--9978881	26	2.2	27	85	11	77	29	5	5	60	1.40
9980928--9980969	18	2.3	18	95	4	75	2	21	0	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9980928--9980969	14	2.9	15	89	10	61	2	21	0	76	0.90
9985046--9985084	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
9985122--9985172	18	2.8	18	75	0	57	56	1	3	37	1.29
9985122--9985184	18	3.4	18	75	2	54	53	1	6	38	1.36
9985298--9985471	79	2.2	80	82	4	199	54	4	4	36	1.42
9985380--9985424	18	2.5	19	82	10	60	48	2	0	48	1.13
9987295--9987412	59	2.0	60	94	1	211	29	18	14	37	1.91
9992112--9992172	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
9992518--9992570	13	4.1	13	80	0	70	30	7	26	35	1.84
9995095--9995163	22	3.1	22	81	8	86	42	15	23	18	1.89
10003333--10003362	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
10005706--10005740	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
10017565--10017598	6	5.7	6	100	0	68	82	0	0	17	0.67
10021738--10021814	27	2.9	27	84	1	84	33	1	1	63	1.11
10024801--10024845	9	5.0	9	88	0	72	42	22	11	24	1.86
10024948--10024991	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
10026609--10026668	26	2.3	26	85	5	77	40	23	20	16	1.91
10026627--10026677	26	2.0	26	84	7	68	37	23	21	17	1.94
10030380--10030550	77	2.2	77	84	5	222	47	21	10	20	1.80
10032197--10032271	39	2.0	37	82	10	89	29	26	24	20	1.99
10032456--10032501	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
10032499--10032537	17	2.3	17	100	0	78	33	30	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10033672--10033730	29	2.2	26	81	9	64	25	13	15	45	1.82
10033966--10034244	126	2.2	125	87	5	402	30	15	22	31	1.95
10037412--10037875	29	15.1	29	84	12	558	29	0	25	45	1.56
10037581--10037636	28	2.2	24	75	24	69	35	0	19	44	1.51
10037418--10037875	190	2.4	186	90	6	744	29	0	25	45	1.56
10039973--10040014	22	1.9	22	85	0	57	64	7	0	28	1.20
10039999--10040032	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
10039989--10040032	14	3.1	15	80	9	56	63	6	0	29	1.20
10040130--10040186	29	2.0	29	90	10	91	59	1	0	38	1.08
10040222--10040270	22	2.2	21	80	16	55	30	0	32	36	1.58
10040277--10040323	22	2.1	22	88	0	67	40	0	27	31	1.57
10040225--10040323	52	1.9	52	82	0	126	36	0	29	34	1.58
10040818--10040860	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
10040948--10041008	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
10040956--10041035	35	2.3	35	83	8	94	50	3	0	46	1.19
10042812--10042856	23	2.0	23	90	0	72	57	17	2	22	1.50
10043397--10043457	30	2.0	30	81	9	70	22	9	18	49	1.77
10051073--10051117	24	1.9	23	86	13	65	37	0	2	60	1.09
10063015--10063057	13	3.3	13	84	9	52	34	4	27	32	1.78
10064839--10064869	5	6.2	5	100	0	62	0	19	61	19	1.35
10072267--10072329	32	2.0	32	93	0	108	20	15	15	47	1.82
10073196--10074052	300	2.9	295	79	9	855	41	10	14	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10076591--10076646	22	2.6	21	83	8	67	37	19	28	14	1.91
10077633--10077664	7	4.9	7	85	14	50	59	0	0	40	0.97
10077628--10077661	12	2.8	12	100	0	68	58	0	0	41	0.98
10096283--10096538	124	2.1	124	86	5	356	30	14	23	32	1.94
10099780--10100439	23	25.5	28	78	17	591	28	0	24	46	1.56
10099780--10100422	127	5.0	126	81	12	662	27	0	24	47	1.55
10102577--10102610	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
10102818--10102876	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
10102848--10102939	22	4.2	22	83	10	125	40	0	29	30	1.57
10102848--10102939	44	2.1	44	89	4	141	40	0	29	30	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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