genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57651405--57651521	42	2.7	43	90	2	182	38	18	17	25	1.92
57653715--57653809	31	3.1	30	77	5	93	33	13	11	41	1.81
57658574--57658646	34	2.1	34	92	0	119	45	31	0	23	1.53
57661231--57661294	31	2.1	31	100	0	128	31	39	12	17	1.87
57665117--57665175	31	1.9	31	92	0	100	35	22	3	38	1.71
57665325--57665405	22	3.9	22	78	10	66	65	6	2	25	1.29
57672416--57672455	13	3.1	13	85	0	53	62	0	0	37	0.95
57673308--57673399	8	11.0	8	69	12	51	67	3	0	29	1.06
57675716--57675744	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
57687202--57687257	27	2.1	27	83	6	69	28	25	19	26	1.99
57697117--57697737	318	2.0	318	99	0	1233	38	14	14	33	1.86
57705967--57706014	17	2.8	16	81	9	51	18	2	6	72	1.15
57711436--57711476	18	2.3	18	100	0	82	31	36	17	14	1.90
57714550--57715013	94	5.1	93	76	8	285	33	18	18	28	1.95
57714843--57715004	85	1.9	85	89	0	252	30	19	20	29	1.97
57714665--57715029	44	8.2	44	80	6	369	33	18	17	30	1.94
57717167--57717191	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
57721359--57721394	5	7.2	5	100	0	72	38	19	19	22	1.93
57721765--57721793	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
57722048--57722107	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
57722321--57722357	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
57722411--57722452	9	4.7	9	84	0	57	35	19	11	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57723628--57723698	31	2.4	30	83	4	81	56	8	9	25	1.60
57724895--57724942	18	2.8	17	80	3	51	35	4	8	52	1.51
57732775--57732806	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
57733206--57733278	37	2.0	37	91	0	119	28	17	9	43	1.81
57746519--57746543	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
57746874--57746919	19	2.3	20	82	14	60	39	2	0	58	1.10
57748486--57748532	20	2.3	21	82	10	62	53	0	4	42	1.20
57750844--57750892	22	2.2	22	92	0	80	34	14	20	30	1.92
57755581--57755744	82	2.0	82	89	0	247	42	10	15	31	1.82
57756539--57756599	16	3.4	18	76	15	63	47	0	29	22	1.52
57756950--57756986	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
57764320--57764344	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
57767625--57767859	81	2.9	81	92	0	371	23	21	24	29	1.99
57774109--57774234	65	1.9	65	91	0	207	34	9	19	36	1.84
57777862--57777895	6	5.7	6	96	0	59	17	2	14	64	1.40
57782374--57782743	103	3.6	105	90	5	567	31	30	19	18	1.96
57782614--57782664	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
57783071--57783132	30	2.0	30	84	3	79	32	22	4	40	1.75
57785285--57785575	147	2.0	147	92	1	485	24	20	18	36	1.95
57786614--57786653	19	2.1	19	86	9	55	32	0	2	65	1.06
57791146--57791334	24	7.6	26	66	10	83	18	23	21	35	1.95
57794805--57794837	6	5.5	6	100	0	66	15	69	15	0	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57794805--57794843	18	2.2	18	90	0	60	20	66	12	0	1.24
57805730--57805774	19	2.3	20	85	11	58	17	11	2	68	1.29
57805727--57805775	20	2.5	20	83	6	64	18	10	2	69	1.27
57806322--57806435	60	1.9	59	98	1	219	57	3	10	28	1.49
57806808--57806895	39	2.2	41	88	8	128	47	5	27	19	1.71
57811809--57811947	71	1.9	72	83	9	178	28	17	27	26	1.97
57811812--57811972	72	2.3	71	79	8	177	28	20	25	25	1.99
57811940--57811982	22	2.0	22	85	0	59	30	27	20	20	1.98
57819436--57819482	20	2.3	20	78	7	51	61	6	0	31	1.21
57819937--57819993	5	10.8	5	78	17	62	24	0	0	75	0.80
57820175--57820208	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
57820635--57820771	20	6.7	22	68	14	80	18	13	10	56	1.66
57820615--57820670	21	2.7	21	78	13	62	21	14	5	58	1.55
57821687--57821786	39	2.5	41	82	9	134	46	6	28	20	1.74
57825919--57825954	17	2.1	18	89	5	56	25	2	5	66	1.27
57827150--57827189	17	2.4	17	100	0	80	37	32	12	17	1.87
57832736--57832760	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
57844277--57844360	19	4.3	19	70	15	73	36	14	14	34	1.86
57844277--57844386	58	1.9	58	100	0	220	37	12	14	35	1.84
57845375--57845414	20	2.0	20	100	0	80	10	45	5	40	1.60
57847056--57847088	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
57847109--57847169	23	2.8	22	81	16	81	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57847124--57847171	20	2.3	21	85	3	71	47	0	2	50	1.12
57847134--57847181	19	2.3	20	86	10	62	43	0	2	54	1.12
57847287--57847332	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
57847287--57847332	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
57847272--57847440	53	3.4	52	72	20	153	49	11	2	36	1.52
57847328--57847385	21	2.8	20	79	7	71	43	12	3	41	1.59
57847275--57847474	95	2.1	96	90	2	314	47	14	2	36	1.57
57847390--57847426	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
57847390--57847427	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
57847370--57847440	27	2.7	27	70	10	65	49	12	1	36	1.50
57847423--57847474	22	2.4	21	87	3	68	40	19	1	38	1.63
57847545--57847859	9	36.2	9	73	12	241	45	18	1	34	1.59
57847773--57847861	25	3.6	25	73	14	85	43	17	1	37	1.57
57850118--57850184	21	3.2	21	82	0	80	28	16	49	5	1.69
57850498--57850661	42	3.9	43	86	2	197	39	17	19	24	1.92
57857620--57857645	12	2.2	12	100	0	52	7	15	7	69	1.35
57863020--57863049	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
57863273--57863303	9	3.4	9	100	0	62	67	0	0	32	0.91
57869481--57869520	6	6.7	6	88	0	53	70	10	5	15	1.32
57869505--57869554	21	2.4	21	80	3	57	80	2	14	4	0.95
57871742--57872052	131	2.4	131	92	0	514	30	21	23	23	1.99
57872258--57872460	44	4.7	44	65	9	112	31	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57872211--57872472	129	2.0	129	80	4	296	29	19	21	29	1.98
57872753--57872782	9	3.3	9	90	0	51	73	0	0	26	0.84
57878461--57878544	31	2.7	31	92	0	141	29	13	14	42	1.83
57878752--57878790	18	2.2	18	86	9	53	64	7	10	17	1.48
57885908--57885973	19	3.5	19	78	10	73	59	0	1	39	1.07
57885934--57885997	29	2.2	30	80	8	78	59	3	0	37	1.13
57886228--57886316	28	3.1	29	75	12	85	32	3	2	61	1.24
57886211--57886334	58	2.2	59	81	10	150	31	4	1	62	1.26
57886228--57886335	57	1.9	57	86	5	157	31	2	1	63	1.19
57886445--57886654	91	2.3	91	85	5	289	36	7	19	36	1.80
57890069--57890127	29	2.0	29	100	0	118	30	16	11	40	1.85
57892779--57892835	29	1.9	31	86	10	84	26	14	10	49	1.75
57903973--57904012	20	1.9	20	85	10	53	37	0	0	62	0.95
57916724--57916830	42	2.5	42	89	0	160	21	24	37	16	1.94
57920058--57920156	42	2.4	42	87	3	146	22	22	37	18	1.94
57923742--57923788	15	3.1	15	90	6	69	78	0	10	10	0.96
57923752--57923799	15	2.8	18	78	18	66	77	0	12	10	1.00
57923745--57923789	21	2.1	21	84	8	56	80	0	8	11	0.92
57924428--57924561	42	3.2	42	90	0	196	21	31	22	24	1.98
57930961--57931028	29	2.3	29	94	0	118	26	11	27	33	1.91
57936883--57936925	22	1.9	23	85	4	61	37	11	0	51	1.39
57941638--57941684	18	2.8	18	81	15	64	55	0	2	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57942573--57942611	19	2.2	18	86	9	53	64	0	2	33	1.08
57952536--57952683	75	2.0	75	79	2	163	37	14	16	31	1.89
57964272--57965177	457	2.0	456	90	1	1413	33	20	15	31	1.93
57966321--57966346	12	2.2	12	100	0	52	34	0	23	42	1.54
57967364--57967418	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
57969111--57969158	25	1.9	25	82	0	60	35	6	16	41	1.74
57973890--57973928	18	2.2	18	95	0	69	58	10	2	28	1.44
57973962--57974025	29	2.2	29	91	0	101	29	28	1	40	1.66
57980371--57980395	6	4.2	6	100	0	50	0	52	0	48	1.00
57983274--57983306	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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