genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22077067--22077292	124	1.8	124	87	3	339	39	22	17	20	1.92
22080537--22080603	34	2.0	34	88	2	100	23	22	17	35	1.95
22081180--22081204	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
22081968--22082016	19	2.5	20	78	15	59	20	51	0	28	1.48
22089346--22089474	49	2.6	49	75	6	127	30	23	24	22	1.99
22096835--22096971	50	2.7	50	91	4	206	23	21	33	21	1.97
22096947--22097069	49	2.5	49	81	6	142	30	19	26	24	1.98
22103093--22103161	20	3.4	20	67	11	50	43	4	13	39	1.63
22118333--22118415	37	2.2	37	97	0	157	13	16	32	37	1.88
22121712--22122004	121	2.5	118	83	5	342	24	6	18	50	1.70
22129642--22129696	28	2.0	28	96	0	101	14	16	5	63	1.48
22133136--22133171	9	4.0	9	88	0	54	33	11	44	11	1.75
22133696--22133750	14	3.9	14	76	6	58	38	1	0	60	1.08
22133690--22133737	20	2.3	20	89	3	69	33	2	0	64	1.05
22133699--22133747	21	2.4	21	83	6	57	36	2	0	61	1.08
22138730--22138793	29	2.2	29	81	10	69	15	40	20	23	1.90
22143126--22143175	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
22147765--22147814	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
22149345--22149423	30	2.7	29	76	5	70	39	0	11	49	1.39
22162482--22162530	24	2.0	24	84	7	64	57	6	0	36	1.24
22162539--22162587	25	1.9	26	95	4	91	57	0	0	42	0.99
22162622--22162665	18	2.4	19	84	3	63	13	70	2	13	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22162622--22162659	6	6.2	6	93	3	58	15	68	2	13	1.32
22176428--22176512	41	2.1	41	97	0	161	23	22	20	34	1.97
22178562--22178664	49	2.1	49	92	0	170	15	16	32	35	1.90
22181158--22181259	21	4.9	21	83	3	107	45	17	24	12	1.84
22181158--22181259	42	2.4	42	85	0	132	45	17	24	12	1.84
22181448--22181484	17	2.2	17	90	0	56	48	16	0	35	1.46
22187247--22187317	21	3.4	21	88	0	106	47	19	19	12	1.81
22193097--22193129	5	7.0	5	90	10	52	42	0	0	57	0.98
22200545--22200579	18	2.0	17	88	5	52	20	17	8	54	1.68
22204262--22204328	30	2.2	30	86	5	89	19	50	0	29	1.48
22204741--22204775	18	2.0	18	88	5	54	34	5	0	60	1.21
22210330--22210371	15	2.9	15	83	16	54	57	16	4	21	1.58
22216768--22216830	28	2.2	28	82	2	72	68	1	6	23	1.22
22218558--22218665	51	2.1	51	87	3	155	43	14	10	31	1.79
22218558--22218665	17	6.4	17	70	4	83	43	14	10	31	1.79
22219707--22219814	33	3.5	31	74	12	89	50	15	0	33	1.51
22221232--22221298	32	2.1	31	83	8	82	37	5	0	56	1.24
22226182--22226218	19	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
22228376--22228432	26	2.2	26	84	9	73	17	24	5	52	1.65
22239189--22239315	43	3.0	42	80	7	132	31	24	18	25	1.98
22242961--22243019	18	3.5	18	70	25	65	40	32	0	27	1.56
22246314--22246384	22	3.2	22	82	11	83	63	7	14	15	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22246441--22246502	22	2.7	23	76	14	83	56	6	11	25	1.58
22246441--22246557	40	2.7	43	79	9	132	56	8	15	19	1.65
22250524--22250699	91	2.0	88	86	5	248	35	19	11	32	1.89
22250826--22250889	19	3.3	19	76	4	74	64	1	3	31	1.19
22250829--22250890	29	2.2	28	85	2	79	62	1	3	32	1.20
22251928--22252038	19	5.8	19	86	0	168	38	8	14	38	1.76
22251935--22252038	38	2.7	38	96	0	190	39	7	13	39	1.73
22252030--22252074	23	2.0	23	83	8	58	33	4	17	44	1.69
22265938--22265985	23	2.1	23	100	0	96	31	20	8	39	1.82
22269226--22269265	17	2.4	17	91	0	62	20	25	40	15	1.90
22270637--22270715	36	2.2	35	84	8	106	12	12	34	40	1.81
22273861--22273959	27	3.6	26	77	14	92	28	4	3	64	1.26
22274617--22274661	8	6.1	7	80	19	56	13	0	40	46	1.43
22274730--22274847	34	3.4	33	79	11	139	40	0	16	42	1.54
22274923--22276194	125	10.2	126	85	1	1520	38	15	16	29	1.90
22281186--22281224	18	2.2	18	90	0	60	46	7	20	25	1.77
22282767--22282805	20	1.9	21	84	5	53	66	2	2	28	1.18
22284239--22284272	6	5.7	6	100	0	68	17	35	14	32	1.91
22285773--22285829	28	2.0	28	96	0	105	29	12	14	43	1.81
22287110--22287142	7	4.7	7	100	0	66	45	12	0	42	1.41
22291748--22291911	87	1.9	86	85	6	224	36	23	14	26	1.92
22300019--22300112	12	8.8	11	68	21	58	10	21	2	65	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22300056--22300119	18	3.5	19	82	4	69	9	21	1	67	1.28
22301057--22301090	12	2.8	12	91	8	52	26	8	5	58	1.51
22301959--22302035	40	1.9	40	91	0	127	33	12	22	31	1.92
22304723--22304758	18	2.1	17	89	5	54	44	0	8	47	1.33
22305377--22305426	16	3.1	16	79	2	55	42	2	4	52	1.31
22309903--22309943	21	1.9	22	90	5	66	12	7	12	68	1.39
22316233--22316275	21	2.0	23	86	9	63	58	9	2	30	1.42
22316998--22317095	34	2.9	33	87	6	142	42	13	14	29	1.83
22318362--22318386	11	2.3	11	100	0	50	48	16	0	36	1.46
22326868--22326921	27	1.9	29	85	7	76	70	5	3	20	1.23
22328298--22328340	12	3.5	12	84	6	59	62	0	2	34	1.08
22331811--22331866	29	1.9	29	88	0	85	23	33	25	17	1.96
22332214--22332244	16	1.9	16	93	0	53	61	22	3	12	1.46
22336634--22336660	6	4.5	6	100	0	54	51	33	0	14	1.43
22336910--22336954	23	2.0	23	82	8	56	37	8	4	48	1.55
22356583--22356614	12	2.7	12	90	0	55	34	34	15	15	1.90
22356614--22356640	12	2.2	12	100	0	54	22	51	7	18	1.70
22359300--22359759	232	2.0	232	92	0	758	37	21	12	28	1.90
22360241--22360301	22	2.8	22	76	0	68	42	13	18	26	1.86
22360984--22361044	22	2.8	22	76	0	68	42	13	18	26	1.86
22361734--22361793	22	2.7	22	76	0	66	43	13	18	25	1.86
22360137--22363655	749	4.7	749	95	0	6262	36	21	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22364182--22364229	24	2.0	24	100	0	96	58	16	8	16	1.61
22366716--22366871	68	2.3	68	87	0	213	29	25	12	32	1.93
22368720--22368776	25	2.3	25	87	3	80	19	17	24	38	1.93
22374667--22374698	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
22374890--22374968	41	1.9	42	84	2	106	34	25	16	24	1.95
22374859--22375017	84	1.9	84	82	10	200	30	27	18	22	1.98
22374859--22375014	43	3.7	41	74	13	156	29	28	19	23	1.98
22379921--22379979	31	1.9	31	100	0	118	33	13	15	37	1.86
22382491--22382646	43	3.7	42	72	14	151	29	27	19	23	1.98
22389300--22389324	11	2.3	11	100	0	50	24	8	16	52	1.70
22390670--22390709	20	2.0	21	90	5	64	70	10	0	20	1.16
22398993--22399028	13	2.8	13	91	0	63	36	38	8	16	1.79
22399399--22399441	23	1.9	22	86	13	61	0	16	4	79	0.90
22400186--22400306	45	2.6	46	81	6	147	39	4	3	52	1.40
22400187--22400339	24	6.7	23	73	12	120	38	6	3	51	1.44
22405112--22405146	17	2.1	17	94	0	61	57	0	20	22	1.41
22408235--22408623	180	2.2	180	82	8	463	31	18	20	29	1.96
22408832--22408872	21	2.0	21	85	9	57	70	17	0	12	1.16
22424965--22425065	51	2.0	51	90	0	157	32	16	22	27	1.96
22429124--22429177	8	6.8	8	95	0	99	50	0	14	35	1.44
22430531--22430577	25	2.0	22	88	12	67	38	0	2	59	1.09
22430531--22430575	24	2.0	22	86	8	63	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434039--22434079	9	4.6	9	84	0	55	34	17	36	12	1.87
22435197--22435229	9	3.9	9	84	15	52	57	9	0	33	1.30
22435197--22435232	16	2.2	16	95	0	63	55	8	0	36	1.30
22435302--22435343	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22438124--22438157	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
22443861--22443905	4	11.2	4	86	9	65	75	0	2	22	0.91
22445522--22445551	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
22451267--22451305	18	2.1	18	85	4	51	23	2	2	71	1.10
22451901--22452036	67	2.0	67	100	0	272	30	8	25	35	1.86
22454306--22454393	41	2.2	40	85	2	113	48	15	18	17	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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