genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9339788--9339822	15	2.2	17	90	10	56	42	0	5	51	1.25
9339814--9339848	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9339814--9339867	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
9339934--9339968	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9339934--9339987	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
9339679--9339984	61	5.1	61	73	12	317	44	0	3	51	1.20
9358870--9358927	30	1.9	30	85	0	80	39	3	25	31	1.73
9359139--9359170	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
9359265--9359462	50	3.8	50	85	4	243	25	22	29	21	1.99
9359265--9359455	106	1.9	103	86	6	280	26	23	29	20	1.99
9365050--9365106	26	2.2	26	90	0	87	17	21	17	43	1.88
9370614--9370797	37	5.0	37	93	1	300	25	22	15	37	1.93
9370760--9371074	52	6.2	52	86	7	420	28	22	13	34	1.93
9370760--9371080	98	3.3	97	85	10	394	28	22	14	34	1.93
9370878--9371013	46	3.1	41	87	8	125	30	20	14	33	1.93
9376427--9376467	20	2.1	20	82	13	50	29	2	0	68	1.03
9380244--9380302	30	2.0	28	83	6	73	22	8	16	52	1.70
9381407--9381466	30	1.9	32	83	6	79	68	0	3	28	1.05
9386536--9386575	5	8.0	5	85	0	53	40	0	37	22	1.54
9387419--9387458	19	2.1	19	90	4	62	70	5	5	20	1.26
9389459--9389549	46	2.0	46	97	0	173	20	18	4	56	1.59
9391164--9391231	21	3.2	21	74	0	73	42	19	23	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9391156--9391273	42	2.8	41	85	5	146	43	17	22	16	1.88
9391170--9391274	42	2.5	41	87	4	147	42	18	21	17	1.89
9395021--9395058	17	2.2	17	95	0	67	7	13	10	68	1.39
9395644--9395701	28	2.1	28	100	0	116	27	12	18	41	1.86
9395827--9395897	23	3.1	21	77	22	72	16	7	23	52	1.69
9395842--9395897	23	2.4	23	87	0	94	19	7	25	48	1.74
9397091--9397244	25	6.2	25	75	13	140	51	4	5	37	1.46
9397084--9397218	48	2.8	48	94	0	243	51	5	5	37	1.49
9400809--9401012	87	2.3	90	88	5	297	46	3	3	46	1.38
9400930--9401055	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
9401162--9401216	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
9401432--9401479	16	3.0	16	87	0	69	29	35	0	35	1.58
9402347--9402571	123	1.8	124	93	0	389	41	7	7	43	1.60
9404577--9404605	14	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
9410367--9410406	19	2.0	20	95	4	73	12	20	15	52	1.74
9428659--9428705	24	2.0	24	86	0	67	31	6	21	40	1.78
9451109--9451160	17	3.0	17	75	10	52	55	11	3	28	1.53
9452457--9452542	42	2.0	43	88	2	129	25	16	25	32	1.96
9452465--9452560	42	2.3	42	81	1	111	30	16	22	30	1.96
9453118--9453368	48	5.2	48	88	4	362	25	15	15	43	1.87
9453118--9453349	98	2.4	98	89	2	362	24	15	15	44	1.85
9454073--9454097	13	1.9	13	100	0	50	20	0	16	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9458492--9458556	33	2.0	33	90	6	105	41	35	6	16	1.74
9466293--9466326	9	3.7	9	88	7	50	26	44	23	5	1.76
9482351--9482406	14	4.1	13	80	13	51	32	10	0	57	1.33
9482334--9482408	28	2.7	27	75	19	73	30	12	0	57	1.35
9489481--9489605	42	3.0	42	78	0	133	42	16	23	17	1.89
9498503--9498551	18	2.6	19	74	9	55	34	0	0	65	0.93
9501065--9501116	12	4.5	11	75	13	50	38	3	1	55	1.29
9501244--9501312	29	2.4	27	79	15	75	8	65	1	24	1.30
9501452--9501491	6	6.8	6	91	2	55	25	5	70	0	1.08
9501451--9501491	18	2.4	17	88	8	64	24	4	70	0	1.06
9501528--9501596	21	3.3	21	75	18	63	40	5	0	53	1.25
9501528--9501571	20	2.2	20	84	15	56	43	6	0	50	1.29
9507599--9507645	19	2.5	19	80	10	53	27	6	2	63	1.30
9507638--9507704	30	2.3	30	82	12	77	37	2	1	58	1.23
9519020--9519119	35	2.9	35	98	0	191	32	12	20	36	1.89
9521090--9521145	17	3.4	17	76	14	62	41	17	8	32	1.81
9523458--9523541	30	2.7	29	77	15	80	50	4	1	44	1.31
9524073--9524124	21	2.5	22	75	12	56	11	7	1	78	1.02
9525059--9525083	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
9543629--9543739	18	5.8	18	71	16	64	32	2	3	61	1.27
9543610--9543782	10	18.0	9	71	15	84	33	3	3	59	1.31
9543693--9543782	18	4.6	19	77	14	78	35	4	2	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9557933--9558026	36	2.5	35	80	14	100	43	1	23	31	1.61
9562901--9562971	37	1.9	37	88	0	106	38	4	22	35	1.74
9563969--9564013	23	2.0	23	91	8	74	28	6	26	37	1.82
9566090--9566130	21	2.0	21	85	4	57	46	4	7	41	1.53
9573929--9573977	22	2.2	23	85	3	64	51	6	8	34	1.57
9590898--9590968	25	2.9	25	79	8	76	47	1	1	49	1.18
9598171--9598209	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9598328--9598356	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
9598443--9598518	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
9605518--9605556	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9605675--9605703	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
9605790--9605886	23	4.3	23	93	5	171	20	20	26	31	1.97
9605790--9605886	44	2.2	46	92	5	171	20	20	26	31	1.97
9608998--9609344	181	1.9	175	90	4	543	44	12	13	29	1.81
9609220--9609545	108	3.1	107	82	8	445	41	15	15	27	1.87
9609972--9610038	29	2.3	29	77	10	75	29	2	8	58	1.44
9610741--9611284	112	5.2	108	75	16	481	32	15	14	37	1.88
9610633--9611277	299	2.1	297	87	5	917	31	16	15	37	1.89
9610862--9611203	187	1.8	185	88	6	528	31	15	14	38	1.87
9611268--9611301	17	2.0	17	88	0	50	0	11	2	85	0.71
9618847--9618873	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
9628366--9628453	45	2.0	45	93	2	151	28	12	18	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9629492--9629526	18	1.9	18	100	0	70	11	17	8	62	1.52
9629766--9629874	50	2.2	50	89	1	164	45	15	11	27	1.80
9630268--9630302	18	1.9	18	94	0	61	25	11	22	40	1.88
9647814--9647854	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9650648--9650702	25	2.2	25	78	18	60	21	30	3	43	1.70
9668047--9668676	44	13.8	44	72	13	425	31	18	21	28	1.97
9668004--9668736	232	3.2	232	98	0	1407	31	18	21	27	1.97
9670391--9670425	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
9674047--9674095	23	2.2	22	79	13	55	46	0	2	51	1.12
9675360--9675389	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
9675409--9675450	16	2.6	16	84	0	57	59	0	0	40	0.97
9675478--9675534	15	3.5	15	73	17	60	49	3	0	47	1.18
9675985--9676020	14	2.6	14	90	0	54	30	22	5	41	1.76
9683621--9683681	25	2.6	23	82	10	70	62	0	0	37	0.96
9683894--9683946	27	1.9	28	88	3	81	67	0	0	32	0.91
9683934--9683973	20	2.0	20	95	4	73	82	0	0	17	0.67
9683907--9683966	9	6.6	9	76	12	52	76	0	0	23	0.78
9683934--9683973	11	3.9	11	84	15	59	82	0	0	17	0.67
9696613--9696671	3	19.7	3	76	13	59	61	3	1	33	1.23
9696595--9696639	15	3.0	15	86	0	54	57	11	0	31	1.33
9701645--9701696	24	2.1	26	82	7	63	3	17	3	75	1.11
9716218--9716244	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9717001--9717081	3	26.0	3	75	16	67	32	3	2	61	1.26
9719053--9719378	46	7.6	46	81	14	401	28	22	14	34	1.94
9719188--9719342	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
9719142--9719378	82	2.9	82	94	0	411	29	21	13	35	1.92
9719053--9719378	128	2.5	132	81	14	405	28	22	14	34	1.94
9721086--9721117	10	3.2	10	90	0	55	53	0	0	46	1.00
9721448--9721484	16	2.2	17	86	13	51	67	2	21	8	1.29
9723146--9723177	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
9728262--9728293	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
9732581--9732901	162	2.0	162	92	2	538	35	19	21	23	1.96

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