genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28862120--28862220	32	3.3	31	71	19	95	24	9	6	58	1.55
28862714--28862750	7	5.3	7	93	0	65	29	0	56	13	1.37
28867066--28867107	15	2.8	15	88	0	66	38	7	0	54	1.28
28876604--28877369	381	2.0	381	96	0	1397	33	13	26	26	1.94
28879550--28880066	132	3.9	131	84	3	651	31	18	24	25	1.98
28879587--28880090	267	1.9	267	85	4	696	30	18	23	26	1.98
28881400--28881431	13	2.5	13	94	0	55	37	6	0	56	1.25
28893200--28893292	49	1.9	49	84	6	127	51	13	20	13	1.75
28900450--28900480	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
28917908--28917952	18	2.5	18	89	7	65	28	33	4	33	1.77
28921360--28921559	32	6.3	32	85	0	222	37	16	21	24	1.93
28921360--28921559	64	3.1	64	85	0	249	37	16	21	24	1.93
28921360--28921559	96	2.1	95	85	0	265	37	16	21	24	1.93
28921569--28921618	26	1.9	26	87	0	73	38	24	22	16	1.93
28921744--28921832	24	3.7	24	84	3	117	44	21	6	26	1.77
28921825--28922080	27	9.6	27	82	3	176	26	21	19	32	1.97
28921851--28922236	27	14.4	27	79	3	357	24	21	19	34	1.96
28922117--28922277	27	6.0	25	76	10	124	23	19	18	37	1.94
28922289--28922359	27	2.6	26	82	8	72	28	14	9	47	1.75
28932553--28932595	21	2.0	21	100	0	86	23	13	0	62	1.31
28933571--28933616	23	2.0	23	100	0	92	17	4	8	69	1.31
28935253--28935277	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28938119--28938215	50	1.9	50	89	0	149	16	27	15	40	1.89
28942516--28942547	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
28943329--28943392	3	21.3	3	96	0	119	32	0	1	65	1.02
28943489--28943525	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
28947518--28947543	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28954761--28954807	22	2.2	21	96	3	85	44	12	12	29	1.80
28956056--28957094	96	10.9	96	89	3	1510	31	25	21	21	1.98
28956069--28957094	379	2.7	379	90	2	1549	31	25	21	21	1.98
28957731--28957757	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
28958541--28958574	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
28958663--28958699	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
28962216--28962651	113	3.9	113	89	1	651	26	19	27	26	1.99
28962560--28962702	73	2.0	72	87	1	205	30	20	24	25	1.99
28962880--28962910	14	2.2	14	94	0	53	29	0	29	41	1.56
28962908--28962962	15	3.7	15	74	11	51	18	0	45	36	1.49
28963227--28963280	15	3.6	15	87	0	81	18	0	44	37	1.50
28963225--28963280	8	7.4	8	76	11	64	17	0	46	35	1.49
28963220--28963278	7	8.0	7	77	9	55	20	0	42	37	1.52
28963888--28964274	154	2.6	151	91	3	624	39	15	15	30	1.88
28968381--28968503	42	2.9	42	85	0	156	19	18	29	32	1.96
28975552--28975639	46	1.9	45	81	6	106	19	22	37	20	1.94
28980527--28980661	39	3.4	39	84	2	198	43	21	3	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28986173--28986411	27	9.1	27	76	13	115	23	17	19	40	1.91
28986174--28986380	102	2.0	104	85	6	278	23	17	18	40	1.91
28986206--28986426	27	8.4	27	79	10	201	20	16	19	42	1.89
28998633--28998657	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
29001825--29001863	15	2.5	16	83	4	53	43	23	2	30	1.67
29005825--29006140	27	11.7	27	79	5	282	25	20	9	44	1.81
29005821--29006130	81	3.8	81	79	4	331	25	21	9	43	1.82
29033766--29033840	3	25.0	3	78	10	73	64	1	4	30	1.20
29033718--29033834	30	3.9	30	79	9	98	58	1	8	30	1.38
29041759--29041884	62	2.0	62	98	0	243	42	18	13	26	1.87
29042207--29042262	22	2.5	22	88	0	85	37	30	17	14	1.90
29042229--29042322	38	2.5	37	89	1	134	38	29	19	12	1.89
29042207--29042300	22	4.5	22	71	22	78	38	29	18	13	1.89
29045725--29045769	15	3.1	15	83	3	65	48	0	13	37	1.42
29053515--29053612	26	3.7	26	80	8	126	31	13	25	29	1.93
29053515--29053635	53	2.3	54	88	1	181	34	13	23	28	1.92
29053515--29053668	28	5.7	27	78	11	149	34	12	24	27	1.92
29066359--29066561	102	2.0	102	98	0	388	50	11	4	33	1.59
29066672--29066736	11	6.1	11	77	12	73	58	0	41	0	0.98
29066698--29066791	4	22.5	4	74	21	52	67	0	32	0	0.91
29066706--29066792	24	3.6	24	78	9	97	66	0	33	0	0.92
29066690--29066761	14	5.2	13	74	22	51	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29067617--29067652	8	4.2	8	92	7	54	72	0	2	25	0.98
29067120--29068186	306	3.5	306	90	5	1643	51	6	10	31	1.61
29070963--29071088	43	2.9	42	81	12	148	19	19	29	30	1.97
29071735--29071769	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
29072021--29072437	47	8.9	47	95	0	735	34	11	15	39	1.83
29078937--29079065	43	3.0	42	81	13	154	20	20	29	30	1.97
29079712--29079746	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
29080000--29080510	47	10.9	47	94	1	848	34	11	14	39	1.82
29082051--29082075	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
29082234--29082299	9	7.2	9	83	10	71	42	27	9	21	1.83
29082234--29082279	17	2.6	18	86	6	67	41	26	10	21	1.86
29082243--29082310	20	3.5	20	84	5	79	45	26	7	20	1.77
29082278--29082311	9	3.4	10	84	15	52	52	26	2	17	1.58
29084804--29084869	27	2.4	27	80	9	73	50	9	6	34	1.59
29084863--29084908	22	2.1	22	84	8	58	58	15	2	23	1.48
29087069--29087525	87	5.0	89	79	11	482	37	19	10	32	1.86
29087625--29087666	10	4.3	10	81	6	50	69	2	0	28	1.01
29087900--29087952	20	2.7	20	85	8	65	32	7	3	56	1.45
29087903--29087946	19	2.4	19	85	11	56	29	9	4	56	1.50
29087918--29088010	29	3.2	27	79	13	89	31	7	1	60	1.32
29087981--29088020	20	2.0	21	95	5	73	30	7	0	62	1.23
29088118--29088203	29	2.9	31	78	16	85	30	3	2	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29088151--29088215	30	2.2	29	81	10	69	36	1	1	60	1.16
29088155--29088217	29	2.2	29	78	13	67	38	1	1	58	1.17
29093498--29093564	35	1.9	35	82	11	84	49	2	11	35	1.55
29093900--29093942	21	2.0	23	81	9	54	51	4	9	34	1.55
29096778--29096822	17	2.6	16	83	13	54	35	2	6	55	1.38
29102111--29102139	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
29103303--29103363	31	2.0	31	81	12	72	45	14	22	16	1.84
29103541--29103596	11	5.5	10	76	16	53	67	0	32	0	0.91
29103550--29103594	17	2.8	17	80	12	51	66	0	33	0	0.92
29103855--29103898	21	2.1	21	100	0	88	36	9	9	45	1.68
29104328--29104405	38	2.0	39	92	5	131	28	11	8	51	1.68
29104484--29104670	58	3.2	58	78	8	211	34	13	11	41	1.80
29104918--29104956	16	2.4	16	95	0	69	38	0	2	58	1.12
29108072--29108109	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
29108519--29108635	57	2.1	56	90	1	180	50	11	13	23	1.75
29113159--29113225	25	2.8	26	76	12	65	46	0	0	53	1.00
29113164--29113214	5	9.8	5	89	6	75	43	0	0	56	0.99
29114536--29114574	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
29114814--29114924	38	2.8	40	72	5	100	23	19	27	29	1.98
29115071--29115111	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
29116563--29116640	26	3.0	26	79	7	86	30	30	28	10	1.90
29119413--29119622	109	1.9	108	89	4	325	31	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29122752--29123218	70	6.7	70	79	1	402	38	23	17	20	1.93
29123276--29123387	58	1.9	58	85	0	152	29	20	11	38	1.88
29136948--29136986	5	7.8	5	85	0	51	12	5	2	79	1.00
29136948--29136986	15	2.6	15	87	0	60	12	5	2	79	1.00
29136941--29136986	20	2.3	20	88	0	65	15	6	2	76	1.09
29137723--29138378	328	2.0	324	90	1	1017	33	11	19	36	1.87
29139822--29139850	13	2.1	14	93	6	51	34	0	20	44	1.52
29148293--29148486	105	1.8	105	82	2	246	31	15	25	26	1.96
29148391--29148522	33	4.0	34	70	10	96	31	15	26	26	1.95
29150098--29150128	14	2.3	13	94	5	53	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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