genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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This is table  63  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20403139--20403210	28	2.8	24	70	22	74	44	6	8	40	1.61
20404777--20404829	23	2.3	23	87	6	72	43	5	1	49	1.37
20404850--20404905	24	2.4	23	85	11	78	46	1	1	50	1.22
20409592--20409616	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
20418421--20418607	84	2.2	85	97	1	349	52	14	1	30	1.51
20420998--20421027	16	1.9	15	93	6	51	66	10	0	23	1.21
20426070--20426105	18	2.0	18	88	0	54	36	2	2	58	1.27
20429176--20429205	14	2.1	15	93	6	53	56	0	13	30	1.37
20434077--20434122	21	2.2	21	84	0	56	56	10	17	15	1.67
20441498--20441583	25	3.5	25	78	12	97	23	25	19	31	1.98
20446465--20446519	27	2.0	27	85	0	74	36	21	21	20	1.95
20451150--20451223	26	2.8	26	75	0	76	36	31	10	21	1.88
20453639--20453680	21	1.9	23	90	9	70	35	2	0	61	1.09
20453668--20453701	8	4.0	8	85	14	50	35	5	0	58	1.22
20453639--20453695	23	2.5	23	81	16	66	35	5	0	59	1.20
20459121--20459194	32	2.4	30	89	10	114	59	0	8	32	1.27
20459281--20459334	21	2.5	22	88	5	85	29	31	7	31	1.85
20466868--20466896	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
20467031--20467081	17	3.1	17	83	10	54	41	0	3	54	1.19
20470016--20470120	47	2.2	46	83	10	122	32	29	16	21	1.95
20473509--20473586	33	2.4	32	76	6	75	25	20	17	35	1.95
20481052--20481216	33	4.9	32	72	11	123	30	21	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20483686--20483784	23	4.3	23	92	0	171	21	21	25	32	1.98
20483686--20483784	46	2.2	46	98	0	189	21	21	25	32	1.98
20484746--20484777	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
20488388--20488443	23	2.4	23	81	3	67	46	1	3	48	1.30
20497134--20497180	21	2.2	21	85	7	60	31	12	0	55	1.38
20511239--20511271	13	2.5	13	100	0	66	42	0	18	39	1.50
20518612--20518653	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
20518751--20518795	21	2.1	21	91	0	72	46	22	8	22	1.79
20518771--20518831	30	2.0	30	93	0	104	49	21	4	24	1.69
20529547--20529639	39	2.4	39	78	7	93	27	26	22	22	1.99
20537266--20537326	31	2.0	31	90	6	97	39	4	4	50	1.45
20542497--20542538	21	2.0	21	95	0	75	21	9	7	61	1.50
20546042--20546084	17	2.5	17	84	3	59	13	6	2	76	1.08
20550738--20550943	103	2.0	103	97	0	385	30	21	27	20	1.98
20562559--20562709	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
20563157--20563183	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
20571902--20571935	15	2.3	15	90	5	52	2	5	23	67	1.26
20573149--20573179	14	2.2	14	94	0	53	45	9	0	45	1.36
20573624--20573648	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20573557--20573734	98	1.8	98	80	7	218	44	12	6	36	1.69
20573860--20573895	15	2.4	15	100	0	72	36	8	11	44	1.70
20577004--20577209	89	2.3	91	87	4	283	45	3	3	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20577214--20577634	54	7.1	57	65	20	179	42	2	4	50	1.37
20577263--20577581	66	5.2	64	66	19	232	41	3	5	49	1.43
20577225--20577640	120	3.5	120	96	0	742	42	2	5	50	1.38
20577298--20577605	61	5.1	61	67	14	253	42	2	6	49	1.40
20577470--20577521	15	3.6	15	80	12	56	44	0	0	55	0.99
20577599--20577640	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
20577590--20577631	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
20577574--20577890	157	2.0	157	96	0	580	47	4	3	45	1.40
20577743--20577777	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
20577575--20577813	75	3.1	75	65	18	191	46	3	3	47	1.35
20577942--20578032	45	2.0	44	87	2	128	36	27	4	31	1.77
20582959--20583008	21	2.4	21	96	0	91	24	10	14	52	1.71
20586639--20586670	6	5.7	6	92	7	50	34	0	0	65	0.93
20586639--20586670	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
20586792--20586850	31	1.9	31	85	0	82	22	15	10	52	1.72
20590037--20590087	16	3.2	16	75	5	50	62	5	3	27	1.36
20597317--20597512	39	5.0	39	90	0	284	23	15	34	27	1.94
20600570--20600620	23	2.2	23	82	6	59	50	19	11	17	1.76
20606277--20606316	21	1.9	21	84	0	53	27	5	22	45	1.73
20608424--20608465	11	3.8	11	87	0	66	71	0	14	14	1.15
20608422--20608465	22	2.0	22	100	0	88	72	0	13	13	1.12
20609474--20609509	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20614784--20614870	32	2.7	33	78	10	90	49	10	5	34	1.61
20616852--20616914	29	2.3	27	83	5	72	39	9	17	33	1.82
20618775--20618891	48	2.3	50	82	10	132	64	8	21	5	1.40
20631108--20631200	47	2.0	47	95	0	168	48	1	12	37	1.49
20634056--20634231	68	2.6	68	93	0	307	15	6	21	56	1.61
20634128--20634248	45	2.6	46	83	7	156	14	5	22	57	1.59
20634196--20634236	12	3.4	12	89	0	64	7	4	24	63	1.40
20634056--20634260	23	8.9	23	75	11	179	14	6	21	57	1.61
20635087--20635337	116	2.2	115	97	1	468	46	5	2	45	1.42
20635315--20635353	16	2.5	16	95	4	71	28	0	0	71	0.86
20635203--20635498	130	2.3	132	95	1	533	44	5	2	48	1.37
20635452--20635485	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
20637718--20637821	49	2.1	49	92	0	172	30	8	10	50	1.67
20639206--20640289	120	9.0	120	92	2	1811	42	1	4	51	1.31
20639643--20639687	16	2.8	17	86	10	67	35	2	0	62	1.08
20639206--20640282	239	4.5	238	94	1	1807	42	1	4	51	1.31
20639874--20639911	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
20649276--20649303	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
20675709--20675754	23	2.0	23	83	8	58	34	0	4	60	1.16
20678587--20678612	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
20679238--20679281	18	2.4	18	88	0	61	18	27	6	47	1.73
20679523--20679569	21	2.2	21	85	7	60	36	38	17	8	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20679536--20679577	21	2.0	21	85	0	57	33	45	19	2	1.63
20680893--20680940	15	3.2	15	75	0	51	56	14	22	6	1.61
20683143--20683278	58	2.3	58	93	0	236	21	25	11	41	1.86
20684488--20684649	85	1.9	85	85	0	225	30	9	16	43	1.80
20687755--20687786	14	2.1	16	88	11	50	40	3	3	53	1.33
20688356--20688382	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20696097--20696133	16	2.3	16	90	9	58	64	0	8	27	1.21
20700131--20700155	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
20704387--20704690	51	6.1	51	86	5	417	29	21	15	33	1.95
20704387--20704690	95	3.1	94	86	6	437	29	21	15	33	1.95
20704548--20704639	44	2.3	39	85	12	116	29	21	17	31	1.96
20710429--20710855	114	3.7	114	94	1	739	23	20	26	29	1.99
20711098--20711131	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
20711154--20711208	14	3.9	14	78	0	56	23	0	41	34	1.55
20711244--20711459	83	2.6	82	86	2	283	31	1	23	43	1.62
20711511--20711564	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
20711567--20711592	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
20711559--20711602	21	2.1	21	91	0	70	65	2	6	25	1.28
20711597--20711638	18	2.3	18	88	8	59	83	0	2	14	0.75
20711635--20711728	46	2.1	45	84	6	118	44	8	1	45	1.41
20713850--20713908	7	8.3	7	88	3	91	3	13	11	71	1.27
20714478--20714622	13	11.0	13	70	11	89	39	11	4	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20714460--20714631	53	3.2	53	86	2	229	38	11	4	45	1.60
20714763--20715082	9	35.8	9	71	15	202	45	20	2	32	1.64
20714829--20714952	34	3.6	33	75	16	85	46	22	2	28	1.64
20714906--20715025	53	2.3	51	82	10	152	45	21	1	30	1.62
20714933--20715090	25	6.2	25	72	12	106	44	19	2	33	1.64
20714829--20715093	52	5.1	50	74	13	162	45	20	2	31	1.65
20720526--20720654	66	2.0	66	92	0	213	42	17	24	15	1.88
20720529--20720693	66	2.5	66	83	5	174	43	20	23	13	1.87
20720977--20721200	42	5.3	42	78	1	234	31	21	19	27	1.98
20724327--20724398	18	4.0	18	81	0	72	16	0	61	22	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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