genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7683991--7684038	20	2.5	19	82	3	51	54	2	0	43	1.12
7695282--7695343	31	2.0	31	93	0	106	35	8	17	38	1.80
7699958--7700013	26	2.2	26	87	6	78	53	0	0	46	1.00
7701585--7701627	11	4.0	11	75	6	52	27	2	6	62	1.33
7703232--7703282	27	2.0	25	81	14	59	37	0	1	60	1.08
7703361--7703437	22	3.4	22	78	12	75	55	1	1	41	1.16
7703716--7703762	15	3.5	14	77	16	55	31	0	0	68	0.90
7703716--7703749	7	4.7	7	85	7	50	32	0	0	67	0.91
7703723--7703777	25	2.2	25	86	0	74	41	0	0	58	0.98
7705270--7705306	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7705520--7705569	26	1.9	26	87	0	73	22	36	0	42	1.54
7706682--7706710	11	2.6	11	100	0	58	34	0	10	55	1.34
7708530--7708625	46	2.1	46	86	3	133	40	1	12	45	1.49
7708684--7708731	24	2.0	24	88	8	71	50	12	20	16	1.78
7708821--7708887	21	3.2	21	64	8	55	16	19	16	47	1.82
7708822--7708943	42	2.9	43	83	3	149	17	20	16	45	1.85
7710646--7710747	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
7710646--7710762	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
7712330--7712354	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
7715416--7715515	42	2.3	43	86	1	139	29	17	22	32	1.96
7715375--7715535	43	3.7	43	76	10	150	25	16	26	31	1.97
7737104--7737142	12	3.0	12	80	20	51	48	0	25	25	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7738129--7738169	10	4.2	10	82	14	50	51	0	7	41	1.30
7740890--7741075	95	2.0	93	95	2	336	47	9	12	30	1.73
7772122--7772184	31	2.0	31	100	0	126	33	9	34	22	1.86
7775713--7775765	28	2.0	27	88	7	81	52	1	5	39	1.36
7775718--7775775	28	2.1	28	80	6	64	60	1	5	32	1.29
7796812--7796851	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7796800--7796866	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
7806074--7806104	12	2.6	12	89	0	53	22	9	16	51	1.73
7821205--7821238	11	3.1	11	91	8	52	5	11	0	82	0.83
7822098--7822126	9	3.2	9	100	0	58	13	0	0	86	0.58
7826813--7826956	39	3.5	39	78	10	153	23	20	22	33	1.97
7828103--7828129	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
7835252--7835276	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
7836880--7836951	25	2.9	25	77	4	74	30	19	26	23	1.98
7842077--7842149	38	1.9	37	89	8	112	49	4	8	38	1.52
7843599--7843631	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
7846279--7846341	32	2.0	32	87	6	92	38	11	9	41	1.73
7854265--7854316	13	3.6	14	79	20	54	76	3	7	11	1.12
7854260--7854316	17	3.7	15	76	19	64	73	3	8	14	1.20
7856534--7856594	18	3.0	19	75	24	54	60	3	21	14	1.48
7869672--7869699	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
7881401--7881445	21	2.2	20	84	4	54	33	6	2	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887108--7887141	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
7891737--7891770	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
7895070--7895129	32	1.9	31	83	10	77	38	0	0	61	0.96
7907792--7907842	24	2.1	25	85	3	68	31	9	7	50	1.64
7913123--7913723	130	4.6	130	77	5	401	38	10	17	34	1.84
7913132--7913637	130	3.9	130	80	4	518	37	10	16	35	1.83
7913132--7913637	263	1.9	260	81	2	611	37	10	16	35	1.83
7915132--7915167	9	4.0	9	85	0	54	44	33	22	0	1.53
7915131--7915163	12	2.8	12	90	0	57	42	33	24	0	1.55
7921129--7921195	34	2.0	34	90	0	107	22	11	16	49	1.78
7933077--7933279	111	1.8	112	87	5	304	49	7	6	35	1.59
7937484--7937942	227	2.0	230	85	4	631	31	11	14	41	1.83
7943500--7943543	21	2.0	22	82	4	54	38	2	2	56	1.24
7944153--7944182	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
7944623--7944661	20	2.0	20	94	0	69	25	10	15	48	1.76
7944824--7944864	20	2.0	20	90	9	66	29	0	14	56	1.39
7946187--7946229	17	2.4	17	84	11	50	48	2	0	48	1.14
7981762--7981805	20	2.1	22	83	8	56	47	2	2	47	1.27
7994069--7994117	23	2.1	23	100	0	98	34	4	0	61	1.15
8002613--8002685	27	2.7	27	91	0	119	30	23	28	17	1.97
8002690--8003349	19	32.3	19	66	25	182	30	0	13	55	1.41
8002715--8003004	82	3.6	81	92	5	489	29	0	13	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8002876--8003097	101	2.2	99	92	4	374	30	0	13	56	1.41
8002794--8003184	181	2.2	179	92	3	647	30	0	12	56	1.38
8002978--8003243	80	3.3	80	93	0	451	30	0	12	57	1.38
8002693--8003288	261	2.2	262	91	4	953	30	0	13	56	1.40
8003217--8003293	27	3.0	27	85	11	117	29	0	15	54	1.42
8003239--8003348	42	2.6	42	97	0	211	30	0	17	52	1.45
8003342--8003463	60	2.0	60	88	3	183	31	0	13	54	1.45
8003581--8003617	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
8003688--8003738	15	3.4	15	91	0	84	19	31	31	17	1.95
8018188--8018220	17	1.9	17	93	0	57	33	0	21	45	1.52
8018214--8018247	18	1.9	17	88	5	50	70	2	2	23	1.15
8019832--8020027	69	2.8	69	88	4	266	21	17	28	32	1.96
8024820--8024871	15	3.4	15	83	2	68	53	1	25	19	1.55
8035693--8035807	21	5.5	21	68	8	81	20	18	18	42	1.89
8035695--8035819	42	3.0	43	84	3	173	19	20	18	42	1.90
8035796--8035855	21	2.9	21	87	5	86	13	25	20	41	1.88
8035868--8035916	19	2.5	19	76	6	53	14	16	22	46	1.82
8050571--8050605	18	1.9	18	88	11	54	28	40	0	31	1.57
8053158--8053225	34	2.0	35	91	2	111	32	8	10	48	1.68
8053832--8053860	5	6.0	5	92	8	51	20	0	62	17	1.33
8061550--8061580	11	2.9	11	95	4	55	67	6	0	25	1.14
8061697--8062513	155	5.3	151	87	6	1099	29	9	7	53	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062782--8062857	40	1.9	40	88	0	116	38	25	21	15	1.92
8062926--8063080	41	3.8	41	85	0	193	20	21	29	28	1.98
8062926--8063080	82	1.9	82	89	0	238	20	21	29	28	1.98
8063729--8063773	7	6.4	7	81	0	54	20	2	44	33	1.63
8063729--8063783	21	2.6	21	77	8	58	23	1	41	32	1.65
8068122--8068542	43	9.8	43	78	3	427	26	15	25	32	1.96
8068122--8068534	86	4.8	86	86	1	497	26	15	25	31	1.96
8072175--8072230	27	2.1	27	83	6	69	26	8	1	62	1.35
8072456--8072672	43	5.0	43	80	4	229	24	17	30	27	1.97
8072456--8072688	86	2.7	86	86	6	292	23	17	30	28	1.97
8096017--8096074	29	2.0	29	89	0	89	53	10	5	31	1.57
8105274--8105301	6	4.7	6	100	0	56	50	0	14	35	1.43
8110691--8110799	47	2.2	50	82	6	134	21	11	31	35	1.89
8111342--8111403	25	2.5	25	86	5	81	22	22	17	37	1.94
8111364--8111444	22	3.5	23	74	14	78	19	24	17	38	1.93
8111342--8111451	47	2.3	48	78	13	129	20	23	17	38	1.93
8114561--8114631	28	2.6	28	95	2	126	43	9	0	46	1.37
8114690--8114768	27	2.9	27	90	0	122	27	21	32	17	1.96
8115074--8115139	19	3.5	19	80	12	91	37	9	1	51	1.43
8115366--8115462	18	5.2	19	79	7	117	48	0	13	38	1.43
8115366--8115462	38	2.6	37	95	3	176	48	0	13	38	1.43
8116036--8116118	27	3.1	27	87	0	112	16	30	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116167--8116230	27	2.4	27	97	0	119	48	0	10	40	1.38
8123755--8123823	25	2.8	24	80	8	66	30	17	23	28	1.97
8123851--8123956	25	4.4	24	73	10	90	38	22	23	15	1.92
8123856--8123995	74	1.9	75	83	5	185	41	20	22	15	1.90
8132272--8132390	25	4.8	25	73	5	91	33	21	25	20	1.97
8132336--8132548	25	8.7	24	69	13	73	37	22	22	18	1.95
8132348--8132535	98	1.9	98	80	6	220	36	21	22	19	1.95
8132475--8132524	26	1.9	26	83	0	64	38	22	22	18	1.94
8151673--8151710	13	2.9	13	88	0	58	39	23	10	26	1.87
8152705--8152742	14	2.7	14	91	0	58	47	5	7	39	1.55

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