genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25681258--25681433	96	1.8	96	82	2	228	23	18	20	37	1.94
25681452--25681498	22	2.1	22	84	0	58	19	17	17	46	1.84
25686607--25686636	13	2.4	13	94	5	53	20	16	26	36	1.93
25686939--25686974	9	4.0	9	85	0	54	25	11	19	44	1.83
25687436--25687473	20	1.9	20	94	0	67	26	21	0	52	1.47
25695399--25695508	23	5.1	21	77	9	105	37	20	21	20	1.95
25695438--25695508	23	3.0	24	89	6	110	38	16	21	23	1.93
25695814--25695845	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
25696513--25696547	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
25703986--25704095	23	5.1	21	77	13	107	37	21	20	20	1.95
25704401--25704432	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
25705098--25705132	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
25705305--25705375	28	2.5	29	80	10	76	46	2	0	50	1.16
25705311--25705375	30	2.3	27	84	7	76	44	3	0	52	1.16
25705341--25705377	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
25708646--25708718	37	2.0	37	86	2	103	31	24	0	43	1.54
25709424--25709463	13	3.1	13	79	13	55	0	27	0	72	0.85
25709422--25709463	9	4.7	9	85	8	59	0	26	0	73	0.83
25709626--25709671	24	1.9	24	81	0	56	30	23	4	41	1.74
25709815--25709901	31	3.0	28	75	8	75	44	3	0	51	1.18
25709815--25709897	19	4.2	19	69	26	57	44	3	0	51	1.18
25717676--25718044	184	2.0	184	98	0	720	27	24	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25722527--25722588	11	5.6	11	88	3	90	20	32	0	46	1.51
25722550--25722596	22	2.2	22	84	3	60	23	29	0	46	1.52
25724462--25724501	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
25724757--25724805	21	2.3	21	79	6	55	32	36	28	2	1.69
25724930--25725046	25	4.9	25	74	16	122	41	0	13	44	1.50
25724920--25725052	69	1.9	69	98	0	257	39	0	12	47	1.47
25725049--25725081	9	3.7	9	84	15	50	33	0	9	57	1.30
25725116--25725904	23	35.2	23	81	11	784	47	24	0	26	1.54
25725116--25725894	44	17.4	43	81	11	586	47	25	0	26	1.54
25725116--25725904	67	11.7	67	82	9	689	47	24	0	26	1.54
25725899--25726140	115	2.1	115	94	1	423	41	9	7	42	1.64
25729153--25729509	124	2.9	125	93	1	601	31	23	15	29	1.96
25732575--25732625	18	2.7	19	76	11	52	68	3	1	25	1.17
25736144--25736185	21	2.0	21	100	0	84	66	9	9	14	1.44
25737818--25737848	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
25738564--25738589	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
25741023--25741067	21	2.1	22	83	4	56	13	0	31	55	1.38
25743855--25743910	23	2.4	23	87	0	76	12	14	16	57	1.66
25759482--25759577	25	3.8	25	77	0	84	17	29	17	35	1.93
25759531--25759649	25	4.8	25	81	0	76	21	28	20	29	1.98
25759482--25759599	50	2.4	50	80	5	123	18	29	19	32	1.96
25759565--25759651	25	3.5	25	85	0	111	25	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25759564--25759660	25	3.9	25	79	5	81	24	27	18	28	1.98
25763866--25763895	15	2.0	15	93	0	51	30	13	13	43	1.82
25769794--25769971	73	2.4	72	73	10	162	34	20	24	20	1.97
25769852--25769971	25	4.8	25	76	7	111	33	21	25	19	1.97
25769893--25769971	26	3.2	25	82	5	81	34	22	25	17	1.96
25769910--25769993	26	3.3	27	77	11	88	34	20	26	19	1.96
25770402--25770440	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
25770535--25770581	22	2.1	22	96	0	85	27	17	10	44	1.81
25771876--25771962	45	2.0	44	95	2	156	47	6	4	41	1.51
25775838--25775877	20	2.0	20	85	0	53	27	17	20	35	1.95
25776297--25776340	21	2.1	21	91	0	70	38	29	2	29	1.69
25780622--25780841	110	2.0	110	99	0	431	33	27	13	25	1.94
25782092--25782168	38	2.0	41	89	7	124	51	5	3	38	1.42
25786080--25786122	17	2.4	18	80	7	52	25	4	0	69	1.07
25794002--25794034	11	3.1	11	86	4	50	18	33	3	45	1.65
25794012--25794111	51	2.0	51	88	7	150	25	26	2	47	1.63
25794396--25794446	18	2.7	18	84	6	57	41	17	17	23	1.90
25794635--25794661	13	2.1	13	100	0	54	44	33	14	7	1.73
25794664--25794722	7	8.3	7	81	3	73	16	16	13	52	1.75
25794963--25795035	37	2.0	37	91	0	119	32	4	15	47	1.64
25795035--25795100	9	7.4	9	86	3	98	33	7	22	36	1.83
25796163--25796215	7	7.6	7	95	0	70	33	0	15	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25797324--25797363	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
25797401--25797487	15	6.2	15	68	24	73	44	29	0	25	1.54
25797389--25797471	27	3.1	27	94	0	148	43	33	0	22	1.54
25797562--25797594	15	2.2	15	100	0	66	48	27	0	24	1.51
25797416--25797643	107	2.1	104	85	10	302	44	32	1	21	1.61
25797412--25797633	101	2.2	96	77	13	241	45	31	1	21	1.61
25797618--25797643	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
25797692--25797849	77	2.1	76	89	3	237	44	6	9	39	1.64
25797839--25797879	16	2.6	16	96	0	73	46	4	2	46	1.37
25797853--25797902	22	2.2	23	89	3	75	46	2	2	50	1.24
25802593--25802689	47	2.1	47	100	0	194	37	14	27	20	1.92
25805645--25805782	43	3.2	43	69	8	134	24	24	27	23	2.00
25805676--25805846	45	3.9	45	70	6	125	26	25	26	22	2.00
25805615--25805846	44	5.3	44	68	8	148	25	27	25	22	2.00
25805601--25805845	88	2.8	88	89	0	382	26	26	24	22	2.00
25805840--25806392	44	12.6	44	86	1	682	29	20	24	24	1.99
25817928--25817965	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
25818372--25818403	17	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
25823567--25823639	27	2.7	27	86	0	110	31	24	27	16	1.96
25823644--25823914	19	13.3	19	69	21	110	29	0	14	54	1.46
25823669--25823871	80	2.5	80	91	3	316	30	0	14	55	1.43
25823830--25823913	23	3.8	23	89	9	131	29	0	17	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25823830--25823913	42	1.9	46	88	9	131	29	0	17	52	1.45
25823907--25824028	60	2.0	60	88	3	183	31	0	13	54	1.45
25824146--25824182	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
25831228--25831300	6	11.2	6	76	13	56	21	5	1	71	1.14
25832433--25832464	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
25833622--25833651	15	2.0	15	93	0	51	60	6	3	30	1.39
25834048--25834166	25	4.8	24	71	17	82	41	2	3	52	1.31
25836003--25836033	15	2.1	15	100	0	62	38	9	12	38	1.77
25841521--25841556	11	3.4	11	92	7	56	41	2	0	55	1.14
25841521--25841557	10	3.4	11	88	11	58	40	2	0	56	1.13
25841490--25841545	28	2.0	28	82	6	69	35	1	0	62	1.06
25841519--25841572	21	2.6	21	85	8	74	46	1	0	51	1.11
25841514--25841579	21	3.2	20	74	17	64	40	1	0	57	1.08
25846032--25846100	28	2.4	29	75	2	68	34	20	13	31	1.91
25846899--25846932	16	2.1	16	100	0	68	35	5	5	52	1.50
25849529--25849727	27	7.1	27	81	10	211	23	23	11	41	1.87
25849595--25849665	35	2.0	35	100	0	142	25	26	16	30	1.97
25849571--25849690	62	1.9	62	93	0	204	25	24	14	36	1.93
25849544--25849719	89	2.0	89	87	2	255	24	23	13	39	1.90
25852012--25852121	39	2.8	38	85	6	132	13	26	31	28	1.94
25852716--25852819	54	1.9	54	84	0	136	26	19	25	27	1.99
25875332--25875396	32	2.0	32	96	0	121	33	21	9	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25882213--25882344	68	2.0	68	88	5	198	28	23	18	29	1.97
25882937--25882971	13	2.7	13	86	0	52	25	8	20	45	1.79
25891458--25891497	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
25895937--25896021	37	2.3	37	89	4	127	27	14	24	34	1.94
25895974--25896083	51	2.2	51	96	0	202	31	13	24	30	1.94
25899014--25899048	16	2.1	17	89	5	54	57	5	0	37	1.23
25908138--25908186	25	2.0	25	95	0	89	36	24	14	24	1.93
25913348--25913388	13	2.9	15	79	17	52	73	0	26	0	0.84
25914259--25914366	37	2.8	40	73	9	105	26	16	23	33	1.96
25915739--25915837	13	7.4	14	69	13	55	36	19	3	41	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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