genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11834196--11834555	126	2.9	126	89	2	501	39	14	16	29	1.88
11835665--11836123	227	2.0	227	99	0	909	27	16	21	33	1.95
11837698--11837754	25	2.3	24	77	11	62	54	5	0	40	1.23
11837702--11837893	93	2.1	92	92	4	318	57	5	3	34	1.37
11839845--11839884	18	2.1	20	86	9	57	67	2	5	25	1.23
11841824--11841857	10	3.4	10	91	0	50	5	47	0	47	1.26
11852978--11853339	190	2.0	180	83	7	458	37	0	35	26	1.57
11855019--11855186	38	4.3	40	86	6	211	25	29	20	25	1.99
11855019--11855239	38	5.7	38	82	6	194	25	28	20	25	1.99
11855019--11855192	77	2.2	77	82	6	208	25	28	19	25	1.99
11855171--11855248	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11859250--11859433	36	4.9	36	75	20	134	26	22	16	35	1.95
11859249--11859384	72	1.9	72	83	11	181	24	22	16	36	1.94
11859394--11859609	53	4.3	52	81	13	265	26	22	14	36	1.93
11859359--11859613	99	2.7	97	87	7	362	27	22	14	35	1.93
11869813--11869860	21	2.3	20	78	3	51	60	4	6	29	1.40
11869823--11869872	25	1.9	27	88	8	77	58	6	4	32	1.41
11870093--11870122	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
11871195--11871224	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
11874702--11874734	3	10.7	3	93	6	57	66	0	33	0	0.92
11884625--11884659	7	5.0	7	96	0	61	40	0	0	60	0.97
11884611--11884656	14	3.4	14	84	3	58	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11889186--11889225	20	2.0	20	85	0	53	45	5	2	47	1.38
11893568--11893713	54	2.7	54	81	1	168	35	26	21	17	1.95
11893588--11893734	27	5.4	27	79	2	143	34	24	21	19	1.97
11898032--11898081	26	1.9	26	83	0	64	22	22	30	26	1.99
11934640--11934677	17	2.2	17	90	0	58	31	15	7	44	1.75
11935035--11935099	27	2.4	28	82	7	89	30	23	30	15	1.95
11935220--11935276	17	3.4	17	78	9	62	71	0	28	0	0.86
11935404--11935592	19	9.2	19	69	21	114	31	0	14	53	1.45
11935405--11935610	61	3.3	58	75	16	139	31	0	13	54	1.43
11935485--11935546	21	3.0	21	93	4	101	27	0	16	56	1.40
11935585--11935706	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
11935824--11935860	16	2.4	15	90	4	56	35	2	2	59	1.26
11940935--11940987	24	2.2	24	80	6	63	3	30	1	64	1.22
11941043--11941120	27	2.9	27	82	3	95	21	32	23	23	1.98
11941299--11941376	30	2.7	29	86	4	102	34	19	6	39	1.77
11944135--11944179	3	16.0	3	80	13	51	71	2	0	26	0.98
11944143--11944179	11	3.4	11	96	0	65	75	0	0	24	0.80
11944135--11944179	8	5.3	9	79	12	51	71	2	0	26	0.98
11944135--11944171	14	2.6	14	86	0	56	70	2	0	27	1.01
11946366--11946426	17	3.7	16	80	4	59	29	1	0	68	0.99
11946368--11946406	16	2.4	17	86	4	53	33	0	0	66	0.92
11947888--11947980	49	1.9	49	91	2	152	63	0	3	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11950290--11950371	24	3.4	23	75	17	69	31	23	29	15	1.95
11956352--11956544	50	3.7	50	83	6	226	26	20	27	24	1.99
11956357--11956544	100	1.8	103	85	6	265	27	19	28	24	1.99
11956793--11956831	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
11957790--11957828	19	2.0	19	90	5	60	35	2	0	61	1.10
11959198--11959260	31	2.0	31	93	0	108	36	14	20	28	1.92
11961809--11961847	18	2.2	18	100	0	78	69	10	20	0	1.17
11962736--11962871	40	3.5	39	74	10	125	24	17	26	31	1.97
11969817--11969865	13	3.4	13	75	24	53	6	57	0	36	1.24
11969830--11969873	18	2.4	18	88	7	63	4	56	0	38	1.20
11969790--11969873	37	2.3	36	79	4	87	5	53	0	40	1.25
11971172--11971229	30	1.9	30	89	0	89	39	22	12	25	1.89
11972344--11972410	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
11972706--11972764	29	2.0	30	93	3	102	52	13	3	30	1.57
11974921--11974987	21	3.3	19	72	17	55	38	5	1	53	1.34
11975075--11975120	21	2.2	20	84	3	56	39	2	0	58	1.10
11984313--11984401	46	1.9	46	88	4	135	30	25	8	34	1.87
11994226--11994264	16	2.4	16	82	0	51	46	2	7	43	1.46
11994198--11994252	22	2.5	22	81	0	65	50	1	1	45	1.22
11994278--11994417	59	2.4	59	98	0	271	39	4	9	47	1.55
11994399--11994426	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
11995572--11995641	21	3.3	22	78	11	74	62	2	1	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11996463--11996515	20	2.7	21	75	18	51	22	7	7	62	1.47
11999022--11999083	30	2.1	30	90	0	97	45	8	8	38	1.63
12003207--12003244	20	2.0	20	89	5	60	63	0	5	31	1.17
12004349--12004388	21	2.0	21	85	5	55	60	5	2	32	1.32
12004753--12004784	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
12008231--12008331	30	3.3	31	78	10	102	41	4	1	51	1.35
12014387--12014451	21	3.1	21	95	0	112	30	20	23	26	1.98
12021728--12021776	24	2.0	24	92	0	80	30	24	12	32	1.92
12031179--12031220	7	6.0	7	81	10	50	35	0	0	64	0.94
12037482--12037620	44	3.2	44	67	4	127	25	26	25	22	2.00
12037433--12037988	88	6.3	88	88	1	758	27	26	24	21	1.99
12037570--12037708	44	3.2	44	62	11	104	27	24	23	24	2.00
12038056--12038386	44	7.6	44	74	4	303	30	22	22	24	1.99
12038098--12038339	43	5.6	43	71	5	182	30	24	22	23	1.99
12038056--12038394	87	3.9	87	91	0	536	30	21	23	24	1.99
12049886--12049923	19	2.0	19	100	0	76	47	0	10	42	1.38
12050036--12050171	68	2.0	68	95	0	245	27	18	17	36	1.93
12060582--12060613	7	4.6	7	100	0	64	31	40	0	28	1.57
12065260--12065294	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
12079355--12079432	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
12079351--12079432	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
12085016--12085057	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12091924--12092083	79	2.0	79	100	0	320	34	15	21	28	1.94
12103794--12103821	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
12116144--12116385	125	1.9	125	94	0	421	30	15	22	31	1.95
12119544--12119653	56	1.9	57	89	5	170	42	9	12	35	1.75
12119681--12119931	23	10.3	23	84	12	322	33	0	19	46	1.53
12119666--12119931	51	5.3	50	85	11	368	33	0	19	46	1.55
12119681--12119931	74	3.4	74	96	0	457	33	0	19	46	1.53
12122329--12122386	30	2.0	29	89	3	89	34	0	36	29	1.58
12122358--12122420	22	2.9	22	92	0	108	38	0	28	33	1.58
12123441--12123486	24	2.0	24	91	4	76	34	0	0	65	0.93
12123437--12123505	31	2.2	31	84	7	86	34	0	1	63	1.03
12149027--12149078	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
12150083--12150107	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12160381--12160420	16	2.3	18	87	8	57	70	7	2	20	1.24
12179578--12179625	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
12182476--12182500	13	1.9	13	100	0	50	52	16	0	32	1.44
12194843--12194913	27	2.6	26	80	8	70	32	35	16	15	1.91
12197002--12197073	24	3.0	25	70	24	64	43	2	0	54	1.15
12197002--12197074	26	2.9	25	73	17	71	43	2	0	53	1.15
12199618--12199682	24	2.6	25	82	7	78	64	1	3	30	1.18
12199606--12199680	33	2.3	33	79	9	82	64	4	2	29	1.26
12200080--12200109	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12204053--12204132	36	2.2	36	81	0	97	36	38	7	17	1.78
12204069--12204139	36	2.0	36	88	0	106	30	35	11	22	1.89
12208636--12208673	15	2.6	15	91	4	60	47	0	0	52	1.00
12208633--12208677	10	4.7	10	81	13	51	46	0	0	53	1.00
12208633--12208676	19	2.3	19	84	7	54	47	0	0	52	1.00
12210888--12210946	21	2.8	21	73	19	59	45	11	15	27	1.81
12211110--12211205	46	2.1	46	84	1	122	47	9	1	41	1.42
12212280--12212319	13	3.2	13	78	7	55	40	17	0	42	1.49
12212279--12212316	12	3.0	13	76	7	51	42	18	0	39	1.50
12213589--12213671	5	16.6	5	72	16	57	39	1	3	55	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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