genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28690601--28690636	14	2.6	14	87	12	56	72	2	0	25	0.98
28692366--28692414	23	2.1	24	88	3	73	57	0	0	42	0.99
28692466--28692503	11	3.3	12	82	10	53	50	0	0	50	1.00
28699899--28699980	31	2.6	31	84	0	101	41	12	13	32	1.81
28699905--28699995	31	2.9	31	80	0	83	41	13	13	31	1.82
28700529--28700566	15	2.6	15	87	4	51	31	18	0	50	1.47
28700890--28701187	113	2.6	112	82	6	352	26	22	24	27	2.00
28701091--28701287	103	1.9	102	81	5	234	26	21	25	25	2.00
28701208--28701453	70	3.4	71	73	11	223	26	20	25	27	1.99
28701686--28701783	7	13.4	7	70	16	56	18	1	40	39	1.57
28701686--28701780	22	4.3	22	74	13	88	18	1	42	37	1.58
28702056--28702141	38	2.2	39	87	4	120	20	2	39	37	1.66
28704377--28704456	31	2.6	31	87	0	115	21	16	18	43	1.88
28707121--28707191	21	3.4	21	88	0	106	30	18	46	4	1.68
28707514--28707626	42	2.7	42	86	2	147	30	23	22	23	1.99
28712214--28712239	12	2.2	12	100	0	52	0	7	15	76	0.99
28713740--28713790	18	2.9	19	80	13	65	60	0	11	27	1.31
28713757--28713801	18	2.4	19	85	7	65	62	0	11	26	1.29
28713972--28714025	25	2.2	24	86	3	72	57	0	7	35	1.27
28714008--28714059	18	2.9	18	83	8	54	65	1	9	23	1.32
28714070--28714165	5	17.6	5	68	19	50	55	2	17	25	1.53
28714070--28714270	28	7.5	28	70	14	104	60	1	14	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28714004--28714120	17	7.4	16	73	17	68	59	0	13	25	1.40
28714150--28714207	19	3.3	18	76	13	66	70	1	8	18	1.21
28714225--28714270	5	8.6	5	84	13	56	60	0	17	21	1.35
28714183--28714239	20	2.8	20	82	10	64	66	0	8	24	1.20
28714233--28714267	11	3.0	12	83	8	54	54	0	22	22	1.45
28714230--28714271	16	2.5	17	88	11	61	61	0	19	19	1.34
28714143--28714279	17	8.2	16	66	14	62	64	0	13	21	1.31
28714834--28714868	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28714721--28715037	157	2.0	157	95	0	571	44	2	4	47	1.38
28714971--28715012	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28714980--28715021	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28714969--28715266	120	2.5	121	92	4	496	49	5	2	42	1.38
28715090--28715141	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
28715307--28715354	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
28715262--28715471	92	2.3	92	82	7	232	49	3	2	44	1.35
28715297--28715490	92	2.1	92	86	5	268	45	4	4	45	1.41
28718556--28718631	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
28718674--28718755	37	2.2	37	93	0	137	36	8	14	40	1.77
28721904--28721929	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
28722490--28722558	33	2.1	33	83	5	86	24	15	0	59	1.37
28722508--28722558	16	3.1	16	88	2	75	21	17	0	60	1.36
28722563--28722605	20	2.2	19	88	12	61	18	9	0	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722536--28722656	54	2.2	56	80	11	135	23	11	0	63	1.33
28722577--28722634	16	3.6	16	84	15	75	20	10	1	67	1.29
28722603--28722669	22	2.9	22	78	13	64	22	10	1	65	1.31
28722613--28722685	23	3.2	22	81	16	78	21	12	1	64	1.35
28724867--28725220	89	4.0	87	76	14	321	57	12	5	24	1.56
28724947--28725202	90	2.9	89	81	5	257	57	13	5	23	1.56
28741678--28742115	44	10.0	44	64	18	169	32	19	23	24	1.98
28741678--28742210	132	4.0	132	90	0	852	32	19	23	24	1.98
28743994--28744040	22	2.1	22	92	0	76	10	21	25	42	1.85
28744303--28744568	86	3.1	86	90	2	381	29	31	17	21	1.96
28744303--28744575	43	6.3	43	79	3	289	30	30	17	21	1.96
28744918--28745010	21	4.4	21	81	0	105	8	44	13	33	1.75
28745040--28745170	66	2.0	66	84	3	174	12	25	19	42	1.86
28750588--28750623	16	2.2	16	90	0	54	27	0	19	52	1.46
28750604--28750657	25	2.2	25	89	0	81	37	1	16	44	1.59
28750659--28750712	25	2.2	25	89	0	81	33	1	16	48	1.57
28750659--28750704	9	5.3	9	79	10	60	34	2	17	45	1.61
28750727--28750856	34	3.8	34	83	9	174	40	0	10	48	1.44
28750769--28750803	13	2.7	13	95	0	61	40	0	8	51	1.33
28750730--28750859	69	1.9	69	96	0	242	40	0	10	47	1.44
28750782--28750908	56	2.3	56	100	0	254	40	0	10	48	1.37
28750833--28750883	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28750972--28751012	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
28750971--28751049	16	5.0	16	76	13	74	34	1	16	48	1.55
28752061--28752093	12	2.8	12	95	0	57	48	3	9	39	1.50
28753627--28753662	10	3.7	10	92	7	65	44	13	0	41	1.44
28755362--28755404	15	2.9	15	86	3	61	39	39	0	20	1.53
28758383--28758566	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
28758430--28758583	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
28758365--28758845	120	4.0	120	95	0	768	42	1	4	51	1.31
28758666--28758724	15	4.0	15	78	14	61	45	0	1	52	1.10
28758802--28758843	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28758793--28758834	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28759061--28759128	16	4.2	16	96	0	127	36	36	0	26	1.57
28759627--28759945	41	7.8	41	75	10	228	36	22	24	16	1.94
28759665--28759945	82	3.4	80	80	8	300	37	22	23	16	1.93
28770943--28771020	38	2.0	39	95	2	140	65	3	23	7	1.35
28772903--28772951	23	2.1	23	84	0	62	59	10	12	18	1.60
28776632--28776689	21	2.8	21	83	0	89	39	18	25	15	1.91
28778282--28778704	94	4.5	94	81	2	456	26	18	18	35	1.95
28778446--28778746	44	6.6	44	66	20	152	26	17	19	36	1.94
28783811--28783880	34	2.1	34	100	0	140	42	18	0	38	1.51
28783863--28783898	18	2.0	18	100	0	72	50	16	0	33	1.46
28783811--28783901	34	2.7	34	86	6	87	45	17	0	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28784006--28784133	29	4.4	29	80	5	114	25	25	10	39	1.87
28783992--28784111	59	2.1	58	83	1	150	24	24	14	37	1.92
28786973--28786999	14	1.9	14	100	0	54	44	3	22	29	1.70
28789092--28789130	18	2.1	19	85	4	53	33	10	10	46	1.72
28791750--28791794	21	2.1	21	84	8	56	26	8	4	60	1.46
28791780--28791859	10	8.6	9	75	15	56	35	3	1	60	1.23
28791780--28791859	19	4.3	18	70	19	65	35	3	1	60	1.23
28791781--28791905	19	6.8	17	69	17	56	32	3	1	62	1.21
28791866--28791986	35	3.4	35	67	6	82	33	1	2	62	1.18
28791999--28792213	89	2.4	87	81	9	249	34	8	18	38	1.81
28796624--28796653	16	1.9	15	93	6	51	70	0	16	13	1.18
28797257--28797298	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28797266--28797307	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28797286--28797475	61	3.2	60	69	14	183	50	5	1	42	1.36
28797260--28797544	120	2.4	120	95	0	516	50	4	1	43	1.34
28797501--28797564	35	1.9	33	90	3	85	48	3	0	48	1.17
28797496--28797587	15	5.8	16	71	18	59	51	3	0	45	1.17
28800793--28800818	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
28802626--28802710	43	2.0	43	95	0	152	56	18	14	10	1.66
28818600--28818641	19	2.2	19	83	8	50	33	4	21	40	1.74
28819609--28819657	24	2.0	24	100	0	98	46	4	8	40	1.52
28820397--28820437	14	2.9	14	85	0	55	41	14	2	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28821054--28821122	28	2.4	29	87	4	104	14	31	0	53	1.41
28822461--28822690	79	2.9	79	86	2	302	27	9	18	44	1.80
28823492--28823516	13	1.9	13	100	0	50	0	8	24	68	1.16
28825899--28825939	21	2.0	21	100	0	82	29	19	21	29	1.98
28828282--28828307	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28830919--28830945	11	2.5	11	100	0	54	33	11	11	44	1.75
28837918--28837944	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
28844390--28844515	22	5.3	24	80	10	127	38	21	25	15	1.92
28848322--28848391	22	3.2	20	79	15	68	62	8	0	28	1.24
28852757--28852795	20	1.9	21	89	5	62	51	2	10	35	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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