genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25915740--25915850	40	2.8	40	83	5	152	35	18	4	41	1.71
25918425--25918454	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
25918436--25918492	29	2.0	29	100	0	114	24	3	0	71	1.01
25918639--25918667	5	5.8	5	100	0	58	0	58	41	0	0.98
25922344--25922381	20	2.0	20	94	5	69	36	0	10	52	1.36
25928231--25928255	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
25941226--25941265	13	3.1	13	81	0	53	32	7	22	37	1.82
25942233--25942365	46	2.9	46	91	0	203	27	24	10	37	1.88
25944368--25944432	21	3.2	20	76	12	62	29	3	1	66	1.16
25949464--25949504	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
25954746--25954825	40	2.0	40	85	0	106	45	2	10	42	1.51
25956055--25956119	21	3.2	20	75	20	55	29	4	1	64	1.22
25958014--25958052	17	2.3	18	82	13	55	53	5	2	38	1.37
25958455--25958665	89	2.3	91	85	4	266	43	19	7	29	1.77
25959078--25959124	19	2.4	19	82	10	51	25	10	0	63	1.26
25959179--25959320	9	15.6	9	68	15	60	31	2	1	64	1.14
25959180--25959234	20	2.8	19	81	5	74	34	1	3	60	1.25
25959226--25959276	24	2.1	24	85	7	68	25	1	0	72	0.95
25959247--25959315	19	3.7	18	74	11	59	34	1	0	63	1.03
25959147--25959322	81	2.1	88	81	15	212	30	2	1	65	1.17
25967919--25967967	16	2.9	16	80	11	62	53	0	0	46	1.00
25974929--25975029	42	2.4	42	81	0	112	23	29	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25976064--25976093	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
25977708--25977741	16	2.1	17	88	5	52	32	17	8	41	1.80
25990077--25990118	20	2.1	20	82	8	50	47	0	0	52	1.00
25990158--25990240	27	3.1	27	82	3	105	18	22	34	24	1.96
25998960--25998996	16	2.4	16	90	4	58	54	5	5	35	1.47
25999115--25999236	60	2.0	60	88	3	183	54	13	0	31	1.45
25999258--25999374	19	6.5	19	78	16	106	56	14	1	27	1.48
25999258--25999393	68	2.0	69	89	2	211	55	14	1	27	1.48
25999301--25999494	21	9.1	20	73	19	112	57	12	0	29	1.40
25999434--25999495	19	3.2	19	86	8	88	54	11	1	32	1.45
25999222--25999485	109	2.3	113	84	7	315	56	13	1	29	1.46
25999623--25999678	14	3.5	15	77	17	60	0	23	0	76	0.78
25999800--25999861	27	2.3	27	85	0	79	17	27	25	29	1.98
26000718--26000763	16	2.8	16	83	3	56	36	2	0	60	1.09
26000719--26000804	17	5.7	16	70	20	60	37	2	0	60	1.10
26000747--26000820	11	5.5	14	73	21	61	39	4	0	56	1.18
26000730--26000843	42	2.7	42	91	5	176	35	2	0	60	1.17
26000758--26000824	31	2.1	31	84	13	84	35	2	0	61	1.12
26003713--26003787	30	2.5	30	89	2	107	53	9	13	24	1.68
26004648--26004704	22	2.6	22	100	0	114	54	0	0	45	0.99
26004688--26004758	26	2.8	25	81	10	81	59	4	1	35	1.26
26004856--26004900	22	2.2	22	84	11	60	37	15	24	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26004902--26004941	16	2.5	16	80	15	55	32	0	0	67	0.91
26008258--26008309	18	3.0	18	80	8	54	61	3	7	26	1.41
26008336--26008367	3	10.7	3	93	0	55	68	28	0	3	1.04
26010926--26011714	390	2.0	390	95	0	1418	23	25	13	37	1.91
26012949--26012988	18	2.2	18	86	0	53	65	2	7	25	1.32
26012961--26013013	18	3.1	18	81	10	58	62	3	7	26	1.39
26019498--26019563	24	2.8	24	74	2	71	25	10	9	54	1.64
26025221--26025264	22	2.0	22	90	0	70	25	29	11	34	1.91
26029810--26029917	45	2.4	45	85	1	153	42	21	16	19	1.89
26029814--26029944	45	3.2	39	76	12	120	40	21	18	19	1.92
26031301--26031345	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
26037299--26037406	45	2.4	45	85	1	153	42	21	16	19	1.89
26037303--26037433	45	3.2	39	76	12	120	40	21	18	19	1.92
26038794--26038834	9	4.7	9	80	17	50	51	2	0	46	1.14
26041860--26041903	21	2.1	21	83	8	54	36	4	0	59	1.18
26045174--26045212	19	2.1	19	100	0	78	15	10	38	35	1.81
26049796--26049831	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
26050067--26050101	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26050138--26050172	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34
26050118--26050196	24	3.5	24	73	16	62	36	0	10	53	1.35
26050304--26050347	16	2.7	17	82	13	65	54	0	0	45	0.99
26050309--26050357	15	3.3	15	83	11	57	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26050523--26050570	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
26050478--26050706	92	2.5	92	82	8	227	47	3	3	44	1.38
26058936--26058978	20	2.2	20	84	16	54	62	0	4	32	1.15
26061289--26061364	24	3.2	24	90	0	107	50	9	3	36	1.53
26067294--26067351	21	2.7	21	76	10	64	37	5	6	50	1.52
26069254--26069293	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
26069277--26069316	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
26069262--26069328	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
26069415--26069453	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
26072653--26072678	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
26072866--26072915	25	2.0	25	84	0	64	62	2	32	4	1.25
26074882--26075269	42	9.2	42	85	2	420	31	21	20	27	1.97
26075579--26075649	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
26081097--26081406	7	36.0	9	63	34	84	33	0	20	45	1.54
26081142--26081549	26	16.6	25	87	8	538	32	0	20	46	1.55
26081142--26081562	197	2.1	196	93	3	729	33	0	19	46	1.54
26081475--26081518	18	2.4	18	92	0	79	34	2	18	45	1.62
26081552--26081840	73	4.0	73	99	0	569	41	6	1	50	1.39
26081857--26081900	17	2.6	17	96	0	79	36	0	13	50	1.42
26083242--26083281	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
26084265--26084465	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
26084852--26084877	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26085490--26086080	112	5.3	112	93	1	970	26	29	18	25	1.98
26086028--26086144	40	2.9	40	94	0	198	20	29	16	33	1.94
26087803--26087906	49	2.1	49	89	0	154	29	6	12	50	1.65
26089295--26089344	20	2.5	20	93	3	82	38	6	4	52	1.45
26089331--26089805	120	4.0	120	95	1	844	42	0	5	51	1.30
26089688--26089905	102	2.1	102	95	0	391	42	1	4	51	1.31
26089890--26089973	26	3.2	26	70	8	71	41	0	2	55	1.12
26093440--26093469	14	2.1	14	93	0	51	46	0	3	50	1.18
26100799--26100836	20	1.9	19	89	5	58	23	44	15	15	1.85
26101875--26101974	40	2.5	40	82	3	123	32	13	23	32	1.92
26104248--26104346	50	2.0	50	95	0	180	36	5	14	44	1.67
26108613--26108864	103	2.5	103	87	2	364	18	21	28	30	1.97
26114861--26114983	52	2.3	53	83	6	151	28	6	15	49	1.69
26129749--26129898	40	3.8	40	80	7	178	28	22	22	26	1.99
26130319--26130398	22	3.7	22	74	15	58	26	2	28	42	1.68
26130368--26130405	15	2.6	14	88	8	58	21	0	36	42	1.53
26130460--26130552	7	13.0	7	80	6	71	20	0	36	43	1.52
26130457--26130552	50	1.9	50	87	4	140	20	0	35	43	1.52
26133836--26134261	114	3.7	114	79	9	404	29	16	19	34	1.94
26133836--26134314	229	2.1	229	79	8	505	28	16	20	34	1.94
26133836--26134309	114	4.1	114	77	10	371	28	16	20	34	1.94
26134458--26134515	27	2.1	28	87	3	82	8	39	1	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26155288--26155379	17	5.4	17	67	23	50	42	2	4	51	1.34
26162572--26162606	13	2.7	13	81	0	52	31	42	14	11	1.81
26169845--26169893	26	2.0	24	91	0	62	46	10	2	40	1.49
26181496--26181526	13	2.4	13	94	0	53	38	0	3	58	1.15
26184324--26184360	11	3.5	11	82	14	51	45	0	10	43	1.39
26184854--26184998	50	2.9	49	80	6	132	18	28	20	33	1.96
26184914--26185010	50	1.9	50	83	4	124	18	25	21	34	1.96
26189983--26190169	50	3.8	49	83	3	243	26	21	33	18	1.97
26189987--26190169	97	1.9	99	87	3	271	26	21	32	18	1.97
26190591--26190706	45	2.6	45	81	2	135	30	11	23	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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