genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  50  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16649519--16649566	25	2.0	24	87	4	69	29	6	2	62	1.31
16651827--16651996	54	3.2	54	66	9	161	35	17	24	23	1.95
16651812--16652020	104	2.0	104	100	0	418	36	18	22	22	1.95
16651812--16651966	50	3.0	50	63	10	132	37	17	23	21	1.94
16651855--16652020	54	3.1	54	66	10	162	37	19	22	21	1.94
16652833--16652863	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16652916--16652952	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
16653166--16653224	30	2.0	31	86	6	86	20	35	0	44	1.52
16658184--16658506	46	7.5	46	80	14	377	28	21	15	34	1.94
16658316--16658470	36	4.0	36	78	15	166	29	20	14	36	1.92
16658272--16658506	82	2.9	82	94	0	407	29	21	13	35	1.92
16658184--16658506	128	2.5	133	79	14	383	28	21	15	34	1.94
16662243--16662267	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
16663609--16663648	19	2.1	19	100	0	80	45	5	15	35	1.68
16664583--16664611	14	2.1	14	100	0	58	58	0	27	13	1.36
16668415--16668523	57	1.9	57	88	3	166	29	20	27	22	1.98
16682036--16682100	22	3.0	22	84	10	80	56	4	1	36	1.29
16688120--16688214	27	3.7	27	74	16	94	28	15	15	40	1.89
16688121--16688212	48	1.9	48	88	0	139	28	16	16	39	1.90
16688168--16688221	27	2.0	27	88	0	81	27	18	20	33	1.96
16688955--16689003	22	2.3	22	86	10	66	44	12	12	30	1.78
16690723--16690761	20	2.0	20	90	5	62	61	12	0	25	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16690770--16690810	20	2.0	20	86	9	57	56	4	0	39	1.21
16691163--16691239	22	3.4	22	67	19	68	35	2	25	36	1.70
16691158--16691253	46	2.1	46	100	0	192	34	2	22	40	1.66
16695730--16695823	46	2.1	46	97	2	181	32	2	23	41	1.66
16697818--16697902	40	2.0	41	84	6	109	18	35	7	38	1.78
16699730--16699768	20	2.0	20	84	0	51	38	12	25	23	1.90
16700557--16700801	121	2.0	120	90	3	386	31	18	9	40	1.83
16708779--16708835	30	1.9	30	88	0	87	43	1	35	19	1.61
16709049--16709084	9	4.1	9	85	7	56	30	8	13	47	1.73
16712316--16712381	12	4.5	15	73	22	50	74	6	15	4	1.18
16712325--16712386	16	4.3	14	75	18	56	72	6	17	3	1.19
16713201--16713334	37	3.4	38	72	11	119	25	14	25	34	1.94
16719148--16719243	30	3.3	29	66	29	78	25	12	12	50	1.75
16719160--16719250	27	3.3	27	66	29	73	23	12	12	52	1.71
16719150--16719263	57	2.0	57	98	0	219	26	12	11	50	1.74
16720971--16721154	43	4.3	43	78	8	160	25	14	27	33	1.94
16723246--16723270	7	3.6	7	100	0	50	24	0	60	16	1.36
16726446--16726484	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
16726536--16726575	14	2.9	14	96	0	71	72	0	17	10	1.11
16727399--16727438	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
16727777--16727862	21	4.0	23	73	13	83	16	22	24	37	1.93
16753302--16753340	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16758701--16758725	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
16761747--16761786	18	2.1	19	90	9	64	50	2	0	47	1.14
16761735--16761792	20	2.6	23	74	23	61	50	1	0	48	1.11
16778995--16779060	26	2.6	26	83	4	91	36	9	10	43	1.71
16779111--16779146	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
16779620--16779684	19	3.6	17	71	15	51	26	6	0	67	1.13
16789276--16789475	45	4.3	45	77	8	159	29	19	18	33	1.95
16789438--16789933	262	1.9	262	93	0	848	29	18	20	32	1.96
16797319--16797424	41	2.6	41	89	0	158	31	23	17	27	1.97
16797920--16798064	76	1.9	76	80	2	166	44	17	4	33	1.68
16800786--16800824	17	2.2	18	90	4	62	69	2	0	28	1.02
16806974--16807034	27	2.3	27	86	10	83	16	11	3	68	1.32
16810599--16810659	32	2.0	32	84	12	83	34	8	6	50	1.58
16810667--16810731	14	4.7	14	69	17	55	41	33	4	20	1.72
16810916--16810979	28	2.3	28	80	0	74	32	3	26	37	1.72
16815351--16815509	42	3.8	41	81	5	149	42	18	21	18	1.90
16815433--16815506	21	3.5	21	69	7	60	45	17	17	18	1.85
16823173--16823201	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
16823211--16823398	104	1.8	104	83	5	256	49	9	11	30	1.69
16832287--16832364	40	2.0	40	94	0	138	48	20	10	20	1.78
16836258--16836336	40	2.0	40	94	0	140	18	11	21	48	1.80
16836739--16836992	115	2.2	115	87	4	352	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16836840--16837265	140	2.8	150	77	12	462	31	19	19	29	1.96
16837292--16837339	21	2.3	21	82	7	53	22	2	22	52	1.58
16837610--16837812	14	14.4	14	68	11	65	21	1	31	45	1.63
16837591--16837664	20	3.6	20	76	8	69	28	0	25	45	1.53
16837610--16837711	28	3.7	28	70	15	77	22	0	27	49	1.57
16837708--16837750	22	2.0	22	85	0	59	30	4	30	34	1.78
16837760--16837813	7	7.7	7	89	0	72	12	0	37	50	1.41
16837610--16837813	21	9.6	20	67	12	86	21	1	31	45	1.63
16838505--16838551	24	2.0	23	95	4	85	19	4	8	68	1.33
16839978--16840051	28	2.6	28	89	2	112	35	4	10	50	1.56
16839977--16840065	28	3.1	28	80	7	74	33	4	11	50	1.58
16840346--16840380	9	4.0	9	92	7	63	45	20	0	34	1.51
16840346--16840380	17	2.0	18	94	5	63	45	20	0	34	1.51
16840480--16840525	19	2.3	21	85	10	62	41	6	2	50	1.40
16840674--16840956	9	31.9	9	76	15	216	45	16	0	37	1.50
16840674--16840958	26	11.1	25	70	20	87	45	16	0	37	1.50
16840799--16840958	54	3.0	54	93	3	263	45	16	0	38	1.47
16847572--16847683	49	2.4	47	79	5	129	28	16	8	46	1.77
16861926--16861955	15	2.0	15	93	0	51	63	0	13	23	1.29
16863243--16863310	21	2.9	22	74	22	66	58	1	0	39	1.07
16873257--16873313	15	3.9	15	73	11	55	43	7	19	29	1.77
16873249--16873332	30	2.8	30	90	0	123	46	5	21	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16873488--16873534	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
16877980--16878026	15	3.1	15	70	11	51	42	8	21	27	1.81
16877945--16878036	30	3.0	30	82	6	105	45	6	20	27	1.75
16878181--16878211	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
16890928--16890993	29	2.2	30	86	7	91	36	9	7	46	1.64
16895878--16895905	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
16904765--16904816	26	2.0	26	100	0	104	0	19	19	61	1.35
16904927--16904960	16	2.1	17	89	10	54	11	11	20	55	1.67
16913162--16913199	19	2.0	19	100	0	76	52	26	15	5	1.64
16913611--16913873	131	2.0	131	100	0	526	34	12	8	44	1.72
16921520--16921573	24	2.2	24	83	9	65	64	9	11	14	1.48
16924612--16924647	18	2.0	18	88	0	54	61	11	2	25	1.43
16928229--16928337	57	1.9	56	90	3	175	39	8	11	41	1.70
16934187--16934264	39	2.0	39	100	0	156	43	20	5	30	1.73
16939091--16939138	17	2.9	16	84	3	51	47	2	0	50	1.12
16940420--16940628	104	2.0	104	100	0	418	33	11	8	46	1.71
16941516--16941588	36	2.0	36	97	0	137	45	13	19	21	1.85
16948469--16948511	17	2.6	16	77	7	50	41	9	2	46	1.48
16952125--16952157	11	2.8	12	90	9	50	84	0	15	0	0.61
16952913--16953033	43	2.8	43	79	0	161	36	19	16	27	1.93
16957906--16957936	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
16957966--16958019	19	2.7	19	82	5	63	66	3	0	29	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16967813--16967870	30	1.9	30	96	0	107	55	15	0	29	1.41
16969472--16969545	27	2.8	26	69	17	62	54	8	8	29	1.59
16975434--16975487	18	3.0	18	83	0	63	33	12	35	18	1.89
16981460--16981533	35	2.1	35	100	0	148	25	21	10	41	1.85
16982002--16982079	27	2.9	27	80	3	95	21	25	29	23	1.99
16982528--16982740	21	10.2	21	70	17	133	54	13	0	30	1.45
16982581--16982742	19	8.2	19	73	17	125	54	12	0	32	1.42
16982581--16982776	100	1.9	101	87	4	288	54	12	1	31	1.45
16983479--16983549	37	2.0	36	83	10	92	50	1	9	38	1.44
16984143--16984180	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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