genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  173  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53066125--53066155	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
53069532--53069581	15	3.5	15	75	25	54	66	0	14	20	1.26
53071803--53071844	23	1.9	22	85	9	59	54	4	9	30	1.53
53071844--53071887	19	2.5	17	81	7	52	68	6	4	20	1.31
53073312--53073815	128	3.9	128	93	0	837	24	24	19	31	1.98
53076128--53076195	26	2.6	26	80	13	77	10	8	10	70	1.34
53076142--53076201	6	9.7	6	80	7	57	10	6	13	70	1.34
53080782--53080823	23	1.9	22	85	9	59	54	4	9	30	1.53
53083060--53083164	55	1.9	55	100	0	210	39	18	18	24	1.92
53085730--53085759	13	2.3	13	100	0	60	33	6	0	60	1.23
53089473--53089530	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
53089743--53089773	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
53089868--53090116	50	4.8	50	85	3	309	26	22	28	22	1.99
53098621--53098703	21	4.0	21	82	3	89	40	16	22	19	1.91
53106954--53107043	36	2.4	38	81	3	112	14	14	41	30	1.85
53109901--53109955	16	3.4	16	75	12	58	16	23	1	58	1.48
53110015--53110045	13	2.4	13	94	0	53	38	3	0	58	1.15
53111446--53111541	48	2.0	48	87	0	138	41	20	16	20	1.90
53119056--53119100	3	14.7	3	86	4	63	28	2	4	64	1.25
53122354--53122400	12	4.5	11	75	20	55	82	8	0	8	0.83
53122356--53122392	19	1.9	19	94	0	65	89	5	0	5	0.60
53124662--53125736	95	11.3	95	92	0	1630	30	21	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53125701--53125942	50	4.9	48	70	14	136	33	22	19	24	1.97
53125179--53126035	95	8.8	100	89	5	487	32	21	21	25	1.98
53126060--53126366	44	7.1	42	73	11	223	30	19	21	28	1.98
53126074--53126374	128	2.3	128	87	0	440	29	20	21	27	1.98
53128288--53128341	3	17.7	3	88	3	81	29	1	3	64	1.21
53133632--53133683	24	2.2	24	92	0	86	48	0	3	48	1.20
53133849--53133912	13	4.9	13	90	0	101	25	7	26	40	1.82
53137246--53137327	30	3.0	27	81	14	98	41	18	39	1	1.58
53139034--53139258	111	2.0	111	99	0	441	32	12	16	39	1.85
53140143--53140179	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
53140233--53140263	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
53148093--53148198	45	2.4	44	80	4	115	27	16	22	33	1.96
53153407--53153466	14	4.3	14	72	16	52	76	11	10	1	1.09
53165127--53165736	44	13.9	44	84	0	700	24	26	20	29	1.99
53171453--53171477	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
53171469--53171508	21	1.9	21	84	0	53	42	0	0	57	0.98
53171467--53171514	21	2.3	21	74	0	51	45	0	0	54	0.99
53178641--53178674	17	2.0	17	88	0	50	52	2	0	44	1.16
53185903--53185970	30	2.3	30	100	0	136	44	8	20	26	1.81
53187390--53187417	6	4.7	6	100	0	56	17	14	50	17	1.79
53187677--53187973	120	2.5	120	98	0	576	44	3	4	47	1.39
53187922--53187956	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53188121--53188211	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
53188192--53188260	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
53188192--53188260	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
53188823--53189265	219	2.0	219	94	0	780	42	19	13	24	1.87
53191627--53191669	21	2.0	21	95	0	77	25	9	25	39	1.85
53193579--53193606	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
53196001--53196041	18	2.3	18	82	0	55	60	0	0	39	0.96
53196027--53196081	28	2.0	27	82	6	67	49	3	0	47	1.19
53196085--53196124	21	1.9	21	89	0	62	67	7	2	22	1.28
53196123--53196147	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
53197274--53197303	16	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
53199839--53199906	28	2.5	28	80	4	86	39	7	5	47	1.56
53208274--53208305	10	3.2	10	100	0	64	53	9	28	9	1.64
53212746--53212788	17	2.5	18	81	11	54	67	0	2	30	1.03
53213039--53213072	16	2.2	15	89	5	50	32	5	0	61	1.20
53216331--53216386	29	1.9	29	85	0	76	26	8	21	42	1.82
53219923--53219965	20	2.2	20	83	8	52	16	2	11	69	1.28
53224216--53224246	14	2.2	14	94	0	53	32	6	16	45	1.72
53229171--53229200	15	2.0	15	93	0	51	36	6	6	50	1.55
53229569--53229615	10	4.4	10	82	12	58	53	0	0	46	1.00
53233110--53233159	20	2.5	21	83	6	59	30	14	12	44	1.81
53234345--53234591	50	4.8	51	78	6	189	27	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53234791--53234842	12	4.7	12	75	22	51	57	1	25	15	1.48
53234792--53234834	20	2.2	20	91	8	70	55	2	27	13	1.51
53237927--53237989	31	2.0	32	87	3	92	36	4	23	34	1.76
53239809--53239890	25	3.3	25	72	14	62	31	24	21	21	1.98
53247542--53247621	25	3.2	24	72	10	72	33	21	21	23	1.97
53248869--53249623	373	2.0	373	97	0	1420	20	14	19	45	1.85
53253559--53253598	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
53253547--53253613	34	1.9	35	87	3	100	49	11	5	32	1.64
53260737--53261080	40	8.6	40	91	1	539	27	20	28	24	1.99
53270197--53270358	45	3.6	45	88	0	243	44	16	17	20	1.87
53270197--53270398	45	4.5	44	84	2	226	45	15	19	19	1.85
53270192--53270398	90	2.3	90	82	3	256	46	15	18	18	1.84
53271233--53271267	16	2.1	17	94	5	63	22	0	37	40	1.55
53274967--53275019	19	2.9	18	75	10	54	67	7	9	15	1.39
53279333--53279502	41	4.2	40	82	5	168	20	21	7	50	1.73
53280502--53280544	21	2.0	21	95	0	77	34	11	4	48	1.60
53283582--53283618	15	2.5	15	95	0	65	51	10	13	24	1.73
53283794--53283876	23	3.6	23	80	3	87	33	16	25	24	1.96
53285186--53285259	29	2.6	29	87	6	80	37	0	2	59	1.12
53285204--53285236	11	2.8	12	86	9	50	33	0	0	66	0.92
53285208--53285255	11	4.7	11	75	15	50	33	0	2	64	1.05
53303390--53303478	44	2.0	44	86	4	126	49	15	7	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53308445--53308514	34	2.1	34	100	0	140	37	8	27	27	1.86
53314123--53314206	42	2.0	42	100	0	168	47	2	14	35	1.57
53318241--53318340	43	2.3	43	86	3	121	25	26	20	29	1.99
53318674--53318722	21	2.3	21	86	6	64	4	40	18	36	1.70
53319029--53319132	29	3.4	29	72	20	97	27	3	21	47	1.68
53319081--53319154	9	8.2	9	70	16	55	28	4	18	48	1.66
53319065--53319154	25	3.4	25	69	20	67	27	3	21	47	1.66
53319036--53319154	63	1.9	63	83	10	154	27	4	21	47	1.69
53319228--53319261	16	2.1	17	88	5	52	29	0	17	52	1.45
53319307--53319348	19	2.2	19	83	8	50	52	0	4	42	1.22
53323256--53323753	114	4.4	114	85	3	590	28	25	21	25	1.99
53325522--53325632	42	2.6	44	75	12	115	30	27	16	25	1.96
53325562--53325649	42	2.1	42	89	0	131	28	31	15	23	1.96
53328408--53328449	21	2.0	22	85	4	59	59	4	23	11	1.51
53329862--53329886	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
53330127--53330156	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
53336161--53336727	26	20.4	28	66	24	112	1	69	0	28	1.00
53336168--53337491	6	223.3	6	64	26	137	1	67	0	30	1.03
53336196--53336279	20	4.2	20	71	13	66	4	65	1	28	1.20
53336182--53338148	16	123.0	16	65	23	261	1	68	0	29	1.02
53336283--53338124	39	47.7	38	64	23	255	1	68	0	29	1.01
53336231--53338150	28	68.4	28	65	21	248	1	68	0	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53336150--53336400	134	1.9	134	79	11	291	2	67	0	29	1.06
53336268--53336638	37	10.2	36	69	20	131	1	71	0	26	0.96
53336239--53338148	33	56.9	33	65	23	260	1	68	0	29	1.02
53336481--53336642	21	7.6	21	70	16	59	1	75	0	23	0.88
53336523--53336699	55	3.4	50	77	16	164	0	69	0	29	0.93
53336542--53338148	47	35.5	45	65	24	240	1	68	0	29	1.02
53336672--53336724	27	2.0	26	88	7	79	0	73	0	26	0.83
53336682--53336734	27	2.0	27	85	7	72	1	77	0	20	0.87
53336287--53336512	83	3.0	77	68	18	66	1	70	0	26	1.00
53336610--53336829	60	3.6	60	72	18	168	1	65	0	31	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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