genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  52  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17203646--17204002	110	3.3	106	87	5	473	38	12	17	31	1.87
17204785--17205425	107	6.0	108	82	8	760	36	12	17	33	1.88
17205792--17205822	12	2.5	13	94	5	55	0	12	0	87	0.55
17205576--17205810	109	2.2	110	93	3	397	27	16	12	43	1.84
17206386--17206473	44	2.0	44	91	4	142	27	22	14	35	1.93
17207326--17207722	110	3.7	108	79	12	445	40	11	14	33	1.82
17214686--17214821	68	2.0	68	98	0	263	46	4	22	26	1.71
17217321--17217373	26	2.0	26	82	7	63	41	0	5	52	1.25
17218365--17218399	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69
17223262--17223314	18	2.9	18	80	2	61	43	45	0	11	1.40
17223427--17223493	27	2.5	27	87	0	98	26	10	22	40	1.86
17223433--17223493	9	6.8	9	86	0	77	22	11	24	40	1.87
17225356--17225400	17	2.7	16	83	16	56	55	2	11	31	1.47
17229119--17229166	20	2.3	21	78	3	53	39	4	18	37	1.70
17230142--17230211	33	2.1	33	86	0	95	24	4	24	47	1.70
17237642--17237674	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
17244070--17244140	21	3.4	21	88	5	99	2	40	18	38	1.65
17248725--17248794	16	4.4	16	67	16	56	50	21	1	27	1.57
17248728--17248803	23	3.3	23	73	23	86	48	22	1	27	1.58
17249189--17249470	41	6.8	41	84	5	327	36	25	20	17	1.94
17249246--17249473	124	1.8	123	92	0	384	36	27	19	16	1.93
17249247--17249473	82	2.8	82	92	0	364	36	27	19	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17252582--17252614	12	2.8	12	95	0	57	30	21	0	48	1.50
17260440--17260472	9	3.8	9	96	4	59	93	0	6	0	0.33
17260441--17260475	16	2.1	16	94	5	61	91	0	8	0	0.42
17267215--17267915	88	7.9	88	89	3	1009	28	18	25	27	1.98
17270293--17270358	28	2.4	27	85	12	82	42	6	1	50	1.36
17270358--17270397	10	4.0	10	87	6	55	87	10	2	0	0.63
17270359--17270394	18	1.9	19	94	5	65	88	8	2	0	0.59
17270435--17270503	27	2.6	27	90	0	102	26	30	27	15	1.96
17270922--17270950	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
17271775--17271803	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
17272221--17272297	27	2.9	27	94	0	127	14	31	28	25	1.95
17272327--17272365	20	2.0	20	84	0	51	10	2	7	79	1.02
17272357--17272426	28	2.5	27	93	4	113	50	1	11	37	1.48
17282102--17282290	101	1.9	101	100	0	378	26	15	16	41	1.88
17282515--17282559	24	1.9	23	81	4	54	15	11	13	60	1.60
17289287--17289358	27	2.7	26	89	6	101	44	8	0	47	1.33
17289355--17289383	10	2.9	10	100	0	58	82	6	0	10	0.83
17289414--17289489	27	2.8	27	88	4	100	23	27	28	19	1.98
17289570--17289606	11	3.5	11	88	7	58	70	0	29	0	0.88
17289745--17289776	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
17289944--17289996	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
17290002--17290032	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17290588--17290632	18	2.5	18	77	0	54	26	8	51	13	1.70
17294344--17294380	18	2.1	19	90	10	60	64	5	0	29	1.15
17294408--17294501	34	3.0	29	76	19	75	0	34	0	65	0.93
17294425--17294586	8	19.9	8	70	19	95	0	32	0	67	0.91
17294416--17294586	38	4.2	42	72	23	129	0	32	0	67	0.91
17294405--17294595	77	2.6	77	85	7	236	0	35	0	64	0.93
17294443--17294546	29	3.9	28	78	12	94	0	31	0	68	0.90
17294454--17294550	44	2.2	44	85	10	128	0	29	0	70	0.88
17294628--17294694	27	2.5	27	95	0	116	14	26	29	28	1.96
17294752--17294803	26	2.0	26	100	0	104	34	0	7	57	1.27
17294757--17294827	26	2.7	26	84	2	79	43	0	7	49	1.29
17295098--17295133	15	2.2	16	90	9	56	11	16	0	72	1.12
17295094--17295144	17	2.9	17	82	2	57	7	15	0	76	1.00
17300000--17300038	17	2.3	17	100	0	78	30	20	7	41	1.80
17308723--17308769	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
17308746--17308800	19	2.7	21	83	11	87	36	14	9	40	1.78
17308723--17308788	23	3.0	21	75	20	55	37	16	6	39	1.74
17310637--17310829	46	4.3	46	90	3	295	28	22	15	33	1.95
17314029--17314066	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
17316512--17316639	43	3.0	42	84	2	157	32	25	17	25	1.97
17320667--17320705	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
17320863--17320893	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17324253--17324282	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
17325024--17325062	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
17325220--17325250	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
17332895--17332946	21	2.5	21	80	0	68	40	26	5	26	1.79
17333330--17333373	21	2.0	22	87	12	65	68	0	4	27	1.09
17351986--17352021	17	2.2	17	95	5	65	11	5	33	50	1.61
17352139--17352196	27	2.1	27	87	6	82	8	5	15	70	1.30
17353882--17353920	21	1.9	21	89	5	62	33	0	2	64	1.08
17353881--17353924	20	2.3	19	81	14	54	34	0	2	63	1.07
17357565--17357606	18	2.3	18	83	0	57	7	33	11	47	1.68
17357809--17357834	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
17360754--17360897	43	3.5	40	76	12	114	40	21	16	20	1.91
17360832--17360918	43	2.0	43	93	0	147	42	21	17	18	1.89
17360864--17360974	56	2.0	56	85	3	152	41	23	14	20	1.89
17364249--17364459	107	2.0	105	88	1	314	36	18	15	30	1.91
17371625--17371827	101	2.0	101	91	0	325	26	29	12	32	1.92
17377684--17377771	41	2.2	41	89	2	133	38	2	13	45	1.56
17380861--17381433	50	11.5	50	68	1	232	22	26	23	27	1.99
17380837--17381490	100	6.5	100	90	0	959	22	26	22	28	1.99
17382744--17382785	21	2.0	21	90	0	66	4	33	0	61	1.17
17386331--17386386	27	2.1	26	83	3	67	58	10	16	14	1.62
17395841--17395879	20	2.0	19	85	5	51	30	28	10	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17416594--17416633	19	2.2	18	90	4	62	60	0	0	40	0.97
17419398--17419563	54	3.1	54	92	0	269	25	11	13	49	1.75
17419880--17419927	25	1.9	25	100	0	96	22	20	29	27	1.99
17425819--17426376	91	6.1	91	94	1	924	46	3	3	46	1.38
17426125--17426174	18	3.0	17	85	8	59	42	0	2	56	1.11
17426131--17426179	18	3.1	16	85	11	57	44	0	0	55	0.99
17426339--17426459	29	4.1	29	74	15	97	48	2	0	48	1.14
17426389--17426704	120	2.6	120	92	3	512	44	3	3	48	1.36
17426389--17426669	61	4.7	60	70	18	178	43	3	3	49	1.38
17426650--17426684	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17427127--17427176	22	2.4	19	81	15	55	10	10	8	72	1.30
17428771--17428844	22	3.3	23	75	17	68	28	24	1	45	1.61
17428771--17428844	11	6.7	11	71	21	57	28	24	1	45	1.61
17428807--17428903	51	1.9	50	85	2	122	27	24	2	45	1.64
17430982--17431027	21	2.2	21	84	0	56	39	34	21	4	1.73
17431269--17432365	21	51.0	22	78	8	1039	44	29	1	24	1.63
17431269--17432361	43	25.5	42	79	8	903	44	29	1	24	1.63
17432318--17432346	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
17432296--17432365	37	1.9	36	94	2	122	41	28	2	27	1.70
17435538--17436103	126	4.5	125	83	5	680	30	22	16	30	1.96
17435538--17436103	250	2.3	249	85	2	751	30	22	16	30	1.96
17436594--17436681	45	2.0	45	83	0	113	61	4	13	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17437844--17437886	14	3.3	14	87	9	56	76	9	11	2	1.10
17440104--17440142	20	2.0	20	89	0	60	64	0	2	33	1.08
17441127--17441194	11	6.6	11	70	21	58	55	0	1	42	1.08
17441117--17441207	16	5.2	16	69	21	58	62	0	1	36	1.02
17441125--17441219	39	2.5	39	84	8	133	61	0	2	36	1.08
17441247--17441284	15	2.4	16	86	4	51	7	42	50	0	1.31
17443101--17443138	18	2.1	18	90	0	58	55	15	5	23	1.61
17443921--17444125	109	1.9	106	86	3	293	37	18	14	29	1.90
17444890--17445022	3	43.3	3	82	5	151	63	3	4	29	1.29
17446528--17446728	110	1.8	111	90	3	323	30	20	17	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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