genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854804--21854870	35	1.9	35	87	3	100	46	10	8	34	1.70
21859361--21859427	35	1.9	35	84	3	91	41	10	11	35	1.76
21864310--21864377	35	2.0	35	88	2	102	44	7	11	36	1.69
21864914--21865012	48	2.0	49	96	1	182	51	19	12	17	1.76
21865343--21865391	22	2.2	22	82	7	55	55	2	34	8	1.41
21866783--21866849	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
21875642--21875700	30	2.0	29	81	15	68	44	0	16	38	1.48
21875954--21876049	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
21881286--21881937	114	5.7	114	83	4	751	25	22	24	27	2.00
21881949--21881988	19	2.2	18	86	13	55	27	2	5	65	1.27
21882266--21882298	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
21882372--21882516	70	2.1	69	85	5	195	28	0	26	45	1.54
21882501--21882534	14	2.4	14	90	0	50	14	0	47	38	1.45
21882926--21882965	14	2.9	14	85	14	64	7	0	47	45	1.31
21882920--21882960	21	2.0	21	85	0	55	12	0	43	43	1.41
21883896--21884307	147	2.8	146	76	8	383	26	16	22	35	1.94
21883960--21884307	146	2.4	145	78	8	364	27	16	21	34	1.95
21885626--21885657	15	2.1	15	100	0	64	28	6	12	53	1.62
21886415--21886467	18	2.8	19	83	10	65	39	1	1	56	1.21
21886616--21886780	13	12.5	13	74	7	127	40	9	3	46	1.54
21886640--21886789	53	2.8	53	94	0	264	40	10	3	46	1.54
21886812--21886853	18	2.2	18	87	8	57	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21886951--21887000	16	3.4	15	73	21	52	44	18	4	34	1.68
21886922--21887186	129	2.1	124	88	4	388	44	14	1	38	1.56
21891575--21891603	14	2.1	14	100	0	58	34	20	13	31	1.92
21892365--21893720	679	2.0	679	91	0	2214	34	19	11	34	1.88
21895020--21895049	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21902243--21902274	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
21904951--21904989	10	3.8	11	93	6	57	0	20	0	79	0.73
21904951--21904998	14	3.5	13	85	5	60	0	20	0	79	0.74
21904951--21904996	17	2.7	17	86	0	65	0	21	0	78	0.76
21906164--21906216	22	2.4	22	83	0	70	24	16	15	43	1.87
21911877--21912018	70	2.0	70	98	0	275	24	22	12	40	1.89
21912673--21912744	31	2.3	31	83	4	92	30	16	5	47	1.70
21914157--21914288	69	1.9	69	92	0	219	27	12	11	48	1.75
21916107--21916192	44	2.0	44	92	0	145	29	12	11	46	1.77
21918225--21918293	18	3.8	18	84	0	93	14	43	2	39	1.60
21921725--21921801	14	5.0	15	74	20	61	45	15	5	33	1.69
21921979--21922030	23	2.4	23	87	12	76	40	5	1	51	1.37
21922753--21922810	18	3.1	19	85	12	75	36	0	5	58	1.20
21922979--21923032	26	2.1	25	82	3	63	38	16	9	35	1.81
21923411--21923454	22	2.0	21	86	4	61	11	15	27	45	1.81
21923547--21923817	43	6.3	43	83	2	321	30	30	16	21	1.96
21924088--21924178	43	2.1	43	82	9	107	42	10	9	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21927904--21927930	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
21928392--21928443	7	7.4	7	84	0	59	32	44	0	23	1.54
21928379--21928443	21	3.1	21	78	8	69	33	41	0	24	1.55
21928433--21928573	74	1.9	75	86	4	205	43	26	1	28	1.64
21928706--21928775	21	3.3	20	76	9	68	34	42	0	22	1.54
21928724--21928775	7	7.4	7	82	0	59	34	44	0	21	1.52
21928724--21928775	14	3.7	14	84	0	68	34	44	0	21	1.52
21928254--21929269	339	3.0	332	95	2	1845	42	27	1	28	1.66
21929045--21929114	21	3.3	20	76	9	68	35	42	0	21	1.53
21929063--21929114	7	7.4	7	82	8	52	36	44	0	19	1.51
21929063--21929114	14	3.7	14	84	0	68	36	44	0	19	1.51
21929104--21929243	74	1.9	74	86	5	203	43	27	1	27	1.63
21929324--21929356	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
21929781--21929941	81	2.0	81	88	1	241	27	29	23	18	1.98
21929781--21929941	41	4.0	41	89	1	243	27	29	23	18	1.98
21929978--21930068	40	2.3	40	86	3	121	20	20	23	35	1.96
21941263--21941303	21	2.0	21	85	0	55	9	31	34	24	1.88
21941275--21941329	21	2.6	21	88	0	83	10	25	36	27	1.89
21943239--21943283	14	3.1	15	81	15	58	62	0	2	35	1.08
21944819--21945094	40	7.1	40	70	9	174	28	19	22	29	1.98
21944831--21945191	154	2.3	154	87	2	483	28	17	22	31	1.97
21945649--21945833	7	25.9	7	75	8	86	21	1	34	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21945644--21945784	21	6.6	21	75	10	97	20	1	31	46	1.59
21952041--21952151	25	4.4	25	79	3	98	18	27	20	32	1.97
21965512--21965545	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
21966264--21966295	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
21969286--21969325	20	1.9	22	90	10	66	37	5	15	42	1.68
21969487--21969548	20	3.1	20	80	0	70	32	9	12	45	1.75
21970932--21970969	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
21974226--21974275	22	2.3	22	100	0	100	40	26	4	30	1.74
21978761--21978789	14	2.1	14	100	0	58	48	37	0	13	1.43
21979967--21979995	14	2.1	14	93	6	51	34	13	13	37	1.85
21980174--21980234	5	12.0	5	96	3	113	59	0	0	40	0.98
21983587--21983625	19	2.0	20	90	5	62	0	38	7	53	1.30
21983697--21983804	23	4.7	24	73	13	93	2	43	4	49	1.38
21983678--21983805	25	5.2	26	73	15	94	2	44	5	47	1.39
21983697--21983850	43	3.4	43	81	10	146	2	42	5	48	1.41
21983811--21983981	77	2.2	78	80	9	181	1	43	7	47	1.37
21990275--21990304	13	2.3	13	100	0	60	70	0	30	0	0.88
21993367--21993773	114	3.6	114	92	0	654	33	23	16	26	1.95
21998958--21999114	21	7.6	21	73	8	117	44	15	21	19	1.86
21998958--21999114	42	3.8	42	84	5	178	44	15	21	19	1.86
22002185--22002218	16	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
22002705--22002729	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22003017--22003078	13	4.9	13	74	21	60	33	1	0	64	1.03
22003016--22003078	25	2.5	25	92	0	99	34	1	0	63	1.04
22004264--22004307	24	1.9	22	81	9	52	40	2	4	52	1.34
22005536--22005620	33	2.7	29	74	22	73	64	0	0	35	0.94
22009117--22009201	42	2.0	42	95	0	152	65	14	8	11	1.46
22016016--22016066	24	2.1	24	96	0	93	27	23	29	19	1.98
22021717--22021761	18	2.6	18	96	3	83	26	22	28	22	1.99
22021803--22022053	27	9.3	27	78	10	212	46	18	17	17	1.84
22021803--22022008	81	2.5	82	85	4	267	47	19	16	16	1.83
22021803--22022055	54	4.7	54	82	2	256	46	18	17	17	1.85
22022386--22022465	28	2.9	28	92	0	124	20	25	27	27	1.99
22027975--22027999	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
22028539--22028713	40	4.4	40	78	1	163	33	26	20	20	1.97
22028528--22028711	80	2.3	80	81	1	208	32	27	20	20	1.97
22029395--22029429	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
22031120--22031180	30	2.0	30	100	0	122	29	13	13	44	1.81
22035904--22036024	57	2.1	59	86	6	167	26	19	6	47	1.74
22039076--22039122	22	2.1	22	84	0	58	46	17	14	21	1.83
22039114--22039182	32	2.2	31	84	2	84	39	20	20	20	1.93
22039163--22039244	32	2.6	32	80	0	83	41	20	18	19	1.91
22039424--22039529	24	4.4	24	86	0	122	45	22	8	23	1.80
22039550--22039723	27	6.5	27	79	2	163	22	20	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22039565--22039720	81	1.9	81	89	0	240	23	17	21	36	1.95
22039577--22039856	27	10.4	27	75	9	214	21	19	20	38	1.94
22039579--22039814	81	2.9	83	81	7	236	22	20	21	36	1.96
22039965--22040215	27	9.3	27	85	2	326	43	19	17	19	1.88
22039965--22040215	81	3.1	81	87	2	362	43	19	17	19	1.88
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22069468--22069501	9	3.8	9	88	0	50	23	35	0	41	1.55
22077053--22077300	43	5.9	43	82	7	294	39	22	17	20	1.93
22077048--22077300	81	3.0	84	82	7	300	39	22	17	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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