genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21285813--21286324	217	2.4	219	82	3	599	28	19	23	28	1.98
21286634--21286708	19	3.8	19	86	6	105	37	8	16	38	1.78
21286635--21286697	21	3.1	21	90	4	103	36	9	14	39	1.78
21286687--21286731	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
21286906--21286945	19	2.0	22	85	14	59	15	10	5	70	1.32
21287341--21287401	4	15.0	4	78	10	52	24	0	4	70	1.07
21287939--21287980	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
21294649--21294748	51	2.0	51	82	4	121	56	3	9	32	1.46
21302998--21303036	14	2.8	14	81	14	53	7	12	0	79	0.93
21303991--21304024	11	3.2	11	95	4	61	26	0	0	73	0.83
21303994--21304026	10	3.2	10	95	4	57	21	0	0	78	0.75
21306778--21306813	12	2.7	14	87	12	58	38	13	0	47	1.44
21308991--21309030	21	1.9	21	85	10	55	25	30	2	42	1.68
21318746--21318776	16	1.9	16	100	0	62	25	9	19	45	1.81
21318767--21318812	13	2.8	18	69	30	57	28	6	13	52	1.65
21325097--21325126	12	2.5	12	94	0	51	43	6	13	36	1.70
21328807--21328848	14	3.1	14	93	3	68	54	0	2	42	1.13
21341204--21341259	21	2.6	21	77	11	60	41	0	0	58	0.98
21341612--21341662	19	2.7	20	78	9	61	43	11	0	45	1.40
21350182--21350248	13	5.2	13	72	0	62	32	4	23	38	1.75
21350190--21350248	26	2.3	26	78	0	73	35	3	25	35	1.73
21350929--21350960	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21354166--21354213	15	2.9	17	81	9	55	33	10	10	45	1.72
21355972--21356026	22	2.5	22	82	5	58	20	10	25	43	1.84
21356356--21356482	52	2.4	52	100	0	254	25	7	23	43	1.79
21356408--21356751	116	2.9	116	93	3	582	25	9	21	43	1.82
21356639--21356756	52	2.3	52	100	0	236	27	6	22	43	1.78
21357772--21357844	23	3.3	23	66	11	71	45	2	4	47	1.36
21357766--21357871	43	2.5	41	86	9	142	48	4	2	44	1.38
21361029--21361235	91	2.3	90	88	3	290	45	3	3	46	1.39
21361384--21361425	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21361375--21361416	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21361359--21361675	157	2.0	157	97	0	598	47	4	3	44	1.41
21361541--21361582	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21361532--21361573	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21361708--21361817	45	2.6	44	84	8	140	32	29	4	33	1.78
21361796--21361833	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
21365712--21365823	30	3.7	31	71	19	94	57	0	1	41	1.09
21365705--21365766	30	2.0	30	84	9	81	59	0	0	40	0.97
21367480--21367509	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
21370543--21370600	17	3.4	17	77	15	57	18	5	0	75	0.98
21387738--21387767	15	2.0	15	93	0	51	10	6	0	83	0.81
21387773--21387820	13	3.7	13	76	18	55	33	6	0	60	1.22
21387763--21387820	17	2.9	21	71	28	54	31	6	0	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21387762--21387805	17	2.6	18	86	13	58	27	6	0	65	1.17
21387773--21387852	13	6.2	13	70	24	53	37	5	1	56	1.29
21387779--21387827	26	1.9	25	87	4	71	36	4	0	59	1.17
21387784--21387841	26	2.2	26	81	6	64	37	5	1	55	1.33
21390070--21390233	87	1.9	86	84	3	222	39	21	13	26	1.90
21398074--21398105	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
21398333--21398523	51	3.8	51	79	6	226	31	26	16	26	1.96
21398331--21398515	101	1.8	102	90	3	302	31	25	16	25	1.96
21398327--21398549	101	2.2	103	80	6	258	30	26	15	26	1.96
21401160--21401200	20	2.0	21	90	4	66	63	4	4	26	1.35
21415639--21415673	18	1.9	18	94	0	61	40	22	0	37	1.55
21417400--21417480	21	3.9	19	81	13	81	38	9	12	39	1.76
21417680--21417724	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21418178--21418221	23	2.0	22	86	4	61	34	9	2	54	1.44
21418398--21418460	3	21.0	3	86	0	90	33	0	6	60	1.22
21423118--21423154	18	2.1	18	100	0	74	45	16	10	27	1.80
21427950--21427979	15	2.0	15	93	0	51	20	16	23	40	1.91
21428266--21428291	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
21430810--21430859	20	2.5	20	80	0	73	50	0	6	44	1.26
21432728--21432784	29	2.0	27	80	12	62	29	1	15	52	1.53
21433106--21433204	30	3.3	30	84	5	119	27	15	21	36	1.93
21434430--21434564	42	3.2	42	86	0	171	20	23	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21434430--21434572	63	2.3	63	87	2	216	20	23	15	41	1.90
21434430--21434572	21	6.8	21	79	3	144	20	23	15	41	1.90
21434722--21434778	11	5.4	11	71	23	50	12	26	19	42	1.86
21434710--21434834	21	6.0	21	83	1	137	14	21	19	44	1.86
21435627--21435658	17	1.9	16	93	6	55	25	12	31	31	1.92
21450445--21450471	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
21455662--21455697	19	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
21457029--21457067	20	2.0	20	100	0	78	15	51	17	15	1.77
21459930--21459970	17	2.3	19	87	8	59	14	4	12	68	1.36
21464488--21464527	21	1.9	21	84	0	53	40	10	17	32	1.83
21468372--21468441	29	2.4	28	76	7	68	62	1	4	31	1.23
21470930--21470993	33	1.9	33	93	0	110	35	18	26	18	1.94
21475288--21475429	39	3.7	39	80	0	169	28	16	23	31	1.96
21477822--21477893	28	2.4	28	81	9	81	66	2	5	25	1.27
21477870--21477921	3	17.0	3	76	4	50	67	5	1	25	1.23
21477844--21477921	31	2.7	29	84	6	86	67	5	3	23	1.27
21477857--21477922	15	4.2	15	78	7	60	69	6	3	21	1.24
21478879--21478907	15	2.0	15	93	6	51	6	17	62	13	1.52
21480892--21480923	15	2.1	15	94	0	55	53	9	6	31	1.58
21480844--21480965	57	2.1	57	89	3	183	55	13	6	24	1.61
21480871--21480939	36	1.9	36	82	5	86	52	13	7	27	1.66
21480869--21480982	21	5.8	20	77	15	96	51	13	8	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21483925--21483979	23	2.5	22	82	11	69	40	12	3	43	1.60
21484025--21484081	26	2.2	25	79	17	64	40	0	1	57	1.09
21487621--21487849	89	2.6	88	82	8	259	38	20	7	32	1.82
21487848--21487959	46	2.4	48	76	10	124	61	0	2	34	1.16
21487918--21487984	9	7.6	8	74	14	53	67	1	2	28	1.14
21487890--21487968	26	2.8	28	79	13	72	62	0	2	35	1.09
21487945--21488005	18	3.4	17	72	18	52	67	4	4	22	1.30
21487919--21488017	37	2.7	39	76	16	95	64	3	3	29	1.23
21487917--21488003	27	3.3	26	78	12	72	66	3	3	26	1.23
21488251--21488294	10	4.6	10	88	11	74	36	0	0	63	0.95
21488251--21488286	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
21488250--21488334	28	3.0	30	77	14	83	34	2	0	63	1.07
21488338--21488541	90	2.3	91	87	5	292	31	9	21	37	1.86
21490639--21490692	29	1.9	28	85	14	76	16	29	35	18	1.93
21491805--21491937	26	5.1	26	80	5	128	35	28	15	20	1.93
21491809--21491937	52	2.5	51	85	7	163	36	27	15	20	1.93
21493985--21494023	16	2.5	16	83	4	53	28	2	2	66	1.18
21505962--21505988	11	2.5	11	100	0	54	66	18	0	14	1.25
21511413--21511437	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
21515448--21515478	12	2.6	12	89	0	53	6	22	45	25	1.76
21531978--21532054	33	2.3	33	80	10	86	29	18	24	27	1.98
21541287--21541320	3	11.7	3	93	6	61	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21543651--21543759	34	3.2	34	67	14	107	34	11	4	49	1.59
21543640--21543776	68	2.0	68	100	0	274	32	10	5	51	1.59
21545193--21545230	9	4.2	9	89	0	58	47	13	7	31	1.71
21547325--21547428	27	3.9	27	67	9	86	21	25	12	41	1.88
21547324--21547447	27	4.6	26	68	12	81	23	23	12	40	1.89
21547324--21547453	54	2.4	53	78	7	127	23	24	12	40	1.89
21547469--21547643	67	2.6	68	83	3	230	23	26	17	33	1.96
21551263--21551293	16	1.9	16	100	0	62	54	6	0	38	1.26
21553981--21554043	27	2.4	27	75	2	74	30	25	4	39	1.76
21554148--21554249	28	3.6	28	83	0	105	31	20	10	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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