genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  55  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18128267--18128306	6	6.7	6	97	0	53	42	7	50	0	1.30
18128266--18128306	12	3.4	12	89	0	64	41	9	48	0	1.36
18129516--18129545	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
18133609--18133648	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
18136777--18136814	18	2.1	19	85	14	53	60	2	2	34	1.24
18147269--18147320	24	2.1	25	96	3	97	46	17	19	17	1.85
18150703--18150730	13	2.2	13	100	0	56	25	14	14	46	1.82
18165123--18165153	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
18175206--18175238	16	2.1	16	94	0	57	48	0	18	33	1.48
18175980--18176009	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
18179195--18179258	26	2.4	26	81	2	83	35	7	0	56	1.28
18184017--18184065	24	2.0	24	84	7	64	6	2	28	63	1.30
18184309--18184350	19	2.2	19	83	8	50	38	16	2	42	1.61
18185592--18185632	14	3.0	14	86	10	50	56	7	4	31	1.48
18186698--18186733	17	2.1	17	100	0	72	41	16	5	36	1.72
18190249--18190286	19	2.0	19	100	0	76	26	5	36	31	1.79
18190876--18190934	22	2.7	21	81	5	55	40	0	15	44	1.46
18192939--18193035	48	2.0	48	95	0	176	35	17	12	35	1.87
18197178--18197226	13	3.7	13	81	5	53	61	2	0	36	1.08
18197195--18197219	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18198703--18198755	22	2.4	22	78	9	54	32	5	0	62	1.19
18207466--18207567	42	2.4	42	80	0	123	17	25	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18208878--18209085	51	4.2	51	84	8	304	31	21	14	33	1.93
18208882--18209096	95	2.3	95	93	0	358	31	21	14	32	1.94
18230029--18230058	5	6.0	5	100	0	60	20	0	80	0	0.72
18235110--18235142	16	1.9	17	88	11	50	42	0	30	27	1.56
18240308--18240367	30	2.0	31	86	3	86	35	1	0	63	1.05
18242142--18242172	16	1.9	16	100	0	62	6	29	0	64	1.18
18250062--18250101	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
18250082--18250176	45	2.1	46	96	4	174	62	0	3	34	1.11
18250096--18250145	16	3.0	16	85	5	64	66	0	2	32	1.03
18250127--18250194	31	2.2	31	100	0	136	61	0	2	35	1.11
18260530--18260599	34	2.1	34	100	0	140	28	20	5	45	1.73
18260530--18260621	34	2.7	34	88	6	107	31	19	4	44	1.70
18262963--18263026	15	4.6	14	71	13	51	35	3	0	60	1.12
18262976--18263025	3	17.0	3	80	19	61	32	2	0	66	1.03
18272752--18273294	50	10.9	49	73	6	192	22	20	24	32	1.98
18272735--18273309	100	5.8	100	87	1	713	22	20	24	32	1.98
18272848--18273306	50	9.2	50	73	6	329	21	20	25	31	1.98
18274328--18274389	30	2.1	30	81	0	70	9	4	8	77	1.12
18274417--18274472	20	2.8	19	83	5	67	10	7	1	80	0.97
18274417--18274473	28	2.0	28	86	6	80	10	7	1	80	0.96
18278674--18278874	102	2.0	102	94	2	350	30	28	20	19	1.97
18278778--18278914	42	3.5	41	75	17	164	34	27	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18278777--18278949	75	2.3	75	96	0	319	33	28	19	19	1.96
18278639--18278979	177	1.9	177	93	0	583	30	28	20	20	1.98
18278926--18278979	27	2.0	28	96	3	101	25	29	24	20	1.99
18279315--18279372	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
18287962--18288088	61	2.1	61	83	0	155	39	4	20	35	1.74
18289548--18289621	31	2.4	29	80	6	76	36	8	9	45	1.66
18289575--18289633	30	2.0	29	83	9	75	33	6	8	50	1.59
18291817--18291865	25	2.0	25	83	0	62	38	6	0	55	1.25
18298821--18299360	271	2.0	272	97	0	1010	39	12	13	33	1.83
18303820--18303860	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
18304085--18304159	23	3.3	23	88	0	105	18	20	26	34	1.95
18305765--18305807	19	2.4	18	85	11	54	27	25	0	46	1.53
18310952--18310986	12	2.9	12	86	0	52	0	48	8	42	1.33
18312397--18312431	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
18321964--18322026	21	3.0	21	97	0	117	47	12	9	30	1.73
18331150--18331245	25	3.8	25	74	8	61	37	13	25	23	1.92
18341218--18341271	24	2.2	25	80	9	58	70	0	24	5	1.08
18343426--18343478	21	2.6	20	82	11	63	56	0	3	39	1.17
18343426--18343526	21	4.8	19	70	18	51	58	0	5	34	1.29
18343537--18343608	19	3.7	19	77	17	60	61	1	1	36	1.14
18343544--18343608	9	6.7	10	76	13	57	60	0	1	38	1.07
18344431--18344459	12	2.5	12	94	5	51	13	6	0	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18344874--18344934	27	2.3	27	91	0	95	27	36	8	27	1.85
18351179--18351211	14	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
18352622--18352655	6	5.7	6	96	0	50	44	5	50	0	1.26
18353814--18353851	20	1.9	20	89	10	60	52	0	26	21	1.47
18354480--18354526	20	2.3	21	89	10	71	76	4	4	14	1.09
18355987--18356024	14	2.9	13	84	7	51	10	10	5	73	1.23
18356113--18356157	23	2.0	23	82	8	56	40	0	6	53	1.27
18357161--18357198	20	1.9	20	94	0	67	50	5	10	34	1.59
18360639--18360690	27	2.0	27	92	3	88	57	21	7	13	1.61
18369446--18369476	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18379627--18379669	19	2.2	19	87	4	59	51	13	9	25	1.71
18382744--18382820	32	2.4	32	82	8	95	37	11	9	41	1.73
18383623--18383664	10	4.1	11	82	14	54	59	4	0	35	1.19
18383623--18383674	20	2.5	20	84	9	61	59	3	0	36	1.16
18389397--18389423	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
18401976--18402024	26	1.9	25	83	4	62	30	2	0	67	1.02
18401957--18402010	17	3.2	17	73	19	58	24	3	1	70	1.13
18404618--18404746	64	2.0	66	84	3	172	40	4	9	45	1.57
18411377--18411416	19	2.1	19	85	0	53	27	0	5	67	1.11
18411688--18411723	19	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
18413197--18413240	3	14.3	3	81	13	54	31	4	0	63	1.14
18413198--18413240	15	2.8	15	89	10	61	32	4	0	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18425961--18426290	129	2.5	128	86	3	421	29	18	22	29	1.98
18425952--18426616	175	3.8	175	78	9	570	31	18	20	29	1.96
18426308--18426614	44	6.8	45	67	14	141	32	17	20	28	1.96
18426351--18426527	98	1.8	98	83	4	241	32	18	19	28	1.96
18426620--18427163	44	12.7	44	78	10	486	31	22	23	22	1.99
18426629--18427002	131	2.9	130	83	6	465	31	21	24	22	1.99
18426620--18427163	84	6.4	85	78	10	486	31	22	23	22	1.99
18428528--18428566	12	3.5	11	86	13	53	30	5	0	64	1.15
18428529--18428585	15	3.7	15	79	11	55	31	8	1	57	1.39
18430788--18430840	17	3.2	16	82	15	63	66	0	0	33	0.92
18430954--18430987	13	2.7	13	95	4	61	32	0	67	0	0.91
18430988--18431013	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
18433333--18433393	15	3.9	15	74	19	61	59	6	21	13	1.57
18433330--18433401	33	2.2	33	89	0	117	55	8	18	18	1.66
18433514--18433579	21	3.1	21	88	0	96	57	7	27	7	1.53
18434305--18434356	24	2.2	24	89	0	77	40	15	30	13	1.86
18436037--18436112	40	1.9	39	84	12	102	63	1	1	34	1.11
18437301--18437577	46	6.0	46	85	0	365	34	9	26	29	1.88
18437301--18437577	92	3.0	92	91	0	419	34	9	26	29	1.88
18437757--18437935	51	3.5	51	90	0	279	29	23	15	32	1.95
18440855--18440888	3	11.0	3	93	6	59	64	0	35	0	0.94
18442154--18442218	28	2.3	28	89	0	103	9	33	10	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18453796--18454125	33	9.5	33	67	23	153	20	19	27	32	1.97
18453794--18454099	102	3.0	101	89	1	450	21	18	26	32	1.97
18461362--18461443	27	2.7	30	85	12	107	17	20	30	31	1.95
18461345--18461590	102	2.4	102	91	0	384	21	18	26	33	1.96
18469622--18469658	10	3.8	10	82	17	51	8	24	0	67	1.17
18469622--18469658	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
18469623--18469664	19	2.2	19	83	8	50	7	21	4	66	1.35
18472128--18472183	29	1.9	29	88	0	85	25	10	28	35	1.89
18473035--18473064	13	2.3	13	94	0	51	26	53	3	16	1.59
18474589--18474890	137	2.2	131	80	8	331	25	11	11	51	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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