genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11018555--11018586	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11018798--11018854	30	1.9	29	85	3	78	31	24	1	42	1.65
11025801--11026049	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
11025800--11026049	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
11026144--11026175	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11026387--11026444	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11028149--11028497	124	2.8	124	94	1	612	32	21	16	30	1.95
11029582--11029636	25	2.2	25	83	6	67	45	7	1	45	1.41
11029638--11029673	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
11032799--11033142	172	2.0	172	98	0	670	30	11	22	36	1.89
11036178--11036231	24	2.2	24	83	3	72	5	18	22	53	1.65
11037368--11037435	35	1.9	35	90	0	109	54	10	17	17	1.70
11038092--11038143	21	2.5	21	90	0	77	30	34	9	25	1.88
11048870--11048905	17	2.1	17	90	10	56	22	0	2	75	0.94
11061896--11061946	22	2.3	21	83	12	59	47	0	7	45	1.32
11061919--11062055	40	3.5	40	75	12	140	44	5	7	43	1.54
11069831--11069867	14	2.6	15	83	12	51	40	5	5	48	1.49
11073068--11073147	29	2.7	28	80	16	90	58	2	1	37	1.19
11073107--11073150	21	2.1	21	87	8	63	54	2	0	43	1.12
11090582--11090636	18	3.1	18	76	7	58	34	0	0	65	0.93
11090590--11090640	25	2.1	24	81	3	57	41	0	0	58	0.98
11093945--11093992	11	4.7	10	85	15	55	22	0	8	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11093948--11093991	19	2.2	20	88	11	65	22	0	9	68	1.18
11103510--11103571	31	2.0	31	100	0	124	29	12	22	35	1.91
11120214--11120239	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
11123179--11123488	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.41
11123618--11123685	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
11123864--11124083	115	1.9	115	82	2	273	31	7	11	49	1.67
11127298--11127353	27	2.1	27	96	0	103	37	8	14	39	1.77
11129453--11129560	44	2.5	44	80	3	128	25	25	16	31	1.97
11129532--11131069	87	17.7	87	90	1	2204	23	22	23	31	1.99
11129571--11130504	44	21.4	44	60	15	152	23	21	24	31	1.99
11130398--11130536	44	3.2	44	68	11	131	25	23	25	24	2.00
11129552--11131069	523	2.9	523	93	0	2513	23	22	23	30	1.99
11132258--11132312	14	4.0	14	81	9	60	14	21	0	63	1.30
11132269--11132313	7	6.4	7	82	7	56	13	20	0	66	1.24
11132669--11132735	6	11.8	6	76	16	54	13	4	11	70	1.31
11135292--11135337	19	2.4	19	85	7	58	45	10	21	21	1.82
11139346--11139386	16	2.5	16	88	4	64	65	9	0	24	1.22
11148512--11148563	24	2.2	24	89	0	77	51	9	5	32	1.58
11150101--11150217	50	2.4	47	81	4	126	29	18	29	22	1.97
11150099--11150230	47	2.7	49	80	3	151	28	18	30	21	1.97
11150335--11150447	45	2.5	44	81	9	140	23	15	23	37	1.93
11153420--11153472	24	2.2	24	82	0	61	54	7	3	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11153869--11153932	33	1.9	34	87	3	94	46	4	4	43	1.45
11155388--11155421	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
11156272--11156366	49	2.0	47	89	4	145	23	12	6	57	1.57
11165290--11165315	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
11185228--11185264	18	2.1	18	95	5	67	32	0	0	67	0.91
11188344--11188405	22	2.7	22	80	5	61	37	3	1	58	1.24
11192462--11192486	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
11193855--11193896	13	3.5	12	78	9	50	11	14	11	61	1.56
11197745--11197784	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
11199913--11199966	19	2.8	19	88	0	81	40	7	12	38	1.72
11199926--11199992	19	3.2	21	77	10	66	38	4	16	40	1.69
11200156--11200196	19	2.1	19	86	9	55	17	7	4	70	1.28
11200600--11200658	22	2.5	22	84	13	66	28	1	3	66	1.18
11202366--11202414	17	2.9	17	76	11	55	16	24	26	32	1.96
11206334--11206432	23	4.3	23	84	8	121	32	23	19	25	1.97
11210124--11210167	21	2.1	21	83	8	54	22	9	25	43	1.82
11216519--11216549	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
11218716--11218767	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
11218684--11219050	104	3.6	104	95	2	627	30	30	20	18	1.97
11219374--11219437	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11219381--11219437	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11226260--11226526	104	2.6	104	93	1	455	29	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11226852--11226915	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11226859--11226915	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11228480--11228601	23	5.3	23	83	2	156	24	21	22	31	1.98
11243009--11243105	21	4.5	21	69	14	63	55	2	2	40	1.23
11243131--11243292	55	3.1	51	76	12	134	33	4	4	57	1.40
11243351--11243431	29	2.8	30	76	14	80	35	6	2	55	1.38
11250333--11250363	2	15.5	2	93	0	53	3	0	48	48	1.17
11252622--11252702	29	2.8	29	86	0	108	19	32	30	17	1.95
11266106--11266312	98	2.0	99	86	7	281	40	14	14	30	1.86
11266316--11266707	107	3.6	107	85	9	517	28	14	14	42	1.85
11270649--11270675	12	2.2	12	100	0	54	18	14	66	0	1.25
11270643--11270713	30	2.4	29	86	9	90	16	16	57	8	1.63
11282799--11282908	51	2.2	50	95	1	193	31	12	23	31	1.92
11282861--11282946	37	2.3	37	91	0	145	29	12	23	34	1.92
11282898--11283052	50	3.2	50	79	13	198	30	13	24	30	1.94
11284681--11284815	41	3.3	40	83	11	175	27	21	28	22	1.99
11284983--11285062	38	2.1	38	83	4	99	33	8	18	38	1.82
11287487--11287530	23	1.9	23	86	9	63	27	27	27	18	1.98
11309451--11309579	27	4.8	27	73	3	89	36	16	22	24	1.94
11309586--11309641	27	2.1	27	93	0	94	32	8	32	26	1.87
11318429--11318480	20	2.5	20	81	6	59	53	0	1	44	1.11
11318648--11318679	14	2.2	15	94	5	57	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11319695--11319737	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
11319866--11319957	38	2.5	37	82	5	96	27	27	21	23	1.99
11319890--11320000	38	2.9	38	77	8	107	31	25	19	23	1.98
11319890--11319999	41	2.8	38	80	6	114	31	24	20	23	1.98
11328744--11328792	22	2.1	24	85	7	66	59	2	4	34	1.28
11330803--11330868	25	2.5	25	79	16	71	3	27	3	66	1.21
11330845--11330885	16	2.6	16	81	14	50	4	17	7	70	1.28
11330814--11330874	26	2.4	25	83	2	68	4	26	3	65	1.28
11335857--11335914	23	2.3	26	82	8	77	22	24	20	32	1.98
11336600--11336631	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
11339777--11339822	24	1.9	24	83	16	60	32	0	17	50	1.47
11339981--11340121	40	3.6	40	74	6	135	26	18	24	30	1.98
11340308--11340348	11	3.6	11	96	3	73	56	0	17	26	1.41
11340341--11340379	12	3.2	13	85	10	55	48	0	20	30	1.50
11348417--11348446	8	3.8	8	100	0	60	13	13	13	60	1.60
11355081--11355125	22	2.0	23	86	4	65	35	0	6	57	1.25
11361957--11362000	14	3.0	15	81	15	56	65	0	20	13	1.26
11363462--11363514	18	2.7	20	80	8	56	47	0	7	45	1.31
11371597--11371634	18	2.1	19	85	9	53	28	7	0	63	1.23
11373838--11373879	17	2.2	20	88	12	63	30	7	0	61	1.22
11383645--11383712	24	2.8	24	82	6	75	36	22	22	19	1.95
11387942--11387994	27	2.0	27	88	0	79	28	30	26	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11387909--11388171	102	2.6	103	88	1	377	31	28	20	18	1.96
11395491--11395705	114	1.9	114	92	0	358	37	9	12	40	1.76
11406979--11407142	9	17.9	9	67	17	52	37	4	1	57	1.26
11406981--11407037	19	3.1	18	77	7	60	31	3	1	63	1.22
11423305--11423346	21	1.9	23	85	9	61	52	0	0	47	1.00
11461183--11461365	46	4.0	46	91	0	294	27	27	9	35	1.87
11462111--11462158	17	2.9	17	84	3	62	50	18	2	29	1.59
11465520--11465557	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
11466418--11466516	41	2.4	41	86	5	130	37	11	27	24	1.89
11467758--11467789	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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