genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23967503--23967588	33	2.7	32	77	13	95	46	18	9	25	1.79
23967580--23967619	20	2.0	20	90	0	62	47	12	10	30	1.74
23967570--23967634	34	1.9	33	87	9	96	44	13	9	32	1.76
23973822--23973885	12	5.2	12	80	12	67	73	10	0	15	1.09
23973838--23973907	23	3.1	23	82	11	74	77	7	1	14	1.05
23973841--23973899	6	10.0	6	87	3	66	76	6	1	15	1.07
23975329--23975375	15	3.1	15	84	3	58	63	8	4	23	1.40
23991183--23991227	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
23996764--23997323	279	2.0	280	97	0	1059	42	9	14	33	1.79
23998984--23999017	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
24001125--24001309	51	3.7	50	75	7	178	24	16	27	31	1.96
24003934--24003980	3	15.7	3	90	0	76	70	0	29	0	0.88
24006130--24006174	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
24010340--24010394	28	1.9	29	85	3	76	70	0	7	21	1.11
24015241--24015316	35	2.2	35	100	0	152	50	14	5	30	1.65
24020111--24020177	29	2.3	29	81	0	80	37	14	26	20	1.92
24020194--24020269	30	2.5	30	79	12	84	38	14	21	26	1.91
24020248--24020327	30	2.7	30	76	0	88	45	11	23	20	1.83
24020141--24020357	90	2.4	90	80	5	226	38	14	23	23	1.92
24022530--24022674	25	5.8	24	79	13	143	30	20	25	24	1.98
24022526--24022674	75	2.0	75	86	2	210	30	20	24	24	1.99
24028897--24028982	41	2.1	41	97	0	163	31	6	19	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24037023--24037050	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
24038088--24038203	25	4.6	25	69	16	87	24	17	25	32	1.96
24038115--24038212	50	2.0	50	85	4	135	25	17	24	32	1.97
24039363--24039387	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
24064131--24064182	24	2.2	23	80	6	59	44	11	21	23	1.84
24079169--24079207	13	2.9	13	88	3	51	61	2	5	30	1.31
24079442--24079499	26	2.2	27	78	9	66	46	0	13	39	1.44
24081472--24081513	14	3.1	14	83	16	61	30	0	0	69	0.89
24081713--24081754	21	2.0	22	85	4	59	61	21	11	4	1.48
24088721--24088788	22	3.2	22	66	26	65	39	25	4	30	1.75
24088711--24088792	41	2.0	41	100	0	164	39	24	4	31	1.76
24090237--24090385	43	3.5	43	81	5	160	30	27	17	24	1.97
24098239--24098336	41	2.3	43	82	5	119	32	24	16	26	1.96
24104213--24104240	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
24105460--24105501	16	2.6	16	85	7	50	71	2	14	11	1.24
24105855--24105903	24	2.0	25	88	8	73	44	4	12	38	1.61
24109580--24109638	11	5.5	11	75	20	54	64	1	0	33	1.04
24115517--24115552	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
24115518--24115556	18	2.2	18	95	0	69	28	12	17	41	1.87
24119270--24119296	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
24129770--24129810	19	2.1	19	90	4	64	48	0	0	51	1.00
24129770--24129841	20	3.7	20	73	14	69	44	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24138614--24139018	110	3.7	109	90	2	602	34	19	15	30	1.93
24140361--24140398	14	2.6	15	87	8	60	10	18	5	65	1.41
24141147--24141615	44	10.7	45	73	9	251	27	23	19	29	1.98
24141143--24141615	219	2.2	218	93	1	804	27	23	19	29	1.98
24141285--24141613	44	7.5	44	76	6	258	27	23	20	28	1.99
24141356--24141696	172	2.0	172	88	2	504	28	22	19	29	1.98
24141412--24141692	85	3.3	85	75	4	312	28	22	18	29	1.98
24141143--24141692	44	12.6	44	71	9	245	28	22	19	30	1.98
24141736--24142495	125	6.1	125	97	0	1405	25	19	19	35	1.96
24153375--24153409	16	2.2	16	89	0	52	45	20	17	17	1.85
24154340--24154744	110	3.7	110	88	1	575	34	19	15	30	1.93
24154842--24154873	5	6.6	5	96	3	57	81	0	0	18	0.70
24155311--24155336	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
24155583--24155651	17	3.9	17	70	14	59	50	10	7	31	1.63
24156914--24156989	6	12.2	6	72	13	55	2	23	2	71	1.12
24156914--24156989	25	3.0	24	78	12	82	2	23	2	71	1.12
24160262--24160587	110	3.0	109	85	2	386	26	19	22	31	1.97
24160534--24160647	55	2.1	56	83	8	144	15	20	20	43	1.87
24161308--24161634	90	3.6	90	85	4	437	25	5	15	52	1.64
24164099--24164142	5	8.2	5	82	12	52	18	20	2	59	1.49
24164117--24164177	20	3.6	16	76	21	54	24	13	1	60	1.42
24164123--24164198	21	3.7	20	84	8	100	25	11	1	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24164134--24164196	20	3.1	20	88	4	99	25	9	0	65	1.23
24164242--24164297	17	2.9	19	80	20	64	23	14	0	62	1.31
24164324--24164363	21	1.9	21	94	0	71	30	5	0	65	1.14
24164326--24164371	21	2.2	21	84	7	58	30	6	0	63	1.20
24164585--24164639	6	9.8	6	88	7	73	18	25	0	56	1.42
24164582--24164639	22	2.6	22	94	2	98	17	24	0	58	1.38
24164626--24164699	22	3.0	24	76	21	82	24	13	0	62	1.31
24164751--24164866	44	2.7	44	90	1	180	34	4	11	50	1.58
24166372--24166397	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
24166606--24166861	111	2.3	112	82	4	304	35	20	17	25	1.95
24168194--24168248	21	2.7	20	83	10	76	36	1	0	61	1.06
24174110--24174196	24	3.2	24	66	25	66	60	13	0	25	1.33
24174103--24174196	31	3.2	31	64	20	83	61	14	0	23	1.33
24174097--24174221	57	2.1	59	91	4	200	58	16	0	25	1.38
24174472--24174504	3	11.3	3	90	6	50	0	27	0	72	0.85
24174468--24174534	13	5.4	13	79	13	63	1	29	0	68	0.98
24174464--24174535	23	3.0	23	73	18	67	1	30	0	68	0.99
24175069--24175146	37	2.1	37	97	0	147	44	19	3	32	1.68
24175747--24175796	25	2.0	25	100	0	100	60	24	0	16	1.36
24179280--24179318	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24179552--24179650	23	4.3	23	89	0	153	23	21	24	31	1.98
24183063--24183131	33	2.1	33	81	5	77	47	5	10	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24184772--24185184	132	3.1	131	90	2	628	26	23	18	31	1.97
24185163--24186217	46	23.0	45	88	3	1446	29	26	16	26	1.97
24187314--24187360	21	2.2	21	84	0	58	25	36	10	27	1.89
24187452--24187492	17	2.3	17	87	8	55	14	12	0	73	1.11
24188379--24188426	6	7.8	6	84	9	53	10	0	4	85	0.73
24188377--24188443	23	2.8	23	78	12	73	10	0	5	83	0.80
24188377--24188444	24	2.9	23	81	14	77	10	0	5	83	0.79
24188385--24188444	23	2.5	24	86	8	86	10	0	6	83	0.81
24192179--24192224	18	2.6	17	76	6	56	52	2	8	36	1.45
24194413--24194491	37	2.1	37	85	0	104	25	31	18	24	1.98
24194615--24194972	49	7.4	49	92	3	582	29	29	8	32	1.87
24194615--24194972	145	2.5	147	92	2	582	29	29	8	32	1.87
24198761--24198786	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
24198998--24199029	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
24199189--24199220	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
24200315--24200467	78	2.0	78	97	0	288	38	26	24	11	1.88
24206346--24206387	21	2.0	21	85	0	57	23	35	28	11	1.91
24208452--24208542	5	18.0	5	72	23	59	39	1	2	57	1.18
24208490--24208543	24	2.2	24	96	3	99	42	0	0	57	0.98
24208491--24208526	19	1.9	18	94	5	63	41	0	0	58	0.98
24208551--24208585	15	2.2	16	90	5	54	65	2	25	5	1.28
24210072--24210098	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24210827--24210861	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24211023--24211117	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
24211098--24211149	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
24216036--24216069	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
24220673--24220706	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
24232686--24232726	6	6.8	6	83	10	57	36	0	48	14	1.44
24236054--24236122	27	2.6	27	75	9	68	33	13	27	26	1.93
24238764--24239154	41	9.5	41	84	2	453	22	21	24	31	1.98
24239380--24239426	14	3.3	15	79	8	53	29	0	29	40	1.57
24239442--24239475	15	2.3	15	94	0	59	26	0	38	35	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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