genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  62  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20047899--20047983	25	3.5	24	68	16	66	16	9	9	64	1.48
20053474--20053498	6	4.2	6	100	0	50	16	0	52	32	1.44
20056601--20056627	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
20059474--20059515	20	2.0	20	86	9	57	28	0	7	64	1.20
20063344--20063372	15	1.9	15	100	0	58	44	6	13	34	1.71
20064084--20064145	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
20069678--20069718	21	1.9	21	85	5	55	2	9	19	68	1.29
20070256--20070317	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
20072439--20072511	32	2.3	31	90	6	112	72	13	10	2	1.22
20077923--20077984	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
20080024--20080083	29	2.2	27	82	8	68	25	11	15	48	1.78
20080086--20080177	42	2.2	41	79	11	100	21	28	33	16	1.95
20080304--20080353	22	2.3	22	92	0	82	28	32	0	40	1.57
20080325--20080383	30	2.0	30	96	0	109	28	35	0	35	1.58
20080304--20080406	52	2.0	52	96	0	188	29	33	0	36	1.58
20080355--20080405	22	2.3	22	100	0	102	27	37	0	35	1.57
20080439--20080504	30	2.2	31	94	2	116	36	0	0	63	0.95
20082830--20083990	30	38.8	30	88	6	1689	46	24	0	28	1.55
20082830--20083990	59	19.4	60	88	5	1689	46	24	0	28	1.55
20082830--20083990	89	12.9	89	88	6	1659	46	24	0	28	1.55
20087119--20087399	126	2.3	124	94	3	485	34	20	15	29	1.93
20088887--20088929	18	2.2	20	88	8	63	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20089766--20089824	30	2.0	30	96	0	109	28	3	13	54	1.55
20090052--20090086	6	5.8	6	93	0	61	0	31	65	2	1.07
20090467--20090511	15	3.1	15	78	18	51	48	0	0	51	1.00
20091213--20091251	18	2.1	19	86	13	55	53	2	0	43	1.14
20092541--20092956	204	2.0	204	93	0	724	35	13	32	18	1.90
20102714--20102840	42	3.0	42	82	6	134	15	22	16	45	1.85
20102776--20102845	21	3.3	21	74	7	61	14	24	20	41	1.89
20105005--20105046	16	2.5	17	82	14	52	61	2	0	35	1.09
20106408--20106459	24	2.2	24	85	0	68	36	0	40	23	1.55
20133102--20133215	19	6.2	19	77	10	78	37	0	5	56	1.28
20133118--20133177	25	2.3	28	80	13	74	43	0	1	55	1.10
20133147--20133216	19	3.6	19	83	7	88	35	1	5	57	1.32
20224995--20225041	18	2.6	18	86	6	60	42	27	12	17	1.85
20228139--20228163	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
20229499--20229548	6	7.7	7	91	8	56	82	0	2	16	0.77
20229509--20229548	6	6.7	6	100	0	80	85	0	0	15	0.61
20238182--20238230	25	2.0	25	92	8	82	20	28	14	36	1.92
20240905--20240951	10	4.6	10	82	12	51	59	6	0	34	1.23
20243147--20243201	27	2.0	27	100	0	110	10	18	21	49	1.78
20250580--20250622	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
20252643--20252728	30	2.9	29	82	6	93	29	22	27	20	1.99
20252842--20252938	26	3.7	26	72	8	90	39	17	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20253133--20253247	27	4.3	27	79	12	128	24	17	16	41	1.89
20253133--20253247	54	2.1	54	85	6	153	24	17	16	41	1.89
20255741--20255828	30	2.9	29	80	6	104	26	21	28	23	1.99
20255913--20255990	26	3.0	26	75	0	84	38	21	24	15	1.92
20256181--20256241	27	2.3	27	80	5	70	21	19	19	39	1.93
20269199--20269228	7	4.3	7	100	0	60	30	16	26	26	1.97
20269377--20269467	33	2.8	33	83	3	112	43	18	21	15	1.87
20271162--20271232	28	2.5	28	90	0	106	35	16	18	29	1.93
20274054--20274134	40	2.0	40	100	0	162	29	9	22	38	1.86
20277463--20277617	45	3.4	45	88	0	229	40	20	19	19	1.91
20277474--20277644	45	4.1	39	82	8	139	38	21	20	19	1.94
20278541--20278613	30	2.4	31	81	9	87	56	2	0	41	1.14
20283945--20283973	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
20284582--20284733	45	3.4	45	88	0	232	40	21	19	18	1.91
20285660--20285732	30	2.4	31	81	9	87	56	2	0	41	1.14
20286103--20286516	27	15.3	26	84	6	393	43	18	18	19	1.89
20286668--20286741	25	2.9	27	82	6	73	18	22	20	37	1.94
20286696--20286794	25	3.9	26	85	6	132	17	22	20	40	1.91
20286905--20286987	28	3.0	28	89	0	121	22	25	25	26	2.00
20292546--20292672	41	3.1	41	81	0	146	21	27	16	34	1.95
20300435--20300487	21	2.5	21	84	9	63	33	22	20	22	1.97
20312214--20312271	31	1.9	31	89	3	91	41	13	15	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20319841--20319869	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
20323157--20323832	110	6.1	110	87	4	975	33	17	17	31	1.93
20323160--20323828	224	3.0	223	91	1	1051	33	17	17	31	1.93
20328419--20328613	88	2.2	90	77	10	202	37	16	9	35	1.82
20328784--20328863	29	2.8	30	81	11	80	60	1	2	36	1.18
20328837--20328882	20	2.4	19	85	7	58	65	0	4	30	1.12
20328922--20328980	21	2.9	21	75	17	70	64	3	6	25	1.34
20328837--20328988	19	7.9	19	68	15	71	61	1	7	29	1.31
20328852--20328988	9	14.4	9	65	20	50	62	1	7	28	1.30
20329009--20329039	12	2.6	12	94	0	53	25	0	0	74	0.82
20329141--20329179	20	2.0	20	85	10	53	28	0	5	66	1.12
20329153--20329250	49	2.1	46	83	9	117	31	2	3	63	1.21
20329191--20329284	28	3.3	29	76	8	86	34	1	1	63	1.08
20339976--20340038	29	2.1	29	88	5	90	66	0	1	31	1.01
20339995--20340059	20	3.3	20	73	14	55	61	0	4	33	1.16
20339990--20340040	20	2.5	20	78	6	59	66	0	1	31	1.03
20346210--20346272	25	2.6	24	72	5	63	19	26	19	34	1.95
20353011--20353144	66	2.0	65	85	5	180	12	27	18	41	1.87
20358637--20358761	43	2.9	46	69	19	131	33	2	13	50	1.55
20358727--20358788	27	2.3	27	97	0	115	33	0	16	50	1.45
20358869--20358895	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
20358869--20358920	14	3.8	14	87	2	61	28	13	1	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20359707--20359752	8	5.9	8	87	5	67	67	0	0	32	0.91
20360725--20360767	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
20360827--20361055	43	5.3	43	84	1	298	30	28	18	22	1.97
20360827--20361055	85	2.7	85	85	3	298	30	28	18	22	1.97
20363337--20363362	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
20365404--20365459	21	2.6	22	78	13	64	35	35	0	28	1.58
20365395--20365467	28	2.6	29	77	14	71	34	36	1	27	1.66
20365429--20365480	21	2.5	20	81	9	59	34	38	0	26	1.57
20365488--20365543	21	2.7	21	80	0	58	37	35	3	23	1.72
20365516--20365563	22	2.2	21	78	10	53	47	33	0	18	1.49
20365573--20365619	14	3.4	14	81	0	58	44	34	2	19	1.62
20365830--20366325	114	4.4	114	89	1	771	26	28	19	25	1.99
20366238--20366471	73	3.2	73	90	2	371	27	27	18	26	1.98
20366300--20366638	187	1.8	185	86	2	491	24	26	20	27	1.99
20366111--20366655	260	2.1	259	87	2	799	26	27	20	26	1.99
20368809--20368993	50	3.7	50	83	3	228	22	29	21	25	1.99
20373595--20373682	34	2.5	35	79	1	97	38	32	10	18	1.84
20374142--20374208	31	2.2	31	94	0	116	35	14	5	43	1.71
20378618--20378716	29	3.4	28	66	12	72	33	11	15	40	1.82
20383910--20383940	16	1.9	16	93	0	53	64	3	12	19	1.41
20390893--20391081	52	3.6	52	84	2	220	22	16	26	33	1.95
20390893--20391068	26	6.8	26	82	1	176	21	17	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20391677--20391711	13	2.8	13	91	4	54	34	0	20	45	1.51
20393683--20393799	42	2.8	42	83	11	157	21	20	29	29	1.98
20396831--20396905	36	2.1	36	100	0	150	25	18	16	40	1.91
20397597--20397624	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
20397839--20397898	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
20397899--20397931	7	4.7	7	100	0	66	15	69	0	15	1.19
20397988--20398044	20	3.0	19	76	19	57	22	28	0	49	1.50
20400014--20400054	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
20400156--20400265	35	3.2	35	67	12	109	28	8	19	44	1.79
20400155--20400293	69	2.0	69	100	0	278	27	10	18	43	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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