genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  6  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036415--2036473	30	1.9	31	83	10	77	18	37	0	44	1.50
2038729--2038757	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2043522--2043546	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2050279--2050306	6	4.7	6	100	0	56	35	14	0	50	1.43
2052576--2052642	21	3.0	23	77	20	63	50	1	0	47	1.10
2052575--2052639	22	2.9	23	78	19	66	52	1	0	46	1.10
2067994--2068034	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2074089--2074122	17	2.1	17	88	5	52	44	0	8	47	1.34
2074720--2074774	27	2.0	27	92	0	92	34	18	9	38	1.82
2077138--2077200	31	2.0	31	81	6	74	31	3	12	52	1.55
2080646--2080686	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2083472--2083512	21	2.0	21	85	9	57	21	4	7	65	1.37
2099640--2099744	52	2.0	52	100	0	210	29	30	7	32	1.85
2101076--2101123	18	2.6	18	83	6	60	58	0	6	35	1.23
2108287--2108328	21	2.0	21	95	0	75	30	14	21	33	1.93
2109299--2109338	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2114803--2114853	26	2.0	26	92	7	86	35	19	11	33	1.88
2123232--2123296	26	2.5	24	79	13	76	23	4	3	69	1.21
2130993--2131023	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
2134492--2134516	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2141619--2141660	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2141610--2141651	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141763--2141797	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2141594--2141910	157	2.0	157	96	0	580	47	5	2	44	1.39
2141945--2142047	45	2.5	40	75	15	109	33	29	4	33	1.79
2142033--2142100	16	4.2	16	90	0	109	35	35	0	29	1.58
2142340--2142436	45	2.1	46	84	1	124	18	48	11	21	1.79
2142561--2142586	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
2145344--2145378	18	2.0	17	88	5	52	37	0	0	62	0.95
2145459--2145492	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
2145459--2145506	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
2145656--2145747	46	2.0	46	89	4	143	38	29	5	27	1.79
2145660--2145758	46	2.2	44	85	7	128	39	30	7	23	1.81
2162401--2162425	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2166306--2166344	14	2.8	13	85	11	51	28	2	2	66	1.18
2168564--2168959	213	1.9	212	97	0	756	46	14	5	34	1.66
2172921--2172955	12	2.9	12	91	0	52	14	42	17	25	1.86
2176901--2176944	23	1.9	23	90	0	70	29	2	6	61	1.34
2190940--2190991	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
2190949--2191004	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
2193375--2193402	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2194755--2194805	22	2.4	21	77	9	50	9	23	1	64	1.34
2198548--2198599	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
2198557--2198612	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215925--2215965	17	2.3	18	91	8	66	53	2	9	34	1.47
2228391--2228579	89	2.2	88	82	6	224	30	7	22	39	1.81
2230818--2230871	15	3.5	15	82	9	63	29	0	3	66	1.09
2230818--2230870	17	3.2	16	82	10	63	28	0	3	67	1.07
2234725--2234749	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2239445--2239511	30	2.2	30	81	7	82	44	2	0	52	1.16
2239878--2239911	14	2.4	14	90	0	50	29	5	26	38	1.80
2242650--2242675	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2252367--2252452	25	3.4	25	77	3	75	33	19	23	23	1.97
2252408--2252465	25	2.3	25	90	0	98	32	17	24	25	1.96
2260585--2260655	37	1.9	36	85	2	97	30	1	4	63	1.22
2266035--2266092	25	2.5	23	83	10	66	56	0	5	37	1.21
2274736--2274760	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2274895--2274924	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2275340--2275366	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2303157--2303338	51	3.6	50	82	8	208	30	15	24	29	1.95
2305144--2305196	19	2.7	20	75	11	56	60	3	0	35	1.15
2305144--2305231	22	4.0	22	76	15	67	57	3	0	38	1.15
2305153--2305220	22	2.9	24	78	14	79	60	2	0	36	1.12
2305426--2305530	53	2.0	53	100	0	210	34	13	3	48	1.60
2305433--2305543	53	2.1	53	88	3	161	34	14	8	43	1.75
2307111--2307136	7	3.7	7	100	0	52	57	0	15	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312746--2312792	18	2.6	18	80	16	60	34	0	0	65	0.93
2313222--2313273	24	2.1	25	82	10	63	50	0	0	50	1.00
2316923--2316982	24	2.5	24	83	8	68	40	0	3	56	1.16
2320751--2320793	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
2320774--2320806	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
2320785--2320879	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
2321041--2321075	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2320999--2321071	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
2320960--2321231	144	1.9	147	93	3	478	46	2	2	47	1.32
2321185--2321219	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2321205--2321383	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
2321200--2321390	61	3.2	61	68	14	178	49	6	2	41	1.43
2321171--2321390	120	1.8	120	97	0	413	49	5	2	42	1.39
2321305--2321339	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
2321380--2321426	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
2321399--2321432	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
2321465--2321659	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
2330428--2330479	21	2.6	21	80	17	58	28	0	5	65	1.16
2330933--2330982	21	2.4	21	79	0	64	32	2	0	66	1.03
2333138--2333285	71	2.1	72	82	8	178	54	9	5	30	1.55
2334091--2334229	68	2.0	68	97	0	260	25	18	6	49	1.71
2344310--2344352	17	2.6	16	82	10	50	34	2	16	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346843--2346870	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2347909--2347970	31	2.0	32	90	3	99	27	12	12	46	1.79
2360677--2360716	21	1.9	21	85	10	55	17	52	2	27	1.57
2360708--2360869	9	18.0	9	64	16	68	22	58	3	16	1.52
2360786--2360812	6	4.5	6	100	0	54	18	51	0	29	1.46
2360831--2360884	3	18.0	3	76	0	54	27	61	1	9	1.37
2360708--2361064	132	2.7	132	81	8	399	21	55	4	19	1.60
2360917--2360944	6	4.7	6	100	0	56	17	50	0	32	1.47
2361107--2361153	18	2.6	18	86	0	67	25	55	4	14	1.58
2361125--2361204	42	1.9	42	82	5	99	22	53	5	18	1.63
2364656--2364741	45	1.9	45	97	0	163	44	12	8	34	1.72
2365106--2365167	21	3.1	21	62	29	53	25	19	19	35	1.95
2365088--2365167	39	2.1	39	100	0	160	25	17	20	37	1.94
2368118--2368215	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
2368125--2368213	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
2374446--2374543	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
2374453--2374541	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
2392283--2392329	12	3.6	13	77	8	51	63	2	2	31	1.18
2396184--2396227	18	2.4	18	84	0	61	31	0	4	63	1.14
2396868--2396916	21	2.4	21	80	12	57	57	4	0	38	1.18
2407248--2407327	31	2.6	30	82	2	88	20	12	21	46	1.83
2418250--2418295	22	2.1	22	91	0	74	15	6	6	71	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421794--2421830	16	2.2	18	85	9	51	48	0	0	51	1.00
2422675--2422748	30	2.5	30	80	4	80	51	4	6	37	1.47
2436042--2436076	18	1.9	18	88	0	52	65	5	0	28	1.15
2436510--2436542	17	1.9	17	93	0	57	39	39	0	21	1.53
2436543--2436585	22	2.0	22	86	9	61	0	16	6	76	0.99
2446782--2446868	43	2.0	43	100	0	174	25	25	13	35	1.93
2455881--2455912	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2456007--2456248	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	20	1.99
2456007--2456256	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	21	1.99
2464825--2464893	36	1.9	36	84	0	93	30	8	7	53	1.59

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