genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14562507--14562554	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
14563260--14563293	16	2.1	16	88	0	50	2	14	8	73	1.19
14563296--14563359	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
14564819--14564905	44	2.0	44	97	0	165	31	20	17	31	1.96
14564863--14565045	91	2.0	89	91	2	294	31	28	14	25	1.95
14587167--14587197	7	4.4	7	95	0	53	32	0	16	51	1.44
14597303--14597370	33	2.1	33	97	0	127	38	20	4	36	1.73
14599116--14599481	183	2.0	183	99	0	723	39	20	12	27	1.88
14602114--14602152	20	2.0	20	84	0	51	30	15	15	38	1.88
14602581--14602616	16	2.4	15	90	9	56	5	11	0	83	0.80
14603473--14603522	25	2.0	25	84	11	66	58	12	0	30	1.34
14612416--14612468	21	2.5	21	88	8	81	1	30	0	67	1.01
14612526--14612601	27	2.8	28	90	4	113	19	38	25	17	1.93
14613865--14613923	29	2.0	30	83	9	77	45	3	0	50	1.18
14617919--14618023	39	2.7	39	95	2	185	28	1	0	69	0.99
14617988--14618041	27	2.0	27	89	3	83	24	0	3	72	1.01
14622205--14622294	42	2.2	41	80	7	94	20	28	27	23	1.99
14625107--14625144	15	2.4	17	86	8	53	60	2	0	36	1.11
14630654--14630695	17	2.4	18	80	11	52	59	2	2	35	1.23
14639505--14639548	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
14639579--14639756	68	2.8	64	84	13	176	46	8	5	39	1.58
14639645--14639672	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14639615--14639756	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
14639745--14639786	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
14639760--14639815	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
14639615--14639778	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
14640490--14640531	21	2.0	20	86	13	59	40	9	0	50	1.35
14640495--14640536	19	2.2	18	84	16	50	35	7	0	57	1.26
14643588--14643616	15	2.0	15	93	6	51	51	0	13	34	1.42
14649597--14649639	17	2.5	17	81	7	52	53	2	2	41	1.26
14651727--14651871	46	3.2	46	94	1	247	29	18	17	34	1.94
14655683--14655732	25	2.0	25	85	11	68	34	2	8	56	1.40
14660669--14660733	32	2.0	32	100	0	130	15	30	23	30	1.95
14668545--14668661	59	2.0	59	91	0	189	27	11	8	52	1.67
14669597--14669640	18	2.3	20	88	7	65	34	0	2	63	1.07
14686287--14686329	8	4.9	9	81	13	54	65	2	0	32	1.06
14688039--14688172	49	2.7	49	82	2	144	26	27	21	23	1.99
14689656--14689683	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
14689738--14689777	21	1.9	21	85	10	55	60	7	15	17	1.57
14701929--14701981	13	4.1	13	85	0	79	28	7	28	35	1.84
14714074--14714108	18	2.0	17	88	5	52	62	0	0	37	0.95
14729080--14729130	25	2.0	25	88	3	75	52	5	7	33	1.54
14730322--14730389	29	2.3	31	82	12	81	26	2	11	58	1.47
14732472--14732500	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14736971--14737012	22	2.0	21	86	13	59	30	0	2	66	1.04
14738164--14738202	19	2.1	19	90	9	62	69	0	0	30	0.89
14738144--14738193	25	2.0	25	88	4	73	68	0	0	32	0.90
14743439--14743483	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
14743407--14743460	19	2.8	19	77	0	72	38	9	14	37	1.79
14750426--14750924	132	3.8	131	91	2	802	28	17	24	29	1.98
14751252--14751362	19	5.8	19	87	4	161	38	8	13	39	1.74
14751259--14751362	38	2.7	38	95	2	183	39	7	12	40	1.72
14751252--14751385	19	6.7	22	77	13	91	38	7	14	40	1.74
14761388--14761916	197	2.7	195	86	3	711	40	17	15	27	1.89
14771249--14771281	15	2.2	15	94	0	57	30	48	3	18	1.63
14774624--14774727	22	4.4	23	82	9	113	40	20	24	15	1.90
14776743--14776801	31	1.9	31	86	6	84	50	3	8	37	1.49
14777892--14777932	7	6.0	7	85	5	57	80	0	0	19	0.71
14777892--14777932	14	3.0	14	96	3	75	80	0	0	19	0.71
14778900--14778936	19	2.0	19	94	5	67	32	21	8	37	1.83
14780133--14780192	24	2.3	27	76	23	67	45	0	8	46	1.33
14780141--14780205	20	3.0	22	74	19	64	46	0	9	44	1.35
14786453--14786487	18	1.9	18	94	0	61	40	0	0	60	0.97
14791632--14791893	139	1.9	140	79	7	300	50	11	11	26	1.73
14794785--14794842	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
14795053--14795084	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14795179--14795420	50	4.7	50	84	4	279	26	24	28	20	1.99
14795179--14795428	100	2.4	103	86	6	346	26	24	28	21	1.99
14813806--14813839	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
14813873--14813923	23	2.3	22	86	3	66	25	7	13	52	1.67
14814369--14814419	24	2.1	25	82	10	61	54	3	3	37	1.37
14816589--14816838	133	1.9	133	91	0	410	30	19	19	30	1.96
14818925--14819025	48	2.1	48	81	7	116	46	3	45	3	1.40
14820171--14820199	6	4.8	6	100	0	58	0	17	31	51	1.45
14820233--14820294	31	2.0	31	100	0	124	32	12	16	38	1.86
14825101--14825145	23	2.0	22	82	4	54	46	0	0	53	1.00
14837879--14837956	39	2.0	39	100	0	156	41	10	7	41	1.68
14843786--14843853	30	2.3	31	80	16	83	52	1	1	44	1.19
14845205--14845290	39	2.2	40	81	8	104	19	24	25	30	1.98
14848135--14848193	28	2.1	29	84	9	77	40	1	1	55	1.20
14852702--14852741	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
14852687--14852753	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
14852920--14853026	51	2.1	52	96	1	198	48	9	4	37	1.56
14853331--14853552	111	2.0	111	100	0	444	39	15	11	33	1.83
14856979--14857015	4	9.0	4	88	5	56	75	0	21	2	0.92
14859128--14859207	41	1.9	42	82	7	101	23	26	32	17	1.97
14862347--14862399	18	2.8	18	88	8	70	60	0	0	39	0.97
14862352--14862388	10	3.8	10	82	17	51	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14862384--14862423	20	2.0	21	85	5	55	70	0	5	25	1.08
14862366--14862438	35	2.0	37	86	10	105	64	0	5	30	1.16
14862384--14862445	16	3.6	16	74	20	54	66	0	6	27	1.16
14862828--14862863	15	2.3	17	86	13	51	30	5	2	61	1.33
14863410--14863444	18	1.9	18	94	0	61	25	20	0	54	1.45
14871186--14871297	57	1.9	58	85	1	154	27	19	8	43	1.81
14873716--14873849	41	3.2	41	88	3	189	22	28	20	28	1.99
14876138--14876185	25	2.0	25	83	4	62	14	25	20	39	1.91
14876262--14876332	26	2.8	26	80	2	90	15	26	22	35	1.94
14885623--14885662	19	2.1	19	90	0	62	30	20	0	50	1.49
14885835--14885945	23	5.0	23	85	3	120	36	24	20	18	1.94
14894820--14894868	23	2.1	22	85	7	62	48	0	4	46	1.20
14896993--14897253	138	1.9	139	92	0	443	38	11	7	42	1.70
14906447--14906506	30	2.0	31	86	3	86	43	10	23	23	1.83
14910218--14910259	22	1.9	22	85	0	57	40	16	4	38	1.70
14925179--14925227	9	5.0	9	77	18	53	81	0	12	6	0.86
14927020--14927061	21	2.0	21	90	0	66	19	0	4	76	0.96
14927873--14927917	15	3.0	15	83	6	56	80	0	2	17	0.82
14927865--14927917	24	2.2	23	86	6	70	79	0	1	18	0.83
14930164--14930206	22	2.0	22	86	9	61	60	4	0	34	1.17
14946929--14947157	37	5.6	41	81	13	244	27	21	14	36	1.92
14946929--14947157	78	2.8	79	87	7	320	27	21	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14954578--14954725	37	4.0	37	94	0	251	27	20	13	38	1.90
14959149--14959184	16	2.2	16	90	0	54	75	0	2	22	0.94
14970314--14970365	19	2.7	19	85	5	61	55	1	1	40	1.22
14970321--14970393	18	4.1	18	74	6	60	57	4	1	36	1.26
14972240--14972288	20	2.4	21	89	3	73	75	0	16	8	1.03
14972255--14972310	21	2.7	21	86	2	69	75	0	12	12	1.06
14972663--14972720	31	1.9	30	86	10	82	36	12	10	41	1.76
14979738--14979821	32	2.7	30	79	16	100	61	4	0	33	1.17
14979738--14979854	62	1.9	61	81	11	141	62	4	1	31	1.24
14979852--14979922	20	3.7	20	76	14	67	63	2	5	28	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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