genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28076091--28076143	27	2.0	27	96	0	97	35	18	11	33	1.87
28082905--28083009	51	2.0	52	98	1	203	41	17	11	29	1.84
28084167--28084236	17	3.7	19	72	12	56	42	0	2	54	1.15
28087534--28087613	26	3.0	26	78	14	83	50	2	6	41	1.41
28087534--28087631	28	3.5	28	76	14	87	50	2	6	41	1.39
28087637--28087745	56	1.9	56	83	7	139	48	4	10	36	1.57
28089436--28089743	44	7.2	44	66	14	167	23	19	22	34	1.97
28089426--28089853	128	3.3	128	95	1	750	24	19	22	34	1.96
28089898--28090046	45	3.3	45	89	3	246	32	27	14	25	1.94
28089877--28090046	90	1.9	90	93	0	295	34	25	14	25	1.94
28091059--28091092	16	2.1	16	89	10	52	0	14	2	82	0.79
28091528--28091576	7	7.0	7	86	11	57	6	0	8	85	0.73
28091526--28091575	23	2.2	22	86	6	73	6	0	6	88	0.65
28095630--28095693	26	2.5	26	81	0	74	51	1	4	42	1.32
28095651--28095706	26	2.1	26	83	6	67	48	3	7	41	1.48
28103453--28103477	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28106605--28106664	20	3.0	20	76	9	68	45	11	8	35	1.71
28106602--28106696	40	2.4	40	84	7	113	46	11	7	34	1.68
28106590--28106696	20	5.2	21	72	18	64	47	10	6	35	1.63
28110708--28110745	18	2.2	17	86	9	51	55	5	0	39	1.23
28126617--28126644	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
28130167--28130226	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28131728--28131905	94	1.9	92	86	5	250	58	11	4	25	1.51
28132295--28132336	17	2.4	18	88	11	61	45	0	0	54	0.99
28132295--28132337	14	2.9	14	86	10	50	46	0	0	53	1.00
28142376--28142446	20	3.6	19	69	14	54	39	16	22	21	1.92
28147281--28147329	24	2.0	24	100	0	98	32	8	28	30	1.86
28150010--28150037	11	2.5	11	100	0	56	92	0	7	0	0.37
28152047--28152121	23	3.3	22	66	17	55	52	4	4	40	1.39
28156918--28157169	110	2.3	109	79	7	280	26	17	21	34	1.96
28160389--28160457	22	3.1	22	64	15	61	46	13	5	34	1.67
28160356--28160613	44	5.9	44	92	0	408	48	11	3	36	1.55
28161401--28161436	16	2.2	16	90	0	54	72	8	5	13	1.27
28161713--28161786	27	2.7	27	85	0	85	25	21	35	17	1.95
28161740--28161802	27	2.3	27	80	0	72	25	22	34	17	1.95
28162171--28162275	28	3.8	28	82	3	115	30	2	9	57	1.45
28165505--28165547	14	3.1	14	96	0	77	53	0	9	37	1.33
28165941--28165993	12	4.4	12	74	9	54	1	26	43	28	1.65
28168939--28169020	23	3.6	22	78	12	78	1	28	0	70	0.95
28168911--28169021	39	2.9	39	82	12	117	0	29	0	69	0.95
28168938--28169018	17	4.8	17	72	14	60	1	28	0	70	0.95
28168905--28169018	16	7.0	16	67	15	56	0	28	0	70	0.94
28168955--28169025	29	2.4	29	80	15	74	1	29	0	69	0.98
28168976--28169026	13	3.7	13	76	19	50	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28168992--28169034	21	2.1	21	83	8	54	0	37	0	62	0.95
28169149--28169184	10	3.5	10	92	3	54	2	2	5	88	0.67
28170411--28170441	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
28170496--28170532	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28170914--28171008	39	2.4	40	80	1	111	41	21	21	16	1.91
28171046--28171308	41	6.4	41	83	2	305	15	23	23	36	1.94
28171047--28171308	82	3.2	82	88	2	357	16	23	24	36	1.94
28171798--28171865	15	4.9	14	75	13	61	26	0	32	41	1.56
28175858--28175950	21	4.8	18	71	20	55	44	11	0	44	1.41
28175857--28175977	38	3.0	39	82	10	129	44	10	0	44	1.38
28176505--28176569	34	1.9	34	96	0	121	46	10	0	43	1.38
28176541--28176591	22	2.4	22	90	3	86	49	9	0	41	1.36
28176512--28176625	56	2.0	56	98	0	219	47	11	0	41	1.39
28176578--28176829	9	30.2	9	68	18	109	44	16	1	38	1.55
28176617--28176649	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
28176612--28176753	25	5.6	25	69	17	80	42	17	0	39	1.55
28176612--28176824	34	6.5	33	67	16	111	43	17	0	38	1.55
28176574--28176731	84	1.9	84	84	5	212	44	15	0	40	1.46
28176755--28176810	25	2.2	25	93	0	94	46	16	0	37	1.47
28176789--28176824	16	2.2	16	95	0	63	52	16	0	30	1.44
28182286--28182377	21	4.2	21	78	8	85	36	17	43	2	1.61
28182315--28182374	12	5.2	12	76	11	63	40	18	40	1	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28182795--28182992	42	4.6	42	83	5	229	23	24	21	30	1.99
28182795--28182973	85	2.1	84	86	5	245	22	24	20	32	1.98
28184055--28184088	15	2.2	16	89	5	52	73	0	11	14	1.10
28184097--28184164	11	6.3	11	82	14	79	58	0	23	17	1.38
28184097--28184164	5	12.6	5	84	9	82	58	0	23	17	1.38
28184097--28184164	22	3.1	22	91	2	111	58	0	23	17	1.38
28184651--28184704	25	2.1	26	86	3	74	50	0	11	38	1.38
28184872--28184923	21	2.5	21	93	3	88	61	0	13	25	1.32
28191103--28191153	22	2.4	22	96	3	95	0	11	15	72	1.12
28191671--28191732	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
28192943--28193271	90	3.7	88	84	3	408	52	13	6	26	1.65
28192985--28193271	90	3.2	90	87	3	418	51	14	6	26	1.68
28193928--28194262	113	2.9	113	81	5	352	31	20	19	27	1.97
28195283--28195325	9	4.8	9	80	8	52	74	2	2	20	1.04
28195281--28195325	19	2.5	18	79	10	56	75	2	2	20	1.01
28196088--28196131	18	2.5	18	81	3	54	34	2	0	63	1.07
28196558--28196596	19	2.0	20	85	14	55	66	2	0	30	1.05
28196640--28196676	4	9.2	4	88	11	58	72	0	0	27	0.84
28200759--28200815	27	2.2	26	81	6	69	64	5	1	28	1.25
28213729--28213780	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
28213866--28213913	22	2.2	22	88	0	69	27	43	2	27	1.66
28225623--28225664	21	1.9	23	85	9	61	16	23	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28229230--28229409	42	4.3	42	88	5	201	31	25	15	28	1.95
28229231--28229409	84	2.1	83	84	8	229	31	25	15	28	1.95
28237834--28237911	29	2.6	30	82	11	81	64	0	23	12	1.28
28242406--28242473	31	2.3	30	87	5	102	48	10	5	35	1.61
28248024--28248077	26	2.2	23	83	9	63	57	5	5	31	1.45
28249742--28249784	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
28251080--28251143	23	2.7	25	76	11	62	68	1	20	9	1.25
28251097--28251141	22	2.0	22	83	8	56	75	2	13	8	1.13
28257149--28257208	30	2.0	31	86	3	86	26	5	8	60	1.47
28260414--28260450	18	2.0	19	89	5	58	75	2	16	5	1.10
28262223--28262297	33	2.2	34	90	2	116	37	6	12	44	1.68
28273243--28273292	21	2.3	22	89	3	75	56	4	8	32	1.47
28273365--28273414	18	2.7	19	76	14	50	58	4	8	30	1.45
28273638--28273672	18	1.9	18	88	0	52	34	8	0	57	1.29
28275192--28275223	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
28287457--28287497	20	2.0	20	85	4	55	65	0	0	34	0.93
28288653--28288721	29	2.4	29	85	0	84	40	8	5	44	1.59
28297315--28297360	21	2.1	22	84	11	60	45	4	0	50	1.21
28297491--28297528	20	1.9	20	84	10	51	60	0	5	34	1.19
28308915--28308961	20	2.4	21	79	13	55	46	2	0	51	1.13
28310819--28310934	31	3.6	31	71	17	94	55	3	0	40	1.23
28314059--28314106	23	2.1	23	96	0	87	2	10	18	68	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28314226--28314389	25	6.6	26	80	8	171	28	17	35	18	1.94
28314236--28314389	75	2.1	75	84	0	200	29	17	34	18	1.94
28314230--28314389	50	3.2	50	82	1	205	28	17	35	18	1.94
28315055--28315100	21	2.2	21	84	0	56	39	19	8	32	1.82
28315159--28315295	39	3.5	37	77	16	127	10	52	2	34	1.50
28316670--28316752	30	2.7	32	78	17	104	39	0	6	54	1.25
28316670--28316752	31	2.7	31	83	12	109	39	0	6	54	1.25
28317585--28317665	22	3.7	22	88	0	99	46	11	11	30	1.74
28317585--28317672	44	2.0	44	84	0	113	46	12	10	30	1.75
28320045--28320509	232	2.0	233	99	0	923	33	19	11	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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