genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22455310--22455360	24	2.1	24	100	0	102	31	11	27	29	1.92
22455655--22456072	45	9.3	45	84	2	552	29	16	24	30	1.96
22456125--22456431	51	6.5	48	75	14	250	33	16	19	30	1.94
22456265--22456738	44	10.6	45	77	6	327	31	18	21	28	1.97
22456278--22456739	89	5.2	88	74	9	346	31	18	22	27	1.97
22456172--22456564	181	2.2	181	84	1	502	32	18	20	28	1.96
22456747--22456947	100	2.0	100	97	0	375	31	16	20	30	1.95
22456924--22457265	44	7.7	44	80	3	319	31	20	20	27	1.98
22456916--22457265	89	3.9	88	79	4	344	31	20	20	27	1.98
22456974--22457265	44	6.6	44	82	2	343	30	20	21	28	1.98
22456974--22457265	133	2.2	133	92	0	485	30	20	21	28	1.98
22458553--22458590	15	2.5	15	91	0	58	34	2	2	60	1.24
22460320--22460346	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22460688--22460720	3	11.0	3	100	0	66	0	66	0	33	0.92
22462617--22463023	47	8.6	47	92	2	661	28	29	8	33	1.86
22462617--22463023	96	4.3	96	94	2	700	28	29	8	33	1.86
22462617--22463023	143	2.9	141	92	2	679	28	29	8	33	1.86
22471729--22471771	22	2.0	22	86	13	63	32	18	2	46	1.62
22472734--22472778	22	2.0	23	82	4	56	55	2	6	35	1.38
22472958--22473083	3	40.3	3	76	16	114	61	3	3	31	1.27
22474435--22474909	50	9.5	51	66	5	254	24	24	21	29	1.99
22474403--22474962	100	5.6	99	84	2	694	24	24	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22474416--22474962	199	2.7	199	85	2	722	24	24	21	29	1.99
22474430--22474893	149	3.1	149	68	3	403	25	24	21	28	1.99
22475906--22475951	23	2.0	23	100	0	92	26	17	8	47	1.76
22476591--22476660	15	4.8	13	79	17	59	11	2	8	77	1.10
22476605--22476653	8	6.2	8	78	21	50	12	2	8	77	1.07
22476591--22476661	14	4.9	14	78	10	70	11	2	8	77	1.09
22476611--22476663	16	3.4	16	80	12	65	9	1	7	81	0.96
22481570--22481641	3	23.3	3	73	16	58	61	4	2	31	1.29
22481573--22481640	11	6.1	11	73	11	50	60	4	2	32	1.32
22481585--22481636	20	2.5	22	84	6	63	57	5	3	32	1.40
22483827--22483873	24	2.0	24	95	0	85	23	4	21	51	1.65
22486789--22486824	17	2.1	17	100	0	72	30	5	16	47	1.70
22488153--22488210	29	2.0	29	96	0	107	29	6	22	41	1.80
22495905--22495947	22	2.0	22	85	0	59	55	11	13	18	1.68
22497168--22497207	17	2.4	16	88	12	55	50	0	5	45	1.23
22497411--22497437	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
22497842--22497892	18	2.8	18	74	14	59	49	5	5	39	1.51
22498145--22498188	24	1.9	24	86	9	65	54	6	2	36	1.40
22502790--22502822	14	2.3	15	94	5	59	48	0	0	51	1.00
22502980--22503004	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
22504927--22504979	23	2.3	22	83	6	61	22	5	5	66	1.35
22505139--22505191	18	3.0	18	80	5	63	58	0	3	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22505870--22505906	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
22512198--22512244	22	2.2	21	81	11	51	31	4	21	42	1.72
22512938--22513345	204	2.0	204	95	0	726	39	7	21	31	1.82
22525283--22525315	16	2.1	16	100	0	66	36	0	12	51	1.39
22526381--22526497	20	5.8	20	74	10	78	16	23	17	41	1.89
22526381--22526497	60	2.0	60	80	0	135	16	23	17	41	1.89
22529366--22529408	13	3.3	13	84	12	61	48	0	20	30	1.50
22529605--22529643	18	2.2	18	100	0	78	35	0	17	46	1.49
22531225--22531255	15	2.1	15	100	0	62	41	19	6	32	1.77
22532049--22532074	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
22540163--22540223	21	2.8	22	82	7	70	54	1	18	26	1.53
22559546--22559575	12	2.5	12	88	0	51	0	0	10	90	0.47
22561497--22561550	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
22561483--22561556	34	2.3	31	86	9	103	48	0	0	51	1.00
22561479--22561548	19	4.1	19	72	22	66	51	0	0	48	1.00
22563798--22563826	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
22567177--22567227	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
22567953--22568007	2	27.5	2	100	0	110	0	49	0	50	1.00
22569626--22569684	30	1.9	32	86	6	86	38	8	8	44	1.65
22576258--22576296	16	2.4	16	100	0	78	58	5	0	35	1.20
22576251--22576292	16	2.3	19	76	23	54	61	4	0	33	1.17
22576541--22576651	55	2.0	55	85	3	152	40	9	15	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22577435--22577468	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
22578015--22578054	20	2.0	21	85	5	55	0	32	0	67	0.91
22597266--22597326	31	2.0	31	83	6	79	36	13	6	44	1.69
22598981--22599028	23	2.1	23	96	0	87	37	8	0	54	1.31
22599093--22599150	27	2.1	27	93	0	98	29	31	27	12	1.92
22599300--22599338	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
22599405--22599442	3	12.7	3	94	0	67	0	0	28	71	0.87
22603270--22603332	22	2.8	22	75	15	67	0	26	0	73	0.84
22603249--22603444	40	5.2	38	79	15	180	0	30	0	68	0.93
22603285--22603398	21	5.7	21	75	19	118	0	29	0	70	0.88
22603311--22603445	4	32.0	4	73	19	89	0	31	0	68	0.95
22603296--22603444	58	2.5	60	73	17	145	0	30	0	68	0.95
22603293--22603440	14	11.0	15	68	25	59	0	31	0	68	0.95
22603492--22603559	27	2.5	27	90	0	100	16	26	32	25	1.96
22610456--22610537	31	2.7	30	79	5	94	40	14	10	34	1.81
22612092--22612152	26	2.3	27	86	8	90	14	26	21	37	1.92
22614023--22614069	21	2.2	21	85	7	60	40	12	4	42	1.63
22615749--22615945	98	2.0	98	91	2	315	38	22	10	28	1.87
22617256--22617311	19	2.8	19	83	5	76	30	16	12	41	1.85
22617525--22618372	44	19.6	44	71	15	454	27	22	20	30	1.98
22617514--22618394	217	4.1	217	92	0	1449	26	22	20	30	1.98
22618364--22618991	44	14.3	44	62	14	145	24	23	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22618387--22619002	132	4.7	132	95	1	1056	24	24	20	30	1.98
22624344--22624540	98	2.0	98	91	0	322	37	24	10	27	1.88
22625167--22625211	23	2.0	23	90	0	72	53	4	8	33	1.52
22625782--22625894	19	5.8	19	85	4	163	34	15	10	38	1.83
22625782--22625893	40	2.8	40	93	2	183	34	15	10	39	1.82
22625782--22625894	59	1.9	57	87	3	163	34	15	10	38	1.83
22628971--22629102	45	3.0	41	80	12	122	35	26	15	21	1.94
22629309--22629342	17	1.9	18	94	5	61	41	20	2	35	1.68
22643507--22643552	20	2.2	21	80	3	58	0	43	15	41	1.46
22648936--22648993	28	2.1	28	87	6	84	62	12	1	24	1.39
22649098--22649140	21	2.0	21	95	0	77	34	34	13	16	1.88
22650181--22650354	41	4.2	41	89	1	233	22	28	20	28	1.98
22651904--22651995	11	8.9	11	69	25	67	55	0	3	41	1.16
22651882--22651984	30	3.3	29	89	9	136	57	0	1	40	1.10
22651921--22652003	41	2.1	41	93	4	127	60	0	3	36	1.14
22652892--22652925	17	2.0	17	100	0	68	41	5	23	29	1.78
22652965--22652998	10	3.3	10	87	4	50	76	8	0	14	1.01
22653127--22653641	154	3.3	152	84	5	658	31	10	7	50	1.65
22662874--22662962	29	3.1	30	75	19	91	47	0	2	50	1.13
22680245--22680289	22	2.0	22	82	0	54	62	2	4	31	1.27
22680645--22680680	8	4.4	8	96	3	63	66	0	0	33	0.92
22680645--22680685	8	4.9	9	93	3	52	60	0	2	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22680665--22680705	22	2.0	20	90	9	64	53	0	2	43	1.13
22680705--22680729	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22693323--22693360	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
22696812--22696847	6	6.0	6	96	0	54	16	5	33	44	1.71
22709575--22709604	13	2.2	14	94	5	53	46	0	6	46	1.29
22712434--22712505	4	17.8	4	94	2	126	47	25	1	26	1.60
22713064--22713110	6	7.7	6	92	2	76	17	14	19	48	1.81
22715872--22715944	32	2.5	27	78	19	92	26	2	19	52	1.59
22715885--22715945	32	1.9	32	96	0	113	27	3	18	50	1.62
22717150--22717187	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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